BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298K21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 88,025,716 - 88,138,846
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRpn1
Upstream geneGfpt1, D6Ertd527e, Antxr1, Gkn1, Gkn2, 1190003M12Rik, Bmp10, Arhgap25, Prokr1, 2010301N04Rik, 1810020O05Rik, AB041550, LOC100043118, EG545864, Gp9, Rab43, Isy1, Cnbp, Copg, 8430410A17Rik, LOC665416, H1fx, EG434064, LOC100043131, Rab7
Downstream geneGata2, Dnajb8, Eefsec, Ruvbl1, Sec61a1, 4933428M03Rik, Mgll, Abtb1, Podxl2, LOC100043146, Mcm2, Gpr175, 4933427D06Rik, Gm1965, LOC100043153, LOC100043159, EG624483
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298K21.bB6Ng01-298K21.g
ACCGA093723GA093724
length1,155724
definitionB6Ng01-298K21.b B6Ng01-298K21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,137,694 - 88,138,846)(88,025,716 - 88,026,438)
sequence
gaattcaccccatcttgctctcctagagctggtcctgggtagcagtggga
cctgtggcccgagtggtacttgaaccacaggaaacctcattatttaggtt
aattagacagagcagccccagccttggtggtccattgctgactgtggagc
tgggacggcatactgccaaaaggagtttagcaggctccattctggggctt
ggggcttgggagtagctctggccaggagtgctgggagttaccttaagttc
tagcagtttcctcagcactgtcctggaagaggagctgagtgggggctccc
ccatccacagaccttcccctcccacatggtcatccacagaccaagcctcc
tagcttggcagctttatacaagttgctttcccactcggagcctctggttc
tgcctctgcacttctccttccaggatccaggatcgtggactgtggggctt
gtgtgtgagcttgcctttaaacagcatttttgtaagcctgacttgacaat
tggcagccaaagtctccagctggtaccacacccaatgtctgccagcacta
gatgcggaggatctcatgtaaagaatttcgtttcttgcatctcgtgaaac
acttcaagactggccactttgtgcctgagttcttcatggtgagggaatgc
tggagtgctgtgaatacccctgtgagaacctggagccgacacatacccca
gtccttagatcaggaacactgagtaccagtggctgggttagttttgcctt
cccctccagcactggggacttcagcttgtttctctctgtaggaccagtaa
acctcttagtaattagtcaatgacttaatgcaatcaacatgtaaagggga
cacatggagccttactgcaaaagtccccagtggtgcatattgaactgtgc
ccaatgcagtgagctgtgtgtgcccatgcagcgaactgtgcccaatgcag
tcaggtctgactcatcacgaagatcagtgcatcatcagattatggtaaca
atcattggggcatgtttttctatatccaggcctcctcttgaacaatagaa
gccgtgaaataaaagggaacatggacatcaccactgtggtggcagcagcc
cccccccctctagggattcattggcaagtagtggggtgccacctttattc
ccagc
gaattcactggagcccagtgtggccttcaattcatagttatccttctgtt
taagcctcttatgtgctgggattacaaagagggaggcactatgtcagtta
tgattcaaaatgtttttatttccgtctaggggaccaaaataagatataag
atctcctagcttaatgtagtagaggaagaaggagaaaaatgtagaaatcc
tgaaggatcagaagcaagagtctgagttgatgttaggtgttttgagactg
gaaaagagtggagtcctagaggaaacattttggacaatgtatttgagttg
ccaagaaaggtgtacaaatataagaacaccatgtgcaccaagaaattagg
aagttaccaggacactgaagatgcttagtgaagaaatctaacagaaaaaa
aaaaaaaaaaggttgatgaaaaagtccaaactaattatctccataagtat
aaaagaagatcctgtgggggtgcttgtgagtttaagggaagaaaacttag
aatgtttctgattatattatcttttaaaatccacacaatactgggtgtag
tggtgcacccctttaatcctatctctcaggggacagatgcaggcagacgt
ctgtgagtttgaggccagtctggcctacatagtgagttccacagatagta
gatgtgtttataaaaagatagatgtgtttataaaaagataaagagagggg
agatatgttctatggggggtgtag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_88137694_88138846
seq2: B6Ng01-298K21.b_48_1202 (reverse)

seq1  GCTGGGATTAAAGGTATGCA--CCACTAC-TGCCCATGAATCCTAAGGGG  47
      ||||||| |||||||  |||  ||||||| |||| ||||||||  || ||
seq2  GCTGGGAATAAAGGT-GGCACCCCACTACTTGCCAATGAATCCCTAGAGG  49

seq1  GGGGGGGGCTGCTGC--ACACAGTGGTGATGTCCATG-TCCCTTTTATTT  94
      |||||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGGGGGGGCTGCTGCCACCACAGTGGTGATGTCCATGTTCCCTTTTATTT  99

seq1  CACGGCTTCTATTGTTCAGAGGGAGGCCTGGATATTAGAAAACATGCCCC  144
      ||||||||||||||||||   ||||||||||||||   |||||||| |||
seq2  CACGGCTTCTATTGTTCAAGAGGAGGCCTGGATATAGAAAAACATG-CCC  148

seq1  CAATGATTGTTACCATAATCTGATGATGCACTGATCTTCGTGATGAGTCA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGATTGTTACCATAATCTGATGATGCACTGATCTTCGTGATGAGTCA  198

seq1  GACCTGACTGCATTGGGCACAGTTCGCTGCATTGGGCACACACAGCTCAC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GACCTGACTGCATTGGGCACAGTTCGCTGCA-TGGGCACACACAGCTCAC  247

seq1  TGCATTGGGCACAGTTCAATATGCACCACTGGGGACTTTTGCAGTAAGGC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTGGGCACAGTTCAATATGCACCACTGGGGACTTTTGCAGTAAGGC  297

seq1  TCCATGTGTCCCCTTTACATGTTGATTGCATTAAGTCATTGACTAATTAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTGTCCCCTTTACATGTTGATTGCATTAAGTCATTGACTAATTAC  347

seq1  TAAGAGGTTTACTGGTCCTACAGAGAGAAACAAGCCTGAAGTCCCCAGTG  394
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAAGAGGTTTACTGGTCCTACAGAGAGAAACAAG-CTGAAGTCCCCAGTG  396

seq1  CTGGAGGGGAAGGCAAAACTAACCCAGCCACTGGTACTCAGTGTTCCTGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGGGGAAGGCAAAACTAACCCAGCCACTGGTACTCAGTGTTCCTGA  446

seq1  TCTAAGGACTGGGGTATGTGTCGGCTCCAGGTTCTCACAGGGGTATTCAC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGACTGGGGTATGTGTCGGCTCCAGGTTCTCACAGGGGTATTCAC  496

seq1  AGCACTCCAGCATTCCCTCACCATGAAGAACTCAGGCACAAAGTGGCCAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTCCAGCATTCCCTCACCATGAAGAACTCAGGCACAAAGTGGCCAG  546

seq1  TCTTGAAGTGTTTCACGAGATGCAAGAAACGAAATTCTTTACATGAGATC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAGTGTTTCACGAGATGCAAGAAACGAAATTCTTTACATGAGATC  596

seq1  CTCCGCATCTAGTGCTGGCAGACATTGGGTGTGGTACCAGCTGGAGACTT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGCATCTAGTGCTGGCAGACATTGGGTGTGGTACCAGCTGGAGACTT  646

seq1  TGGCTGCCAATTGTCAAGTCAGGCTTACAAAAATGCTGTTTAAAGGCAAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCCAATTGTCAAGTCAGGCTTACAAAAATGCTGTTTAAAGGCAAG  696

seq1  CTCACACACAAGCCCCACAGTCCACGATCCTGGATCCTGGAAGGAGAAGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACACACAAGCCCCACAGTCCACGATCCTGGATCCTGGAAGGAGAAGT  746

seq1  GCAGAGGCAGAACCAGAGGCTCCGAGTGGGAAAGCAACTTGTATAAAGCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCAGAACCAGAGGCTCCGAGTGGGAAAGCAACTTGTATAAAGCT  796

seq1  GCCAAGCTAGGAGGCTTGGTCTGTGGATGACCATGTGGGAGGGGAAGGTC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGCTAGGAGGCTTGGTCTGTGGATGACCATGTGGGAGGGGAAGGTC  846

seq1  TGTGGATGGGGGAGCCCCCACTCAGCTCCTCTTCCAGGACAGTGCTGAGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGATGGGGGAGCCCCCACTCAGCTCCTCTTCCAGGACAGTGCTGAGG  896

seq1  AAACTGCTAGAACTTAAGGTAACTCCCAGCACTCCTGGCCAGAGCTACTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCTAGAACTTAAGGTAACTCCCAGCACTCCTGGCCAGAGCTACTC  946

