BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-288L18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 94,343,374 - 94,458,000
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665856, Slc25a26
Upstream geneLOC665831, Magi1, LOC100043262
Downstream geneLrig1, LOC625941, EG665865, LOC100043276, LOC100043680, Kbtbd8, LOC435912, Suclg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-288L18.bB6Ng01-288L18.g
ACCGA086322GA086323
length8781,086
definitionB6Ng01-288L18.b B6Ng01-288L18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,343,374 - 94,344,251)(94,456,910 - 94,458,000)
sequence
gaattcctttgctgtgtttgctaagtctactcaaggaactggggtggata
aaatggcaaagagaacattattaagttgatttgtcacagagaaaggctcc
tataccaaggctaagatccaaactatctggggatggtggcaaaacgttaa
agggcttccctgaaaatccaaaactgacccctaaaagccagaagttgaag
acagaatagataagatggaaagtgactgttgacaaggaatagttactctc
tgacaatatcagcagtggcaatggttctgcagggattgtctgctggggag
gtactctcaagatgtcttgatgagacagagttacttcaggtactattttt
aaccatgaaaagtgacacctaagcacctgaaaaaaatgtactcactgata
agtggatattaacctagaaacttagaatacccaagatataagatacaatt
tgctaaacacatgaaactcaagaagaacgacgaccaaagtgtgaacactt
tgccccttcttagaattgggaacaaaacacccatggaaggaattacagag
acacagtttggagctgagacgaaaggatggaccatctagagactgccata
tccgggaatccatcccataatcagcctctgaacgctgacaccattgcata
cactagcaagattttgctgaaaggacccagatgtagctgtctcttgtcag
agtatgctggggcctagcaaacacagaagtggatgctcacagtcagctat
tggatggatcacagggcccccaatggaggagctagagaaagtacccaagg
agctaaaggggtctgcaaccctgtaggtggaacaacaatatgaactaacc
agtaccccctggagctcgtgtctctagc
gaattccagtgccacaaggctgagagccactgcactaaggaaccatgctg
aaaaggtgacagtttaaaaattctaactgggggctgtaacagcaaaatca
attttaaaagattatcttttatgttgctgtttgcttgtttggttttggta
taaacatcctgagtcctggaatggattctacagcactctacattctgttt
aaatataatcaaagaacaaaaaattaaattcagaaaaccagctgtaaggc
ttaatgaattttgcgtgttaaaatactcatattattctgaaaacattacc
ttggcttctgagcactgggaatatcaacacccttaccgttaggaaaggat
ccaacagctgcagaagggaccccagcatatatcccacgaaatccaccagc
cttgttaaatccctggggactctgcagccttgtcttaatggtgtccagag
gaaataatatcaagtccacagagacgcctgctacccctccagcctgtgca
aaaggtggggaagagagaagagaaaggtgagctctcagcctcaagccaca
ggccaaatattaatcacttccattcttcttattccatgttagagaaccta
ggttccactaagaaagctaccatttatttgacatgtgaccctaaaagcat
gactcataccctagtctccaaatccttcaaattgggaactgaaatcaata
ctaaaggaatcttcttttttcccacgctggatcagagctgtggccatctg
cccatgctagcaagtattccaccattgagctgtgtccccagcgatgagga
agtctttaaacaaacatctcacatcttccagtccatgatttttgttgcaa
tactcaaaggacttgcattttataagaaaataagatgcttatcagtgtac
taatttgcaacttgtacaggttttttttttaccttttagatgattttatg
aattaatttttttaaaacaaaattaagctcactcttaatttgttcttata
attcaaccactgttaagccattttaaaaaaaggaaaagttaaaagtacaa
agcatcttaagattcaggcagttcttttatggagtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_94343374_94344251
seq2: B6Ng01-288L18.b_50_927

seq1  GAATTCCTTTGCTGTGTTTGCTAAGTCTACTCAAGGAACTGGGGTGGATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGCTGTGTTTGCTAAGTCTACTCAAGGAACTGGGGTGGATA  50

seq1  AAATGGCAAAGAGAACATTATTAAGTTGATTTGTCACAGAGAAAGGCTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGCAAAGAGAACATTATTAAGTTGATTTGTCACAGAGAAAGGCTCC  100

