BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305K10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 49,746,308 - 49,907,777
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpy
Upstream geneTmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1, Gpnmb, LOC666011, Igf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31, LOC384383, LOC666210
Downstream geneLOC100041653, LOC624524, Mpp6, Dfna5h, LOC100041681, Osbpl3, Cycs, 4921507P07Rik, LOC213320, EG666302, EG666308, EG666310, Npvf, LOC100040877
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305K10.bB6Ng01-305K10.g
ACCGA098890GA098891
length1,102836
definitionB6Ng01-305K10.b B6Ng01-305K10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,906,674 - 49,907,777)(49,746,308 - 49,747,115)
sequence
gaattcaaaagaaattacctgtgtgtctcccaaggtggtggatcctgata
gattccccacttatcccgtgccaccgaggccattaaacagtaaatacaaa
tgaggtcatgtccacttcacacggggcaatgctgagaagctgacgcccac
gccaggagatagcagggctgttatctgtcttagagatttacttgcctcac
tctgcccggattgatccttaacttgatccgtttcagtcctaagccctggg
ttttcaaatgtgccaacttaaatctcttaccgtaaggcaaacgtttcttc
aagctttgtgtcttttaaaaatatggatcaccctctgcggtcgatcttca
tggacgtttatgacaagccagattctggcttcccctcctagtaccacagg
tcaggtagacaattctcccagccttggccatcaaagcgggagccagtgac
aaggtatttatgtcaagtaagcattcatttatgtgattttcacctgccat
gctgattcaccggggaaggctagccagtgagaacaggtctccctccagct
ttaattactgtaggcccaaagatgaatgaccgtccttggggagtaaccac
aaaggaccagggtcacaaagggaaatggctgagctgtcagcttcacctgt
ggactggataagctgcagggtgagttgcaaagcaagccactcagcttggt
cagcagccgagggccgccagcatcagcattaagctaatgagacagagaca
aattaaaaccgttttcgggatcaacagctgtccttgggcctcttgctcat
aactggctttctgttttcccagggctacagcaggtacagatctgaaaggt
gagggaaaatgagatctgactgccagaaagggccctgggcggggcagctg
cctccccgctcccacatggtgcacccgagcagagcgacacatacgcacat
tcgtacattcataacagtgatggagaattggtttcaaacgaaccaggagc
aaaccaaacagccagggaaaggaagcttcacatgggtagaaaacaaaaac
agcatcattttagagtgactccgaacgaaataacccaagcatgagaagca
gg
gaattcttcctggtgcctcaaacactacctgtacactctcgttttgctgt
catctgttaagcagacgtctctgctcaatgtcccttgttcacacctattg
cacagatatgactggtgggtttggaggagattctgtacatcttcatgggt
acttgattaacctatttaacaaagtccaaataggactgagaattatctta
gggctgaaataattccttcttgtttgagtctaaattctttagaaactgga
aatccaagtataaaacatacacggtagctttcttaaaagctgctccattt
cagaaagggcctgtccaaccagcttattgcctagacacaggtacttaagc
taaggtcataattgcaataaaaaagatcacgttacagaggagttgggaag
aaattctcaatccttgtgttccattttctttatactttttaagattgagt
gtcttggacccaatttcaaacttgctggaggatggccttgaactcccgat
ccctctgctgggattgcaggctgagccaccacaccaggcttaattcatga
acattcaaaggtttcctttgttttccatcttctcaaggtaaaataggtga
aactcatttataactgagagcctggagactctgagcacattgggcaaaac
tgtgggatctgaggctgatgtgtagtctggagcttcatctatctgcccca
gtgagtgggcattgtgtttggtttgcatatgaactgataaagagatactt
agccatgacacagctcatggcaggaatgctgccttctttatcttaatgca
gatactttactgtgtatctgtattatgggtaaaggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_49906674_49907777
seq2: B6Ng01-305K10.b_48_1149 (reverse)

seq1  CCTGCTTCTCATGCTTTGGTTTATTTCTGTCGGAGTCACTCTTAAATGTT  50
      |||||||||||||| |||| |||||||  ||||||||||||| ||||| |
seq2  CCTGCTTCTCATGC-TTGGGTTATTTCGTTCGGAGTCACTCTAAAATGAT  49

seq1  GCCTTGTTTTTGTTTTCTACCCATTGTGAAGCTTCCTTT-CCTGGCTGTT  99
      ||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GC--TGTTTTTGTTTTCTACCCA-TGTGAAGCTTCCTTTCCCTGGCTGTT  96

seq1  TGGTTTGCTCCTGGTTCGTTTG-AACCAATTCTCCATCACTGTTATGAAT  148
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGCTCCTGGTTCGTTTGAAACCAATTCTCCATCACTGTTATGAAT  146

seq1  GTACGAATGTGCGTATGTGTCGCTCTGCTCGGGTGCACCATGTGGGAGCG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACGAATGTGCGTATGTGTCGCTCTGCTCGGGTGCACCATGTGGGAGCG  196

seq1  GGGAGGCAGCTGCCCCGCCCAGGGCCCTTTCTGGCAGTCAGATCTCATTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGCAGCTGCCCCGCCCAGGGCCCTTTCTGGCAGTCAGATCTCATTT  246

seq1  TCCCTCACCTTTCAGATCTGTACCTGCTGTAGCCCTGGGAAAACAGAAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCACCTTTCAGATCTGTACCTGCTGTAGCCCTGGGAAAACAGAAAG  296

seq1  CCAGTTATGAGCAAGAGGCCCAAGGACAGCTGTTGATCCCGAAAACGGTT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTATGAGCAAGAGGCCCAAGGACAGCTGTTGATCCCGAAAACGGTT  346

seq1  TTAATTTGTCTCTGTCTCATTAGCTTAATGCTGATGCTGGCGGCCCTCGG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTGTCTCTGTCTCATTAGCTTAATGCTGATGCTGGCGGCCCTCGG  396

seq1  CTGCTGACCAAGCTGAGTGGCTTGCTTTGCAACTCACCCTGCAGCTTATC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGACCAAGCTGAGTGGCTTGCTTTGCAACTCACCCTGCAGCTTATC  446

seq1  CAGTCCACAGGTGAAGCTGACAGCTCAGCCATTTCCCTTTGTGACCCTGG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCACAGGTGAAGCTGACAGCTCAGCCATTTCCCTTTGTGACCCTGG  496

seq1  TCCTTTGTGGTTACTCCCCAAGGACGGTCATTCATCTTTGGGCCTACAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTGGTTACTCCCCAAGGACGGTCATTCATCTTTGGGCCTACAGT  546

seq1  AATTAAAGCTGGAGGGAGACCTGTTCTCACTGGCTAGCCTTCCCCGGTGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAAGCTGGAGGGAGACCTGTTCTCACTGGCTAGCCTTCCCCGGTGA  596

seq1  ATCAGCATGGCAGGTGAAAATCACATAAATGAATGCTTACTTGACATAAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCATGGCAGGTGAAAATCACATAAATGAATGCTTACTTGACATAAA  646

seq1  TACCTTGTCACTGGCTCCCGCTTTGATGGCCAAGGCTGGGAGAATTGTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGTCACTGGCTCCCGCTTTGATGGCCAAGGCTGGGAGAATTGTCT  696

seq1  ACCTGACCTGTGGTACTAGGAGGGGAAGCCAGAATCTGGCTTGTCATAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGACCTGTGGTACTAGGAGGGGAAGCCAGAATCTGGCTTGTCATAAA  746

seq1  CGTCCATGAAGATCGACCGCAGAGGGTGATCCATATTTTTAAAAGACACA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCCATGAAGATCGACCGCAGAGGGTGATCCATATTTTTAAAAGACACA  796

seq1  AAGCTTGAAGAAACGTTTGCCTTACGGTAAGAGATTTAAGTTGGCACATT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTGAAGAAACGTTTGCCTTACGGTAAGAGATTTAAGTTGGCACATT  846

seq1  TGAAAACCCAGGGCTTAGGACTGAAACGGATCAAGTTAAGGATCAATCCG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACCCAGGGCTTAGGACTGAAACGGATCAAGTTAAGGATCAATCCG  896

seq1  GGCAGAGTGAGGCAAGTAAATCTCTAAGACAGATAACAGCCCTGCTATCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGTGAGGCAAGTAAATCTCTAAGACAGATAACAGCCCTGCTATCT  946

seq1  CCTGGCGTGGGCGTCAGCTTCTCAGCATTGCCCCGTGTGAAGTGGACATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCGTGGGCGTCAGCTTCTCAGCATTGCCCCGTGTGAAGTGGACATG  996

seq1  ACCTCATTTGTATTTACTGTTTAATGGCCTCGGTGGCACGGGATAAGTGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATTTGTATTTACTGTTTAATGGCCTCGGTGGCACGGGATAAGTGG  1046

seq1  GGAATCTATCAGGATCCACCACCTTGGGAGACACACAGGTAATTTCTTTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTATCAGGATCCACCACCTTGGGAGACACACAGGTAATTTCTTTT  1096

seq1  GAATTC  1104
      ||||||
seq2  GAATTC  1102

seq1: chr6_49746308_49747115
seq2: B6Ng01-305K10.g_71_884

seq1  GAATTCTTCCTGGTGCCTCAAACACTACCTGTACACTCTCGTTTTGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCCTGGTGCCTCAAACACTACCTGTACACTCTCGTTTTGCTGT  50

seq1  CATCTGTTAAGCAGACGTCTCTGCTCAATGTCCCTTGTTCACACCTATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTTAAGCAGACGTCTCTGCTCAATGTCCCTTGTTCACACCTATTG  100

seq1  CACAGATATGACTGGTGGGTTTGGAGGAGATTCTGTACATCTTCATGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATATGACTGGTGGGTTTGGAGGAGATTCTGTACATCTTCATGGGT  150

seq1  ACTTGATTAACCTATTTAACAAAGTCCAAATAGGACTGAGAATTATCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATTAACCTATTTAACAAAGTCCAAATAGGACTGAGAATTATCTTA  200

seq1  GGGCTGAAATAATTCCTTCTTGTTTGAGTCTAAATTCTTTAGAAACTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGAAATAATTCCTTCTTGTTTGAGTCTAAATTCTTTAGAAACTGGA  250

seq1  AATCCAAGTATAAAACATACACGGTAGCTTTCTTAAAAGCTGCTCCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAAGTATAAAACATACACGGTAGCTTTCTTAAAAGCTGCTCCATTT  300

seq1  CAGAAAGGGCCTGTCCAACCAGCTTATTGCCTAGACACAGGTACTTAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGGGCCTGTCCAACCAGCTTATTGCCTAGACACAGGTACTTAAGC  350

seq1  TAAGGTCATAATTGCAATAAAAAAGATCACGTTACAGAGGAGTTGGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTCATAATTGCAATAAAAAAGATCACGTTACAGAGGAGTTGGGAAG  400

seq1  AAATTCTCAATCCTTGTGTTCCATTTTCTTTATACTTTTTAAGATTGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTCAATCCTTGTGTTCCATTTTCTTTATACTTTTTAAGATTGAGT  450

seq1  GTCTTGGACCCAATTTCAAACTTGCTGGAGGATGGCCTTGAACTCCCGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGACCCAATTTCAAACTTGCTGGAGGATGGCCTTGAACTCCCGAT  500

seq1  CCCTCTGCTGGGATTGCAGGCTGAGCCACCACACCAGGCTTAATTCATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTGCTGGGATTGCAGGCTGAGCCACCACACCAGGCTTAATTCATGA  550

seq1  ACATTCAAAGGTTTCC-TTGTTTTCCATCTTCTCAAGGTAAAATAGGTGA  599
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCAAAGGTTTCCTTTGTTTTCCATCTTCTCAAGGTAAAATAGGTGA  600

seq1  AACTCA-TTATAACTGAGAGCCTGGAGACTCTGAGCACATTGGGCAAAAC  648
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATTTATAACTGAGAGCCTGGAGACTCTGAGCACATTGGGCAAAAC  650

seq1  TGTGGGATCTGAGGCTGATGTGTAGTCTGGAGCTTCATCTATCTGCCCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGATCTGAGGCTGATGTGTAGTCTGGAGCTTCATCTATCTGCCCCA  700

seq1  GTGAGTGGGCATTGTG-TTGGTTTGCATATGAACTGATAAAGAGATACTT  747
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGGGCATTGTGTTTGGTTTGCATATGAACTGATAAAGAGATACTT  750

seq1  AGCCATGACACAGCTCATGGCAGGAATGCTGCCTTC-TTATC-GAATGCA  795
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||
seq2  AGCCATGACACAGCTCATGGCAGGAATGCTGCCTTCTTTATCTTAATGCA  800

seq1  GATAC-TAACTGTG  808
      ||||| | ||||||
seq2  GATACTTTACTGTG  814