BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290J16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 79,868,582 - 80,009,914
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043392, Lrrtm4
Upstream geneLOC384440, LOC621815
Downstream geneLOC100043390
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290J16.bB6Ng01-290J16.g
ACCGA087706GA087707
length3871,109
definitionB6Ng01-290J16.b B6Ng01-290J16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,009,522 - 80,009,914)(79,868,582 - 79,869,692)
sequence
agctgctactgcttcctcagcacacgtgttagaagcatgaaccaccactg
ttatggtcagttctagaacttgaattctcatgcttgcatggcaagtattt
tactgactttgatttgttcttaaagaagtcaacctgaatgtactaaacaa
tgctaaaaatttcaactcttatactcctttaaaacagggccgaaataaat
tcattatatgttacttattcatttatttgtatcttgttttcttcaaacat
taccttacgtagccctggttggtcttgaacttttctatgactgaggatta
tcttgaattcctggtcccccccatcattccctctgcaattctaaggttac
aattctgcatcgccctctacacagctgagattgtgtg

gaattcccatcttgcttctcatctcttatcatctgggatctgggattatg
ctactgcatacatctctatgtgggcttgaggattggagttcaggtccttg
tgttctcatgaaaatcacacaacacagtgaccaatctacccaaccccaag
agaaatttatattagaaggaaaagtaaggcttatacctagtttatctaga
tatccatgcaatttgatttaaggctatgtgtaggagaaatcaatacataa
aggagtagaagaccaggtaactttgaagattactccaacttacattctgg
gaagagaaaaaaatctcaacatattgtgtagaaaaactgaccagatccct
gtccttgtagcctgtgataaagagatacactggcattcatgcacagctac
tcttgggtgtgaagactactgttctccaagcctaagattcggccaaaatc
cctttcctggtgtgacggctcatatagtttgtcaactagactgggtctgg
aatcaattaaaaggacatatacttgggattccagtgagggactttcttga
tgacattaatgaagcaggtagatccatcctaaatgtatattgtaccttct
ggtataagcactgataaaaggacatggaagaagaaaactgtttttgtttg
tttgtttgtttgtttgcctgtcttcactctgggaaactcatctatcttgc
tatggccacttcttattccttgattgatattatttcctctttctttaaaa
tgctaagaactgaatactcacagctctcaaggagccctcacctttcagtg
ccagattggtactgctgaagtagccattcttgtggattttgcaattccta
gattgtgcacctgtcccttgtaagatggccaatgttgaatgtcccaaacc
ataagcaaacccaataaatctctcttcagtttattctcatcctatagaga
actttgggctgatttcccagtctctagagaaaaagaaatcattggttttt
attgataataataaattatcaacactaaaacacatagagctgtatgaaat
gtgttgtcctcaaaacaaagctccatagaagtactacctgtaactgataa
caaagcaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_80009522_80009914
seq2: B6Ng01-290J16.b_48_440 (reverse)

seq1  CACACAATCTCAGCTGTGTAGAGGGCGATGCAGAATTGTAACCTTAGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAATCTCAGCTGTGTAGAGGGCGATGCAGAATTGTAACCTTAGAAT  50

seq1  TGCAGAGGGAATGATGGGGGGGACCAGGAATTCAAGATAATCCTCAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGGGAATGATGGGGGGGACCAGGAATTCAAGATAATCCTCAGTCA  100

seq1  TAGAAAAGTTCAAGACCAACCAGGGCTACGTAAGGTAATGTTTGAAGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAGTTCAAGACCAACCAGGGCTACGTAAGGTAATGTTTGAAGAAA  150

seq1  ACAAGATACAAATAAATGAATAAGTAACATATAATGAATTTATTTCGGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATACAAATAAATGAATAAGTAACATATAATGAATTTATTTCGGCC  200

seq1  CTGTTTTAAAGGAGTATAAGAGTTGAAATTTTTAGCATTGTTTAGTACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTAAAGGAGTATAAGAGTTGAAATTTTTAGCATTGTTTAGTACAT  250

seq1  TCAGGTTGACTTCTTTAAGAACAAATCAAAGTCAGTAAAATACTTGCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTGACTTCTTTAAGAACAAATCAAAGTCAGTAAAATACTTGCCAT  300

seq1  GCAAGCATGAGAATTCAAGTTCTAGAACTGACCATAACAGTGGTGGTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCATGAGAATTCAAGTTCTAGAACTGACCATAACAGTGGTGGTTCA  350

seq1  TGCTTCTAACACGTGTGCTGAGGAAGCAGTAGCAGCTGAATTC  393
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTAACACGTGTGCTGAGGAAGCAGTAGCAGCTGAATTC  393


seq1: chr6_79868582_79869692
seq2: B6Ng01-290J16.g_65_1173

seq1  GAATTCCCATCTTGCTTCTCATCTCTTATCATCTGGGATCTGGGATTATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATCTTGCTTCTCATCTCTTATCATCTGGGATCTGGGATTATG  50

seq1  CTACTGCATACATCTCTATGTGGGCTTGAGGATTGGAGTTCAGGTCCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGCATACATCTCTATGTGGGCTTGAGGATTGGAGTTCAGGTCCTTG  100

seq1  TGTTCTCATGAAAATCACACAACACAGTGACCAATCTACCCAACCCCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCATGAAAATCACACAACACAGTGACCAATCTACCCAACCCCAAG  150

seq1  AGAAATTTATATTAGAAGGAAAAGTAAGGCTTATACCTAGTTTATCTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTTATATTAGAAGGAAAAGTAAGGCTTATACCTAGTTTATCTAGA  200

seq1  TATCCATGCAATTTGATTTAAGGCTATGTGTAGGAGAAATCAATACATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATGCAATTTGATTTAAGGCTATGTGTAGGAGAAATCAATACATAA  250

seq1  AGGAGTAGAAGACCAGGTAACTTTGAAGATTACTCCAACTTACATTCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTAGAAGACCAGGTAACTTTGAAGATTACTCCAACTTACATTCTGG  300

seq1  GAAGAGAAAAAAATCTCAACATATTGTGTAGAAAAACTGACCAGATCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGAAAAAAATCTCAACATATTGTGTAGAAAAACTGACCAGATCCCT  350

seq1  GTCCTTGTAGCCTGTGATAAAGAGATACACTGGCATTCATGCACAGCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTGTAGCCTGTGATAAAGAGATACACTGGCATTCATGCACAGCTAC  400

seq1  TCTTGGGTGTGAAGACTACTGTTCTCCAAGCCTAAGATTCGGCCAAAATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGGTGTGAAGACTACTGTTCTCCAAGCCTAAGATTCGGCCAAAATC  450

seq1  CCTTTCCTGGTGTGACGGCTCATATAGTTTGTCAACTAGACTGGGTCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCTGGTGTGACGGCTCATATAGTTTGTCAACTAGACTGGGTCTGG  500

seq1  AATCAATTAAAAGGACATATACTTGGGATTCCAGTGAGGGACTTTCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAATTAAAAGGACATATACTTGGGATTCCAGTGAGGGACTTTCTTGA  550

seq1  TGACATTAATGAAGCAGGTAGATCCATCCTAAATGTATATTGTACCTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTAATGAAGCAGGTAGATCCATCCTAAATGTATATTGTACCTTCT  600

seq1  GGTATAAGCACTGATAAAAGGACATGGAAGAAGAAAACTGTTTTTGTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATAAGCACTGATAAAAGGACATGGAAGAAGAAAACTGTTTTTGTTTG  650

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTGCCTGTCTTCACTCTGGGAAACTCATCTATCTTGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTGTTTGCCTGTCTTCACTCTGGGAAACTCATCTATCTTGC  700

seq1  TATGGCCACTTCTTATTCCTTGATTGATATTATTTCCTCTTTCTTTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCCACTTCTTATTCCTTGATTGATATTATTTCCTCTTTCTTTAAAA  750

seq1  TGCTAAGAACTGAATACTCACAGCTCTCAAGGAGCCCTCACCTTTCAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGAACTGAATACTCACAGCTCTCAAGGAGCCCTCACCTTTCAGTG  800

seq1  CCAGATTGGTACTGCTGAAGTAGCCATTCTTGTGGATTTTGCAATTCCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTGGTACTGCTGAAGTAGCCATTCTTGTGGATTTTGCAATTCCTA  850

seq1  GATTGTGCACCTGTCCCTTGTAAGATGGCCAATGTTGAATGTCCCAAACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTGCACCTGTCCCTTGTAAGATGGCCAATGTTGAATGTCCCAAACC  900

seq1  ATAAGCAAACCCAATAAATCTCTCTTCAGTTTATTCTCATCCTATAGAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAAACCCAATAAATCTCTCTTCAGTTTATTCTCATCCTATAGAGA  950

seq1  ACTTT-GGCTGATTTCCCAGTCTCTAGAG-AAAAGAAATCATTGG-TTTT  997
      ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  ACTTTGGGCTGATTTCCCAGTCTCTAGAGAAAAAGAAATCATTGGTTTTT  1000

seq1  ATTGAATAAATAAATAAAATTATCAACACTAAAACACATAGAGCTGTATG  1047
      |||||   |||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGA--TAATAA--TAAATTATCAACACTAAAACACATAGAGCTGTATG  1046

seq1  AAATGTGTTGTCCTCAAAACAAAGCTCCATAG-AGTACTACCCTGTAACT  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  AAATGTGTTGTCCTCAAAACAAAGCTCCATAGAAGTACTA-CCTGTAACT  1095

seq1  GTTAACAAAAGCAAG  1111
      | |||| ||||||||
seq2  GATAAC-AAAGCAAG  1109


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |