BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307F05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 77,459,221 - 77,624,901
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna2
Upstream geneLOC100042956, Lrrtm1
Downstream geneLOC668169, EG434050, Pap, Reg3d, Reg3a, Reg2, Reg1, Reg3g, LOC621716, Ppia-ps6_789.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307F05.bB6Ng01-307F05.g
ACCGA100126GA100127
length1,094337
definitionB6Ng01-307F05.b B6Ng01-307F05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,459,221 - 77,460,293)(77,624,567 - 77,624,901)
sequence
gaattcattacactgttcacataagtctcacagaccaaacataagaaggc
ataaggaaccataccttctctatattctttttttttctctttttttaatt
aggtattttcctcatttacatttccaatgttatcccaaaagtcccccata
cccaccccccccatcccctacccactcacttcccctttttggccctggca
ttctcctgtaaggggcatataaagtttgcaagtccaaagggcctcacttt
ccagtgatggctgactaggccatcttttgatatgtatgcagctagagaga
agagctccagggtactggttagttcatattgttgttccacctatagggtt
gcagttccctttagctccttgggtactttctctagctcctccattggggg
ccgtgtgacccatccaatagctgactgtgagcatccacttctgtgtttgc
taggccccggcctagtctcacaagagagagctatatcagagtcctttcag
taaaatcttgctagtgtatgcaatggtgtcagcgtttggaagctgattat
gggatggatccctggatatggcaatcactagatggtccatccttaaggca
atctgaaaaatgcatttatttttgattgctctcaattctaatgaaagtta
ctgactgcacatgacattttccaggacgaggattagagttcaatgagtca
gagaaatttgtaggttgtaggttcatccacgttgtaaagtgccaaggtca
atatatgaacctggggtaaatagtatctcattgtaaataagttttcaaat
ctttggtacaaacataatagcttgatagtgtgttctctctctctctctct
ctctctctctctatatatatatatatatatatatatatatatatacatat
atatattgctttatccctccctcccttccctccctcaatccctcacatgt
ctcatgtaaacatatatacatcttttaaaaagaaatctaggccctaaaag
ctgtttctctggtggtggtggtggttctgtaatcctaggcttttgtgaat
gtccaacatggcatgccacattgttataccatatgccctcttgg

caaccatagattttagatggaccatggtcttgttgatgtgtatattctat
atgtatatgaatgtacatatatataaactcacatacatacatacacacat
acataagacaaatatacacatctgtatctcttgcctaggtatgtatatgt
gtgtgtgtgtataatatatatatatatatatacatatatatatatatata
ttaaaactaaatatattcatataccacattgtttaagatttttgatagtt
acattaatggtgttttgtgaacacatacataagacaaatatacacatcag
tatctcttgcctaggtatgtatatgtgtgaacaagac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_77459221_77460293
seq2: B6Ng01-307F05.b_43_1136

seq1  GAATTCATTACACTGTTCACATAAGTCTCACAGACCAAACATAAGAAGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTACACTGTTCACATAAGTCTCACAGACCAAACATAAGAAGGC  50

seq1  ATAAGGAACCATACCTTCTCTATATTCTTTTTTTTTCTCTTTTTTTAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGAACCATACCTTCTCTATATTCTTTTTTTTTCTCTTTTTTTAATT  100

seq1  AGGTATTTTCCTCATTTACATTTCCAATGTTATCCCAAAAGTCCCCCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTTTCCTCATTTACATTTCCAATGTTATCCCAAAAGTCCCCCATA  150

seq1  CCCACCCCCCCCATCCCCTACCCACTCACTTCCCCTTTTTGGCCCTGGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCCCCCATCCCCTACCCACTCACTTCCCCTTTTTGGCCCTGGCA  200

seq1  TTCTCCTGTAAGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAAAGGGCCTCACTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTGTAAGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAAAGGGCCTCACTTT  250

seq1  CCAGTGATGGCTGACTAGGCCATCTTTTGATATGTATGCAGCTAGAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGATGGCTGACTAGGCCATCTTTTGATATGTATGCAGCTAGAGAGA  300

seq1  AGAGCTCCAGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCCAGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTT  350

seq1  GCAGTTCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTCCCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGG  400

seq1  CCGTGTGACCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTGACCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGC  450

seq1  TAGGCCCCGGCCTAGTCTCACAAGAGAGAGCTATATCAGAGTCCTTTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCCCGGCCTAGTCTCACAAGAGAGAGCTATATCAGAGTCCTTTCAG  500

seq1  TAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATTAT  550

seq1  GGGATGGATCCCTGGATATGGCAATCACTAGATGGTCCATCCTTAAGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGATCCCTGGATATGGCAATCACTAGATGGTCCATCCTTAAGGCA  600

seq1  ATCTGAAAAATGCATTTATTTTTGATTGCTCTCAATTCTAATGAAAGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAAAATGCATTTATTTTTGATTGCTCTCAATTCTAATGAAAGTTA  650

seq1  CTGACTGCACATGACATTTTCCAGGACGAGGATTAGAGTTCAATGAGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGCACATGACATTTTCCAGGACGAGGATTAGAGTTCAATGAGTCA  700

seq1  GAGAAATTTGTAGGTTGTAGGTTCATCCACGTTGTAAAGTGCCAAGGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAATTTGTAGGTTGTAGGTTCATCCACGTTGTAAAGTGCCAAGGTCA  750

seq1  ATATATGAACCTGGGGTAAATAGTATCTCATTGTAAATAAGTTTTCAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGAACCTGGGGTAAATAGTATCTCATTGTAAATAAGTTTTCAAAT  800

seq1  C-TTGGTACAAACATAATAGCTTGATAGTGTGTTCTCTCTCTCTCTCTCT  849
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTACAAACATAATAGCTTGATAGTGTGTTCTCTCTCTCTCTCTCT  850

seq1  CTCTCTCTCTATATATATATATATATATATATATATATATATATACATAT  899
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTATATATATATATATATATATATATATATATATACATAT  900

seq1  ATATATTGCTTTATCCCTCCCTCCC-TCCCTCCCTCAATCCCTCACATGT  948
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTGCTTTATCCCTCCCTCCCTTCCCTCCCTCAATCCCTCACATGT  950

seq1  CTCATGTAAACATATATACATCTTT--AAAAG-AATCTAGGCCCT-AAAG  994
      |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||
seq2  CTCATGTAAACATATATACATCTTTTAAAAAGAAATCTAGGCCCTAAAAG  1000

seq1  CTGTTTCTCT-GTGGTG--TGTGGGTCTGTA--TCTAG--CTTTGTGAAT  1037
      |||||||||| ||||||   |||| ||||||   ||||   |||||||||
seq2  CTGTTTCTCTGGTGGTGGTGGTGGTTCTGTAATCCTAGGCTTTTGTGAAT  1050

seq1  GTCC-ACAT-GCATG-CACAT--GTATA-CATATG--CTCTTGG  1073
      |||| |||| ||||| |||||   |||| ||||||  |||||||
seq2  GTCCAACATGGCATGCCACATTGTTATACCATATGCCCTCTTGG  1094


seq1: chr6_77624567_77624901
seq2: B6Ng01-307F05.g_64_398 (reverse)

seq1  CACACATATACATACCTAGGCAAGAGATACTGATGTGTATATTTGTCTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACATATACATACCTAGGCAAGAGATACTGATGTGTATATTTGTCTTA  50

seq1  TGTATGTGTTAACAAAACACCATTAATGTAACTATCAAAAATCCTAAACA  100
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGTATGTGTTCACAAAACACCATTAATGTAACTATCAAAAATCTTAAACA  100

seq1  ATGTGGTATATGAATATATTTAGTTTTAATATATATATATATATATGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTATATGAATATATTTAGTTTTAATATATATATATATATATGTAT  150

seq1  ATATATATATATATATTATACACACACACACATATACATACCTAGGCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATTATACACACACACACATATACATACCTAGGCAAG  200

seq1  AGATACAGATGTGTATATTTGTCTTATGTATGTGTGTATGTATGTATGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACAGATGTGTATATTTGTCTTATGTATGTGTGTATGTATGTATGTG  250

seq1  AGTTTATATATATGTACATTCATATACATATAGAATATACACATCAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATATATATGTACATTCATATACATATAGAATATACACATCAACAA  300

seq1  GACCATGGTCCATCTAAAATCTATGGTTGGAATTC  335
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGGTCCATCTAAAATCTATGGTTGGAATTC  335


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |