BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-302C10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 82,815,233 - 82,838,158
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG622318
Upstream gene1700009C05Rik, AW146020, Mrpl19, Tmem166, EG622198, Tacr1, Pole4, LOC100043412, Hk2
Downstream geneSema4f, D6Mm5e, Dok1, Loxl3, Htra2, Aup1, Dqx1, Tlx2, Pcgf1, Lbx2, A230058J24Rik, Mrpl53, Gcs1, Wbp1, Znhit4, Rtkn, Wdr54, 1700003E16Rik, Dctn1, C330016K18Rik, Mthfd2, Mobk1b, Bola3, D230004J03Rik, Dguok, Actg2, Stambp, LOC664956, Clec4f, Cd207, Vax2os2, Vax2os1, Vax2, Atp6v1b1, 1700124L16Rik, Ankrd53, Tex261, LOC665004, Nagk, Paip2b, LOC384450, LOC622683, LOC380687
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-302C10.bB6Ng01-302C10.g
ACCGA096278GA096279
length1,1621,143
definitionB6Ng01-302C10.b B6Ng01-302C10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,815,233 - 82,816,383)(82,837,005 - 82,838,158)
sequence
gaattctcctacctggaacatttatagggattgtatatgggaccaggtca
gatcccaagtctgtctgctcagatgtgcttttctcatagacactctggct
ccgtgacacgggacatgttatccaagttatctgagtctccatcaccttgc
acatatgataagataaaaactataggttgttgtgaaatcactcagataat
ctgtgaaaagtgctgagcgcagttggtgcttggtgtaagatcctttctgg
gcctctgcctgatgagtgctgacattcctgtatgagaacactggaagggc
cacatcccatatggtgctgactctggatgtagtcaaaggtagaggactgc
cgtgctggccagtcttagtgtcaacttgacacaagctagagtcatctgaa
agaggcgacccacaactgaggaaacgcttccataagagcctactttaagg
cattttcttaattactggttgatgtgggagggcccaggcctttgtggttg
gtgccatccctgggctggtggtcctgggttctacaagaaagcaggctgag
caagcaatggggagcaagtcagtaagcagcatccctccatgacctctgca
tcagctcctgcctccagagtcctgttctgagttccttcaataatggtgtg
atgtgaaagtgtaaaccgaaaaaattctttcttctccaacttgatttttg
atcacggggtttcgtcacagcaatagaaaccctaactaagacaattgctg
aaggggcagatcagatcccctcaaaagtatcctccacaaaagattaaaag
tccctcttgctagcccaaaagtctgggggaggggtatatatgcatacaca
catttgcctgcatgtctaggccagaggctaaccttgggtaccactgccac
catgcttaacttcatctaagaattcatctaaatggatgatttgtaagaaa
aatattttattcatgtatctgtttctctttggacacgtctagtttttgag
acaaggctgatcttcactatgtagccaggcttgttcctcagttcatgcaa
tcttcctgccttcagctttccttgagatatgagctacaaaaccctgactt
ggatttgattatggttgaaaggcctattattctaaggaaagaacgtcaag
ttacgtattaac
gaattcagagacaatgtcatttccaatactgccatcccgcacctgatcaa
ccttatttcaaaaaacatactagtcacatctcttcggaacgtcacatgga
ctttggccaacttatgccgaaactaagatccacatccttatgaggaggca
ctgaggcagatgctagcgaccctctgtcagctcccgctgcatcatgataa
tgagattctttcagatatctgctgggccctggcctacctgactgagggta
gcaaagagttcgtccatcacgtggtgaccaccgacatcctgcccgggctt
gtagaacttaggaccggctcagaactcagtgccttgtctccacactatag
gcagccttgtggctggagcagatgagcagacccaaatggccatcgatgct
ggcatgcagaaggtgttgggccaggtcctgaagcacccaaagtccttcat
ccagatgctggctgccaggaccatgagcaacatggctgctgggcccaggc
atcacatccagcagctggctttgtgtaacttgctgcctctcttggtagac
ctactaaggaatgcagaattaaaagtccagaaagagattgtgtgcaccgt
ggctaacatggcaacagggaccactcaggaatctcggagccaatgctgag
tctgctcattgccccagacatggaggttgtcactgtcatccttgacatca
tttctcatcttctccaggtagacaatctacaggagaagaaaaggctgtgt
tttcagataggggaagttggtggctttgaaacaatgaagtccctaagcac
cagcacaacacttacatcagcaatggtgccctggacatcattgcaaaata
tttatatgaggacaaagacaatgacagtttacccagggcctgggctgaga
gtgtgaatacatggagaactaaggcatctcacacaccattattttcagcc
ggagtacagatcagtcatggacttccacacagaccacgtgtgacatccac
attggtcttcaagtggcagtgcagatctgacatcagctgagtccctctgc
cacagcagacaacggacagcatcatagccctccacagccagcacagtcga
agacgtcacattggcttcaggggcagccagatctgaacacagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_82815233_82816383
seq2: B6Ng01-302C10.b_45_1206

seq1  GAATTCTCCTACCTGGAACATTTATAGGGATTGTATATGGGACCAGGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTACCTGGAACATTTATAGGGATTGTATATGGGACCAGGTCA  50

seq1  GATCCCAAGTCTGTCTGCTCAGATGTGCTTTTCTCATAGACACTCTGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCAAGTCTGTCTGCTCAGATGTGCTTTTCTCATAGACACTCTGGCT  100

seq1  CCGTGACACGGGACATGTTATCCAAGTTATCTGAGTCTCCATCACCTTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGACACGGGACATGTTATCCAAGTTATCTGAGTCTCCATCACCTTGC  150

seq1  ACATATGATAAGATAAAAACTATAGGTTGTTGTGAAATCACTCAGATAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATGATAAGATAAAAACTATAGGTTGTTGTGAAATCACTCAGATAAT  200

seq1  CTGTGAAAAGTGCTGAGCGCAGTTGGTGCTTGGTGTAAGATCCTTTCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAAAAGTGCTGAGCGCAGTTGGTGCTTGGTGTAAGATCCTTTCTGG  250

seq1  GCCTCTGCCTGATGAGTGCTGACATTCCTGTATGAGAACACTGGAAGGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTGATGAGTGCTGACATTCCTGTATGAGAACACTGGAAGGGC  300

seq1  CACATCCCATATGGTGCTGACTCTGGATGTAGTCAAAGGTAGAGGACTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCCCATATGGTGCTGACTCTGGATGTAGTCAAAGGTAGAGGACTGC  350

seq1  CGTGCTGGCCAGTCTTAGTGTCAACTTGACACAAGCTAGAGTCATCTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCTGGCCAGTCTTAGTGTCAACTTGACACAAGCTAGAGTCATCTGAA  400

seq1  AGAGGCGACCCACAACTGAGGAAACGCTTCCATAAGAGCCTACTTTAAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCGACCCACAACTGAGGAAACGCTTCCATAAGAGCCTACTTTAAGG  450

seq1  CATTTTCTTAATTACTGGTTGATGTGGGAGGGCCCAGGCCTTTGTGGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCTTAATTACTGGTTGATGTGGGAGGGCCCAGGCCTTTGTGGTTG  500

seq1  GTGCCATCCCTGGGCTGGTGGTCCTGGGTTCTACAAGAAAGCAGGCTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCATCCCTGGGCTGGTGGTCCTGGGTTCTACAAGAAAGCAGGCTGAG  550

seq1  CAAGCAATGGGGAGCAAGTCAGTAAGCAGCATCCCTCCATGACCTCTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAATGGGGAGCAAGTCAGTAAGCAGCATCCCTCCATGACCTCTGCA  600

seq1  TCAGCTCCTGCCTCCAGAGTCCTGTTCTGAGTTCCTTCAATAATGGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCCTGCCTCCAGAGTCCTGTTCTGAGTTCCTTCAATAATGGTGTG  650

seq1  ATGTGAAAGTGTAAACCGAAAAAATTCTTTCTTCTCCAACTTGATTTTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAAGTGTAAACCGAAAAAATTCTTTCTTCTCCAACTTGATTTTTG  700

seq1  ATCACGGGGTTTCGTCACAGCAATAGAAACCCTAACTAAGACAATTGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACGGGGTTTCGTCACAGCAATAGAAACCCTAACTAAGACAATTGCTG  750

seq1  AAGGGGCAGATCAGATCCCCTCAAAAGTATCCTCCACAAAAGATTAAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGCAGATCAGATCCCCTCAAAAGTATCCTCCACAAAAGATTAAAAG  800

seq1  TCCCTCTTGCTAGCCCAAAAGTCTGGGGGAGGGGTATATATGCATACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTTGCTAGCCCAAAAGTCTGGGGGAGGGGTATATATGCATACACA  850

seq1  CATTTGCCTGCATGTCTAGGCCAGAGGCTAACCTTGGGTACCACTGCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGCCTGCATGTCTAGGCCAGAGGCTAACCTTGGGTACCACTGCCAC  900

seq1  CATGCTTAACTTCATCTAAGAATTCATCTAAATGGATGA-TTGTAAGAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CATGCTTAACTTCATCTAAGAATTCATCTAAATGGATGATTTGTAAGAAA  950

seq1  AATATTTTATTCATGTATCTG-TTCTCTTTGGACACGTCTAGTTTTTGAG  998
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTATTCATGTATCTGTTTCTCTTTGGACACGTCTAGTTTTTGAG  1000

seq1  ACAAGGCTGATC-TCACTATGTAGCCCAGGC-TGTT-CTCAGGTTCATGG  1045
      |||||||||||| ||||||||||| |||||| |||| |||| |||||| |
seq2  ACAAGGCTGATCTTCACTATGTAG-CCAGGCTTGTTCCTCA-GTTCAT-G  1047

seq1  CAATCTTCCTG-CTTCAGCTT--CCTGAGATATGAGCTACCAAA-CCTGA  1091
      ||||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||| ||| |||||
seq2  CAATCTTCCTGCCTTCAGCTTTCCTTGAGATATGAGCTACAAAACCCTGA  1097

seq1  CTTGTATTTGAATATGTTT--AAAGCCTA-TATTCT-AGGAAAGAAGGGC  1137
      |||| |||||| |||| ||  || ||||| |||||| ||||||||| | |
seq2  CTTGGATTTGATTATGGTTGAAAGGCCTATTATTCTAAGGAAAGAACGTC  1147

seq1  CAG-TACGTATTAAC  1151
       || |||||||||||
seq2  AAGTTACGTATTAAC  1162

seq1: chr6_82837005_82838158
seq2: B6Ng01-302C10.g_65_1207 (reverse)

seq1  CCTGTGTTATCACTGTGTCTGGTCTGTGCTGCCCCCTGAAGCCATGTTGA  50
      |||||||          || | |||| |||| ||||||||||||   |||
seq2  CCTGTGT----------TCAGATCTG-GCTG-CCCCTGAAGCCAATGTGA  38

seq1  CGTCACTGGCCTGTGCT-GCTGTGGAGGGCTATGATGCTGTCCGTGGTTC  99
      ||||  | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  
seq2  CGTC-TTCGACTGTGCTGGCTGTGGAGGGCTATGATGCTGTCCGTTGT--  85

seq1  TTGCTGTGGCAGAGGG-CTCAGCTGATGTCCAAGATCTGCACTGCCACCT  148
       ||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||| |
seq2  CTGCTGTGGCAGAGGGACTCAGCTGATGTC--AGATCTGCACTGCCACTT  133

seq1  G-AGACCAATGTGGATGTCACACGTGGTCTGTGTGGAAGTCCATGACTGA  197
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACCAATGTGGATGTCACACGTGGTCTGTGTGGAAGTCCATGACTGA  183

seq1  TCTGTACTCCGGCTGAAA--TATGGTGTGTGAGATGCCTTAGTTCTCCAT  245
      ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACTCCGGCTGAAAATAATGGTGTGTGAGATGCCTTAGTTCTCCAT  233

seq1  GTATTCACACTCTCAGCCCAGG-CCTGGGTAAACTGTCATTGTCTTTGTC  294
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCACACTCTCAGCCCAGGCCCTGGGTAAACTGTCATTGTCTTTGTC  283

seq1  CTCATATAAATATTTTGCAATGATGTCCAGGGCACCATTGCTGATGTAAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATAAATATTTTGCAATGATGTCCAGGGCACCATTGCTGATGTAAG  333

seq1  TGTTGTGCTGGTGCTTAGGGACTTCATTGTTTCAAAGCCACCAACTTCCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGCTGGTGCTTAGGGACTTCATTGTTTCAAAGCCACCAACTTCCC  383

seq1  CTATCTGAAAACACAGCCTTTTCTTCTCCTGTAGATTGTCTACCTGGAGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGAAAACACAGCCTTTTCTTCTCCTGTAGATTGTCTACCTGGAGA  433

seq1  AGATGAGAAATGATGTCAAGGATGACAGTGACAACCTCCATGTCTGGGGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGAGAAATGATGTCAAGGATGACAGTGACAACCTCCATGTCTGGGGC  483

seq1  AATGAGCAGACTCAGCATTGGCTCCGAGATTCCTGAGTGGTCCCTGTTGC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCAGACTCAGCATTGGCTCCGAGATTCCTGAGTGGTCCCTGTTGC  533

seq1  CATGTTAGCCACGGTGCACACAATCTCTTTCTGGACTTTTAATTCTGCAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTAGCCACGGTGCACACAATCTCTTTCTGGACTTTTAATTCTGCAT  583

seq1  TCCTTAGTAGGTCTACCAAGAGAGGCAGCAAGTTACACAAAGCCAGCTGC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGTAGGTCTACCAAGAGAGGCAGCAAGTTACACAAAGCCAGCTGC  633

seq1  TGGATGTGATGCCTGGGCCCAGCAGCCATGTTGCTCATGGTCCTGGCAGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGTGATGCCTGGGCCCAGCAGCCATGTTGCTCATGGTCCTGGCAGC  683

seq1  CAGCATCTGGATGAAGGACTTTGGGTGCTTCAGGACCTGGCCCAACACCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCTGGATGAAGGACTTTGGGTGCTTCAGGACCTGGCCCAACACCT  733

seq1  TCTGCATGCCAGCATCGATGGCCATTTGGGTCTGCTCATCTGCTCCAGCC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATGCCAGCATCGATGGCCATTTGGGTCTGCTCATCTGCTCCAGCC  783

seq1  ACAAGGCTGCCTATAGTGTGGAGACAAGGCACTGAGTTCTGAGCCGGTCC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCTGCCTATAGTGTGGAGACAAGGCACTGAGTTCTGAGCCGGTCC  833

seq1  TAAGTTCTACAAGCCCGGGCAGGATGTCGGTGGTCACCACGTGATGGACG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTCTACAAGCCCGGGCAGGATGTCGGTGGTCACCACGTGATGGACG  883

seq1  AACTCTTTGCTACCCTCAGTCAGGTAGGCCAGGGCCCAGCAGATATCTGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTTGCTACCCTCAGTCAGGTAGGCCAGGGCCCAGCAGATATCTGA  933

seq1  AAGAATCTCATTATCATGATGCAGCGGGAGCTGACAGAGGGTCGCTAGCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCTCATTATCATGATGCAGCGGGAGCTGACAGAGGGTCGCTAGCA  983

seq1  TCTGCCTCAGTGCCTCCTCATAAGGATGTGGATCTTAGTTTCGGCATAAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCAGTGCCTCCTCATAAGGATGTGGATCTTAGTTTCGGCATAAG  1033

seq1  TTGGCCAAAGTCCATGTGACGTTCCGAAGAGATGTGACTAGTATGTTTTT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCAAAGTCCATGTGACGTTCCGAAGAGATGTGACTAGTATGTTTTT  1083

seq1  TGAAATAAGGTTGATCAGGTGCGGGATGGCAGTATTGGAAATGACATTGT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAAGGTTGATCAGGTGCGGGATGGCAGTATTGGAAATGACATTGT  1133

seq1  CTCTGAATTC  1154
      ||||||||||
seq2  CTCTGAATTC  1143