BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296D06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 120,778,162 - 120,881,509
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBcl2l13, Bid
Upstream geneErc1, LOC666887, Rad52, Wnk1, EG406236, Ninj2, B4galnt3, Ccdc77, Jarid1a, Il17ra, Cecr6, Cecr5, 1700072O05Rik, Cecr2, Slc25a18, Atp6v1e1
Downstream geneMical3, LOC100043793, Minpp1-ps, Pex26, Tuba8, Usp18, Slc6a13, Slc6a12, Iqsec3, LOC100043486, A2m, EG640530, Mug1, Mug4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296D06.bB6Ng01-296D06.g
ACCGA091871GA091872
length1,191870
definitionB6Ng01-296D06.b B6Ng01-296D06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,880,307 - 120,881,509)(120,778,162 - 120,779,031)
sequence
gaattctccatagcagccctgcttaataagaaacactgagtaatggccaa
ggcaaccagagccagtttcttaagacaggtgctactgtggggtggatggc
ggcacacgccttcaatctcagtacttaggaggcagaggcagctagatcgc
tgtgagttggaggcctgcatggtctacgttgtgagttccaggaccctatc
tttaaaaaacagactggtgttgctgaaattcttaaggtcccaatggcaaa
ccaaggcatggttccagcaaaggtcattctgggagagcaatgtttattgg
gcttccctacagagtagaggttacttatcagggtgtgggctctccccaca
gaaacacttcacctggaaagactttgcccagcagagatgagggcttccct
gtagccacatagatagagcctctctcccctgtcttcaccctccctgtata
accagccctgccccgaggcccagtatgtataaggaagacagagttgtgta
taacaagtagtaggccacaactgagtactgcgggactcttcccacccctc
catgacaaacctagctgggatgatcttttacaagggggtgaaactgaatt
ccccaaaatggcagttatgtggcccagaggaccgtcacagtcaccacagc
tggatcaccagctgttccagagagaaagtccactggtcaggggcccatgc
ataatgggagatgataaagtagggggactagaagtagccagccttggagg
gacttactgtactccggggttccccaccaccatcaccaccaccaccaccc
tggccccagagggtttcacaggagataaggctgaggagcagtgtggctct
tgggtacactttcattcccaggtggcagaaacggtagttttaagcaggca
gtcagaaacaggctcctgagaaaccaccactcctggcctcagccagccca
gctgactcctgtcagaaaagcggagagagaatggctatgtgcctgtgtga
gaggtgtgtggtaagatactgctcagctagcagcctcagaccatggggat
gtgacccccagctgtttatagagggtgggactggaccaccagatgcaact
gcctcccccccccaacacacacacacctgatctgctggaaaggatgttag
cggaccagttaagtataagctcaggagaaggctctccagac
gaattccaggacagccagggctatatagagaaaccctgtctcaaagacac
acaaaaaaaaaaaaaatccccaaagctatgaactaagctgtagtctatta
agctgtcagtgcatgttgttgtttaacatttatttatctatatgtgtgta
tttattggtggtgtgtatgtacatgggccctatatgctacaacccaagcg
tggaagccacaggatagcttcagggagtaggttctctccttccaccatgt
gggttccagggtttgaactcaggtcatcagtcttggtggtaaatgctgat
acccactgaaccatctctccagcctttccctttcaagacaaaaacctcat
gtactccactgtgtcctcaaacacgagatataattggagatggccttgaa
ctcctgatagtctgacatcctacttgaaaattctggggcctttgggtgca
gatcagttgaaactgtgctgacagcatctagaagcctcgggttccattcc
cagcactgtgtaaactagatttggtggcacctgcctgggatcctagcgcc
caggaggtggtagcaagagtttgttaatattataaattacaattggactt
caattttttcttcaaaattttatagtactcgtaactgtggcttttctttc
ctcaatggaatgaagtaggtattaaccatgtttggaggagtattgtgggg
gactttggaattttggattagaaaagccattgggaagctgggcgtggtgg
cacacacctttaatcctcaggaggcagaggcaggcaaatttctgagttcc
taggccagcctggtctacaagtgagttcccaggacagcagggctttacag
agaaccctgtactcggaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_120880307_120881509
seq2: B6Ng01-296D06.b_46_1236 (reverse)

seq1  GTCTGGA-AG-CTTCTCCTGAGCCTCTATACTTACATGCTCCCCCAAACC  48
      ||||||| || ||||||||||||   ||||||||  || ||| | ||   
seq2  GTCTGGAGAGCCTTCTCCTGAGC--TTATACTTAACTGGTCCGCTAA---  45

seq1  TTTCCTCTCCAGCAAGGAACAAGTGTGTGTGTG-TGGGGGGGGGAGGCAG  97
        |||| |||||||  || || ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CATCCTTTCCAGCA--GATCAGGTGTGTGTGTGTTGGGGGGGGGAGGCAG  93

seq1  TTGGCATCTGTGTGCT-CAGTCCCA-CCTCTAT--ACAGCTGGGGGGCCA  143
      || ||||||| ||| | |||||||| |||||||  |||||| ||||| ||
seq2  TT-GCATCTG-GTGGTCCAGTCCCACCCTCTATAAACAGCT-GGGGGTCA  140

seq1  CATCCCCATGGTCTGAGGCTGGCCTAGGCCTGAGCAGTATCCTTACCACA  193
      |||||||||||||||||||||  ||||  ||||||||||| |||||||||
seq2  CATCCCCATGGTCTGAGGCTG--CTAG--CTGAGCAGTAT-CTTACCACA  185

seq1  CACCCTCTCACACAGGCACATAGCCATTCTTCTCTCCGCTTTTCTGACAG  243
      || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CA-CCTCTCACACAGGCACATAGCCATTC-TCTCTCCGCTTTTCTGACAG  233

seq1  GAGTCAGCTGGGCTGGCTGAGGCCAGGAGTGGTGGTTTCTCAGGAGCCTG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGCTGGGCTGGCTGAGGCCAGGAGTGGTGGTTTCTCAGGAGCCTG  283

seq1  TTTCTGACTGCCTGCTTAAAACTACCGTTTCCTGCCACCTGGGAATGAAA  343
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGACTGCCTGCTTAAAACTACCGTTT-CTGCCACCTGGGAATGAAA  332

seq1  GTGTACCCAAGAGCCACACCTGCTCCTCAGCCTTATCTCCTGTGAAACCC  393
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACCCAAGAGCCACA-CTGCTCCTCAGCCTTATCTCCTGTGAAACCC  381

seq1  TCTGGGGCCAGGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGGGAACCCCGGAGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGCCAGGGTGGTGGTGGTGGTGATGGTGGTGGGGAACCCCGGAGT  431

seq1  ACAGTAAGTCCCTCCAAGGCTGGCTACTTCTAGTCCCCCTACTTTATCAT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAAGTCCCTCCAAGGCTGGCTACTTCTAGTCCCCCTACTTTATCAT  481

seq1  CTCCCATTATGCATGGGCCCCTGACCAGTGGACTTTCTCTCTGGAACAGC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCATTATGCATGGGCCCCTGACCAGTGGACTTTCTCTCTGGAACAGC  531

seq1  TGGTGATCCAGCTGTGGTGACTGTGACGGTCCTCTGGGCCACATAACTGC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATCCAGCTGTGGTGACTGTGACGGTCCTCTGGGCCACATAACTGC  581

seq1  CATTTTGGGGAATTCAGTTTCACCCCCTTGTAAAAGATCATCCCAGCTAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGGGGAATTCAGTTTCACCCCCTTGTAAAAGATCATCCCAGCTAG  631

seq1  GTTTGTCATGGAGGGGTGGGAAGAGTCCCGCAGTACTCAGTTGTGGCCTA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCATGGAGGGGTGGGAAGAGTCCCGCAGTACTCAGTTGTGGCCTA  681

seq1  CTACTTGTTATACACAACTCTGTCTTCCTTATACATACTGGGCCTCGGGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTGTTATACACAACTCTGTCTTCCTTATACATACTGGGCCTCGGGG  731

seq1  CAGGGCTGGTTATACAGGGAGGGTGAAGACAGGGGAGAGAGGCTCTATCT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTGGTTATACAGGGAGGGTGAAGACAGGGGAGAGAGGCTCTATCT  781

seq1  ATGTGGCTACAGGGAAGCCCTCATCTCTGCTGGGCAAAGTCTTTCCAGGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGCTACAGGGAAGCCCTCATCTCTGCTGGGCAAAGTCTTTCCAGGT  831

seq1  GAAGTGTTTCTGTGGGGAGAGCCCACACCCTGATAAGTAACCTCTACTCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGTTTCTGTGGGGAGAGCCCACACCCTGATAAGTAACCTCTACTCT  881

seq1  GTAGGGAAGCCCAATAAACATTGCTCTCCCAGAATGACCTTTGCTGGAAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGGAAGCCCAATAAACATTGCTCTCCCAGAATGACCTTTGCTGGAAC  931

seq1  CATGCCTTGGTTTGCCATTGGGACCTTAAGAATTTCAGCAACACCAGTCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTTGGTTTGCCATTGGGACCTTAAGAATTTCAGCAACACCAGTCT  981

seq1  GTTTTTTAAAGATAGGGTCCTGGAACTCACAACGTAGACCATGCAGGCCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTAAAGATAGGGTCCTGGAACTCACAACGTAGACCATGCAGGCCT  1031

seq1  CCAACTCACAGCGATCTAGCTGCCTCTGCCTCCTAAGTACTGAGATTGAA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCACAGCGATCTAGCTGCCTCTGCCTCCTAAGTACTGAGATTGAA  1081

seq1  GGCGTGTGCCGCCATCCACCCCACAGTAGCACCTGTCTTAAGAAACTGGC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGTGTGCCGCCATCCACCCCACAGTAGCACCTGTCTTAAGAAACTGGC  1131

seq1  TCTGGTTGCCTTGGCCATTACTCAGTGTTTCTTATTAAGCAGGGCTGCTA  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTGCCTTGGCCATTACTCAGTGTTTCTTATTAAGCAGGGCTGCTA  1181

seq1  TGGAGAATTC  1203
      ||||||||||
seq2  TGGAGAATTC  1191

seq1: chr6_120778162_120779031
seq2: B6Ng01-296D06.g_68_937

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATATAGAGAAACCCTGTCTCAAAGACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATATAGAGAAACCCTGTCTCAAAGACAC  50

seq1  ACAAAAAAAAAAAAAATCCCCAAAGCTATGAACTAAGCTGTAGTCTATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAAAAAAAAAATCCCCAAAGCTATGAACTAAGCTGTAGTCTATTA  100

seq1  AGCTGTCAGTGCATGTTGTTGTTTAACATTTATTTATCTATATGTGTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCAGTGCATGTTGTTGTTTAACATTTATTTATCTATATGTGTGTA  150

seq1  TTTATTGGTGGTGTGTATGTACATGGGCCCTATATGCTACAACCCAAGCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGGTGGTGTGTATGTACATGGGCCCTATATGCTACAACCCAAGCG  200

seq1  TGGAAGCCACAGGATAGCTTCAGGGAGTAGGTTCTCTCCTTCCACCATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCCACAGGATAGCTTCAGGGAGTAGGTTCTCTCCTTCCACCATGT  250

seq1  GGGTTCCAGGGTTTGAACTCAGGTCATCAGTCTTGGTGGTAAATGCTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCCAGGGTTTGAACTCAGGTCATCAGTCTTGGTGGTAAATGCTGAT  300

seq1  ACCCACTGAACCATCTCTCCAGCCTTTCCCTTTCAAGACAAAAACCTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTGAACCATCTCTCCAGCCTTTCCCTTTCAAGACAAAAACCTCAT  350

seq1  GTACTCCACTGTGTCCTCAAACACGAGATATAATTGGAGATGGCCTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCCACTGTGTCCTCAAACACGAGATATAATTGGAGATGGCCTTGAA  400

seq1  CTCCTGATAGTCTGACATCCTACTTGAAAATTCTGGGGCCTTTGGGTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGATAGTCTGACATCCTACTTGAAAATTCTGGGGCCTTTGGGTGCA  450

seq1  GATCAGTTGAAACTGTGCTGACAGCATCTAGAAGCCTCGGGTTCCATTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTTGAAACTGTGCTGACAGCATCTAGAAGCCTCGGGTTCCATTCC  500

seq1  CAGCACTGTGTAAACTAGATTTGGTGGCACCTGCCTGGGATCCTAGCGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTGTGTAAACTAGATTTGGTGGCACCTGCCTGGGATCCTAGCGCC  550

seq1  CAGGAGGTGGTAGCAAGAGTTTGTTAATATTATAAATTACAATTGGACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGTGGTAGCAAGAGTTTGTTAATATTATAAATTACAATTGGACTT  600

seq1  CAATTTTTTCTTCAAAATTTTATAGTACTCGTAACTGTGGCTTTTCTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTTTCTTCAAAATTTTATAGTACTCGTAACTGTGGCTTTTCTTTC  650

seq1  CTCAATGGAATGAAGTAGGTATTAACCATGTTTGGAGGAGTATTGTGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGGAATGAAGTAGGTATTAACCATGTTTGGAGGAGTATTGTGGGG  700

seq1  GACTTTGGAATTTTGGATTAGAAAAGCCATTGGGAAGCTGGGCGTGGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGGAATTTTGGATTAGAAAAGCCATTGGGAAGCTGGGCGTGGTGG  750

seq1  CACACACCTTTAATCCTCAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTT-C  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  CACACACCTTTAATCCTCAGGAGGCAGAGGCAGGCAAATTTCTGAGTTCC  800

seq1  GAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTT-CCAGGACAACCAGGGCTATAC  848
       ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||||| |||
seq2  TAGGCCAGCCTGGTCTAC-AAGTGAGTTCCCAGGAC-AGCAGGGCTTTAC  848

seq1  AGAGAAACCCTG-ACTCGGAAAA  870
      |||| ||||||| ||||||||||
seq2  AGAG-AACCCTGTACTCGGAAAA  870