BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-293J13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 4,357,763 - 4,495,634
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol1a2
Upstream geneAI987662, Ccdc132, Calcr, LOC100039942, Tfpi2, Gngt1, Gng11, 4930528H21Rik, Bet1, LOC667381, LOC100039965
Downstream geneCasd1, Sgce, Peg10, LOC100040018, Ppp1r9a, Pon1, Pon3, Pon2, Asb4, Pdk4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-293J13.bB6Ng01-293J13.g
ACCGA089938GA089939
length1,0931,119
definitionB6Ng01-293J13.b B6Ng01-293J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(4,494,539 - 4,495,634)(4,357,763 - 4,358,891)
sequence
gaattcagttgaggaggctacgttataagacatttgaagtttcggggaag
caattattgtcttttaaaaaacaggatcttgctatgcagcacaggatgct
gcaccccaccattctctctctctctctctctctctcagtttaggcatgca
ctaccagcatggttcttaaaaccttgtggccttttgtagattaaatgttt
gtttacagtcaaataactaagaaactcttactttatctaaaggtgtatgc
caatgactgatcttcgtttacttcattttgctcttctttgcagaggttct
agggataggttcattttgatgtgacaagagtccaagattggttgatcaag
cctgtctacagacggacaaaggtctcacttcagggaaatggaaggatgaa
agagaaatgtctactttagtttggatgaggccggttggctgcctcagact
ttaggtgatctgcgcgttctgcatgagacatagtaagatacatgctctgc
gtgaatgagcagcgctaactacatttaaaattcaagactctccctaaatt
ggagagccaggagttagaagttaaatgaaaaggctattgtgagcgactgg
aagagaagcggggtcgctttaagcagcatctctgtgcatgcctactggga
tacccagggttctgtgacatggatagagcagacatgataaagaagtgtgc
aaaagccagaatgtaaactctaccttcccctaatttcagaggctttccca
agacctccaggctaacaaacccatgttcccgaccacaaagtgcttgctca
ttttcttgagctgcagggataagtcagtcattacaggctgtctaagacca
gaccactgctgcagttactggcgccccctaacggtacagagctgttgaat
cccgggccagttcagctaaaaggttacattatcagagggccaaggagcgg
aactagcaagtcagccttagcttttgcctagtggtactgtagtaccaata
gagggctgtggaatcgttagatatatctatgtaaaagaagatgtacatta
aggtaattcatggagtttttgttgtttgttttgttgattgttt
gaattccatagcaccttaagagactacgaatgtgcttaaagacacaagtg
gacgaatgataggagatgaagagacaatatggatatttgactctctggcc
atagaacccaacgcatacaccatactactgtactaagttgtgatgctgaa
attggccagtagagggcataaaacacttccacctctacaattctccccca
gcatcctttactactactggatggagccctttcagatgctgagaaccagt
aagcaagagaactgcttgagacaagaacactctgtaaacagagttcattt
cctttgccttagtgatcttatgtggaaacaaaatagtcatttgattcacc
attggcatcatctttcagtggaattccaccacaaagggctttgctgacag
tgatagaagctggatgtaaaagaacagaggcgggataaaatttcaccaac
actaaattcttcctgtagtcaaactcacttccaagaaagagatgaaaatc
cctttctcttctctggccttcaccacgcagttttgtgcagtcctaggacc
ctaattctttcttatcttattagttttgcacagacctgtctctactgtca
tttcaaataaattttgaagcaagatataacttacgaaagtcaatgtagtt
cataaaactactagaattgagaagaatgcattgttactaacttacacgta
aacttttggtactgttagtactgggcttcatgatttacagttccaacgct
ctctcaattattcattattgcacagtttataagagggcacaaagttagca
ataacaattacattaatgatagagtgagttatttaaattaattttaatag
tcattatatttgtgatgacaattatggttatgactaactatgattacagc
agccattgtaatcataataagctcaggatggtttaattctaatgacttca
tcctaaagaaattagaatatagaactgtaagtgaatgcagctatgcttgt
tagatagaggatgtttttgaatattggttactggatataccttctccatg
aaatcatgacttttttttaataaacagatgtgatagatgctataattcaa
ggcaaggggggcaaggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_4494539_4495634
seq2: B6Ng01-293J13.b_49_1141 (reverse)

seq1  AAACAAAAAAC-AAACAAACAA-AAAACCTCCCATTGAATTACCTAATTG  48
      ||||||  ||| |||||||||| |||| ||||   |||||||||| | ||
seq2  AAACAATCAACAAAACAAACAACAAAAACTCC--ATGAATTACCTTAATG  48

seq1  TACATCTTCCTTTTACATAGATATATCTAAACGATTCCACAGCCCTCTAT  98
      |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTT-CTTTTACATAGATATATCT-AACGATTCCACAGCCCTCTAT  96

seq1  TGGTACTACAGTACCACTAGGCAAAAGCTAAGGCTGACTTGCTAGTTCCG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACTACAGTACCACTAGGCAAAAGCTAAGGCTGACTTGCTAGTTCCG  146

seq1  CTCCCTTGGCCCTCTGATAATGTAACCTTTTAGCTGAACTGGCCCGGGAT  198
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT-CCTTGGCCCTCTGATAATGTAACCTTTTAGCTGAACTGGCCCGGGAT  195

seq1  TCAACAGCTCTGTACCGTTAGGGGGCGCCAGTAACTGCAGCAGTGGTCTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGCTCTGTACCGTTAGGGGGCGCCAGTAACTGCAGCAGTGGTCTG  245

seq1  GTCTTAGACAGCCTGTAATGACTGACTTATCCCTGCAGCTCAAGAAAATG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTAGACAGCCTGTAATGACTGACTTATCCCTGCAGCTCAAGAAAATG  295

seq1  AGCAAGCACTTTGTGGTCGGGAACATGGGTTTGTTAGCCTGGAGGTCTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCACTTTGTGGTCGGGAACATGGGTTTGTTAGCCTGGAGGTCTTG  345

seq1  GGAAAGCCTCTGAAATTAGGGGAAGGTAGAGTTTACATTCTGGCTTTTGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCCTCTGAAATTAGGGGAAGGTAGAGTTTACATTCTGGCTTTTGC  395

seq1  ACACTTCTTTATCATGTCTGCTCTATCCATGTCACAGAACCCTGGGTATC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCTTTATCATGTCTGCTCTATCCATGTCACAGAACCCTGGGTATC  445

seq1  CCAGTAGGCATGCACAGAGATGCTGCTTAAAGCGACCCCGCTTCTCTTCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAGGCATGCACAGAGATGCTGCTTAAAGCGACCCCGCTTCTCTTCC  495

seq1  AGTCGCTCACAATAGCCTTTTCATTTAACTTCTAACTCCTGGCTCTCCAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGCTCACAATAGCCTTTTCATTTAACTTCTAACTCCTGGCTCTCCAA  545

seq1  TTTAGGGAGAGTCTTGAATTTTAAATGTAGTTAGCGCTGCTCATTCACGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGGAGAGTCTTGAATTTTAAATGTAGTTAGCGCTGCTCATTCACGC  595

seq1  AGAGCATGTATCTTACTATGTCTCATGCAGAACGCGCAGATCACCTAAAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCATGTATCTTACTATGTCTCATGCAGAACGCGCAGATCACCTAAAG  645

seq1  TCTGAGGCAGCCAACCGGCCTCATCCAAACTAAAGTAGACATTTCTCTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGGCAGCCAACCGGCCTCATCCAAACTAAAGTAGACATTTCTCTTT  695

seq1  CATCCTTCCATTTCCCTGAAGTGAGACCTTTGTCCGTCTGTAGACAGGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTCCATTTCCCTGAAGTGAGACCTTTGTCCGTCTGTAGACAGGCT  745

seq1  TGATCAACCAATCTTGGACTCTTGTCACATCAAAATGAACCTATCCCTAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAACCAATCTTGGACTCTTGTCACATCAAAATGAACCTATCCCTAG  795

seq1  AACCTCTGCAAAGAAGAGCAAAATGAAGTAAACGAAGATCAGTCATTGGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGCAAAGAAGAGCAAAATGAAGTAAACGAAGATCAGTCATTGGC  845

seq1  ATACACCTTTAGATAAAGTAAGAGTTTCTTAGTTATTTGACTGTAAACAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACCTTTAGATAAAGTAAGAGTTTCTTAGTTATTTGACTGTAAACAA  895

seq1  ACATTTAATCTACAAAAGGCCACAAGGTTTTAAGAACCATGCTGGTAGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAATCTACAAAAGGCCACAAGGTTTTAAGAACCATGCTGGTAGTG  945

seq1  CATGCCTAAACTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGGTGGGGTGCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTAAACTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGGTGGGGTGCAG  995

seq1  CATCCTGTGCTGCATAGCAAGATCCTGTTTTTTAAAAGACAATAATTGCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGTGCTGCATAGCAAGATCCTGTTTTTTAAAAGACAATAATTGCT  1045

seq1  TCCCCGAAACTTCAAATGTCTTATAACGTAGCCTCCTCAACTGAATTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCGAAACTTCAAATGTCTTATAACGTAGCCTCCTCAACTGAATTC  1093

seq1: chr6_4357763_4358891
seq2: B6Ng01-293J13.g_66_1184

seq1  GAATTCCATAGCACCTTAAGAGACTACGAATGTGCTTAAAGACACAAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGCACCTTAAGAGACTACGAATGTGCTTAAAGACACAAGTG  50

seq1  GACGAATGATAGGAGATGAAGAGACAATATGGATATTTGACTCTCTGGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGAATGATAGGAGATGAAGAGACAATATGGATATTTGACTCTCTGGCC  100

seq1  ATAGAACCCAACGCATACACCATACTACTGTACTAAGTTGTGATGCTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAACCCAACGCATACACCATACTACTGTACTAAGTTGTGATGCTGAA  150

seq1  ATTGGCCAGTAGAGGGCATAAAACACTTCCACCTCTACAATTCTCCCCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCCAGTAGAGGGCATAAAACACTTCCACCTCTACAATTCTCCCCCA  200

seq1  GCATCCTTTACTACTACTGGATGGAGCCCTTTCAGATGCTGAGAACCAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTTTACTACTACTGGATGGAGCCCTTTCAGATGCTGAGAACCAGT  250

seq1  AAGCAAGAGAACTGCTTGAGACAAGAACACTCTGTAAACAGAGTTCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAGAGAACTGCTTGAGACAAGAACACTCTGTAAACAGAGTTCATTT  300

seq1  CCTTTGCCTTAGTGATCTTATGTGGAAACAAAATAGTCATTTGATTCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCCTTAGTGATCTTATGTGGAAACAAAATAGTCATTTGATTCACC  350

seq1  ATTGGCATCATCTTTCAGTGGAATTCCACCACAAAGGGCTTTGCTGACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCATCATCTTTCAGTGGAATTCCACCACAAAGGGCTTTGCTGACAG  400

seq1  TGATAGAAGCTGGATGTAAAAGAACAGAGGCGGGATAAAATTTCACCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGAAGCTGGATGTAAAAGAACAGAGGCGGGATAAAATTTCACCAAC  450

seq1  ACTAAATTCTTCCTGTAGTCAAACTCACTTCCAAGAAAGAGATGAAAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAATTCTTCCTGTAGTCAAACTCACTTCCAAGAAAGAGATGAAAATC  500

seq1  CCTTTCTCTTCTCTGGCCTTCACCACGCAGTTTTGTGCAGTCCTAGGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTCTTCTCTGGCCTTCACCACGCAGTTTTGTGCAGTCCTAGGACC  550

seq1  CTAATTCTTTCTTATCTTATTAGTTTTGCACAGACCTGTCTCTACTGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCTTTCTTATCTTATTAGTTTTGCACAGACCTGTCTCTACTGTCA  600

seq1  TTTCAAATAAATTTTGAAGCAAGATATAACTTACGAAAGTCAATGTAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAATAAATTTTGAAGCAAGATATAACTTACGAAAGTCAATGTAGTT  650

seq1  CATAAAACTACTAGAATTGAGAAGAATGCATTGTTACTAACTTACACGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAACTACTAGAATTGAGAAGAATGCATTGTTACTAACTTACACGTA  700

seq1  AACTTTTGGTACTGTTAGTACTGGGCTTCATGATTTACAGTTCCAACGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTGGTACTGTTAGTACTGGGCTTCATGATTTACAGTTCCAACGCT  750

seq1  CTCTCAATTATTCATTATTGCACAGTTTATAAGAGGGCACAAAGTTAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAATTATTCATTATTGCACAGTTTATAAGAGGGCACAAAGTTAGCA  800

seq1  ATAACAATTACATTAATGATAGAGTGAGTTATTTAAATTAATTTTAATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAATTACATTAATGATAGAGTGAGTTATTTAAATTAATTTTAATAG  850

seq1  TCATTATATTTGTGATGACAATTATGGTTATGACTAACTATGATTACAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATATTTGTGATGACAATTATGGTTATGACTAACTATGATTACAGC  900

seq1  AGCCATTGTAATCATAATAAGCTCAAGGATGGTTTAATTCTAATGACTTC  950
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATTGTAATCATAATAAGCTC-AGGATGGTTTAATTCTAATGACTTC  949

seq1  ATCCTAAAGAAATTAGAATATAGAACTGTAAGTGAATGCAGCTATGCTTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAAAGAAATTAGAATATAGAACTGTAAGTGAATGCAGCTATGCTTG  999

seq1  TTAGATAGAGGAATGTTTTTGAATATTGGTTACTGGATATTAACCTTCTC  1050
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TTAGATAGAGG-ATGTTTTTGAATATTGGTTACTGGATAT--ACCTTCTC  1046

seq1  CATGAAATCAATGACTTTTTTTTTAAATAAAACCAGAATTGTTGATTAGA  1100
      ||||||||| |||||||||||||  ||||||  ||||  || ||| ||||
seq2  CATGAAATC-ATGACTTTTTTTT--AATAAA--CAGA--TG-TGA-TAGA  1087

seq1  TGCTATAA-TCAAGGGAAGGGGGG--AGGGGG  1129
      |||||||| |||||| ||||||||  ||||||
seq2  TGCTATAATTCAAGGCAAGGGGGGCAAGGGGG  1119