BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-296F16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 12,880,239 - 13,001,259
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePhf14, LOC100040844, EG625347, LOC435879, Thsd7a, LOC667735
Downstream geneLOC384350, Tmem106b, Gm467, Gm725, 1700016P04Rik, LOC100040478, Tmem168, B630005N14Rik, Gpr85, 2610001J05Rik, LOC100041043
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-296F16.bB6Ng01-296F16.g
ACCGA091986GA091987
length1,1551,086
definitionB6Ng01-296F16.b B6Ng01-296F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,000,106 - 13,001,259)(12,880,239 - 12,881,330)
sequence
gaattcttgtgaggttcttcactggtacttcagtagagagctgatgaaac
agaggagcctgacacgtgcttctttggaaaagaacatcaaacagaggcat
agtaatgcttcagaggtggagaatcaacatatcctcaacctggaacttag
gaagagccctgtggatttgaagaatgagtccggggagagctgaggtctca
gaatctgtttagacaaacagaccttgtgatcactggctcaacgcagtggg
aagccacaagacattcgatctgtggaatattatggtctgatttacactta
aaatattagaacggttcttatgcaaccgtttttatgttcagttttataag
gtcatttgagcaaagtggctacagatacataggcactgcagactccagac
ttgctggtagccactccattcttaaagcagactccagttagcacattgta
aggagctggagttcttagtcacagagatgaaggaaaattaattctgctaa
ccatttacaaatttttgagcgatgcattcccagctcaagaacacagtaaa
tatggaaaaccttgctgacatgtttattgaagcataaaaccctaaggaag
gagccagagaagctgtgcttaaattcttgacacagggatacggcttatct
gttaagctgtagtaatacttttatgttgtagatgacagatgatatagttt
ccatcaaaaccataagtagatgtagttgacataagtagataaaagatcat
gtagagtataacatctaagaactaccaatataactttgaatatagactcc
ttttatttacatttttgtaaaaggtcttaactgtcacctctaaaggctaa
atccaacttcttagaagagaaaatcatatttgccaagtgtagataaaatg
tctatttatgagcaaagtaagtacagtccaggagaattccaggtatctaa
ggtaagcatgttgaaaaggctcaagcgaggaagcatacagtggtcaggaa
gaaatggggctagttctgggtttttgcaagttatacttattacaacaaca
agctgatagaaaactgactacatacttttgacctattaaagaaacaccaa
ttagcctccatatagaaaatatgaaggatcccacaaatgatgatgttgat
tacac

gaattccaggacagccagggctatacagagaaaccctgtctcaaaaaaca
aaacaaaacaaaacaaaaacaaaaaaccaacaaacaaacaaacaaacaaa
aagacaaaaacagaaggcaggggagcctgagactgatgcacaagacctcc
aggaggtatcctagtaaatatcctgattgggaactatgaacactgatgtc
aattcaatttttataaaagtcatagaacatgagatatgattatattgtat
ttatgcatttatatgtgctcagacatacaatcactgtatgtgagtatttg
ggggtgaatacaaagcaaatttcacaaagactgaattttctgtagaagct
tccatcactgacttaattgaactcttttatctattcaatctctctgcatg
aaaaagaggaagtgtgaattctcttttgaacagtaaaataatatatagag
actaaaagtagctccagaattttccatactctatagacaacgtcccattc
aataaacattagacatagcaaataacaaaaccaactgtctcaaagccagc
agaaggcattagaaacaaatgtttgacagaaatagaaattggagttgtca
gacaagaacagttaaaacaaatatagtgagcataatcatgtagttaaata
acatactagacttttttattgaaaacttagaaattaaaaatctcactggt
actctgtaaacaataaaaacataataacacataataggactgatgagatg
gcaaagtgtttaaaagtacttgttgctcttccagaagacccaaaggctag
tttccagcacccaccctgagtggataacaactgctgtaactccccagtta
caggggatctgatgccctgttttggccgctttaggcacttgaacatgtga
cacacagatatacataaataaaactaatagtgaaaatagaccttctaaaa
tgcaactagcacagtatgagtctaaaatatcactaaaattgaaaatcttt
aaatctgtgcaaatgggactaataccattctcttcgttatgtaatgacca
aaattttgttaatttccgtcaatatacatctcacca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_13000106_13001259
seq2: B6Ng01-296F16.b_45_1199 (reverse)

seq1  GTGT-ATCAACACTCATCATTTTGTGGGATCCTTCATATTCTATTAATGG  49
      |||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| | |  ||||
seq2  GTGTAATCAACA-TCATCA-TTTGTGGGATCCTTCATATTTTCTATATGG  48

seq1  A-GCTAAATTGTG-TTCTTT-ATAGGTCAAAAGTAATGTAGTCAGTTTTC  96
      | ||||| | ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGGCTAATTGGTGTTTCTTTAATAGGTCAAAAGT-ATGTAGTCAGTTTTC  97