seq1  TATACCAAGGCTAAGATCCAAACTATCTGGGGATGGTGGCAAAACGTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCAAGGCTAAGATCCAAACTATCTGGGGATGGTGGCAAAACGTTAA  150

seq1  AGGGCTTCCCTGAAAATCCAAAACTGACCCCTAAAAGCCAGAAGTTGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTCCCTGAAAATCCAAAACTGACCCCTAAAAGCCAGAAGTTGAAG  200

seq1  ACAGAATAGATAAGATGGAAAGTGACTGTTGACAAGGAATAGTTACTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATAGATAAGATGGAAAGTGACTGTTGACAAGGAATAGTTACTCTC  250

seq1  TGACAATATCAGCAGTGGCAATGGTTCTGCAGGGATTGTCTGCTGGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAATATCAGCAGTGGCAATGGTTCTGCAGGGATTGTCTGCTGGGGAG  300

seq1  GTACTCTCAAGATGTCTTGATGAGACAGAGTTACTTCAGGTACTATTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCTCAAGATGTCTTGATGAGACAGAGTTACTTCAGGTACTATTTTT  350

seq1  AACCATGAAAAGTGACACCTAAGCACCTGAAAAAAATGTACTCACTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGAAAAGTGACACCTAAGCACCTGAAAAAAATGTACTCACTGATA  400

seq1  AGTGGATATTAACCTAGAAACTTAGAATACCCAAGATATAAGATACAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGATATTAACCTAGAAACTTAGAATACCCAAGATATAAGATACAATT  450

seq1  TGCTAAACACATGAAACTCAAGAAGAACGACGACCAAAGTGTGAACACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAACACATGAAACTCAAGAAGAACGACGACCAAAGTGTGAACACTT  500

seq1  TGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAAACACCCATGGAAGGAATTACAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCCTTCTTAGAATTGGGAACAAAACACCCATGGAAGGAATTACAGAG  550

seq1  ACACAGTTTGGAGCTGAGACGAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTTTGGAGCTGAGACGAAAGGATGGACCATCTAGAGACTGCCATA  600

seq1  TCCGGGAATCCATCCCATAATCAGCCTCTGAACGCTGACACCATTGCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGGAATCCATCCCATAATCAGCCTCTGAACGCTGACACCATTGCATA  650

seq1  CACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATGTAGCTGTCTCTTGTCAG  700

seq1  AGTATGCTGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGCTGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTAT  750

seq1  TGGATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGG  800

seq1  AGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTGTAGGTGGAACAACAATATGAACTAACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAGGGGTCTGCAACCCTGTAGGTGGAACAACAATATGAACTAACC  850

seq1  AGTACCCCCTGGAGCTCGTGTCTCTAGC  878
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCCCCTGGAGCTCGTGTCTCTAGC  878

seq1: chr6_94456910_94458000
seq2: B6Ng01-288L18.g_71_1156 (reverse)

seq1  AACT-CATAAAAGAACTGCTTGAATCTTTAGGATGCTTTGTACTTTTTAA  49
      |||| |||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||||||
seq2  AACTCCATAAAAGAACTGCCTGAATC-TTAAGATGCTTTGTAC-TTTTAA  48

seq1  CTTTTTCTTTTTTTTAAAATGGCTTTAAACAGTGGTTGAATTATAAGAAC  99
      | ||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  C-TTTTCCTTTTTTTAAAATGGCTT--AACAGTGGTTGAATTATAAGAAC  95

seq1  AAATTAAGAGTGAGCTTTAATTTTGTTT--AAAAAATTAATTCATTAAAA  147
      ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||  |||
seq2  AAATTAAGAGTGAGC-TTAATTTTGTTTTAAAAAAATTAATTCAT--AAA  142

seq1  TTCATCTAAAAGGT-AAAAAAAAACCTGTACAAGTTGCAAATTAGTACAC  196
       ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATCATCTAAAAGGTAAAAAAAAAACCTGTACAAGTTGCAAATTAGTACA-  191

seq1  CTGATAAGCATCTTATTTTCTTATAAAATGCAAGTCCTTTGAGTATTGCA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAGCATCTTATTTTCTTATAAAATGCAAGTCCTTTGAGTATTGCA  241

seq1  ACAAAAATCATGGACTGGAAGATGTGAGATGTTTGTTTAAAGACTTCCTC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAATCATGGACTGGAAGATGTGAGATGTTTGTTTAAAGACTTCCTC  291

seq1  ATCGCTGGGGACACAGCTCAATGGTGGAATACTTGCTAGCATGGGCAGAT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCTGGGGACACAGCTCAATGGTGGAATACTTGCTAGCATGGGCAGAT  341

seq1  GGCCACAGCTCTGATCCAGCGTGGGAAAAAAGAAGATTCCTTTAGTATTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAGCTCTGATCCAGCGTGGGAAAAAAGAAGATTCCTTTAGTATTG  391

seq1  ATTTCAGTTCCCAATTTGAAGGATTTGGAGACTAGGGTATGAGTCATGCT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGTTCCCAATTTGAAGGATTTGGAGACTAGGGTATGAGTCATGCT  441

seq1  TTTAGGGTCACATGTCAAATAAATGGTAGCTTTCTTAGTGGAACCTAGGT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGGTCACATGTCAAATAAATGGTAGCTTTCTTAGTGGAACCTAGGT  491

seq1  TCTCTAACATGGAATAAGAAGAATGGAAGTGATTAATATTTGGCCTGTGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAACATGGAATAAGAAGAATGGAAGTGATTAATATTTGGCCTGTGG  541

seq1  CTTGAGGCTGAGAGCTCACCTTTCTCTTCTCTCTTCCCCACCTTTTGCAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGCTGAGAGCTCACCTTTCTCTTCTCTCTTCCCCACCTTTTGCAC  591

seq1  AGGCTGGAGGGGTAGCAGGCGTCTCTGTGGACTTGATATTATTTCCTCTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGAGGGGTAGCAGGCGTCTCTGTGGACTTGATATTATTTCCTCTG  641

seq1  GACACCATTAAGACAAGGCTGCAGAGTCCCCAGGGATTTAACAAGGCTGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCATTAAGACAAGGCTGCAGAGTCCCCAGGGATTTAACAAGGCTGG  691

seq1  TGGATTTCGTGGGATATATGCTGGGGTCCCTTCTGCAGCTGTTGGATCCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTCGTGGGATATATGCTGGGGTCCCTTCTGCAGCTGTTGGATCCT  741

seq1  TTCCTAACGGTAAGGGTGTTGATATTCCCAGTGCTCAGAAGCCAAGGTAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAACGGTAAGGGTGTTGATATTCCCAGTGCTCAGAAGCCAAGGTAA  791

seq1  TGTTTTCAGAATAATATGAGTATTTTAACACGCAAAATTCATTAAGCCTT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTCAGAATAATATGAGTATTTTAACACGCAAAATTCATTAAGCCTT  841

seq1  ACAGCTGGTTTTCTGAATTTAATTTTTTGTTCTTTGATTATATTTAAACA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGGTTTTCTGAATTTAATTTTTTGTTCTTTGATTATATTTAAACA  891

seq1  GAATGTAGAGTGCTGTAGAATCCATTCCAGGACTCAGGATGTTTATACCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTAGAGTGCTGTAGAATCCATTCCAGGACTCAGGATGTTTATACCA  941

seq1  AAACCAAACAAGCAAACAGCAACATAAAAGATAATCTTTTAAAATTGATT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAACAAGCAAACAGCAACATAAAAGATAATCTTTTAAAATTGATT  991

seq1  TTGCTGTTACAGCCCCCAGTTAGAATTTTTAAACTGTCACCTTTTCAGCA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTTACAGCCCCCAGTTAGAATTTTTAAACTGTCACCTTTTCAGCA  1041

seq1  TGGTTCCTTAGTGCAGTGGCTCTCAGCCTTGTGGCACTGGAATTC  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCCTTAGTGCAGTGGCTCTCAGCCTTGTGGCACTGGAATTC  1086