BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297C18
Chromosome6 (Build37)
Map Location 15,763,551 - 15,989,920
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFoxp2, LOC100040568, Mdfic
Downstream geneLOC100041116, Tcfec, EG435881
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297C18.bB6Ng01-297C18.g
ACCGA092595GA092596
length1,2011,133
definitionB6Ng01-297C18.b B6Ng01-297C18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,988,700 - 15,989,920)(15,763,551 - 15,764,679)
sequence
gaattccatataactcctttagaatgatatgtcatcacttccagtggggt
aaatgtgaactcattgtctatctctaagccctttcaggtcagttgtcacc
tgactaccacactcatccaccaacaccaccaattatattctgaccatcac
agtcctaaacggtgttagttattgtctgctcttccagccacttgtcttcc
tcaactagtcattcttcactcttcccaggagcacagtcatattttaagcc
atctgaatagaatatttgtcttatttcttaggctttcactttttttttaa
tcaatcatttcatttatttacatttcaaatcatatcacccttcctggtta
cccctccacaaaacccctatcccatttccctgtcttttccatcccctttg
tctctatgagggtgctactccacctactctctcactcctgcctcactgct
ctaacattccccctacatttgggcatcaagcctccattggaccaagggcc
tcccctcccatagatcttagataaggccatattttgctacatatgtatct
ggagccatggatcatgtacttcttggttggttgtttagtccctgagagct
ctgggtgagcctgttagttgatatctgttctttctatagggttgcaatcc
cctcagctccttcagtccttcccgtatctcttccattggggtctccaagg
aagcaagacgctcccaggacccaatggggatgactttagctgaaataacc
aatgaaggggagatagaacatgtagagaccacttcaagtagatagacatg
gccccccaattgagggataggaccacacacctatctcaaaatctgtaacc
cagaaatattcctgtccaaaggaaagatggtgacaaaataatggaacaga
gactggaggaaaggctacccagagaccaccccacctagggatacaccccc
atctgctgacaccaacgctcacattattgctagtgccagaagcacttgct
gacaggagcctggtatacctgttccctgagaggtctaagagcacctgacc
acacagatgcatatactcacagcacaatcagtctgagcgagacccattga
gagctagggagtctgagagctgatgggaatctctaagctttctgcccgat
ttcaaggcctgccttctgaatctcaaattggtaagaacaagtgaagcgct
g

gaattctattaagaatttgctgcacacattttccggtggagacatggcca
catgataggcttcttatatccatagcaactttgaaagtctaagatgaaga
ataaagactactgcttaataataccatagggcacagccacagaggcaaga
ttgtgagccaggttcacagtttaactaccataaaaattagctgccgcttt
catttgagaaacatggtagataaaagcagtttcaatatcccaccattaca
ttaatgtagatatcatacagatatattaaaattttccctctcaacaccag
gcactaagaaagtagtaaaagtattatgtttgcatgcaataatttgacgt
gtagtctgggaaatatatgaaatgttatatttttaaaggagttgccttat
gaaaaaatcatatttgagggagtgtggaatcaattctcaggaatagttta
tggtccaggaattcctataaagtaacgggaagaactagtatgtgtgtgat
catatgtatttttatatttatatataaataagaaattaatttcttacagt
aaatttcaccaagaacgaagaatggaaagcatgctttccaagcttatatt
tccaatgtgtcactattgctcgcttactttaaaagttacgcatataacat
tttgtaatgtgcactttgaatcttctttccacttcactaaacaaaaattc
cacccctcttgggtgagctacgtgagtacatgcacacatctgtgtgtata
tctttgtttccttgttacattatcccagaacctgccctgcatggtggata
tgaagaaagtttgctggcatttctgtagaaatatgtgagaaatctcattc
tttcttcccaagagatgagatctgtgttaaaatagctcagttatacagag
aacatgggcagatagagaacagattaaaagtgatcatactgtgctcagca
aatactgtcaaaggccattggtagtattattggggagaaaaaaaatttcc
acagaagctcaaattgtagttacatagactagcaagtattgtgaggctgc
agcgagggtacacctgtgctcaagagaaaatagcctttttattagagaat
aagaacatctccttttcccttaggaattcagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_15988700_15989920
seq2: B6Ng01-297C18.b_51_1251 (reverse)

seq1  CAGCG--TCACTTGTCTCTACCATATTTGAGATCTCAGAAAGTGCAGGGC  48
      |||||  ||||||||   ||||| ||||||||| ||||||   ||| |||
seq2  CAGCGCTTCACTTGTTCTTACCA-ATTTGAGAT-TCAGAA--GGCA-GGC  45

seq1  CTTGAAATCGGGCAGAAAGCCTAAGAGATCCCCTTCAGCTCCTCCAGACC  98
      ||||||||||||||||||| || |||||| ||| |||||||   ||||| 
seq2  CTTGAAATCGGGCAGAAAG-CTTAGAGATTCCCATCAGCTC--TCAGAC-  91

seq1  TTCCCCTAGCTCTTCCATTGGGGTCCTCGGCTCAGACTGATGGTTGGCTG  148
         ||||||||||  || ||||   ||| |||||||||||| ||  ||||
seq2  --TCCCTAGCTCT--CAATGGG--TCTC-GCTCAGACTGATTGT--GCTG  132

seq1  TGAGTATATGCATCTGTGTTGGTCAGGTGCTCCTAGAACCTCTCAGGGAA  198
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  TGAGTATATGCATCTGTG-TGGTCAGGTGCTCTTAG-ACCTCTCAGGGAA  180

seq1  CAGGTATACCAGGCTCCTGTCAGCAAGTGCTTCTTGGCACTAGCAATAAT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGGTATACCAGGCTCCTGTCAGCAAGTGCTTC-TGGCACTAGCAATAAT  229

seq1  GTTGAGCGTTTGGTGTCAGCAGAT-GGGGTGTATCCCTAGGTGGGGTGGT  297
      | |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TGAGCG-TTGGTGTCAGCAGATGGGGGTGTATCCCTAGGTGGGGTGGT  277

seq1  CTCTGGGTAGCCTTTCCTCCAGTCTCTGTTCCATTATTTTGTCACCATCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGGTAGCCTTTCCTCCAGTCTCTGTTCCATTATTTTGTCACCATCT  327

seq1  TTCCTTTGGACAGGAATATTTCTGGGTTACAGATTTTGAGATAGGTGTGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGGACAGGAATATTTCTGGGTTACAGATTTTGAGATAGGTGTGT  377

seq1  GGTCCTATCCCTCAATTGGGGGGCCATGTCTATCTACTTGAAGTGGTCTC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCTATCCCTCAATTGGGGGGCCATGTCTATCTACTTGAAGTGGTCTC  427

seq1  TACATGTTCTATCTCCCCTTCATTGGTTATTTCAGCTAAAGTCATCCCCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTTCTATCTCCCCTTCATTGGTTATTTCAGCTAAAGTCATCCCCA  477

seq1  TTGGGTCCTGGGAGCGTCTTGCTTCCTTGGAGACCCCAATGGAAGAGATA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCCTGGGAGCGTCTTGCTTCCTTGGAGACCCCAATGGAAGAGATA  527

seq1  CGGGAAGGACTGAAGGAGCTGAGGGGATTGCAACCCTATAGAAAGAACAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAAGGACTGAAGGAGCTGAGGGGATTGCAACCCTATAGAAAGAACAG  577

seq1  ATATCAACTAACAGGCTCACCCAGAGCTCTCAGGGACTAAACAACCAACC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAACTAACAGGCTCACCCAGAGCTCTCAGGGACTAAACAACCAACC  627

seq1  AAGAAGTACATGATCCATGGCTCCAGATACATATGTAGCAAAATATGGCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGTACATGATCCATGGCTCCAGATACATATGTAGCAAAATATGGCC  677

seq1  TTATCTAAGATCTATGGGAGGGGAGGCCCTTGGTCCAATGGAGGCTTGAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTAAGATCTATGGGAGGGGAGGCCCTTGGTCCAATGGAGGCTTGAT  727

seq1  GCCCAAATGTAGGGGGAATGTTAGAGCAGTGAGGCAGGAGTGAGAGAGTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAATGTAGGGGGAATGTTAGAGCAGTGAGGCAGGAGTGAGAGAGTA  777

seq1  GGTGGAGTAGCACCCTCATAGAGACAAAGGGGATGGAAAAGACAGGGAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGTAGCACCCTCATAGAGACAAAGGGGATGGAAAAGACAGGGAAA  827

seq1  TGGGATAGGGGTTTTGTGGAGGGGTAACCAGGAAGGGTGATATGATTTGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATAGGGGTTTTGTGGAGGGGTAACCAGGAAGGGTGATATGATTTGA  877

seq1  AATGTAAATAAATGAAATGATTGATTAAAAAAAAAGTGAAAGCCTAAGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAATAAATGAAATGATTGATTAAAAAAAAAGTGAAAGCCTAAGAA  927

seq1  ATAAGACAAATATTCTATTCAGATGGCTTAAAATATGACTGTGCTCCTGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGACAAATATTCTATTCAGATGGCTTAAAATATGACTGTGCTCCTGG  977

seq1  GAAGAGTGAAGAATGACTAGTTGAGGAAGACAAGTGGCTGGAAGAGCAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTGAAGAATGACTAGTTGAGGAAGACAAGTGGCTGGAAGAGCAGA  1027

seq1  CAATAACTAACACCGTTTAGGACTGTGATGGTCAGAATATAATTGGTGGT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACTAACACCGTTTAGGACTGTGATGGTCAGAATATAATTGGTGGT  1077

seq1  GTTGGTGGATGAGTGTGGTAGTCAGGTGACAACTGACCTGAAAGGGCTTA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGGATGAGTGTGGTAGTCAGGTGACAACTGACCTGAAAGGGCTTA  1127

seq1  GAGATAGACAATGAGTTCACATTTACCCCACTGGAAGTGATGACATATCA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGACAATGAGTTCACATTTACCCCACTGGAAGTGATGACATATCA  1177

seq1  TTCTAAAGGAGTTATATGGAATTC  1221
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAGGAGTTATATGGAATTC  1201


seq1: chr6_15763551_15764679
seq2: B6Ng01-297C18.g_66_1198

seq1  GAATTCTATTAAGAATTTGCTGCACACATTTTCCGGTGGAGACATGGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTAAGAATTTGCTGCACACATTTTCCGGTGGAGACATGGCCA  50

seq1  CATGATAGGCTTCTTATATCCATAGCAACTTTGAAAGTCTAAGATGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAGGCTTCTTATATCCATAGCAACTTTGAAAGTCTAAGATGAAGA  100

seq1  ATAAAGACTACTGCTTAATAATACCATAGGGCACAGCCACAGAGGCAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGACTACTGCTTAATAATACCATAGGGCACAGCCACAGAGGCAAGA  150

seq1  TTGTGAGCCAGGTTCACAGTTTAACTACCATAAAAATTAGCTGCCGCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGCCAGGTTCACAGTTTAACTACCATAAAAATTAGCTGCCGCTTT  200

seq1  CATTTGAGAAACATGGTAGATAAAAGCAGTTTCAATATCCCACCATTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAGAAACATGGTAGATAAAAGCAGTTTCAATATCCCACCATTACA  250

seq1  TTAATGTAGATATCATACAGATATATTAAAATTTTCCCTCTCAACACCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTAGATATCATACAGATATATTAAAATTTTCCCTCTCAACACCAG  300

