BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305L20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 53,309,482 - 53,457,313
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700094M24Rik, EG545841, Hibadh, Tax1bp1, Jazf1, LOC666259, LOC666516, D430007I03
Downstream geneCreb5, LOC384386, 1200009O22Rik, Cpvl, LOC666305, Chn2, LOC100042056, Prr15, EG640926, Wipf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305L20.bB6Ng01-305L20.g
ACCGA098951GA098952
length1,131618
definitionB6Ng01-305L20.b B6Ng01-305L20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,456,174 - 53,457,313)(53,309,482 - 53,310,098)
sequence
gaattcaatctgctgaccttggaccagaggctagagatacaggcagcatg
aaacaaaacaagtcaaattggacaggagaaaaccacagtgtgtgggattg
ctttgttcagaaggtgacactactgaatttagtctgtgaagaccttgtca
catgagaatctacaaataactatgacctaaacacgagaatgagagacaac
ccatctaggaacaaatggacacattccattgtggttgtatagtgtttaaa
atctatttttggtcaaaggaatactgtaaatgctttcccttctacatagc
tatcataaccccaactttctggctctcagtagttttcaacaactctacat
gccaattatattttttgcaaacgactttagctggtaaacattattcaacc
agagacatgggattctccgtgaccctctgagtccccaagaccagccaaga
ttcacttgtcccttgtgactgattcttagctgggtatcattaaagagtac
cctggactcgctgcacaatttgaaagccattcagttctgagggcccatgg
gaaatgctacccatattaggcacatggaaatgtctacatcatcctgaatg
attttgggagtagaaatttaacacaactttttggattagaattcctttcc
aaatttgggcctgggctttaaggtgaaaatcttttggggacttcttgtgg
gcttatgaaatgtcagtgccaacaaacattgccgtgttcttcagtgccag
ctggaccacagaccttccctttcttcattacattctctcctgaaacagca
cttgcatggtggaagtcgtactccaaagctgagttggcttatcatgaaat
tctggaatttgccgaagttgtccccttaagcaaagagagttactgatgct
aattggaaagttaaaatgggaggagcttggccaggtgtggaaaggaaaat
ggatgtagacatttactgaatgtatgctaaggccagattggcatttatct
caaaagcgtcttcttctgagctcctttataagatgagagatccactctga
gataaagtgcttcctcatatacacagctccatgttgtgcaactggggatg
ctgagtatggctttcacagcatgcctcatgg

gaattctcacagactttgctagatcgacatacagccttcagtagtcaacc
ttccatcacagacaccaggcacagcgcccctgtgctggacataaggctca
ggcacagagctatgtcgctgttccttcatgtgcccagcatgaggtcgtgt
gcttggctgtgaggaaggagatgaatgatacccatgtcctgggtttcccg
tcttacaccatgcatagaatcacatgtgaacaagttaagtgtgacaggtg
atcaatcactgtcccttgtcatggtcattctataaattaagacctgattt
tgatgtttttgttgttgtttatttgtttgcttttaaagttggctgtggtg
gtatgcccttttagttctagtgttaaagggatggaagacactgggactcg
ctgcccagccagcccagcctactgggagcatccaggccaataagaaactg
tctcaaaagaaaatcaacgatggcacatgactattagagtactaacattt
gatgttatcttctgtcctccacttacatacatgtgcatctgcactcgcca
ccccccctccgtcccccccccccgcccccctcagctttttcatgattttt
tttgttttgtttgttttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_53456174_53457313
seq2: B6Ng01-305L20.b_48_1178 (reverse)

seq1  CCATGAGGCCATGCCTGCTGAAAGCCATACCTCAGCATCCCCAGTTGCAA  50
      |||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  CCATGAGG-CATG-CTG-TGAAAGCCATA-CTCAGCATCCCCAGTTGCAC  46

seq1  CACATGGAGCTGGTGTATAATGAGGAACCACCTTTATCTCCAGAGTGGAT  100
       |||||||||| |||||| |||||||| || |||||||| ||||||||| 
seq2  AACATGGAGCT-GTGTAT-ATGAGGAAGCA-CTTTATCT-CAGAGTGGA-  91

seq1  TCTCTCATCTTATAAAGGAGCTCAGAAGAAGACGCTTTTGAGATAAATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCATCTTATAAAGGAGCTCAGAAGAAGACGCTTTTGAGATAAATGC  141

seq1  CAATCTGGCCTTAGCATACATTCAGTAAATGTCTACATCCATTTTCC-TT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAATCTGGCCTTAGCATACATTCAGTAAATGTCTACATCCATTTTCCTTT  191

seq1  CCACACCTGGCCAAAGCTCCTCCCATTTTAACTTTCCAATTAGCATCAGT  249
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCTGGCC-AAGCTCCTCCCATTTTAACTTTCCAATTAGCATCAGT  240

seq1  AACTCTCTTTGCTTAAGGGGACAACTTCGGCAAATTCCAGAATTTCATGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCTTTGCTTAAGGGGACAACTTCGGCAAATTCCAGAATTTCATGA  290

seq1  TAAGCCAACTCAGCTTTGGAGTACGACTTCCACCATGCAAGTGCTGTTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCAACTCAGCTTTGGAGTACGACTTCCACCATGCAAGTGCTGTTTC  340

seq1  AGGAGAGAATGTAATGAAGAAAGGGAAGGTCTGTGGTCCAGCTGGCACTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAGAATGTAATGAAGAAAGGGAAGGTCTGTGGTCCAGCTGGCACTG  390

seq1  AAGAACACGGCAATGTTTGTTGGCACTGACATTTCATAAGCCCACAAGAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACACGGCAATGTTTGTTGGCACTGACATTTCATAAGCCCACAAGAA  440

seq1  GTCCCCAAAAGATTTTCACCTTAAAGCCCAGGCCCAAATTTGGAAAGGAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCAAAAGATTTTCACCTTAAAGCCCAGGCCCAAATTTGGAAAGGAA  490

seq1  TTCTAATCCAAAAAGTTGTGTTAAATTTCTACTCCCAAAATCATTCAGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATCCAAAAAGTTGTGTTAAATTTCTACTCCCAAAATCATTCAGGA  540

seq1  TGATGTAGACATTTCCATGTGCCTAATATGGGTAGCATTTCCCATGGGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTAGACATTTCCATGTGCCTAATATGGGTAGCATTTCCCATGGGCC  590

seq1  CTCAGAACTGAATGGCTTTCAAATTGTGCAGCGAGTCCAGGGTACTCTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAACTGAATGGCTTTCAAATTGTGCAGCGAGTCCAGGGTACTCTTT  640

seq1  AATGATACCCAGCTAAGAATCAGTCACAAGGGACAAGTGAATCTTGGCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATACCCAGCTAAGAATCAGTCACAAGGGACAAGTGAATCTTGGCTG  690

seq1  GTCTTGGGGACTCAGAGGGTCACGGAGAATCCCATGTCTCTGGTTGAATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGGGACTCAGAGGGTCACGGAGAATCCCATGTCTCTGGTTGAATA  740

seq1  ATGTTTACCAGCTAAAGTCGTTTGCAAAAAATATAATTGGCATGTAGAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTACCAGCTAAAGTCGTTTGCAAAAAATATAATTGGCATGTAGAGT  790

seq1  TGTTGAAAACTACTGAGAGCCAGAAAGTTGGGGTTATGATAGCTATGTAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAAAACTACTGAGAGCCAGAAAGTTGGGGTTATGATAGCTATGTAG  840

seq1  AAGGGAAAGCATTTACAGTATTCCTTTGACCAAAAATAGATTTTAAACAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAAGCATTTACAGTATTCCTTTGACCAAAAATAGATTTTAAACAC  890

seq1  TATACAACCACAATGGAATGTGTCCATTTGTTCCTAGATGGGTTGTCTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAACCACAATGGAATGTGTCCATTTGTTCCTAGATGGGTTGTCTCT  940

seq1  CATTCTCGTGTTTAGGTCATAGTTATTTGTAGATTCTCATGTGACAAGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTCGTGTTTAGGTCATAGTTATTTGTAGATTCTCATGTGACAAGGT  990

seq1  CTTCACAGACTAAATTCAGTAGTGTCACCTTCTGAACAAAGCAATCCCAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAGACTAAATTCAGTAGTGTCACCTTCTGAACAAAGCAATCCCAC  1040

seq1  ACACTGTGGTTTTCTCCTGTCCAATTTGACTTGTTTTGTTTCATGCTGCC  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTGGTTTTCTCCTGTCCAATTTGACTTGTTTTGTTTCATGCTGCC  1090

seq1  TGTATCTCTAGCCTCTGGTCCAAGGTCAGCAGATTGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTCTAGCCTCTGGTCCAAGGTCAGCAGATTGAATTC  1131


seq1: chr6_53309482_53310098
seq2: B6Ng01-305L20.g_69_686

seq1  GAATTCTCACAGACTTTGCTAGATCGACATACAGCCTTCAGTAGTCAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACAGACTTTGCTAGATCGACATACAGCCTTCAGTAGTCAACC  50

seq1  TTCCATCACAGACACCAGGCACAGCGCCCCTGTGCTGGACATAAGGCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCACAGACACCAGGCACAGCGCCCCTGTGCTGGACATAAGGCTCA  100

seq1  GGCACAGAGCTATGTCGCTGTTCCTTCATGTGCCCAGCATGAGGTCGTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGAGCTATGTCGCTGTTCCTTCATGTGCCCAGCATGAGGTCGTGT  150

seq1  GCTTGGCTGTGAGGAAGGAGATGAATGATACCCATGTCCTGGGTTTCCCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGCTGTGAGGAAGGAGATGAATGATACCCATGTCCTGGGTTTCCCG  200

seq1  TCTTACACCATGCATAGAATCACATGTGAACAAGTTAAGTGTGACAGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACACCATGCATAGAATCACATGTGAACAAGTTAAGTGTGACAGGTG  250

seq1  ATCAATCACTGTCCCTTGTCATGGTCATTCTATAAATTAAGACCTGATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATCACTGTCCCTTGTCATGGTCATTCTATAAATTAAGACCTGATTT  300

seq1  TGATGTTTTTGTTGTTGTTTATTTGTTTGCTTTTAAAGTTGGCTGTGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTTTTGTTGTTGTTTATTTGTTTGCTTTTAAAGTTGGCTGTGGTG  350

seq1  GTATGCCCTTTTAGTTCTAGTGTTAAAGGGATGGAAGACACTGGGACTCG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGCCCTTTTAGTTCTAGTGTTAAAGGGATGGAAGACACTGGGACTCG  400

seq1  CTGCCCAGCCAGCCCAGCCTACTGGGAGCATCCAGGCCAATAAGAAACTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCAGCCAGCCCAGCCTACTGGGAGCATCCAGGCCAATAAGAAACTG  450

seq1  TCTCAAAAGAAAATCAACGATGGCACATGACTATTAGAGTACTAACATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAAAGAAAATCAACGATGGCACATGACTATTAGAGTACTAACATTT  500

seq1  GATGTTATCTTCTGTCCTCCACTTACATACATGTGCATCTGCACTCGCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTATCTTCTGTCCTCCACTTACATACATGTGCATCTGCACTCGCCA  550

seq1  CCCCCCCTCCGTCCCCCCCCCCCCGCCCCCCCAGCTTATTCATGA-TTTT  599
      |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| ||||||| ||||
seq2  CCCCCCCTCCGTCCCCCCCCCCCGCCCCCCTCAGCTTTTTCATGATTTTT  600

seq1  TTTGTTTTGTTTGTTTTC  617
      ||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTGTTTGTTTTC  618


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |