BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306C09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 55,261,442 - 55,444,529
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAqp1, Ghrhr, Adcyap1r1
Upstream geneLOC100042056, Prr15, EG640926, Wipf3, Scrn1, Fkbp14, Plekha8, LOC100041292, 2410066E13Rik, Znrf2, Nod1, A030007L17Rik, Gars, Crhr2, Inmt, C330043M08Rik
Downstream geneLOC100042219, Neurod6, LOC100041339, Ccdc129, Gsbs, LOC100041357, Pde1c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306C09.bB6Ng01-306C09.g
ACCGA099260GA099261
length9691,100
definitionB6Ng01-306C09.b B6Ng01-306C09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(55,261,442 - 55,262,411)(55,443,428 - 55,444,529)
sequence
gaattcctatgtagttactggttgctgctgctgccacagccctaggatca
cttaaaaaaacattcattgattcgtgtttacaatgtatgtgtgtggcgca
tgtgtgtgcatacctattcatactatggaagccagaagaaggcagcaggt
atcctctatacccacccacctggcacccagtatctttgagatggagtctc
ttgatgaacttggggtttatgttttcttggatagtctaggccagcaagcc
ccagcaatacatatgtgaaacacttggcttattccctgggtgctgagatt
tgaactctggtcctcagtatttccagcaatcactcttaactgtggaagca
tctctctaggccctgcttttgagaagtgctgttctaatgatggataaggg
tctccctggctctatccacgtccgtctgccttatgagcctgcttttgcat
gtcagttaccaagggaggtaccaagcctgtctgtatgactgccagaggcc
agggaactttcttcctaacaccaggtctttgcctgttgtatgttctcagt
gcattcgccatggtgagtctacctggccagttaccatgggagtactttcc
cagagttttccccggaattattcccggaaggctgaaggggtggatgaaga
gtggaatggctgggtccctgtcctcttgattcatcagatagcaagccact
gtaatgggaaacagcagccaggaatcctagtccaaggggtcgaattacaa
aggctttgcgttttgtttttgctacagattttcaacagctcaaaggaact
tgggaaagtagcctctgaggtcactgtggggacctgctggcagggtcttg
gctatggggtgagttatggggcaaaccctgctgctgcagggcacacatgg
tgccatagttccatacttaggtcactggcaaacttcagaagtcagattca
cattacctggtatagatgc
gaattccagtcctcctgttgctggaatgtgtggctgaagttgggatgtgg
acacagcacaggatcctaacgcctgggctttatggagagatttcctctca
agtcactcaggggtccccggtcaggatcccaggcacagtgacaggcaaac
ttcattacatcttcttacagtagcagacagaactacagaggacatctgct
ctggtactcatgccagagacaaaccctgaggttagaagtcagggttcaca
aggttacaggggtggcagtaggtcagaggtcagggcttagtttccaacaa
actatgccctctgcatataccatgcctacctggaaggagcccagcccaag
ctcaaacacaagtctttccctcttgctgacgttctctggagagaaggcaa
atactgtgtagtggattccaaagagtgggatgagcagcagggtggagcgg
gccagccgtctgtcaggaaaaagcaaacatctgttctggggactgcaggg
cttgggagcatggagggcagagggcctgacgttggtcctagctacccttc
agtgctcctgtttacagactacttggcatcctttactggtgcagagagtt
tggaagcgacctagcccagggtctctaggatgctgtgtgggggcctcccc
agtctgcagggtacctagttggtatcctccaggaccactgaaaatgttcc
attcatagagctctcttgagtaatgtataaagtcacaggaaaactcagga
tgggattccagagtcctgggccaaagcaaacctatcctgtctcagaagga
agcaacatgaaatcaaaatagctctcctaagacccctgggaataggactc
ttctgtgcctgggtatagctagggacatttggttgtattgctggtgacca
ggagggagggttctaagtaggctaaagaagaactttgggagggccttcaa
ggaaggactgaagactgacagaaactctgcctgcccaggagagagacgct
gcccagatgctgagtcaatgggtgggaaggatgccacccctgagatggga
cgccaagtaagcccacccagtcctcgtatctctctccatgctctcagctc

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_55261442_55262411
seq2: B6Ng01-306C09.b_48_1016

seq1  GAATTCCTATGTAGTTACTGGTTGCTGCTGCTGCCACAGCCCTAGGATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATGTAGTTACTGGTTGCTGCTGCTGCCACAGCCCTAGGATCA  50

seq1  CTTAAAAAAACATTCATTGATTCGTGTTTACAATGTATGTGTGTGGCGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAAAAACATTCATTGATTCGTGTTTACAATGTATGTGTGTGGCGCA  100

seq1  TGTGTGTGCATACCTATTCATACTATGGAAGCCAGAAGAAGGCAGCAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGCATACCTATTCATACTATGGAAGCCAGAAGAAGGCAGCAGGT  150

seq1  ATCCTCTATACCCACCCACCTGGCACCCAGTATCTTTGAGATGGAGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTATACCCACCCACCTGGCACCCAGTATCTTTGAGATGGAGTCTC  200

seq1  TTGATGAACTTGGGGTTTATGTTTTCTTGGATAGTCTAGGCCAGCAAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGAACTTGGGGTTTATGTTTTCTTGGATAGTCTAGGCCAGCAAGCC  250

seq1  CCAGCAATACATATGTGAAACACTTGGCTTATTCCCTGGGTGCTGAGATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAATACATATGTGAAACACTTGGCTTATTCCCTGGGTGCTGAGATT  300

seq1  TGAACTCTGGTCCTCAGTATTTCCAGCAATCACTCTTAACTGTGGAAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCTGGTCCTCAGTATTTCCAGCAATCACTCTTAACTGTGGAAGCA  350

seq1  TCTCTCTAGGCCCTGCTTTTGAGAAGTGCTGTTCTAATGATGGATAAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTAGGCCCTGCTTTTGAGAAGTGCTGTTCTAATGATGGATAAGGG  400

seq1  TCTCCCTGGCTCTATCCACGTCCGTCTGCCTTATGAGCCTGCTTTTGCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTGGCTCTATCCACGTCCGTCTGCCTTATGAGCCTGCTTTTGCAT  450

seq1  GTCAGTTACCAAGGGAGGTACCAAGCCTGTCTGTATGACTGCCAGAGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTACCAAGGGAGGTACCAAGCCTGTCTGTATGACTGCCAGAGGCC  500

seq1  AGGGAACTTTCTTCCTAACACCAGGTCTTTGCCTGTTGTATGTTCTCAGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAACTTTCTTCCTAACACCAGGTCTTTGCCTGTTGTATGTTCTCAGT  550

seq1  GCATTCGCCATGGTGAGTCTACCTGGCCAGTTACCATGGGAGTACTTTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCGCCATGGTGAGTCTACCTGGCCAGTTACCATGGGAGTACTTTCC  600

seq1  CAGAGTTTTCCCCGGAATTATTCCCGGAAGGCTGAAGGGGTGGATGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTTTCCCCGGAATTATTCCCGGAAGGCTGAAGGGGTGGATGAAGA  650

seq1  GTGGAATGGCTGGGTCCCTGTCCTCTTGATTCATCAGATAGCAAGCCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATGGCTGGGTCCCTGTCCTCTTGATTCATCAGATAGCAAGCCACT  700

seq1  GTAATGGGAAACAGCAGGCCAGGAATCCTAGTCCAAGGGGTCGAATTACA  750
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGGGAAACAGCA-GCCAGGAATCCTAGTCCAAGGGGTCGAATTACA  749

seq1  AAGGCTTTGCGTTTTGTTTTTGCTACAGATTTTCAAACAGCTCAAAGGAA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAGGCTTTGCGTTTTGTTTTTGCTACAGATTTTC-AACAGCTCAAAGGAA  798

seq1  CTTGGGAAAGTAGCCTCTGAGGTCACTGTGGGGACCTGCTGGCAGGGTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAAAGTAGCCTCTGAGGTCACTGTGGGGACCTGCTGGCAGGGTCT  848

seq1  TGGCTATGGGGGTGAGGTTATGGGGCAAACCCTGCTGCTTGCAGGGCACA  900
      ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGGCTAT-GGGGTGA-GTTATGGGGCAAACCCTGCTGC-TGCAGGGCACA  895

seq1  CATGGTGCCATAG-TCCATACTTAGGTCACTGCCAAAC-TCAG-AGTCAG  947
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||
seq2  CATGGTGCCATAGTTCCATACTTAGGTCACTGGCAAACTTCAGAAGTCAG  945

seq1  ATTTCACA-TACCTGGTA-AGATGC  970
      | |||||| ||||||||| ||||||
seq2  A-TTCACATTACCTGGTATAGATGC  969

seq1: chr6_55443428_55444529
seq2: B6Ng01-306C09.g_69_1168 (reverse)

seq1  GAGCTGAGAGCA-GGAGAG-GATCACAGAAGAACTGGTGGGCTCTCTTGC  48
      |||||||||||| |||||| ||| || || ||   ||||||||  |||| 
seq2  GAGCTGAGAGCATGGAGAGAGAT-AC-GAGGACTGGGTGGGCTTACTTGG  48

seq1  TGTCCCATCCTCAGGGTGGACATCCTTCCCACCCATTGACTCAGCTTCTG  98
       ||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  CGTCCCAT-CTCAGGGGTGGCATCCTTCCCACCCATTGACTCAGCATCT-  96

seq1  GGGCAGCGTCTCTCTCCTGTGCAGGCAGAGTTTCTGCTCAGTCTTCCAGT  148
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  GGGCAGCGTCTCTCTCCTGGGCAGGCAGAGTTTCTG-TCAGTCTT-CAGT  144

seq1  CCTTCCTTGAA-GCCCTCCC-AAGTTCTTCTTTAGCCTACTTAGAACCCT  196
      ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTGAAGGCCCTCCCAAAGTTCTTCTTTAGCCTACTTAGAACCCT  194

seq1  CCCTCCTGGTCACCAGCAATAC-ACCAAATGTCCCTAGCTATACCCAGGC  245
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTGGTCACCAGCAATACAACCAAATGTCCCTAGCTATACCCAGGC  244

seq1  ACAGAAGAGTCCTATTCCCAGGGGTCTTAGGAGAGCTATTTTTGATTTCA  295
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACAGAAGAGTCCTATTCCCAGGGGTCTTAGGAGAGCTA-TTTTGATTTCA  293

seq1  TGTTGCTTCCTTCTGAGACAGGATAGGTTTGCTTTGGCCCAGGACTCTGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCTTCCTTCTGAGACAGGATAGGTTTGCTTTGGCCCAGGACTCTGG  343

seq1  AATCCCATCCTGAGTTTTCCTGTGACTTTATACATTACTCAAGAGAGCTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCATCCTGAGTTTTCCTGTGACTTTATACATTACTCAAGAGAGCTC  393

seq1  TATGAATGGAACATTTTCAGTGGTCCTGGAGGATACCAACTAGGTACCCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATGGAACATTTTCAGTGGTCCTGGAGGATACCAACTAGGTACCCT  443

seq1  GCAGACTGGGGAGGCCCCCACACAGCATCCTAGAGACCCTGGGCTAGGTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTGGGGAGGCCCCCACACAGCATCCTAGAGACCCTGGGCTAGGTC  493

seq1  GCTTCCAAACTCTCTGCACCAGTAAAGGATGCCAAGTAGTCTGTAAACAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAAACTCTCTGCACCAGTAAAGGATGCCAAGTAGTCTGTAAACAG  543

seq1  GAGCACTGAAGGGTAGCTAGGACCAACGTCAGGCCCTCTGCCCTCCATGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGAAGGGTAGCTAGGACCAACGTCAGGCCCTCTGCCCTCCATGC  593

seq1  TCCCAAGCCCTGCAGTCCCCAGAACAGATGTTTGCTTTTTCCTGACAGAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAGCCCTGCAGTCCCCAGAACAGATGTTTGCTTTTTCCTGACAGAC  643

seq1  GGCTGGCCCGCTCCACCCTGCTGCTCATCCCACTCTTTGGAATCCACTAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGGCCCGCTCCACCCTGCTGCTCATCCCACTCTTTGGAATCCACTAC  693

seq1  ACAGTATTTGCCTTCTCTCCAGAGAACGTCAGCAAGAGGGAAAGACTTGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATTTGCCTTCTCTCCAGAGAACGTCAGCAAGAGGGAAAGACTTGT  743

seq1  GTTTGAGCTTGGGCTGGGCTCCTTCCAGGTAGGCATGGTATATGCAGAGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGCTTGGGCTGGGCTCCTTCCAGGTAGGCATGGTATATGCAGAGG  793

seq1  GCATAGTTTGTTGGAAACTAAGCCCTGACCTCTGACCTACTGCCACCCCT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGTTTGTTGGAAACTAAGCCCTGACCTCTGACCTACTGCCACCCCT  843

seq1  GTAACCTTGTGAACCCTGACTTCTAACCTCAGGGTTTGTCTCTGGCATGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCTTGTGAACCCTGACTTCTAACCTCAGGGTTTGTCTCTGGCATGA  893

seq1  GTACCAGAGCAGATGTCCTCTGTAGTTCTGTCTGCTACTGTAAGAAGATG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAGAGCAGATGTCCTCTGTAGTTCTGTCTGCTACTGTAAGAAGATG  943

seq1  TAATGAAGTTTGCCTGTCACTGTGCCTGGGATCCTGACCGGGGACCCCTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAGTTTGCCTGTCACTGTGCCTGGGATCCTGACCGGGGACCCCTG  993

seq1  AGTGACTTGAGAGGAAATCTCTCCATAAAGCCCAGGCGTTAGGATCCTGT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACTTGAGAGGAAATCTCTCCATAAAGCCCAGGCGTTAGGATCCTGT  1043

seq1  GCTGTGTCCACATCCCAACTTCAGCCACACATTCCAGCAACAGGAGGACT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTGTCCACATCCCAACTTCAGCCACACATTCCAGCAACAGGAGGACT  1093

seq1  GGAATTC  1102
      |||||||
seq2  GGAATTC  1100