BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305E12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 52,303,736 - 52,497,397
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700094M24Rik, EG545841, Hibadh
Upstream geneEG625167, Nfe2l3, Hnrpa2b1, Cbx3, Snx10, LOC100041820, Skap2, LOC666391, Hoxa1, Hoxa2, Hoxa3, Hoxa4, Hoxa5, Hoxa6, Hoxa7, Hoxa9, Hoxa10, Hoxa11, Hoxa13, Evx1, EG666487
Downstream geneTax1bp1, Jazf1, LOC666259, LOC666516, D430007I03
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305E12.bB6Ng01-305E12.g
ACCGA098611GA098612
length991967
definitionB6Ng01-305E12.b B6Ng01-305E12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,303,736 - 52,304,715)(52,496,432 - 52,497,397)
sequence
gaattcactatgtagcccaggatagctcaaactcacagagagcctctgtc
tccccagtgctaccttaccaatgtcttagtattttttgaactaattttta
agcattattttattttattgtgtgtgcatgttgtacatgtgtgcaggcat
attaaacctccccacaaggttaaaggcatacgccagcaccatggccagcc
tggggcttatctttcttaaatggcatatctacactgtgaagtgactgtgg
gggccaaggtcatatatatagttcatatggactcatccatgtgcttttca
aagttttccttaaaatagctaattattattgtgattgtgtatagaggagt
ttgaatgccatggtgcttgtgtggcagacagaagacaacattgtagagtc
agttctaatccacctttgcctgggttccagggatcaaacccaggtcatta
ggtttgaatcatccatttctcacctgtgtatcatctcaccagccctatgc
tttacgtttgcttttaataattatttccttttttgtggatgatattttgc
cagatgaatgcctgatgcttacagagaacagaagagggtgtcagatcacc
tgggacaggagttacaggtagttatgagccaccttgagggttctgggaat
tgaaactgggttcttgtggtggtttgtatatgctttgactcagggagtgg
cactattagaaagtatggccttgttggattaggtgtggtcttgttggagg
tagttggatggccaccagaaacagcagcagcagtggagcggagtcaaagt
gtagaggacagagctggagaagtcacccaagtccttgggaggagtccaga
agatcatgtgtggattcccagacactggaacgagaagctattaaagttga
agttgttctttggagaccccaagatgttggagatgcccagggtcttgtgg
gatatctgcctggaggaaagctgctaactaaggaatggaaa
gaattctgtttatagtatttttctagctatgtggaggtaaaagtgcttaa
tatagggcctgggtgtgcggctcagtgtgagcgcgtggctcagtgggaac
atgcttgcagggcatgcagtgagcatgtggctcagtgtgagtgtgcttgc
ctacctttgtatgaagcacttggtttgatcctcagtatcaaaggacagaa
aacatgcacacatacaatgtgtgtaagaatctttttttttttttttttca
gattctatttttccttccctacccacttctccctttagcctagccgagtc
tcccacacgtctcaatatgcttccttctgcctttgatctaggatctggga
ttggctcaagactctgccaccagcaccaagaccccaattctcctaggaag
cctggcccatcagatatacaggatgatgtgttcaaagggctactcaaaga
aagacttctcatctgtgttccagtatctacgggaggaggagcccttctga
ctgcgccctgaggacgtggacgctgttaggaaccaaactctgtcctgagc
ttcctctagctcactctagaagtaatggtctaatcaaaggtcgtctgtct
gcttttgattgtctacatcacagcaatccctgggaatttctatccatttt
aaatgctgccgctttcatctgtttagccagcacacccaatggtttcacta
actagcccagttgacctttttgaagtttgagccttgagcaccttcaacaa
aattgagcactctgattaggatatccactttgcaaataaaaccaaatgtt
tttgtcaacatgatggtaaaaggaaagaaatctgttacaaagacaaatta
gagggaaatttgtcctgtaaaccacatgctattattccttcattcagggt
tacttgacctactgtccagggcttgatagtaaggcagctttgttggccct
tgttacagtatcttagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_52303736_52304715
seq2: B6Ng01-305E12.b_44_1034

seq1  GAATTCACTATGTAGCCCAGGATAGCTCAAACTCACAGAGAGCCTCTGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATGTAGCCCAGGATAGCTCAAACTCACAGAGAGCCTCTGTC  50

seq1  TCCCCAGTGCTACCTTACCAATGTCTTAGTATTTTTTGAACTAATTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGTGCTACCTTACCAATGTCTTAGTATTTTTTGAACTAATTTTTA  100

seq1  AGCATTATTTTATTTTATTGTGTGTGCATGTTGTACATGTGTGCAGGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTATTTTATTTTATTGTGTGTGCATGTTGTACATGTGTGCAGGCAT  150

seq1  ATTAAACCTCCCCACAAGGTTAAAGGCATACGCCAGCACCATGGCCAGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACCTCCCCACAAGGTTAAAGGCATACGCCAGCACCATGGCCAGCC  200

seq1  TGGGGCTTATCTTTCTTAAATGGCATATCTACACTGTGAAGTGACTGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCTTATCTTTCTTAAATGGCATATCTACACTGTGAAGTGACTGTGG  250

seq1  GGGCCAAGGTCATATATATAGTTCATATGGACTCATCCATGTGCTTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAAGGTCATATATATAGTTCATATGGACTCATCCATGTGCTTTTCA  300

seq1  AAGTTTTCCTTAAAATAGCTAATTATTATTGTGATTGTGTATAGAGGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTCCTTAAAATAGCTAATTATTATTGTGATTGTGTATAGAGGAGT  350

seq1  TTGAATGCCATGGTGCTTGTGTGGCAGACAGAAGACAACATTGTAGAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGCCATGGTGCTTGTGTGGCAGACAGAAGACAACATTGTAGAGTC  400

seq1  AGTTCTAATCCACCTTTGCCTGGGTTCCAGGGATCAAACCCAGGTCATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTAATCCACCTTTGCCTGGGTTCCAGGGATCAAACCCAGGTCATTA  450

seq1  GGTTTGAATCATCCATTTCTCACCTGTGTATCATCTCACCAGCCCTATGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGAATCATCCATTTCTCACCTGTGTATCATCTCACCAGCCCTATGC  500

seq1  TTTACGTTTGCTTTTAATAATTATTTCCTTTTTTGTGGATGATATTTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACGTTTGCTTTTAATAATTATTTCCTTTTTTGTGGATGATATTTTGC  550

seq1  CAGATGAATGCCTGATGCTTACAGAGAACAGAAGAGGGTGTCAGATCACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAATGCCTGATGCTTACAGAGAACAGAAGAGGGTGTCAGATCACC  600

seq1  TGGGACAGGAGTTACAGGTAGTTATGAGCCACCTTGAGGGTTCTGGGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACAGGAGTTACAGGTAGTTATGAGCCACCTTGAGGGTTCTGGGAAT  650

seq1  TGAAACTGGGTTCTTGTGGTGGTTTGTATATGC-TTGACTCAGGGAGTGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGAAACTGGGTTCTTGTGGTGGTTTGTATATGCTTTGACTCAGGGAGTGG  700

seq1  CACTATTAGAAAGTATGGCCTTGTTGGATTAGGTGTGGTCTTGTTGGAGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTAGAAAGTATGGCCTTGTTGGATTAGGTGTGGTCTTGTTGGAGG  750

seq1  AAGTTGGATGGCCACCAGAAACAGCAGCAGCAGTGGAGCGGAGTCAAAGT  799
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTGGATGGCCACCAGAAACAGCAGCAGCAGTGGAGCGGAGTCAAAGT  800

seq1  GTAGAGGACAGAGCTGGAGAAGTCACCCAAGCCCTTGGGAGGAGTCCAGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGGACAGAGCTGGAGAAGTCACCCAAGTCCTTGGGAGGAGTCCAGA  850

seq1  AGATCATGTGTGGA-TCCCAGACACTGGAACGAGAAGCTA-TAAAGTTGA  897
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGATCATGTGTGGATTCCCAGACACTGGAACGAGAAGCTATTAAAGTTGA  900

seq1  AGTTGT--CTTGGAGACCCCAAGATGTTGGAGATG-CCAGGG--CTGTGG  942
      ||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||
seq2  AGTTGTTCTTTGGAGACCCCAAGATGTTGGAGATGCCCAGGGTCTTGTGG  950

seq1  GATATCTGC--TGAGGAAAGCTGCTAACT-AGGAATGGAAA  980
      |||||||||   ||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GATATCTGCCTGGAGGAAAGCTGCTAACTAAGGAATGGAAA  991

seq1: chr6_52496432_52497397
seq2: B6Ng01-305E12.g_68_1034 (reverse)

seq1  ACTAAGATACTGTAACAAGGGCCAAC-AAGCTGCCTTACCTATCAAGCCC  49
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  ACTAAGATACTGTAACAAGGGCCAACAAAGCTGCCTTA-CTATCAAGCCC  49

seq1  TGGACAGTAGGTC-AGTAACCCTGAATGAAGGAATAATAGCATGTGGTTA  98
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGACAGTAGGTCAAGTAACCCTGAATGAAGGAATAATAGCATGTGGTTT  99

seq1  ACAGGACAAATTTCCCTCTAATTTGTCTTTGTAACAGATTTCTTTCCTTT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACAGGACAAATTTCCCTCTAATTTGTCTTTGTAACAGATTTCTTTCC-TT  148

seq1  TTACCATCATGTTGAC-AAAACATTTGGTTTTATTTGCAAAGTGGATATC  197
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCATCATGTTGACAAAAACATTTGGTTTTATTTGCAAAGTGGATATC  198

seq1  CTAATCAGAGTGCTCAATTTTGTTGAAGGTGCTCAAGGCTCAAACTTCAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATCAGAGTGCTCAATTTTGTTGAAGGTGCTCAAGGCTCAAACTTCAA  248

seq1  AAAGGTCAACTGGGCTAGTTAGTGAAACCATTGGGTGTGCTGGCTAAACA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTCAACTGGGCTAGTTAGTGAAACCATTGGGTGTGCTGGCTAAACA  298

seq1  GATGAAAGCGGCAGCATTTAAAATGGATAGAAATTCCCAGGGATTGCTGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAGCGGCAGCATTTAAAATGGATAGAAATTCCCAGGGATTGCTGT  348

seq1  GATGTAGACAATCAAAAGCAGACAGACGACCTTTGATTAGACCATTACTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAGACAATCAAAAGCAGACAGACGACCTTTGATTAGACCATTACTT  398

seq1  CTAGAGTGAGCTAGAGGAAGCTCAGGACAGAGTTTGGTTCCTAACAGCGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGTGAGCTAGAGGAAGCTCAGGACAGAGTTTGGTTCCTAACAGCGT  448

seq1  CCACGTCCTCAGGGCGCAGTCAGAAGGGCTCCTCCTCCCGTAGATACTGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGTCCTCAGGGCGCAGTCAGAAGGGCTCCTCCTCCCGTAGATACTGG  498

seq1  AACACAGATGAGAAGTCTTTCTTTGAGTAGCCCTTTGAACACATCATCCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAGATGAGAAGTCTTTCTTTGAGTAGCCCTTTGAACACATCATCCT  548

seq1  GTATATCTGATGGGCCAGGCTTCCTAGGAGAATTGGGGTCTTGGTGCTGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATCTGATGGGCCAGGCTTCCTAGGAGAATTGGGGTCTTGGTGCTGG  598

seq1  TGGCAGAGTCTTGAGCCAATCCCAGATCCTAGATCAAAGGCAGAAGGAAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGAGTCTTGAGCCAATCCCAGATCCTAGATCAAAGGCAGAAGGAAG  648

seq1  CATATTGAGACGTGTGGGAGACTCGGCTAGGCTAAAGGGAGAAGTGGGTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTGAGACGTGTGGGAGACTCGGCTAGGCTAAAGGGAGAAGTGGGTA  698

seq1  GGGAAGGAAAAATAGAATCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTTACACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGGAAAAATAGAATCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAGATTCTTACACA  748

seq1  CATTGTATGTGTGCATGTTTTCTGTCCTTTGATACTGAGGATCAAACCAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTATGTGTGCATGTTTTCTGTCCTTTGATACTGAGGATCAAACCAA  798

seq1  GTGCTTCATACAAAGGTAGGCAAGCACACTCACACTGAGCCACATGCTCA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCATACAAAGGTAGGCAAGCACACTCACACTGAGCCACATGCTCA  848

seq1  CTGCATGCCCTGCAAGCATGTTCCCACTGAGCCACGCGCTCACACTGAGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGCCCTGCAAGCATGTTCCCACTGAGCCACGCGCTCACACTGAGC  898

seq1  CGCACACCCAGGCCCTATATTAAGCACTTTTACCTCCACATAGCTAGAAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACACCCAGGCCCTATATTAAGCACTTTTACCTCCACATAGCTAGAAA  948

seq1  AATACTATAAACAGAATTC  966
      |||||||||||||||||||
seq2  AATACTATAAACAGAATTC  967