seq1  CCAAGCCCCAAGCCCCAGAATGGAGCCTGCTAAACTCCTTTTGGCAGTAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCCCAAGCCCCAGAATGGAGCCTGCTAAACTCCTTTTGGCAGTAT  996

seq1  GCCGTCCCAGCTCCACAGTCAGCAATGGACCACCAAGGCTGGGGCTGCTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGTCCCAGCTCCACAGTCAGCAATGGACCACCAAGGCTGGGGCTGCTC  1046

seq1  TGTCTAATTAACCTAAATAATGAGGTTTCCTGTGGTTCAAGTACCACTCG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAATTAACCTAAATAATGAGGTTTCCTGTGGTTCAAGTACCACTCG  1096

seq1  GGCCACAGGTCCCACTGCTACCCAGGACCAGCTCTAGGAGAGCAAGATGG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACAGGTCCCACTGCTACCCAGGACCAGCTCTAGGAGAGCAAGATGG  1146

seq1  GGTGAATTC  1153
      |||||||||
seq2  GGTGAATTC  1155

seq1: chr6_88025716_88026438
seq2: B6Ng01-298K21.g_66_789

seq1  GAATTCACTGGAGCCCAGTGTGGCCTTCAATTCATAGTTATCCTTCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGAGCCCAGTGTGGCCTTCAATTCATAGTTATCCTTCTGTT  50

seq1  TAAGCCTCTTATGTGCTGGGATTACAAAGAGGGAGGCACTATGTCAGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTCTTATGTGCTGGGATTACAAAGAGGGAGGCACTATGTCAGTTA  100

seq1  TGATTCAAAATGTTTTTATTTCCGTCTAGGGGACCAAAATAAGATATAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCAAAATGTTTTTATTTCCGTCTAGGGGACCAAAATAAGATATAAG  150

seq1  ATCTCCTAGCTTAATGTAGTAGAGGAAGAAGGAGAAAAATGTAGAAATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTAGCTTAATGTAGTAGAGGAAGAAGGAGAAAAATGTAGAAATCC  200

seq1  TGAAGGATCAGAAGCAAGAGTCTGAGTTGATGTTAGGTGTTTTGAGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGATCAGAAGCAAGAGTCTGAGTTGATGTTAGGTGTTTTGAGACTG  250

seq1  GAAAAGAGTGGAGTCCTAGAGGAAACATTTTGGACAATGTATTTGAGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAGTGGAGTCCTAGAGGAAACATTTTGGACAATGTATTTGAGTTG  300

seq1  CCAAGAAAGGTGTACAAATATAAGAACACCATGTGCACCAAGAAATTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAAGGTGTACAAATATAAGAACACCATGTGCACCAAGAAATTAGG  350

seq1  AAGTTACCAGGACACTGAAGATGCTTAGTGAAGAAATCTAACAGAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACCAGGACACTGAAGATGCTTAGTGAAGAAATCTAACAGAAAAAA  400

seq1  AAAAAAAAAAGGTTGATGAAAAAGTCCAAACTAATTATCTCCATAAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAGGTTGATGAAAAAGTCCAAACTAATTATCTCCATAAGTAT  450

seq1  AAAAGAAGATCCTGTGGGGGTGCTTGTGAGTTTAAGGGAAGAAAACTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGATCCTGTGGGGGTGCTTGTGAGTTTAAGGGAAGAAAACTTAG  500

seq1  AATGTTTCTGATTATATTATCTTTTAAAATCCACACAATACTGGGTGTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTCTGATTATATTATCTTTTAAAATCCACACAATACTGGGTGTAG  550

seq1  TGGTGCACCCCTTTAATCCTATCTCTCAGGGGACAGATGCAGGCAGACGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCACCCCTTTAATCCTATCTCTCAGGGGACAGATGCAGGCAGACGT  600

seq1  CTGTGAGTTTGAGGCCAGTCTGGCCTACATAGTGAGTTCCACAGATAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGTTTGAGGCCAGTCTGGCCTACATAGTGAGTTCCACAGATAGTA  650

seq1  GATGTGTTTATAAAAAGATAGATGTGTTTATAAAAAGATAAAGAGAGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTTTATAAAAAGATAGATGTGTTTATAAAAAGATAAAGAGAGGGG  700

seq1  AGATATGTTCTAT-GGGGGTGTAG  723
      ||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGATATGTTCTATGGGGGGTGTAG  724