BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289L06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 125,333,177 - 125,493,834
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCd9
Upstream genePex5, Clstn3, C1rl, C1r, C1s, LOC667277, EG317677, Mboat5, Emg1, Phb2, Ptpn6, Grcc10, Atn1, Eno2, Lrrc23, Spsb2, Tpi1, Usp5, Cdca3, Gnb3, Leprel2, Gpr162, Cd4, Lag3, Ptms, Mlf2, EG667343, Cops7a, C530028O21Rik, Zfp384, Ing4, Acrbp, Gpr92, Chd4, Nol1, A930037G23Rik, Gapdh, Ncapd2, Mrpl51, Vamp1, Tapbpl, Cd27, 4930417O13Rik, Tuba3a, Ltbr, Scnn1a, Tnfrsf1a, Plekhg6
Downstream geneVwf, Tmem16b, Ntf3, LOC100043565, LOC667427, LOC100043567, Kcna5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289L06.bB6Ng01-289L06.g
ACCGA087030GA087031
length1,1731,006
definitionB6Ng01-289L06.b B6Ng01-289L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,492,659 - 125,493,834)(125,333,177 - 125,334,177)
sequence
gaattcaaacagcctccagctacaattcagtagctgacaattcagtcacc
ctcagtgggtgacctagggatgcactgaagtttaacactggatagacgag
aagagattgggttcttggaacacatagcaagagcaagccacatcaatgct
gatacggagtccataactttatggtagctaggcaaagagaaggggtaaca
cagagaaagagggagaccagggaaggtggaatttgacacagaaacagata
ccaaacagaaaggcagtctgagataggcatggtggctcacacctgtaatc
ccagcgactcagaaggattgcaactttgagaccagtctgggctacatagt
agtcctaggccagcctgggcaaaagaatgagactctgcctcaaaaccaca
cagcagagaggagcctgataggagctgctgtaaagaactcctcagcattt
atcaactgaaactgaggcactgtggtgggcagctgtcttgagacagtcat
gaccaggtttgcttctttgggagactaagtccctccattcttctttaccc
tggaaagctcactgacagatacatatgatgaacttggagtcagaggcaca
gaaccaagtgcagtttgcaacagtggctgtagccgttagccaaaagggga
ttgagagaggtgggggagccgtaccagtgctgcagagactggacttcaag
aatccatacccatgagtggtaggaggtgtgggcttccacgtggatcctgt
ttgttgtcctccgtgtgggtcagcagagaggctgctcagttcagtactaa
cttgaactccagggtccaccaagctaacagatccagaggaaaccgcaatt
gacatagccctggttccaagctacccgctagtaaacaggcaaacaatgct
cttgttgctctagtccccgaccaccttttactaaccaactgggaaaaccc
aaggacagcagcagacgtgctcagcagccaccgctgccggtgacccacat
ctccaacaggactcttacacacaggaaaaatatcccaagattcacacaag
actacaagaaattcagtcctctgcacccgaagaactcctcagcacagcca
gccagatccaaggagagaaatgtagcaagcacatctcgaaccgggcggtg
attcctgataaactcataaaagg
gaattccagacctgtggagagacagacagatagataaaacattgtaaagg
tagatatagacgtgatggatgggaaaccacaagcacatgttagagggtcc
agttcttacatagggcaggcaaggaaggtttcctggaggaattgagctct
gcactgagaccatgctgctgagcgcaaagggttctgctgctggggctgca
gagaggacacttctggaacaaagaatgggcaaagagctgtgatgtgggag
agcttgcttgtaaagatgccggagctaagtgtggtagagcacacttgtcc
ctgcttcctaggaggcagaagtgagtgttcacaggcggcttgtgcagccc
agtgagacccgggcagaaaaaccagcaaacgaagctaaggagatgtctgg
gaagacaaaggcctgagtttgatcctcaggacccacttaatggaaggaaa
gactctgacttcctcacacacataaatataattagaaaaaacatttaagg
ggctggagagatggctcagaggttaagagcacctgactgctcttccaaag
gtcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccatccgta
atgagacctgactccctcttctggggtatctgaagacagctacggtgtac
ttacatagaataaataaataaataaataaataaataaataaataaataaa
tctttaaaaaaaaaaaaaaaaacatttaaaaagaagcaagcaaccagggc
cagggcatggctgagccagttgattcagtgcttgcctgacatgcatgggg
cgccgagcttgacgccctgtaccagcataaactggcggcatgcgtctctt
actctggcactggggaggtggaggcataaaggaccagaggttcagtatta
ttcccgggctatacaggacttgtatacaaacaacagaaatacagaaaagg
cagggttttcaacgacctccaagaatcttgctttgatgggctcccttagg
actttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_125492659_125493834
seq2: B6Ng01-289L06.b_45_1217 (reverse)

seq1  CCTTTTATG----TTTTAGGAATCACCGCCCTGTCGGAGATGTGGCTGCC  46
      |||||||||    | | |||||||||||||| ||  ||||||||  ||| 
seq2  CCTTTTATGAGTTTATCAGGAATCACCGCCCGGTTCGAGATGTGCTTGC-  49

seq1  TAACATATCTCTCCTTGGATCT-GCTTGCTGTGCTGAGAGTTTCCTTTGG  95
        |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||||   |||  || |
seq2  -TACATTTCTCTCCTTGGATCTGGCTGGCTGTGCTGAGGAGTTC--TTCG  96

seq1  GGTGCAGAGGACTTGAATTTCTTGTAGTCTTGTTGGTTGATTCTTGGGAT  145
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||    ||| |||||||||
seq2  GGTGCAGAGGAC-TGAATTTCTTGTAGTCTTGT---GTGAATCTTGGGAT  142

seq1  A-TTTTCCTGTGTTGTTAAGAGTCCTGTTGGAGATGTGGGTCACCGGCAG  194
      | |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCCTGTGT--GTAAGAGTCCTGTTGGAGATGTGGGTCACCGGCAG  190

seq1  CGGTGGCTGCTGAGCACGTCTGCTGCTGTCCTTGGGTTTT-CCAGTTGGT  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CGGTGGCTGCTGAGCACGTCTGCTGCTGTCCTTGGGTTTTCCCAGTTGGT  240

seq1  TAGTAAAAGGTGGTCGGGGACTAGAGCAACAAGAGCATTGTTTGCCTGTT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAAGGTGGTCGGGGACTAGAGCAACAAGAGCATTGTTTGCCTGTT  290

seq1  TACTAGCGGGTAGCTTGGAACCAGGGCTATGTCAATTGCGGTTTCCTCTG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGCGGGTAGCTTGGAACCAGGGCTATGTCAATTGCGGTTTCCTCTG  340

seq1  GATCTGTTAGCTTGGTGGACCCTGGAGTTCAAGTTAGTACTGAACTGAGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTTAGCTTGGTGGACCCTGGAGTTCAAGTTAGTACTGAACTGAGC  390

seq1  AGCCTCTCTGCTGACCCACACGGAGGACAACAAACAGGATCCACGTGGAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTCTGCTGACCCACACGGAGGACAACAAACAGGATCCACGTGGAA  440

seq1  GCCCACACCTCCTACCACTCATGGGTATGGATTCTTGAAGTCCAGTCTCT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACACCTCCTACCACTCATGGGTATGGATTCTTGAAGTCCAGTCTCT  490

seq1  GCAGCACTGGTACGGCTCCCCCACCTCTCTCAATCCCCTTTTGGCTAACG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCACTGGTACGGCTCCCCCACCTCTCTCAATCCCCTTTTGGCTAACG  540

seq1  GCTACAGCCACTGTTGCAAACTGCACTTGGTTCTGTGCCTCTGACTCCAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGCCACTGTTGCAAACTGCACTTGGTTCTGTGCCTCTGACTCCAA  590

seq1  GTTCATCATATGTATCTGTCAGTGAGCTTTCCAGGGTAAAGAAGAATGGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATCATATGTATCTGTCAGTGAGCTTTCCAGGGTAAAGAAGAATGGA  640

seq1  GGGACTTAGTCTCCCAAAGAAGCAAACCTGGTCATGACTGTCTCAAGACA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTAGTCTCCCAAAGAAGCAAACCTGGTCATGACTGTCTCAAGACA  690

seq1  GCTGCCCACCACAGTGCCTCAGTTTCAGTTGATAAATGCTGAGGAGTTCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCCACCACAGTGCCTCAGTTTCAGTTGATAAATGCTGAGGAGTTCT  740

seq1  TTACAGCAGCTCCTATCAGGCTCCTCTCTGCTGTGTGGTTTTGAGGCAGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCAGCTCCTATCAGGCTCCTCTCTGCTGTGTGGTTTTGAGGCAGA  790

seq1  GTCTCATTCTTTTGCCCAGGCTGGCCTAGGACTACTATGTAGCCCAGACT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCATTCTTTTGCCCAGGCTGGCCTAGGACTACTATGTAGCCCAGACT  840

seq1  GGTCTCAAAGTTGCAATCCTTCTGAGTCGCTGGGATTACAGGTGTGAGCC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCAAAGTTGCAATCCTTCTGAGTCGCTGGGATTACAGGTGTGAGCC  890

seq1  ACCATGCCTATCTCAGACTGCCTTTCTGTTTGGTATCTGTTTCTGTGTCA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCCTATCTCAGACTGCCTTTCTGTTTGGTATCTGTTTCTGTGTCA  940

seq1  AATTCCACCTTCCCTGGTCTCCCTCTTTCTCTGTGTTACCCCTTCTCTTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCACCTTCCCTGGTCTCCCTCTTTCTCTGTGTTACCCCTTCTCTTT  990

seq1  GCCTAGCTACCATAAAGTTATGGACTCCGTATCAGCATTGATGTGGCTTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGCTACCATAAAGTTATGGACTCCGTATCAGCATTGATGTGGCTTG  1040

seq1  CTCTTGCTATGTGTTCCAAGAACCCAATCTCTTCTCGTCTATCCAGTGTT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCTATGTGTTCCAAGAACCCAATCTCTTCTCGTCTATCCAGTGTT  1090

seq1  AAACTTCAGTGCATCCCTAGGTCACCCACTGAGGGTGACTGAATTGTCAG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCAGTGCATCCCTAGGTCACCCACTGAGGGTGACTGAATTGTCAG  1140

seq1  CTACTGAATTGTAGCTGGAGGCTGTTTGAATTC  1176
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGAATTGTAGCTGGAGGCTGTTTGAATTC  1173

seq1: chr6_125333177_125334177
seq2: B6Ng01-289L06.g_65_1070

seq1  GAATTCCAGACCTGTGGAGAGACAGACAGATAGATAAAACATTGTAAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACCTGTGGAGAGACAGACAGATAGATAAAACATTGTAAAGG  50

seq1  TAGATATAGACGTGATGGATGGGAAACCACAAGCACATGTTAGAGGGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATAGACGTGATGGATGGGAAACCACAAGCACATGTTAGAGGGTCC  100

seq1  AGTTCTTACATAGGGCAGGCAAGGAAGGTTTCCTGGAGGAATTGAGCTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTACATAGGGCAGGCAAGGAAGGTTTCCTGGAGGAATTGAGCTCT  150

seq1  GCACTGAGACCATGCTGCTGAGCGCAAAGGGTTCTGCTGCTGGGGCTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAGACCATGCTGCTGAGCGCAAAGGGTTCTGCTGCTGGGGCTGCA  200

seq1  GAGAGGACACTTCTGGAACAAAGAATGGGCAAAGAGCTGTGATGTGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGACACTTCTGGAACAAAGAATGGGCAAAGAGCTGTGATGTGGGAG  250

seq1  AGCTTGCTTGTAAAGATGCCGGAGCTAAGTGTGGTAGAGCACACTTGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGCTTGTAAAGATGCCGGAGCTAAGTGTGGTAGAGCACACTTGTCC  300

seq1  CTGCTTCCTAGGAGGCAGAAGTGAGTGTTCACAGGCGGCTTGTGCAGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCTAGGAGGCAGAAGTGAGTGTTCACAGGCGGCTTGTGCAGCCC  350

seq1  AGTGAGACCCGGGCAGAAAAACCAGCAAACGAAGCTAAGGAGATGTCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGACCCGGGCAGAAAAACCAGCAAACGAAGCTAAGGAGATGTCTGG  400

seq1  GAAGACAAAGGCCTGAGTTTGATCCTCAGGACCCACTTAATGGAAGGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAAAGGCCTGAGTTTGATCCTCAGGACCCACTTAATGGAAGGAAA  450

seq1  GACTCTGACTTCCTCACACACATAAATATAATTAGAAAAAACATTTAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTGACTTCCTCACACACATAAATATAATTAGAAAAAACATTTAAGG  500

seq1  GGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCACCTGACTGCTCTTCCAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCACCTGACTGCTCTTCCAAAG  550

seq1  GTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTA  600

seq1  ATGAGACCTGACTCCCTCTTCTGGGGTATCTGAAGACAGCTACGGTGTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGACCTGACTCCCTCTTCTGGGGTATCTGAAGACAGCTACGGTGTAC  650

seq1  TTACATAGAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATAGAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAA  700

seq1  TCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAACATTTAAAAAGAAGCAAGCAACCAGGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAACATTTAAAAAGAAGCAAGCAACCAGGGC  750

seq1  CAGGGCATGGCTGAGCCAGTTGATTCAGTGCTTGCCTGACATGCATGGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCATGGCTGAGCCAGTTGATTCAGTGCTTGCCTGACATGCATGGGG  800

seq1  CGCCGAGCTTGACGCCCTGTACCAGCATAAACTGGCGGCATGCGTCTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCGAGCTTGACGCCCTGTACCAGCATAAACTGGCGGCATGCGTCTCTT  850

seq1  ACTCTGGCACTGGGGAGGTGGAGGCAT-AAGGACCAGAGGTTCAGTATTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGCACTGGGGAGGTGGAGGCATAAAGGACCAGAGGTTCAGTATTA  900

seq1  TT-CCGGGCTATACAGGACTTGTATACAAACAAACAGAAATACAGAAAAG  948
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGGGCTATACAGGACTTGTATACAAAC-AACAGAAATACAGAAAAG  949

seq1  GCAGGTTTTCCAACGA-CTCC-AGAATC-TGCTTTGAT-GGCTCCCTAGG  994
      ||||| ||| |||||| |||| |||||| ||||||||| ||||||||  |
seq2  GCAGGGTTTTCAACGACCTCCAAGAATCTTGCTTTGATGGGCTCCCTTAG  999

seq1  GACTTTC  1001
      |||||||
seq2  GACTTTC  1006