seq1  TATCAGCCTTGTGTTGTAATAAGTATAACTTGCAAAAACCCAGAACTAGC  146
      ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGCTTGTTGTTGTAATAAGTATAACTTGCAAAAACCCAGAACTAGC  147

seq1  CCCATTTCTTCCCTGACCACTGTATGCTTCCTCGCTTGAGCCTTTTCAAC  196
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTTCTT-CCTGACCACTGTATGCTTCCTCGCTTGAGCCTTTTCAAC  196

seq1  ATGCTTACCTTAGATACCTGGAATTCT-CTGGACTGTACTTACTTTGCTC  245
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTACCTTAGATACCTGGAATTCTCCTGGACTGTACTTACTTTGCTC  246

seq1  ATAAATAGACATTTTATCTACACTTGGCAAATATGATTTTCTCTTCTAAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATAGACATTTTATCTACACTTGGCAAATATGATTTTCTCTTCTAAG  296

seq1  AAGTTGGATTTAGCCTTTAGAGGTGACAGTTAAGACCTTTTACAAAAATG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGATTTAGCCTTTAGAGGTGACAGTTAAGACCTTTTACAAAAATG  346

seq1  TAAATAAAAGGAGTCTATATTCAAAGTTATATTGGTAGTTCTTAGATGTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAAAAGGAGTCTATATTCAAAGTTATATTGGTAGTTCTTAGATGTT  396

seq1  ATACTCTACATGATCTTTTATCTACTTATGTCAACTACATCTACTTATGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTACATGATCTTTTATCTACTTATGTCAACTACATCTACTTATGG  446

seq1  TTTTGATGGAAACTATATCATCTGTCATCTACAACATAAAAGTATTACTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGATGGAAACTATATCATCTGTCATCTACAACATAAAAGTATTACTA  496

seq1  CAGCTTAACAGATAAGCCGTATCCCTGTGTCAAGAATTTAAGCACAGCTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTAACAGATAAGCCGTATCCCTGTGTCAAGAATTTAAGCACAGCTT  546

seq1  CTCTGGCTCCTTCCTTAGGGTTTTATGCTTCAATAAACATGTCAGCAAGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTCCTTCCTTAGGGTTTTATGCTTCAATAAACATGTCAGCAAGG  596

seq1  TTTTCCATATTTACTGTGTTCTTGAGCTGGGAATGCATCGCTCAAAAATT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCATATTTACTGTGTTCTTGAGCTGGGAATGCATCGCTCAAAAATT  646

seq1  TGTAAATGGTTAGCAGAATTAATTTTCCTTCATCTCTGTGACTAAGAACT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATGGTTAGCAGAATTAATTTTCCTTCATCTCTGTGACTAAGAACT  696

seq1  CCAGCTCCTTACAATGTGCTAACTGGAGTCTGCTTTAAGAATGGAGTGGC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTCCTTACAATGTGCTAACTGGAGTCTGCTTTAAGAATGGAGTGGC  746

seq1  TACCAGCAAGTCTGGAGTCTGCAGTGCCTATGTATCTGTAGCCACTTTGC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGCAAGTCTGGAGTCTGCAGTGCCTATGTATCTGTAGCCACTTTGC  796

seq1  TCAAATGACCTTATAAAACTGAACATAAAAACGGTTGCATAAGAACCGTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGACCTTATAAAACTGAACATAAAAACGGTTGCATAAGAACCGTT  846

seq1  CTAATATTTTAAGTGTAAATCAGACCATAATATTCCACAGATCGAATGTC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATTTTAAGTGTAAATCAGACCATAATATTCCACAGATCGAATGTC  896

seq1  TTGTGGCTTCCCACTGCGTTGAGCCAGTGATCACAAGGTCTGTTTGTCTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGCTTCCCACTGCGTTGAGCCAGTGATCACAAGGTCTGTTTGTCTA  946

seq1  AACAGATTCTGAGACCTCAGCTCTCCCCGGACTCATTCTTCAAATCCACA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGATTCTGAGACCTCAGCTCTCCCCGGACTCATTCTTCAAATCCACA  996

seq1  GGGCTCTTCCTAAGTTCCAGGTTGAGGATATGTTGATTCTCCACCTCTGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTTCCTAAGTTCCAGGTTGAGGATATGTTGATTCTCCACCTCTGA  1046

seq1  AGCATTACTATGCCTCTGTTTGATGTTCTTTTCCAAAGAAGCACGTGTCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTACTATGCCTCTGTTTGATGTTCTTTTCCAAAGAAGCACGTGTCA  1096

seq1  GGCTCCTCTGTTTCATCAGCTCTCTACTGAAGTACCAGTGAAGAACCTCA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTCTGTTTCATCAGCTCTCTACTGAAGTACCAGTGAAGAACCTCA  1146