seq1  GCACTAAGAAAGTAGTAAAAGTATTATGTTTGCATGCAATAATTTGACGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTAAGAAAGTAGTAAAAGTATTATGTTTGCATGCAATAATTTGACGT  350

seq1  GTAGTCTGGGAAATATATGAAATGTTATATTTTTAAAGGAGTTGCCTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCTGGGAAATATATGAAATGTTATATTTTTAAAGGAGTTGCCTTAT  400

seq1  GAAAAAATCATATTTGAGGGAGTGTGGAATCAATTCTCAGGAATAGTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAATCATATTTGAGGGAGTGTGGAATCAATTCTCAGGAATAGTTTA  450

seq1  TGGTCCAGGAATTCCTATAAAGTAACGGGAAGAACTAGTATGTGTGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCAGGAATTCCTATAAAGTAACGGGAAGAACTAGTATGTGTGTGAT  500

seq1  CATATGTATTTTTATATTTATATATAAATAAGAAATTAATTTCTTACAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGTATTTTTATATTTATATATAAATAAGAAATTAATTTCTTACAGT  550

seq1  AAATTTCACCAAGAACGAAGAATGGAAAGCATGCTTTCCAAGCTTATATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTCACCAAGAACGAAGAATGGAAAGCATGCTTTCCAAGCTTATATT  600

seq1  TCCAATGTGTCACTATTGCTCGCTTACTTTAAAAGTTACGCATATAACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATGTGTCACTATTGCTCGCTTACTTTAAAAGTTACGCATATAACAT  650

seq1  TTTGTAATGTGCACTTTGAATCTTCTTTCCACTTCACTAAACAAAAATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAATGTGCACTTTGAATCTTCTTTCCACTTCACTAAACAAAAATTC  700

seq1  CACCCCTCTTGGGTGAGCTACGTGAGTACATGCACACATCTGTGTGTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCTCTTGGGTGAGCTACGTGAGTACATGCACACATCTGTGTGTATA  750

seq1  TCTTTGTTTCCTTGTTACATTATCCCAGAACCTGCCCTGCATGGTGGATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTTTCCTTGTTACATTATCCCAGAACCTGCCCTGCATGGTGGATA  800

seq1  TGAAGAAAGTTTGCTGGCATTTCTGTAGAAATATGTGAGAAATCTCATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAAGTTTGCTGGCATTTCTGTAGAAATATGTGAGAAATCTCATTC  850

seq1  TTTCTTCCCAAGAGATGAGATCTGTGTTAAAATAGCTCAGTTATACAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCCAAGAGATGAGATCTGTGTTAAAATAGCTCAGTTATACAGAG  900

seq1  AACATGGGCAGATAGAGAACAGATTAAAAGTGATCATACTGTGCTCAGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGGCAGATAGAGAACAGATTAAAAGTGATCATACTGTGCTCAGCA  950

seq1  AATACTGTCAAAGGCCATTGGTAGTA-TATTGGGGAAGAAAAAAAATTCC  999
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||
seq2  AATACTGTCAAAGGCCATTGGTAGTATTATTGGGGAGAAAAAAAATTTCC  1000

seq1  ACAGAAGCTCAAATTGTAGTACAATAGACTAGCAAGTATTGTGAGGCTGC  1049
      ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAGCTCAAATTGTAGTTACATAGACTAGCAAGTATTGTGAGGCTGC  1050

seq1  AGCGAGGGTACA-CTGTGCTCAGGAGGAAAAATAGGC-TTTTATTAGAG-  1096
      |||||||||||| ||||||||| |||  ||||||| | ||||||||||| 
seq2  AGCGAGGGTACACCTGTGCTCAAGAG--AAAATAGCCTTTTTATTAGAGA  1098

seq1  ATAAG-ACATCTCCCTTT-CCTTAGGAATTCAGAA  1129
      ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  ATAAGAACATCTCCTTTTCCCTTAGGAATTCAGAA  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |