BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303O13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 71,149,215 - 71,371,336
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFabp1, Smyd1, Krcc1, Gm1070, Cd8b1, LOC100042853, Cd8a, Rmnd5a
Upstream geneIgk, LOC667812, Igkv6-25, Igkv8-24, Igkv8-23-1, Igkv6-23, LOC667829, Igkv8-22, Igk-V8-21, EG667840, Igk-V19-20, Igk-V8-19, Igk-V8-18, LOC667863, Igk-V19-17, Igk-V8-16, Igk-V19-15, LOC667872, LOC620497, Igk-V19-14, LOC667889, Igk-V19-13, LOC667902, Igkv3-12-1, Igk-V21-12, Igk-V21-11, Igk-V21-10, Igk-V21-9, Igk-V21-8, Igk-V21-7, Igk-V21-6, Igk-V21-5, Igk-V21-4, Igk-V21-3, Igk-V21-2, Igk-V21-1, Igk-J1, Igk-J2, Igk-J3, Igk-J4, Igk-J5, Igk-C, Rpia, Eif2ak3, 1700011F03Rik, LOC232077, LOC619547, Thnsl2
Downstream geneLOC100042863, Rnf103, Vps24, Jmjd1a, Ppia-ps6_731.1, LOC668029, LOC668034, Reep1, Mrpl35, Immt, Ptcd3, Rpo1-4, LOC668057, St3gal5, Atoh8, Sftpb, Usp39, 0610030E20Rik, Tmem150, 2500002L14Rik, Vamp5, Vamp8, Ggcx
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303O13.bB6Ng01-303O13.g
ACCGA097594GA097595
length1,1311,159
definitionB6Ng01-303O13.b B6Ng01-303O13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,149,215 - 71,150,378)(71,370,194 - 71,371,336)
sequence
gaattctcaaaatacaaaacagctttaaggactgataaaatgtatgtaaa
attatgtttgtataataataaaaaatgagaaataaacataaggttatatg
aaaaaggttttgagttcaaaggtatttctccccatgtaatgcgcgcgcac
acacacacacacacacacacacacacacacacacgtatgtgtgtttatgt
atgtacatatggatatgtagtgacatgtatataaatatatgcatacatac
aagtgtacacatgtacaaacacatacatatgtgcacttaggtatatatgc
atatgtgcattgctggagatgtgattcacatgtttctaaattatttctaa
atgtatgtatgttgcacatacatacatttgtcaacatacatttcaaccat
gcacacttatttcatgagtagggttaagtcaccataaaggcaacatttac
agagagctttgcccttggttggactcactaatgtttgctgaattagaaca
aacctctgccttgcccactctgatttttatcgttgaccattgctctcagg
agttaatgtttgagcctggccataaataaatcgacaatcactgacctatg
gcctatatctgaggaggaagaatccccttataaaataggcaacagtgggt
gacctggcaggcagagctgttgtggtcagctgtggaaaggaagcctcgtt
gccaccatgaacttctccggcaagtaccaattgcagagccaggagaactt
tgagccattcatgaaggcaataggtgagtggtgattatgacagcaacgag
gggctagccctactatcaacagatagtccaggtctggtgttgaggtggaa
aggaggggtccaggctataccgaattgaggagttctccagtgactctcct
gctctcttgttacttttactgctccccactggacaaagctactccaggga
agtggaaacaccctacattggagatgaactggttcgaagtgtgtgtctca
tggcactttattctaagaccttgtccttcactccactttctagcaacatt
gattcaggccaacatacgcaaccccatgccttgtacatatccaagaagaa
ccgagtgtgtattagctacaatccttgacca
gaattcactctatagacctggctagcctcaaactctgagccacctgctgg
gattaaaggtgggtaccatcaccacttagtgaatttgttggttttttatg
tgcttgttttgtttgcattttctaatggctcagcagaaaaacaaagtgca
aagtgagcaagactagtgacctgagtttgatccctagaactcgtggtgaa
ggagagaactggatgtgccgtggtgagaaattatccgcctgtttttacag
tcacaccatatacacataacaacactgataaaactttaataaaaatttgt
gcttctagtggagattatcttacatgtggcatcagaatcggcggcggaaa
ggactgactcaccttttgcaggttaaatatttactttggatgaatattgg
tagaacactttgtgcattgtttacatcttcttgaataatggtttaatttg
aatcccagcaacttcagtcctaggtatgatgtgaaaactgaggtttatgt
tagagccagagagcaaatggggaaaactgatactaaaacctagagctgag
attttaaggaaccttctcaagtagaattccttgggaattggtgtctttgg
aggatctgcagtatgcacaggagtctttctcctttccttgtaaaatggga
aagtatgtttgccatctttgggagaataagtcactggcattgctctgctc
tgtcctatccttgttctctgtccttgagggagatagggaagcgacagaca
ggttgtggagcatgttatctttgtaagtgtgcagcctgtggtgtggctta
gtatgtctttatgtttataaagtaaaagcttagcagtttgaacctgtctt
tctcttaacttcaaataccaaagcagaggtgtgagtattgtacagaggga
ggtaataggatgtcaaaaaaagatagtgttggcatctagagttccaccta
cgcttctgcttctgctacactaccaggctcattcccagccatagctttgt
gaaggactggtggtctagcatattgctaagtacaggtttattccttcata
aggtttttgaccctttagcaatcagctttaacagggtgtggccaagactt
ttccccgttaaggtttaacaagttaacagttcctgttcagcacaaccctg
ggagcagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_71149215_71150378
seq2: B6Ng01-303O13.b_49_1179

seq1  GAATTCTCAAAATACAAAACAGCTTTAAGGACTGATAAAATGTATGTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAAATACAAAACAGCTTTAAGGACTGATAAAATGTATGTAAA  50

seq1  ATTATGTTTGTATAATAATAAAAAATGAGAAATAAACATAAGGTTATATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTTTGTATAATAATAAAAAATGAGAAATAAACATAAGGTTATATG  100

seq1  AAAAAGGTTTTGAGTTCAAAGGTATTTCTCCCCATGTAATGCGCGCGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGGTTTTGAGTTCAAAGGTATTTCTCCCCATGTAATGCGCGCGCAC  150

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACGTATGTGTGTTTATGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACGTATGTGTGTTTATGT  200

seq1  ATGTACATATGGATATGTAGTGACATGTATATAAATATATGCATACATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATATGGATATGTAGTGACATGTATATAAATATATGCATACATAC  250

seq1  AAGTGTACACATGTACAAACACATACATATGTGCACTTAGGTATATATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTACACATGTACAAACACATACATATGTGCACTTAGGTATATATGC  300

seq1  ATATGTGCATTGCTGGAGATGTGATTCACATGTTTCTAAATTATTTCTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGCATTGCTGGAGATGTGATTCACATGTTTCTAAATTATTTCTAA  350

seq1  ATGTATGTATGTTGCACATACATACATTTGTCAACATACATTTCAACCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTATGTTGCACATACATACATTTGTCAACATACATTTCAACCAT  400

seq1  GCACACTTATTTCATGAGTAGGGTTAAGTCACCATAAAGGCAACATTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTTATTTCATGAGTAGGGTTAAGTCACCATAAAGGCAACATTTAC  450

seq1  AGAGAGCTTTGCCCTTGGTTGGACTCACTAATGTTTGCTGAATTAGAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCTTTGCCCTTGGTTGGACTCACTAATGTTTGCTGAATTAGAACA  500

seq1  AACCTCTGCCTTGCCCACTCTGATTTTTATCGTTGACCATTGCTCTCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTGCCTTGCCCACTCTGATTTTTATCGTTGACCATTGCTCTCAGG  550

seq1  AGTTAATGTTTGAGCCTGGCCATAAATAAATCGACAATCACTGACCTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATGTTTGAGCCTGGCCATAAATAAATCGACAATCACTGACCTATG  600

seq1  GCCTATATCTGAGGAGGAAGAATCCCCTTATAAAATAGGCAACAGTGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATATCTGAGGAGGAAGAATCCCCTTATAAAATAGGCAACAGTGGGT  650

seq1  GACCTGGCAGGCAGAGCTGTTGTGGTCAGCTGTGGAAAGGAAGCCTCGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGCAGGCAGAGCTGTTGTGGTCAGCTGTGGAAAGGAAGCCTCGTT  700

seq1  GCCACCATGAACTTCTCCGGCAAGTACCAATTGCAGAGCCAGGAGAACTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACCATGAACTTCTCCGGCAAGTACCAATTGCAGAGCCAGGAGAACTT  750

seq1  TGAGCCATTCATGAAGGCAATAGGTGAGTGGTGATTATGACAGCAACGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCATTCATGAAGGCAATAGGTGAGTGGTGATTATGACAGCAACGAG  800

seq1  GGGCTAGCCCTACTATCAACAGATAGTCCAGGTCTGGTGTTGAGGTGG-A  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGGCTAGCCCTACTATCAACAGATAGTCCAGGTCTGGTGTTGAGGTGGAA  850

seq1  AGGAGGGGTCCAGGCTATACCGAATTGAGGAGTTCTCCAGTGACTCTCCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGGGTCCAGGCTATACCGAATTGAGGAGTTCTCCAGTGACTCTCCT  900

seq1  GCTCTCTTGTTACTTTTACTGCTCCCCACTGGACAAAGCTACTCCAGGGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTTGTTACTTTTACTGCTCCCCACTGGACAAAGCTACTCCAGGGA  950

seq1  AGTGGAAACAACCCTACATTGGAAGATGAACTGGTTCGAAGTGTGTGTCT  999
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAAC-ACCCTACATTGG-AGATGAACTGGTTCGAAGTGTGTGTCT  998

seq1  CATGGCACTTTATTCTAAGACCTTGTTCCTTCACT-CACTTTCTAGCAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||
seq2  CATGGCACTTTATTCTAAGACCTTG-TCCTTCACTCCACTTTCTAGC-AA  1046

seq1  CATTGATTCAAGGCCAACCATACGCCAACCCCATG-CTTGTACATATACC  1097
      ||||||||| ||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| | 
seq2  CATTGATTC-AGGCCAA-CATACG-CAACCCCATGCCTTGTACATATCCA  1093

seq1  AGAGAGACAGAGTGTG-ATAGGCTACAATCC-TGACCAATGTTCAGAGAC  1145
      |||   || ||||||| ||  |||||||||| ||||||            
seq2  AGAAGAACCGAGTGTGTATTAGCTACAATCCTTGACCA------------  1131

seq1  AAAGCTACAATCTTGACCA  1164
                         
seq2  -------------------  1131

seq1: chr6_71370194_71371336
seq2: B6Ng01-303O13.g_65_1223 (reverse)

seq1  CACTGC-CCCAGG--TGTGCTGAACAGG-ACTGTAAACTGGTATAAACCC  46
      |||||| ||||||  ||||||||||||| ||||| |||| || |||||| 
seq2  CACTGCTCCCAGGGTTGTGCTGAACAGGAACTGTTAACTTGT-TAAACCT  49

seq1  TAA--GGGGAAAGTC-TGGCAACACCCTG-TAAAGCTGA-TGCT-AAGGT  90
      |||  ||| |||||| |||| |||||||| ||||||||| |||| |||| 
seq2  TAACGGGGAAAAGTCTTGGCCACACCCTGTTAAAGCTGATTGCTAAAGGG  99

seq1  TCAAAA--CCTATGAGGAAATAAACCTGTACTTAGC-ATATGCTAGACCA  137
      ||||||  | ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCAAAAACCTTATGAAGGAATAAACCTGTACTTAGCAATATGCTAGACCA  149

seq1  -CAGTCCTTCAC-AAGCTATGGCTGGGAAATGAGCCTGGTAGTGTAGCAG  185
       ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCCTTCACAAAGCTATGGCTGGG-AATGAGCCTGGTAGTGTAGCAG  198

seq1  AAGCAGAAGCGTAGGTGG-ACTCTAGATGCCAACACTATC-TTTTTTGAC  233
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AAGCAGAAGCGTAGGTGGAACTCTAGATGCCAACACTATCTTTTTTTGAC  248

seq1  ATCCTATTACCT-CCTCTGTACAATACTCACACCTCTGCTTTGGTATTTG  282
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTATTACCTCCCTCTGTACAATACTCACACCTCTGCTTTGGTATTTG  298

seq1  AAGTTAAGAGAAAGACAGGTTCAAACTGCTAAGCTTTTACTTTATAAACA  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAGAGAAAGACAGGTTCAAACTGCTAAGCTTTTACTTTATAAACA  348

seq1  TAAAGACATACTAAGCCACACCACAGGCTGCACACTTACAAAGATAACAT  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACATACTAAGCCACACCACAGGCTGCACACTTACAAAGATAACAT  398

seq1  GCTCCACAACCTGTCTGTCGCTTCCCTATCTCCCTCAAGGACAGAGAACA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCACAACCTGTCTGTCGCTTCCCTATCTCCCTCAAGGACAGAGAACA  448

seq1  AGGATAGGACAGAGCAGAGCAATGCCAGTGACTTATTCTCCCAAAGATGG  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGGACAGAGCAGAGCAATGCCAGTGACTTATTCTCCCAAAGATGG  498

seq1  CAAACATACTTTCCCATTTTACAAGGAAAGGAGAAAGACTCCTGTGCATA  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATACTTTCCCATTTTACAAGGAAAGGAGAAAGACTCCTGTGCATA  548

seq1  CTGCAGATCCTCCAAAGACACCAATTCCCAAGGAATTCTACTTGAGAAGG  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGATCCTCCAAAGACACCAATTCCCAAGGAATTCTACTTGAGAAGG  598

seq1  TTCCTTAAAATCTCAGCTCTAGGTTTTAGTATCAGTTTTCCCCATTTGCT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTAAAATCTCAGCTCTAGGTTTTAGTATCAGTTTTCCCCATTTGCT  648

seq1  CTCTGGCTCTAACATAAACCTCAGTTTTCACATCATACCTAGGACTGAAG  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCTCTAACATAAACCTCAGTTTTCACATCATACCTAGGACTGAAG  698

seq1  TTGCTGGGATTCAAATTAAACCATTATTCAAGAAGATGTAAACAATGCAC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGGATTCAAATTAAACCATTATTCAAGAAGATGTAAACAATGCAC  748

seq1  AAAGTGTTCTACCAATATTCATCCAAAGTAAATATTTAACCTGCAAAAGG  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGTTCTACCAATATTCATCCAAAGTAAATATTTAACCTGCAAAAGG  798

seq1  TGAGTCAGTCCTTTCCGCCGCCGATTCTGATGCCACATGTAAGATAATCT  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCAGTCCTTTCCGCCGCCGATTCTGATGCCACATGTAAGATAATCT  848

seq1  CCACTAGAAGCACAAATTTTTATTAAAGTTTTATCAGTGTTGTTATGTGT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAGAAGCACAAATTTTTATTAAAGTTTTATCAGTGTTGTTATGTGT  898

seq1  ATATGGTGTGACTGTAAAAACAGGCGGATAATTTCTCACCACGGCACATC  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTGTGACTGTAAAAACAGGCGGATAATTTCTCACCACGGCACATC  948

seq1  CAGTTCTCTCCTTCACCACGAGTTCTAGGGATCAAACTCAGGTCACTAGT  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTCTCCTTCACCACGAGTTCTAGGGATCAAACTCAGGTCACTAGT  998

seq1  CTTGCTCACTTTGCACTTTGTTTTTCTGCTGAGCCATTAGAAAATGCAAA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCACTTTGCACTTTGTTTTTCTGCTGAGCCATTAGAAAATGCAAA  1048

seq1  CAAAACAAGCACATAAAAAACCAACAAATTCACTAAGTGGTGATGGTACC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAGCACATAAAAAACCAACAAATTCACTAAGTGGTGATGGTACC  1098

seq1  CACCTTTAATCCCAGCAGGTGGCTCAGAGTTTGAGGCTAGCCAGGTCTAT  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTAATCCCAGCAGGTGGCTCAGAGTTTGAGGCTAGCCAGGTCTAT  1148

seq1  AGAGTGAATTC  1143
      |||||||||||
seq2  AGAGTGAATTC  1159