BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292L02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 90,677,206 - 90,792,469
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneV1rb9, V1r-ps2, V1r-ps3, V1ra6, V1ra5, V1rb4, V1r-ps4, V1ra2, V1rb8, V1ra4, V1ra3, V1rb2, V1rb1, V1ra1, LOC625050, V1ra7, V1ra8, V1rb3, LOC100043191, V1r-ps5, V1ra9, BC048671, Chst13, Uroc1, Zxdc, Ccdc37, Klf15, Aldh1l1, Slc41a3, Iqsec1
Downstream geneLOC100043646, EG665685, Nup210, Hdac11, Fbln2, LOC665716, Wnt7a, LOC100043659, LOC625420, Chchd4, Tmem43, Xpc, Lsm3, Slc6a6, Grip2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292L02.bB6Ng01-292L02.g
ACCGA089264GA089265
length1,1961,137
definitionB6Ng01-292L02.b B6Ng01-292L02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,791,272 - 90,792,469)(90,677,206 - 90,678,338)
sequence
gaattcagttaacattacataatacatgattattgcaaaaatcaattaca
tttctgtgtaacaattaaaatttttgaaatttgagcattgagatggctca
gcaggtaaaagtcctttcttcaggatctcagagacctgagttaactctgc
aacccatgaaaagatggaaagaaagaactgactacacaaaactgtccttt
gacctccacatgtatagtgtggcacatgtacttccccaccccagacacac
atacacaacatgcactctcagactcatgaaataataaatggaaaggattt
agccctttggaacccaaaattaaaaagcacatgtgagcttggccatgctg
cacactatatccgagcacccaggaagctaaagtagaagaattgcttgaac
tcaaatgttggagaccagtctgagcactgagccatagtgaggcattgtct
caaacaacaacaacaacaagcaacaaacaacataaacaacaccatttata
attgcttctgagaaaacaacatacttatacatagatctagtgggaaatgc
tcagtacactgaagacatgttttagctttgaatgtgtggcaatgcagata
aaaatactgaaaatgagttgaggttggagagatggctcagtgatagaata
gttgttgctcttgctgaaaacccaggattggtttccaatacctacagggt
ggcttatgactgtctgtaactgtggttccaagggatctaataccagtgac
atgggcaggcataccatgtacatagatggaatgcaacatggtatgagtgt
ggttatagttgcttttgatctcagaagaagcttctagaatctaggttcct
tctataacaagtaccagcatgtggtaagctgaagttccctacctcaacaa
ttcacagaggcaaggactgttttgtggaatctacagatgaaaggacctga
aaatgagtggctgttccaagacaacaacttcagaggcacaagaagatttg
aaggagactgctcaagttctttcctctggggtgccaggctcactgactgc
ctttagtgcttccccacaactttcaggttccaccaagtcttcagctgtca
tcacaccttcccagaatattgcagagaatggactttgggggttggatgac
gaagtactaggcctcatgttgggactgaagttagagaaaagtctct
gaattctccatgtcctctttatgctcaagacgtcaggcccagaagaacca
ggaaccaactctggacagtaacctccaaccactgactatgaggtggcagc
ctcatcagaacctggagctcaccacaaggatacgcctgggacgtaagact
tcagacctgctctcacccttcctagtgtctgcatctgatctcaggtagcc
tgcagaatctcctacacatacagagatgctgagactccaggccagcagct
gccaccgggggtggctctgagtcaaaatggcctggtgtggctgagctgca
cttggggcttcatcacagaccctggattactctggtctatgggaacttgg
tacagacagagtcaatgacctgtgattggctgagcactatctatctggct
gcgattcccaccatccctgttggtcccacattgaaacaactttcagctgt
cctttccctatcaagtactcttacatttttaatttttttcaatataggca
agtgatactcaaacttctgtcttaagctcttttttcatactgattttgcc
caggctagcctcaaactcacaacaatcctattgtggcaacctctcaggtg
ttaggattataggcttgtagcaccgtgcccatctttactgaggatctgca
aattgttcacgagggctatcaatacttaccataccaaaaattaggagaca
ttctttcttttagcataaagacaacaatgccattccattaaccaacatgg
cacataacctccagaaaattccactgagagaaagtgaggtgaaacagact
gacagcagctgttattaaaattatctgaactcttgggaaaatacttcaga
aacatggctggcaaggaatgtcctcagccttaacgatgtccatatggcct
tacccatgcctaggcccccactgacacttaggtcccaaccttgtcttaaa
ggggtgagagtactctgggtctaagggcagaatcagtggagaatcccccc
actcatctagcccaccccccaccccacagcacaatcctgagctctgacat
gcagttgcatgagcccctgcaggtgccttagaaccttagatcagccaaat
gtgtgctcagcttgcagagccatgccttggggtgctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_90791272_90792469
seq2: B6Ng01-292L02.b_44_1239 (reverse)

