BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-304E11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 43,162,128 - 43,280,026
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOlfr434, LOC665745, Olfr47, Arhgef5, Nobox
Upstream geneTas2r144, Gstk1, Tmem139, Casp2, Clcn1, 6330503C03Rik, Zyx, Epha1, Tas2r143, Tas2r135, Tas2r126, Olfr458, Olfr457, Olfr456, LOC232745, EG546896, Eapa2, BC011487, 3321401G04Rik, LOC100039918, GA_x5J8B7W6337-801345-802245, Olfr453, Olfr38, Olfr452, Olfr451-ps1, Olfr450, Olfr449, Olfr448, Olfr447, Olfr446, GA_x5J8B7W6337-1014614-1015483, Olfr444, EG622841, Igk-V, Olfr443-ps1, GA_x5J8B7W6337-1183223-1183810, Olfr441, Olfr440-ps1, GA_x5J8B7W6337-1221999-1222591, Olfr438, Olfr437, Olfr13, GA_x5J8B7W6337-1270568-1271367, Olfr435
Downstream geneTpk1, LOC665747, LOC546897, LOC665779
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-304E11.bB6Ng01-304E11.g
ACCGA097875GA097876
length1,1551,083
definitionB6Ng01-304E11.b B6Ng01-304E11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,162,128 - 43,163,279)(43,278,954 - 43,280,026)
sequence
gaattcattgattttgttaattttggagtggcttcaatgggactgttctc
tctcttcccgatatctaatatcaaaagatatagaaataaaactgtggatg
gttttagatagcaactcatgatggaagccacattgtagagactctaggct
tctcaggaagttatgaatcactgtatagcctcggctctcctggaactcac
tctctagaccaaactgctctcaaactcagagatcctcctgcctctgcttc
ccacatcctgtaaagggatgcaccaacaccacctggttgtaagagaattt
ttttctaatcagtgacctacattagtggttcctacctaaaaggcactgct
tatgataggtctcaaagtgcgattctgggataccgtggcctctccttgaa
atccccaatcctctttgttccttcttatgcagctcccacactttctgcaa
tttgcattgtgactttccttcataagattttagggtcctaacttctcatt
tctactcatttctccagattccatccaggagaggctgggcttcagagcag
attccaaaagttcactcatcttttctacttcttgacaacttccccagagt
catcttagaatgaagataatggaacaggaattatgacattaaaaaatatc
aatcactattcatggattctgatgggcgttgtttcagagttgtctcttta
tctgtgattcttaactgcttgtcctgttggggatggtagcagcaatagaa
agtgataatttctctgtgtttgcttcccacagaggtagtcatgcatgatg
tctcctggccctgctcctccaaggagactccagagctgccaactaggctg
agccctcagagaataaaatctcctttcctgaggattctgctgcatttcaa
gcaggagcagacctgagtgttctacagtttcccagaaattctgtaggaat
atcaccctgtgccagcctccagctgcttcctcttctgatgttcttggatg
ttaatgtgtgagtcacaagggttaacaatgttaaatttagtacacccaca
ttatttcttccagaacagttgaagcatcttgtcttttgcttaactcttcc
tttctgtatgctacctctagtctaaatcataatgagaaaatagaatgtcc
ctatg
gaattctataaagtctgtatttcacctaaacagcattaattcatgaaagt
tcactgtcatgttgatttgcaggaaatttgcccaactgggtggggtatca
cccaggaattaatcacaccaggcagtgaggatctcctggtgtccactcac
accaagccaaataaatgaggtgtataacaatgacaagcaagagaaaacac
atcagtagcaatcctcagatggagtctctggggtcatagtacatgcatca
cagctgagcaagatggagcttacctgcccatgacatctgccactacacac
actggggcttgaatatgtgctcaaactaaaaaggaggaggaaaaatgcac
caagttacaaatgaatctctccagaagctaccacaaagtatctccttcct
tcccatctttatgcctatgatgacagccaaagggtgtgtcactcacaccc
tcagcatctagcattgtgccttgcacatagaatgactgaatgcacagggc
aaaatgtcttcaaagagaaagaaaggtatcagtacagagaggttattaac
aatataaactgctcaatgggagaatcccacaaaaatacccaagctttgat
caattagagagttagggaggtcatactgagaactgtgaggttcttctccc
cacttcagatcctaggaagacagttgcagaaggagagccccctctttcag
atcacagaactgtgaagctgaagtgaacagtgtttttagggcaatgaatc
agtttatagtcttctagtgtgtgtgatcatgatgaggaagcagataatat
ggcttttaacttttagatctccgaattcaggaggagcccagtcctgtata
ccatttcagtggatttggtgccaggtacattaatggcacagaaacattta
ggttgccactagacatgaagaagaagaaatcatacacatcataaatatgt
gtgtgtatatatgtgtatatacatatatatatatttttaatatgtacaca
tttatgcccatatattgtaatacatatgattaccctaatatatggattgg
tatgtgatgtacattgtttatacccacacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_43162128_43163279
seq2: B6Ng01-304E11.b_42_1196

seq1  GAATTCATTGATTTTGTTAATTTTGGAGTGGCTTCAATGGGACTGTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGATTTTGTTAATTTTGGAGTGGCTTCAATGGGACTGTTCTC  50

seq1  TCTCTTCCCGATATCTAATATCAAAAGATATAGAAATAAAACTGTGGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCCGATATCTAATATCAAAAGATATAGAAATAAAACTGTGGATG  100

seq1  GTTTTAGATAGCAACTCATGATGGAAGCCACATTGTAGAGACTCTAGGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGATAGCAACTCATGATGGAAGCCACATTGTAGAGACTCTAGGCT  150

seq1  TCTCAGGAAGTTATGAATCACTGTATAGCCTCGGCTCTCCTGGAACTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGAAGTTATGAATCACTGTATAGCCTCGGCTCTCCTGGAACTCAC  200

seq1  TCTCTAGACCAAACTGCTCTCAAACTCAGAGATCCTCCTGCCTCTGCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGACCAAACTGCTCTCAAACTCAGAGATCCTCCTGCCTCTGCTTC  250

seq1  CCACATCCTGTAAAGGGATGCACCAACACCACCTGGTTGTAAGAGAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCCTGTAAAGGGATGCACCAACACCACCTGGTTGTAAGAGAATTT  300

seq1  TTTTCTAATCAGTGACCTACATTAGTGGTTCCTACCTAAAAGGCACTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTAATCAGTGACCTACATTAGTGGTTCCTACCTAAAAGGCACTGCT  350

seq1  TATGATAGGTCTCAAAGTGCGATTCTGGGATACCGTGGCCTCTCCTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATAGGTCTCAAAGTGCGATTCTGGGATACCGTGGCCTCTCCTTGAA  400

seq1  ATCCCCAATCCTCTTTGTTCCTTCTTATGCAGCTCCCACACTTTCTGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCAATCCTCTTTGTTCCTTCTTATGCAGCTCCCACACTTTCTGCAA  450

seq1  TTTGCATTGTGACTTTCCTTCATAAGATTTTAGGGTCCTAACTTCTCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATTGTGACTTTCCTTCATAAGATTTTAGGGTCCTAACTTCTCATT  500

seq1  TCTACTCATTTCTCCAGATTCCATCCAGGAGAGGCTGGGCTTCAGAGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACTCATTTCTCCAGATTCCATCCAGGAGAGGCTGGGCTTCAGAGCAG  550

seq1  ATTCCAAAAGTTCACTCATCTTTTCTACTTCTTGACAACTTCCCCAGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAAAAGTTCACTCATCTTTTCTACTTCTTGACAACTTCCCCAGAGT  600

seq1  CATCTTAGAATGAAGATAATGGAACAGGAATTATGACATTAAAAAATATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTAGAATGAAGATAATGGAACAGGAATTATGACATTAAAAAATATC  650

seq1  AATCACTATTCATGGATTCTGATGGGCGTTGTTTCAGAGTTGTCTCTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTATTCATGGATTCTGATGGGCGTTGTTTCAGAGTTGTCTCTTTA  700

seq1  TCTGTGATTCTTAACTGCTTGTCCTGTTGGGGATGGTAGCAGCAATAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATTCTTAACTGCTTGTCCTGTTGGGGATGGTAGCAGCAATAGAA  750

seq1  AGTGATAATTTCTCTGTGTTTGCTTCCCACAGAGGTAGTCATGCATGATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATAATTTCTCTGTGTTTGCTTCCCACAGAGGTAGTCATGCATGATG  800

seq1  TCTCCTGGCCCTGCTCCTCCAAGGAGACTCCAGAGCTGCCAACTAGGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTGGCCCTGCTCCTCCAAGGAGACTCCAGAGCTGCCAACTAGGCTG  850

seq1  AGCCCTCAGAGAATAAAATCTCCTTTCCTGAGGATTCTGCTGCATTTCAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCAGAGAATAAAATCTCCTTTCCTGAGGATTCTGCTGCATTTCAA  900

seq1  GCAGGAGCAGACCTGAGTGTTCTACAGTTTCCCAGAAATTCTGTAGGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAGCAGACCTGAGTGTTCTACAGTTTCCCAGAAATTCTGTAGGAAT  950

seq1  ATCACCCTGTGCCAGCCTCCAGCTGCTTCCTCTTCTGATGTTCTTGGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACCCTGTGCCAGCCTCCAGCTGCTTCCTCTTCTGATGTTCTTGGATG  1000

seq1  TTAATGTGTGAGTCAACAAGGG-TAACAATGTTAAATTTAGTACA-CCAC  1048
      |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTAATGTGTGAGTC-ACAAGGGTTAACAATGTTAAATTTAGTACACCCAC  1049

seq1  AT--ATTCTTCCCAGACAGTTGAAGCATCTTGTC-TTTGCTTAACTCTTC  1095
      ||   |||||||   ||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATTATTTCTTCCAGAACAGTTGAAGCATCTTGTCTTTTGCTTAACTCTTC  1099

seq1  --TTCTGTTATTGCTACTCTTTATTTCTATATCATAATGAG-AAATAGAT  1142
        ||||||   |||||| || ||  |||| ||||||||||| ||||||| 
seq2  CTTTCTGT--ATGCTAC-CTCTA-GTCTAAATCATAATGAGAAAATAGAA  1145

seq1  TGTCTCTATG  1152
      |||| |||||
seq2  TGTCCCTATG  1155

seq1: chr6_43278954_43280026
seq2: B6Ng01-304E11.g_68_1150 (reverse)

seq1  GTGTGTGTGTGTATAAAACAATGTACATCACATACAAAT-CATATAT--A  47
      ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||   
seq2  GTGTGTGTGGGTAT-AAACAATGTACATCACATACCAATCCATATATTAG  49

seq1  GGTAATCATATGTA-TAC-ATATAT-GGCATAAATGTGTACATATAAAAT  94
      |||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||| 
seq2  GGTAATCATATGTATTACAATATATGGGCATAAATGTGTACATATTAAAA  99

seq1  ATATAT-TATATGTATATACACATATATACACACACATATTTATGATGTG  143
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATGTATATACACATATATACACACACATATTTATGATGTG  149

seq1  TATGATTTCTTCTTCTTCATGTCTAGTGGCAACCT-AATG-TTCTGTGCC  191
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
seq2  TATGATTTCTTCTTCTTCATGTCTAGTGGCAACCTAAATGTTTCTGTGCC  199

seq1  ATTAATGTACCTGGCACCAAATCCACTG-AATGGTATACAGGACTGGGCT  240
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGTACCTGGCACCAAATCCACTGAAATGGTATACAGGACTGGGCT  249

seq1  CCTCCTG-ATTCGGAGATCTAAAAGTTAAAAGCCATATTATCTGCTTCCT  289
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGAATTCGGAGATCTAAAAGTTAAAAGCCATATTATCTGCTTCCT  299

seq1  CATCATGATCACACACACTAGAAGACTATAAACTGATTCATTGCCCTAAA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGATCACACACACTAGAAGACTATAAACTGATTCATTGCCCTAAA  349

seq1  AACACTGTTCACTTCAGCTTCACAGTTCTGTGATCTGAAAGAGGGGGCTC  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTGTTCACTTCAGCTTCACAGTTCTGTGATCTGAAAGAGGGGGCTC  399

seq1  TCCTTCTGCAACTGTCTTCCTAGGATCTGAAGTGGGGAGAAGAACCTCAC  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCTGCAACTGTCTTCCTAGGATCTGAAGTGGGGAGAAGAACCTCAC  449

seq1  AGTTCTCAGTATGACCTCCCTAACTCTCTAATTGATCAAAGCTTGGGTAT  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCAGTATGACCTCCCTAACTCTCTAATTGATCAAAGCTTGGGTAT  499

seq1  TTTTGTGGGATTCTCCCATTGAGCAGTTTATATTGTTAATAACCTCTCTG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGGGATTCTCCCATTGAGCAGTTTATATTGTTAATAACCTCTCTG  549

seq1  TACTGATACCTTTCTTTCTCTTTGAAGACATTTTGCCCTGTGCATTCAGT  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGATACCTTTCTTTCTCTTTGAAGACATTTTGCCCTGTGCATTCAGT  599

seq1  CATTCTATGTGCAAGGCACAATGCTAGATGCTGAGGCTGTGAGTGACACA  639
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATTCTATGTGCAAGGCACAATGCTAGATGCTGAGGGTGTGAGTGACACA  649

seq1  CCCTTTGGCTGTCATCATAGGCATAAAGATGGGAAGGAAGGAGATACTTT  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGGCTGTCATCATAGGCATAAAGATGGGAAGGAAGGAGATACTTT  699

seq1  GTGGTAGCTTCTGGAGAGATTCATTTGTAACTTGGTGCATTTTTCCTCCT  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTAGCTTCTGGAGAGATTCATTTGTAACTTGGTGCATTTTTCCTCCT  749

seq1  CCTTTTTAGTTTGAGCACATATTCAAGCCCCAGTGTGTGTAGTGGCAGAT  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTAGTTTGAGCACATATTCAAGCCCCAGTGTGTGTAGTGGCAGAT  799

seq1  GTCATGGGCAGGTAAGCTCCATCTTGCTCAGCTGTGATGCATGTACTATG  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGGCAGGTAAGCTCCATCTTGCTCAGCTGTGATGCATGTACTATG  849

seq1  ACCCCAGAGACTCCATCTGAGGATTGCTACTGATGTGTTTTCTCTTGCTT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCAGAGACTCCATCTGAGGATTGCTACTGATGTGTTTTCTCTTGCTT  899

seq1  GTCATTGTTATACACCTCATTTATTTGGCTTGGTGTGAGTGGACACCAGG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGTTATACACCTCATTTATTTGGCTTGGTGTGAGTGGACACCAGG  949

seq1  AGATCCTCACTGCCTGGTGTGATTAATTCCTGGGTGATACCCCACCCAGT  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTCACTGCCTGGTGTGATTAATTCCTGGGTGATACCCCACCCAGT  999

seq1  TGGGCAAATTTCCTGCAAATCAACATGACAGTGAACTTTCATGAATTAAT  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAAATTTCCTGCAAATCAACATGACAGTGAACTTTCATGAATTAAT  1049

seq1  GCTGTTTAGGTGAAATACAGACTTTATAGAATTC  1073
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTAGGTGAAATACAGACTTTATAGAATTC  1083