seq1  CAAGAATTC  1154
      |||||||||
seq2  CAAGAATTC  1155


seq1: chr6_12880239_12881330
seq2: B6Ng01-296F16.g_67_1152

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACA  50

seq1  AAACAAAACAAAACAAAAACAAAAAACCAACAAACAAACAAACAAACAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAACAAAACAAAAACAAAAAACCAACAAACAAACAAACAAACAAA  100

seq1  AAGACAAAAACAGAAGGCAGGGGAGCCTGAGACTGATGCACAAGACCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAAAACAGAAGGCAGGGGAGCCTGAGACTGATGCACAAGACCTCC  150

seq1  AGGAGGTATCCTAGTAAATATCCTGATTGGGAACTATGAACACTGATGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTATCCTAGTAAATATCCTGATTGGGAACTATGAACACTGATGTC  200

seq1  AATTCAATTTTTATAAAAGTCATAGAACATGAGATATGATTATATTGTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAATTTTTATAAAAGTCATAGAACATGAGATATGATTATATTGTAT  250

seq1  TTATGCATTTATATGTGCTCAGACATACAATCACTGTATGTGAGTATTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCATTTATATGTGCTCAGACATACAATCACTGTATGTGAGTATTTG  300

seq1  GGGGTGAATACAAAGCAAATTTCACAAAGACTGAATTTTCTGTAGAAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAATACAAAGCAAATTTCACAAAGACTGAATTTTCTGTAGAAGCT  350

seq1  TCCATCACTGACTTAATTGAACTCTTTTATCTATTCAATCTCTCTGCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCACTGACTTAATTGAACTCTTTTATCTATTCAATCTCTCTGCATG  400

seq1  AAAAAGAGGAAGTGTGAATTCTCTTTTGAACAGTAAAATAATATATAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAGGAAGTGTGAATTCTCTTTTGAACAGTAAAATAATATATAGAG  450

seq1  ACTAAAAGTAGCTCCAGAATTTTCCATACTCTATAGACAACGTCCCATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAAGTAGCTCCAGAATTTTCCATACTCTATAGACAACGTCCCATTC  500

seq1  AATAAACATTAGACATAGCAAATAACAAAACCAACTGTCTCAAAGCCAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACATTAGACATAGCAAATAACAAAACCAACTGTCTCAAAGCCAGC  550

seq1  AGAAGGCATTAGAAACAAATGTTTGACAGAAATAGAAATTGGAGTTGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCATTAGAAACAAATGTTTGACAGAAATAGAAATTGGAGTTGTCA  600

seq1  GACAAGAACAGTTAAAACAAATATAGTGAGCATAATCATGTAGTTAAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGAACAGTTAAAACAAATATAGTGAGCATAATCATGTAGTTAAATA  650

seq1  ACATACTAGACTTTTTTATTGAAAACTTAGAAATTAAAAATCTCACTGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACTAGACTTTTTTATTGAAAACTTAGAAATTAAAAATCTCACTGGT  700

seq1  ACTCTGTAAACAATAAAAACATAATAACACATAATAGGACTGATGAGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTAAACAATAAAAACATAATAACACATAATAGGACTGATGAGATG  750

seq1  GCAAAGTGTTTAAAAGTACTTGTTGCTCTTCCAGAAGACCC-AAGGCTAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCAAAGTGTTTAAAAGTACTTGTTGCTCTTCCAGAAGACCCAAAGGCTAG  800

seq1  TTTCCAGCACCCACCCTGAGTGGATAACAACTGCTGTAACTCCCCAGTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGCACCCACCCTGAGTGGATAACAACTGCTGTAACTCCCCAGTTA  850

seq1  CAGGGGATCTGATGCCCTGTTTTGGCCGCTTTAGGCACTTGAACATGTGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGATCTGATGCCCTGTTTTGGCCGCTTTAGGCACTTGAACATGTGA  900

seq1  CACACAGATATACATAAATAAAACTAATAGTGAAAATAGACCTTCTAAAA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACACAGATATACATAAATAAAACTAATAGTGAAAATAGACCTTCT-AAA  949

seq1  ATGCAACTAGCACAGTATGAGTCTAAAAATATCACTAAAATTGAAAATCT  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAACTAGCACAGTATGAGTCT-AAAATATCACTAAAATTGAAAATCT  998

seq1  TTAAAATCTGTGCAAATGGGACTAATACCATTCTCTTCGTTAATGTTATT  1049
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |
seq2  TT-AAATCTGTGCAAATGGGACTAATACCATTCTCTTCGTT-ATG-TAAT  1045

seq1  GACCAAAAATTTTTGTTAATTTCCGTCAATATACATCTCACCA  1092
      ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAAA--TTTTGTTAATTTCCGTCAATATACATCTCACCA  1086


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |