BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303A08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 117,517,605 - 117,654,975
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneOlfr215, Zfp422, Rassf4, 8430408G22Rik, C230095G01Rik, LOC100043439, Cxcl12, LOC213422, EG640142, LOC100043777, LOC621462
Downstream geneEG640370, EG621705, LOC100043779, Zfp637, Zfp239, 4933440N22Rik, Hnrpf, Fxyd4, LOC232338, Rasgef1a, Galnact2, Ret, 1700069P05Rik, Bms1, Zfp248, Zfp9, Ankrd26, Cacna1c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303A08.bB6Ng01-303A08.g
ACCGA096924GA096925
length1,102534
definitionB6Ng01-303A08.b B6Ng01-303A08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,517,605 - 117,518,717)(117,654,436 - 117,654,975)
sequence
gaattccagtgtcagtgtcccttcctctgctcttggactctagggcaaac
caagagtctaatgcagctcctgtcctgcagaggtgatgaacaccatgcac
aaggtcacagagactctgcccacatcatcttggttatcaaactcaagtag
aactaatactgctcgaagacaaatgtctttaaagtcccactgtccagtta
caaataaacagaggaaggagagagatggggaggtggtacagagtgccttg
gggacagaaggaagaaaatacccagagcatgcacaaagccaagtggtgac
gaactctggaggacttatctcatccaagagagagataagagtggctggag
gaaaccgggcttgggagacaccccagtctctaaagtgctggccccacaag
catgaggacctgagtttgatcgccaaaatatacactttaaaagtcaagtt
tagcagtgtgcacttgtaattccagtactgggaaggctaagacaggccgc
tactgggtttcaccagacagacagcctagcctactaggcaaggtgcagac
caacaagacagaccatcctgtgaaacaagtgggtggctcctaaggaatgg
tgcacacacaaaaaaaaaaaaaattttttttaaatataaaaataaatata
gcagtaaaaatcagggcaaaaattaaaacaattaggagagaaaatagaat
ttaacattttaaataatatctagtagtactccagaggaaactacagaaaa
ggtgaataacatgggatgcttttggttcagtgttacgccttaaactcaga
gatctacctacctctgcctcctgagtactaggattaaaggtgtgtgctgc
cacacccagtgaccagcagaaatttttttcgaaattcatatctcagtaat
tactaaaacagatggggaaagcagtaaataaatataaaaaaacatatatt
tgaaataactactgaccaactttaacctgattgacaggcacagaatgtac
aacttccaagggtccccatgtcagatgtatacatgtcagacaagttctag
aactacttgtgctattcagattccagtaaggaaggatgtctccccaaggt
cc
accctcagccggggtccagagggcttcctggctgtcaggcatctccatca
caggactgaagcacactggagattcacacctccgacaatctcaaccagat
ggggaagggcctttcaaggggatttagcttctagcctttctgctgtagca
atactgtgaaatgcatgctttgggagctattttaagacatagggaaatgt
tcatagcgcaacactaagtttaaagagagagcagagtcccaagctgctta
ttccggaggatctcagttttgcggtctagatacatttggaatgttgatga
tggcaagtttgtggtgattctttgtcatcacctttcaaatatctgcaatg
agtataataatatgattaactgtgtgtggtcatatgtagttaatgtcaat
gtgtgtgtgagggtgcacatgcatgggtgcatgtggatgttcacgcgtgc
atgtatgtgtgtgcatgcatgcatgcatgcatgtgtgtgtgtgtgtgaga
gagagagagagagagagagagagaggagagatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_117517605_117518717
seq2: B6Ng01-303A08.b_45_1146

seq1  GAATTCCAGTGTCAGTGTCCCTTCCTCTGCTCTTGGACTCTAGGGCAAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTGTCAGTGTCCCTTCCTCTGCTCTTGGACTCTAGGGCAAAC  50

seq1  CAAGAGTCTAATGCAGCTCCTGTCCTGCAGAGGTGATGAACACCATGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTCTAATGCAGCTCCTGTCCTGCAGAGGTGATGAACACCATGCAC  100

seq1  AAGGTCACAGAGACTCTGCCCACATCATCTTGGTTATCAAACTCAAGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTCACAGAGACTCTGCCCACATCATCTTGGTTATCAAACTCAAGTAG  150

seq1  AACTAATACTGCTCGAAGACAAATGTCTTTAAAGTCCCACTGTCCAGTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAATACTGCTCGAAGACAAATGTCTTTAAAGTCCCACTGTCCAGTTA  200

seq1  CAAATAAACAGAGGAAGGAGAGAGATGGGGAGGTGGTACAGAGTGCCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAACAGAGGAAGGAGAGAGATGGGGAGGTGGTACAGAGTGCCTTG  250

seq1  GGGACAGAAGGAAGAAAATACCCAGAGCATGCACAAAGCCAAGTGGTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGAAGGAAGAAAATACCCAGAGCATGCACAAAGCCAAGTGGTGAC  300

seq1  GAACTCTGGAGGACTTATCTCATCCAAGAGAGAGATAAGAGTGGCTGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTGGAGGACTTATCTCATCCAAGAGAGAGATAAGAGTGGCTGGAG  350

seq1  GAAACCGGGCTTGGGAGACACCCCAGTCTCTAAAGTGCTGGCCCCACAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCGGGCTTGGGAGACACCCCAGTCTCTAAAGTGCTGGCCCCACAAG  400

seq1  CATGAGGACCTGAGTTTGATCGCCAAAATATACACTTTAAAAGTCAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGACCTGAGTTTGATCGCCAAAATATACACTTTAAAAGTCAAGTT  450

seq1  TAGCAGTGTGCACTTGTAATTCCAGTACTGGGAAGGCTAAGACAGGCCGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGTGTGCACTTGTAATTCCAGTACTGGGAAGGCTAAGACAGGCCGC  500

seq1  TACTGGGTTTCACCAGACAGACAGCCTAGCCTACTAGGCAAGGTGCAGAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGTTTCACCAGACAGACAGCCTAGCCTACTAGGCAAGGTGCAGAC  550

seq1  CAACAAGACAGACCATCCTGTGAAACAAGTGGGTGGCTCCTAAGGAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAGACAGACCATCCTGTGAAACAAGTGGGTGGCTCCTAAGGAATGG  600

seq1  TGCACACACAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTAAATATAAAAATAAATATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACACAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTAAATATAAAAATAAATATA  650

seq1  GCAGTAAAAATCAGGGCAAAAATTAAAACAATTAGGAGAGAAAATAGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTAAAAATCAGGGCAAAAATTAAAACAATTAGGAGAGAAAATAGAAT  700

seq1  TTAACATTTTAAATAATATCTAGTAGTACTCCAGAGGAAACTACAGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATTTTAAATAATATCTAGTAGTACTCCAGAGGAAACTACAGAAAA  750

seq1  GGTGAATAACATGGGATGCTTTTGGTTCAGTGTTACGCCTTAAACTCAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATAACATGGGATGCTTTTGGTTCAGTGTTACGCCTTAAACTCAGA  800

seq1  GATCTACCTACCTCTGCCTCCTGAGTACTAGGATTAAAGGTGTGTGCTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTACCTACCTCTGCCTCCTGAGTACTAGGATTAAAGGTGTGTGCTGC  850

seq1  CACACCCAGTGACCAGCAGAAATTTTTTTCGAAATTCATATCTCAGTAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCAGTGACCAGCAGAAATTTTTTTCGAAATTCATATCTCAGTAAT  900

seq1  TACTAAAACAGATGGGGAAAGCAGTAAAATAAAATATAAAAAAACATATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||
seq2  TACTAAAACAGATGGGGAAAGCAGTAAA--TAAATATAAAAAAACATATA  948

seq1  TTTGAAATAAACTACTGACCAACTTTAACCTGATTGACAGGCACAGAATG  1000
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAT-AACTACTGACCAACTTTAACCTGATTGACAGGCACAGAATG  997

seq1  TACAAACCTTCCAAGGGTCCCCCATGTTCAGATGTATACATGTCAGACAA  1050
      |||||  ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |
seq2  TACAA--CTTCCAAGGGT-CCCCATG-TCAGATGTATACATGTCAGAC-A  1042

seq1  AGTTCTAGGACTACCTGGTGCTATTTCAGATACCAGTAAAAGAAAGATGT  1100
      |||||||| |||| || |||||| ||||||| ||||| || ||| |||||
seq2  AGTTCTAGAACTA-CTTGTGCTA-TTCAGATTCCAGT-AAGGAAGGATGT  1089

seq1  CTCCCCAAAGTCC  1113
      |||||||| ||||
seq2  CTCCCCAAGGTCC  1102

seq1: chr6_117654436_117654975
seq2: B6Ng01-303A08.g_64_603 (reverse)

seq1  CTATCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCACACACACACAC  50

seq1  ACATGCATGCATGCATGCATGCACACACATACATGCACGCGTGAACATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCATGCATGCATGCATGCACACACATACATGCACGCGTGAACATCC  100

seq1  ACATGCACCCATGCATGTGCACCCTCACACACACATTGACATTAACTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACCCATGCATGTGCACCCTCACACACACATTGACATTAACTACA  150

seq1  TATGACCACACACAGTTAATCATATTATTATACTCATTGCAGATATTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACCACACACAGTTAATCATATTATTATACTCATTGCAGATATTTGA  200

seq1  AAGGTGATGACAAAGAATCACCACAAACTTGCCATCATCAACATTCCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGATGACAAAGAATCACCACAAACTTGCCATCATCAACATTCCAAA  250

seq1  TGTATCTAGACCGCAAAACTGAGATCCTCCGGAATAAGCAGCTTGGGACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTAGACCGCAAAACTGAGATCCTCCGGAATAAGCAGCTTGGGACT  300

seq1  CTGCTCTCTCTTTAAACTTAGTGTTGCGCTATGAACATTTCCCTATGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCTCTCTTTAAACTTAGTGTTGCGCTATGAACATTTCCCTATGTCT  350

seq1  TAAAATAGCTCCCAAAGCATGCATTTCACAGTATTGCTACAGCAGAAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAGCTCCCAAAGCATGCATTTCACAGTATTGCTACAGCAGAAAGG  400

seq1  CTAGAAGCTAAATCCCCTTGAAAGGCCCTTCCCCATCTGGTTGAGATTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGCTAAATCCCCTTGAAAGGCCCTTCCCCATCTGGTTGAGATTGT  450

seq1  CGGAGGTGTGAATCTCCAGTGTGCTTCAGTCCTGTGATGGAGATGCCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGGTGTGAATCTCCAGTGTGCTTCAGTCCTGTGATGGAGATGCCTGA  500

seq1  CAGCCAGGAAGCCCTCTGGACCCCGGCTGAGGGTGAATTC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAGGAAGCCCTCTGGACCCCGGCTGAGGGTGAATTC  540