seq1  AGAGAC-TTTCTCTGACTTCAG--CCCACATGAGGGCACTTTAGTACTCT  47
      |||||| ||||||| |||||||  || |||||||| |    ||||||| |
seq2  AGAGACTTTTCTCTAACTTCAGTCCCAACATGAGGCC----TAGTACT-T  45

seq1  CTGTCACTCACAACCCCATA-TTCATTCTCTGCAATA-TCTGGG-AGGTG  94
      | |||| ||  | ||||| | | |||||||||||||| |||||| |||||
seq2  C-GTCA-TCCAACCCCCAAAGTCCATTCTCTGCAATATTCTGGGAAGGTG  93

seq1  TGATGACAGGCTG-AGACTTGGGTGGAACCTG-AAGGTGTGGGGAAAGCC  142
      |||||||| |||| |||||| ||||||||||| ||| |||||||||   |
seq2  TGATGACA-GCTGAAGACTT-GGTGGAACCTGAAAGTTGTGGGGAA--GC  139

seq1  ACTTAAAGGCAGTCAGTGGAGCCTGGCACCCCAGAGGAAAGACTTGGAGC  192
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | ||||
seq2  AC-TAAAGGCAGTCAGT-GAGCCTGGCACCCCAGAGGAAAGAACTTGAGC  187

seq1  AGTCTCCTTCAAATCTCCTTGTGCCTCTGAAGTTG-TGTCTTGGAACAGC  241
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AGTCTCCTTCAAATCTTCTTGTGCCTCTGAAGTTGTTGTCTTGGAACAGC  237

seq1  CACTCATTTTCAGGTCC-TTCATCTGTAGATTCCACAAAACAGTCCCTGC  290
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACTCATTTTCAGGTCCTTTCATCTGTAGATTCCACAAAACAGTCCTTGC  287

seq1  CTCTGTGAATTG-TGAGGTAGGGAACTTCAGCTTACCACATGCTGGTACT  339
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGAATTGTTGAGGTAGGGAACTTCAGCTTACCACATGCTGGTACT  337

seq1  TGTTATAGAAGGAACCTAGATTCTAGAAGCTTCTTCTGAGATCAAAAGCA  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATAGAAGGAACCTAGATTCTAGAAGCTTCTTCTGAGATCAAAAGCA  387

seq1  ACTATAACCACACTCATACCATGTTGCATTCCATCTATGTACATGGTATG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAACCACACTCATACCATGTTGCATTCCATCTATGTACATGGTATG  437

seq1  CCTGCCCATGTCACTGGTATTAGATCCCTTGGAACCACAGTTACAGACAG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCATGTCACTGGTATTAGATCCCTTGGAACCACAGTTACAGACAG  487

seq1  TCATAAGCCACCCTGTAGGTATTGGAAACCAATCCTGGGTTTTCAGCAAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAGCCACCCTGTAGGTATTGGAAACCAATCCTGGGTTTTCAGCAAG  537

seq1  AGCAACAACTATTCTATCACTGAGCCATCTCTCCAACCTCAACTCATTTT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACAACTATTCTATCACTGAGCCATCTCTCCAACCTCAACTCATTTT  587

seq1  CAGTATTTTTATCTGCATTGCCACACATTCAAAGCTAAAACATGTCTTCA  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTTTTATCTGCATTGCCACACATTCAAAGCTAAAACATGTCTTCA  637

seq1  GTGTACTGAGCATTTCCCACTAGATCTATGTATAAGTATGTTGTTTTCTC  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACTGAGCATTTCCCACTAGATCTATGTATAAGTATGTTGTTTTCTC  687

seq1  AGAAGCAATTATAAATGGTGTTGTTTATGTTGTTTGTTGCTTGTTGTTGT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAATTATAAATGGTGTTGTTTATGTTGTTTGTTGCTTGTTGTTGT  737

seq1  TGTTGTTTGAGACAATGCCTCACTATGGCTCAGTGCTCAGACTGGTCTCC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTGAGACAATGCCTCACTATGGCTCAGTGCTCAGACTGGTCTCC  787

seq1  AACATTTGAGTTCAAGCAATTCTTCTACTTTAGCTTCCTGGGTGCTCGGA  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTGAGTTCAAGCAATTCTTCTACTTTAGCTTCCTGGGTGCTCGGA  837

seq1  TATAGTGTGCAGCATGGCCAAGCTCACATGTGCTTTTTAATTTTGGGTTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTGTGCAGCATGGCCAAGCTCACATGTGCTTTTTAATTTTGGGTTC  887

seq1  CAAAGGGCTAAATCCTTTCCATTTATTATTTCATGAGTCTGAGAGTGCAT  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGGCTAAATCCTTTCCATTTATTATTTCATGAGTCTGAGAGTGCAT  937

seq1  GTTGTGTATGTGTGTCTGGGGTGGGGAAGTACATGTGCCACACTATACAT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGTATGTGTGTCTGGGGTGGGGAAGTACATGTGCCACACTATACAT  987

seq1  GTGGAGGTCAAAGGACAGTTTTGTGTAGTCAGTTCTTTCTTTCCATCTTT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGTCAAAGGACAGTTTTGTGTAGTCAGTTCTTTCTTTCCATCTTT  1037

seq1  TCATGGGTTGCAGAGTTAACTCAGGTCTCTGAGATCCTGAAGAAAGGACT  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGTTGCAGAGTTAACTCAGGTCTCTGAGATCCTGAAGAAAGGACT  1087

seq1  TTTACCTGCTGAGCCATCTCAATGCTCAAATTTCAAAAATTTTAATTGTT  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCTGCTGAGCCATCTCAATGCTCAAATTTCAAAAATTTTAATTGTT  1137

seq1  ACACAGAAATGTAATTGATTTTTGCAATAATCATGTATTATGTAATGTTA  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAAATGTAATTGATTTTTGCAATAATCATGTATTATGTAATGTTA  1187

seq1  ACTGAATTC  1198
      |||||||||
seq2  ACTGAATTC  1196

seq1: chr6_90677206_90678338
seq2: B6Ng01-292L02.g_63_1199

seq1  GAATTCTCCATGTCCTCTTTATGCTCAAGACGTCAGGCCCAGAAGAACCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCATGTCCTCTTTATGCTCAAGACGTCAGGCCCAGAAGAACCA  50

seq1  GGAACCAACTCTGGACAGTAACCTCCAACCACTGACTATGAGGTGGCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAACTCTGGACAGTAACCTCCAACCACTGACTATGAGGTGGCAGC  100

seq1  CTCATCAGAACCTGGAGCTCACCACAAGGATACGCCTGGGACGTAAGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCAGAACCTGGAGCTCACCACAAGGATACGCCTGGGACGTAAGACT  150

seq1  TCAGACCTGCTCTCACCCTTCCTAGTGTCTGCATCTGATCTCAGGTAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCTGCTCTCACCCTTCCTAGTGTCTGCATCTGATCTCAGGTAGCC  200

seq1  TGCAGAATCTCCTACACATACAGAGATGCTGAGACTCCAGGCCAGCAGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAATCTCCTACACATACAGAGATGCTGAGACTCCAGGCCAGCAGCT  250

seq1  GCCACCGGGGGTGGCTCTGAGTCAAAATGGCCTGGTGTGGCTGAGCTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCGGGGGTGGCTCTGAGTCAAAATGGCCTGGTGTGGCTGAGCTGCA  300

