BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-299L24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 36,949,618 - 37,016,500
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDgki
Upstream gene9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370, Ptn, LOC100039514, EG665024
Downstream geneCreb3l2, Akr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636, LOC665102, Trim24, Svopl, Atp6v0a4, LOC100039657
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-299L24.bB6Ng01-299L24.g
ACCGA094504GA094505
length1,0861,087
definitionB6Ng01-299L24.b B6Ng01-299L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,949,618 - 36,950,705)(37,015,413 - 37,016,500)
sequence
gaattcagtctgaacagtagatgctgccttggaaggcaaaactgggttga
ttcatcagaggacacaggactccaaattggaaaggtggggagagggacca
catactgacaggcaggaaagaatgcctctataaaccacactaaatattaa
aactagttcatctgaacaccccaaaataattatccaagtagaatcatcta
ttttacatatagcaaaatttaccaaatagaaggtcaaataactttaagat
aaataaagtgagattgcacatgttcccatgagagccatcaaggaagggca
tgtggttccttcttgattttttctctctcctttctaacacagtgaggtcc
ccagagcatgcgcatactctgtcatctgctttccagtgtctccatgtcac
ccaggaaggcaagcacagactcactcattgagcaaaggcatcgaggttct
ccgcttgctcttctgtaccatgttggcctgattcctcaaggagatccgaa
tcatagcaggtgccaaccgacatggctccccgtccacttgcatgggaatg
gacttgtaagtcagaagcatcacttcccgacactggtgcagcctttctcc
gtgccccccaacttgcagggcagcctgtccaaggaaggagaagaggaacc
aagagtcaatgactaaaacttcaggaagccacatccagatctattgcaga
tacccaacagcctttgatagcatccgtaacactcattagccaacaagagc
ttgaagacatcatagctacaaataaattcaatgtggaaagctactgagga
agtgtatcatgtattcgcagcgatagctactgtccattttacacagtatg
aatgtaaatacagctgtgccaggaaaaagaggaatgcatgtttatgtatc
tttcatgttgaggttgcatgctatacagggcatggtggaaagtcagggga
cagcttgcaggaatggattttctccttccagcatgtaggtcccactggta
gaactgtcaggcttgggcagcatgtgctttatcttgtgagcatcttgaca
gacctcatgcagatattaatacaaaggggtgtgtgt
gaattctctgaaactgttaatacctcagagatgacttcagcattggcaac
acacccaggcctttacagaaacagtttgtgaacccctcctctagtctttg
ttttaaaatagaatcttaatgatatagaattatgctatccttttgtgacc
ctcctgcttcagccacccgaatgccaggatgatctgctcacactggccta
tcagcctcccatctgccttttggagtgtctgtgtcgatagaagcatagca
cctttgtggtgaaggaaacctgagaagaaagattgtgttgtgttagctag
gttaagggtttacaggtctccacaaagcagatacaactcctcaaactagc
cacagggctggaacaagtgtagtttgaatgaatcgtagttgatgttttta
gtgggtcagagtcttcgcagtataagattcaacctaacagtttccctagg
gccttcatttgtcaagagcctccggttataggaacagcctcactggtctg
gacagttccctgccaccatctcaccacattttgcttttcttgttatttcc
atttcttcccagttgtcacacatgtaacctctgtgcttctagtgaaactc
cacgtcctagggacagcgtctccttctgggattaggtgtcaaccagtctc
tgtgctgctcatgctgctgggtctactgaactggtgagaggctgctgctg
ggacagcatctcatctgttcggataggctcctgtgaccttgggatgacgt
gtcttgttcagggtctgataatttggagcactgtaaggtgaacacctgtg
tcctcttcattatctgccatctgagtcactacagacagtgacttttctct
tgaccattatgggtataattttgggccattttcacataattttaatatgc
cagaaagtgtggaaattgattttgcaaggtcaatatgcaaaaatatgtgt
gcacaaatatggtattgatatattttagtagtgcaggtatccttctaggg
aatttgatgtcaaatacagaaagaaacaaataactgatccctctaaggtg
gcagaagagatcttgggggtttaagagcttggttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_36949618_36950705
seq2: B6Ng01-299L24.b_50_1135

seq1  GAATTCAGTCTGAACAGTAGATGCTGCCTTGGAAGGCAAAACTGGGTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTGAACAGTAGATGCTGCCTTGGAAGGCAAAACTGGGTTGA  50

seq1  TTCATCAGAGGACACAGGACTCCAAATTGGAAAGGTGGGGAGAGGGACCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCAGAGGACACAGGACTCCAAATTGGAAAGGTGGGGAGAGGGACCA  100

seq1  CATACTGACAGGCAGGAAAGAATGCCTCTATAAACCACACTAAATATTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGACAGGCAGGAAAGAATGCCTCTATAAACCACACTAAATATTAA  150

seq1  AACTAGTTCATCTGAACACCCCAAAATAATTATCCAAGTAGAATCATCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTTCATCTGAACACCCCAAAATAATTATCCAAGTAGAATCATCTA  200

seq1  TTTTACATATAGCAAAATTTACCAAATAGAAGGTCAAATAACTTTAAGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATATAGCAAAATTTACCAAATAGAAGGTCAAATAACTTTAAGAT  250

seq1  AAATAAAGTGAGATTGCACATGTTCCCATGAGAGCCATCAAGGAAGGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAGTGAGATTGCACATGTTCCCATGAGAGCCATCAAGGAAGGGCA  300

seq1  TGTGGTTCCTTCTTGATTTTTTCTCTCTCCTTTCTAACACAGTGAGGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTCCTTCTTGATTTTTTCTCTCTCCTTTCTAACACAGTGAGGTCC  350

seq1  CCAGAGCATGCGCATACTCTGTCATCTGCTTTCCAGTGTCTCCATGTCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCATGCGCATACTCTGTCATCTGCTTTCCAGTGTCTCCATGTCAC  400

seq1  CCAGGAAGGCAAGCACAGACTCACTCATTGAGCAAAGGCATCGAGGTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGGCAAGCACAGACTCACTCATTGAGCAAAGGCATCGAGGTTCT  450

seq1  CCGCTTGCTCTTCTGTACCATGTTGGCCTGATTCCTCAAGGAGATCCGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTTGCTCTTCTGTACCATGTTGGCCTGATTCCTCAAGGAGATCCGAA  500

seq1  TCATAGCAGGTGCCAACCGACATGGCTCCCCGTCCACTTGCATGGGAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCAGGTGCCAACCGACATGGCTCCCCGTCCACTTGCATGGGAATG  550

seq1  GACTTGTAAGTCAGAAGCATCACTTCCCGACACTGGTGCAGCCTTTCTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTAAGTCAGAAGCATCACTTCCCGACACTGGTGCAGCCTTTCTCC  600

seq1  GTGCCCCCCAACTTGCAGGGCAGCCTGTCCAAGGAAGGAGAAGAGGAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCCCCAACTTGCAGGGCAGCCTGTCCAAGGAAGGAGAAGAGGAACC  650

seq1  AAGAGTCAATGACTAAAACTTCAGGAAGCCACATCCAGATCTATTGCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCAATGACTAAAACTTCAGGAAGCCACATCCAGATCTATTGCAGA  700

seq1  TACCCAACAGCCTTTGATAGCATCCGTAACACTCATTAGCCAACAAGAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAACAGCCTTTGATAGCATCCGTAACACTCATTAGCCAACAAGAGC  750

seq1  TTGAAGACATCATAGCTACAAATAAATTCAATGTGGAAAGCTACTGAGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGACATCATAGCTACAAATAAATTCAATGTGGAAAGCTACTGAGGA  800

seq1  AGTGTATCATGTATTCGCAGCGATAGCTACTGTCCATTTTACACAGTATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATCATGTATTCGCAGCGATAGCTACTGTCCATTTTACACAGTATG  850

seq1  AATGTAAATACAGCTGTGCCAGGAAAAAGAGGAATGCATGTTTATGTATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAATACAGCTGTGCCAGGAAAAAGAGGAATGCATGTTTATGTATC  900

seq1  TTTCATGTTGAGGTTGCATGCTATACAGGGCAT-GTGG-AAGTCAGGGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
seq2  TTTCATGTTGAGGTTGCATGCTATACAGGGCATGGTGGAAAGTCAGGGGA  950

seq1  CAGCTTGCAGGAATGGATTTTCTCCTTCCAGCATGTAGGTCCCACTGGTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGCAGGAATGGATTTTCTCCTTCCAGCATGTAGGTCCCACTGGTA  1000

seq1  GAACTGTCAGGCTT-GGCAGCATGTGCCTTTATCTGTTGAGCCATCTTGA  1047
      |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||
seq2  GAACTGTCAGGCTTGGGCAGCATGTG-CTTTATCTTGTGAG-CATCTTGA  1048

seq1  CAGACCTCATGCAAGATTAATTAATACAAAGGGTTGTGTGT  1088
      |||||||||||| ||||  |||||||||||||| |||||||
seq2  CAGACCTCATGC-AGAT--ATTAATACAAAGGGGTGTGTGT  1086

seq1: chr6_37015413_37016500
seq2: B6Ng01-299L24.g_67_1153 (reverse)

seq1  GAGAACCCAGCTCCTTAA-CCCCAAGATCTTCCTCCTG-CAACTTAGAGG  48
      ||||||| ||||| | || |||||||||||  || ||| || ||||||||
seq2  GAGAACCAAGCTCTTAAACCCCCAAGATCT--CTTCTGCCACCTTAGAGG  48

seq1  G-TCAGTTATTTGTTTCTTTCTGTATTTGACATCAAATTTCCTAGAAGGA  97
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GATCAGTTATTTGTTTCTTTCTGTATTTGACATCAAATTCCCTAGAAGGA  98

seq1  ATTACTTGCACTACTAAAATATATCAATACCATAATTTGTGCACACATA-  146
        ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  --TACCTGCACTACTAAAATATATCAATACCAT-ATTTGTGCACACATAT  145

seq1  TTTTGCATATTTGACCTTGCAAAATCAATTTCCACACTTTCTGGCATATT  196
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCATA-TTGACCTTGCAAAATCAATTTCCACACTTTCTGGCATATT  194

seq1  AAAATTATGTGAAAATGG-CCAAAATTATACCCATAATGGTCAAGAGAAA  245
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATGTGAAAATGGCCCAAAATTATACCCATAATGGTCAAGAGAAA  244

seq1  AGTCACTGTCTGTAGTGACTCAGATGGCAGATAATGAAGAGGACACAGGT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTGTCTGTAGTGACTCAGATGGCAGATAATGAAGAGGACACAGGT  294

seq1  GTTCACCTTACAGTGCTCCAAATTATCAGACCCTGAACAAGACACGTCAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACCTTACAGTGCTCCAAATTATCAGACCCTGAACAAGACACGTCAT  344

seq1  CCCAAGGTCACAGGAGCCTATCCGAACAGATGAGATGCTGTCCCAGCAGC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGTCACAGGAGCCTATCCGAACAGATGAGATGCTGTCCCAGCAGC  394

seq1  AGCCTCTCACCAGTTCAGTAGACCCAGCAGCATGAGCAGCACAGAGACTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCTCACCAGTTCAGTAGACCCAGCAGCATGAGCAGCACAGAGACTG  444

seq1  GTTGACACCTAATCCCAGAAGGAGACGCTGTCCCTAGGACGTGGAGTTTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACACCTAATCCCAGAAGGAGACGCTGTCCCTAGGACGTGGAGTTTC  494

seq1  ACTAGAAGCACAGAGGTTACATGTGTGACAACTGGGAAGAAATGGAAATA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAAGCACAGAGGTTACATGTGTGACAACTGGGAAGAAATGGAAATA  544

seq1  ACAAGAAAAGCAAAATGTGGTGAGATGGTGGCAGGGAACTGTCCAGACCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAAAAGCAAAATGTGGTGAGATGGTGGCAGGGAACTGTCCAGACCA  594

seq1  GTGAGGCTGTTCCTATAACCGGAGGCTCTTGACAAATGAAGGCCCTAGGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGCTGTTCCTATAACCGGAGGCTCTTGACAAATGAAGGCCCTAGGG  644

seq1  AAACTGTTAGGTTGAATCTTATACTGCGAAGACTCTGACCCACTAAAAAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGTTAGGTTGAATCTTATACTGCGAAGACTCTGACCCACTAAAAAC  694

seq1  ATCAACTACGATTCATTCAAACTACACTTGTTCCAGCCCTGTGGCTAGTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTACGATTCATTCAAACTACACTTGTTCCAGCCCTGTGGCTAGTT  744

seq1  TGAGGAGTTGTATCTGCTTTGTGGAGACCTGTAAACCCTTAACCTAGCTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGTTGTATCTGCTTTGTGGAGACCTGTAAACCCTTAACCTAGCTA  794

seq1  ACACAACACAATCTTTCTTCTCAGGTTTCCTTCACCACAAAGGTGCTATG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACACAATCTTTCTTCTCAGGTTTCCTTCACCACAAAGGTGCTATG  844

seq1  CTTCTATCGACACAGACACTCCAAAAGGCAGATGGGAGGCTGATAGGCCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATCGACACAGACACTCCAAAAGGCAGATGGGAGGCTGATAGGCCA  894

seq1  GTGTGAGCAGATCATCCTGGCATTCGGGTGGCTGAAGCAGGAGGGTCACA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGCAGATCATCCTGGCATTCGGGTGGCTGAAGCAGGAGGGTCACA  944

seq1  AAAGGATAGCATAATTCTATATCATTAAGATTCTATTTTAAAACAAAGAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATAGCATAATTCTATATCATTAAGATTCTATTTTAAAACAAAGAC  994

seq1  TAGAGGAGGGGTTCACAAACTGTTTCTGTAAAGGCCTGGGTGTGTTGCCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGAGGGGTTCACAAACTGTTTCTGTAAAGGCCTGGGTGTGTTGCCA  1044

seq1  ATGCTGAAGTCATCTCTGAGGTATTAACAGTTTCAGAGAATTC  1088
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGAAGTCATCTCTGAGGTATTAACAGTTTCAGAGAATTC  1087