seq1  CTTGGGGCTTCATCACAGACCCTGGATTACTCTGGTCTATGGGAACTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGGCTTCATCACAGACCCTGGATTACTCTGGTCTATGGGAACTTGG  350

seq1  TACAGACAGAGTCAATGACCTGTGATTGGCTGAGCACTATCTATCTGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGACAGAGTCAATGACCTGTGATTGGCTGAGCACTATCTATCTGGCT  400

seq1  GCGATTCCCACCATCCCTGTTGGTCCCACATTGAAACAACTTTCAGCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGATTCCCACCATCCCTGTTGGTCCCACATTGAAACAACTTTCAGCTGT  450

seq1  CCTTTCCCTATCAAGTACTCTTACATTTTTAATTTTTTTCAATATAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCCTATCAAGTACTCTTACATTTTTAATTTTTTTCAATATAGGCA  500

seq1  AGTGATACTCAAACTTCTGTCTTAAGCTCTTTTTTCATACTGATTTTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATACTCAAACTTCTGTCTTAAGCTCTTTTTTCATACTGATTTTGCC  550

seq1  CAGGCTAGCCTCAAACTCACAACAATCCTATTGTGGCAACCTCTCAGGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTAGCCTCAAACTCACAACAATCCTATTGTGGCAACCTCTCAGGTG  600

seq1  TTAGGATTATAGGCTTGTAGCACCGTGCCCATCTTTACTGAGGATCTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGATTATAGGCTTGTAGCACCGTGCCCATCTTTACTGAGGATCTGCA  650

seq1  AATTGTTCACGAGGGCTATCAATACTTACCATACCAAAAATTAGGAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTTCACGAGGGCTATCAATACTTACCATACCAAAAATTAGGAGACA  700

seq1  TTCTTTCTTTTAGCATAAAGACAACAATGCCATTCCATTAACCAACATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTTTTAGCATAAAGACAACAATGCCATTCCATTAACCAACATGG  750

seq1  CACATAACCTCCAGAAAATTCCACTGAGAGAAAGTGAGGTGAAACAGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAACCTCCAGAAAATTCCACTGAGAGAAAGTGAGGTGAAACAGACT  800

seq1  GACAGCAGCTGTTATTAAAATTATCTGAACTCTTGGGAAAATACTTCAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCAGCTGTTATTAAAATTATCTGAACTCTTGGGAAAATACTTCAGA  850

seq1  AACATGGCTGGCAAGGAATGTCCTCAGCCTTAACGATGTCCATATGGCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGCTGGCAAGGAATGTCCTCAGCCTTAACGATGTCCATATGGCCT  900

seq1  TACCCATGCCTAGGCCCCCACTGACACTTAGGT-CCAACCTTGTCTTAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TACCCATGCCTAGGCCCCCACTGACACTTAGGTCCCAACCTTGTCTTAAA  950

seq1  GGGGTGAGAGTACTCTGGGTCTAAAGGCAGAATCAGTGGAGAAT-CCCCC  998
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  GGGGTGAGAGTACTCTGGGTCTAAGGGCAGAATCAGTGGAGAATCCCCCC  1000

seq1  ACTCATCTAGCCCACCCC---ACCCACAGCACAAT-CTGAGGCTCTGACA  1044
      ||||||||||||||||||    ||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  ACTCATCTAGCCCACCCCCCACCCCACAGCACAATCCTGA-GCTCTGACA  1049

seq1  TGCAG-TGCATGAGCCCCTGCCAGGTGCCTTAGGAACCTAAGATTCAGCC  1093
      ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||||
seq2  TGCAGTTGCATGAGCCCCTG-CAGGTGCCTTA-GAACCTTAGA-TCAGCC  1096

seq1  CAA-ATGTGCTCAGCTTGCAAGAGGCAGTGC--TGGGGTGCTG  1133
       ||  |||||||||||||| |||| || |||  ||||||||||
seq2  AAATGTGTGCTCAGCTTGC-AGAGCCA-TGCCTTGGGGTGCTG  1137