BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307K04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 63,565,355 - 63,686,968
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrid2
Upstream geneGA_x5J8B7W6GG0-4757855-4757501, LOC667099
Downstream geneAtoh1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307K04.bB6Ng01-307K04.g
ACCGA100355GA100356
length1,1561,104
definitionB6Ng01-307K04.b B6Ng01-307K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(63,565,355 - 63,566,513)(63,685,868 - 63,686,968)
sequence
gaattcaccgtttgttattaataccaaaaatatattaattttctttattt
ctgctatatattagtcatgccacgagtttctgatttatagaaatcttttt
ctttcttggtagtgataaccagaatgtacatacaattaaatttagctttc
aggtttgacttcattgttaggtaacttagtctttcatagcataaataaat
agcaatgaagtaagtcttcacatagctcattcgaaccattgtccatctaa
tcagtaaatagccacttaaagtaatttatctttactttaagatttgtttg
gtccctgtatatcttctgaagttattgtcaatctgaatgtatgtcacttt
aaggtgactagtaacgctctttggtgtgttgtaatacacctgtggtagga
tgaactcataaatgtcaattgtttgaaataaaattgagaaaattgtatgt
cacactatatatgacataaaggaattactacgttgtgttgtaatttatta
ttaagataaaaaacttggaagaatgtcaactattttcacctgtaattatt
gactaaaaattattaaaatacttatatctaaatatacaaccacatttaaa
tataagacctattttggggctttgtaaaatcgcttataaaatcatcatca
aattgtcaagcatttgatataattacctgaatgaaaattgaccattaaat
attgcttttagaattcttaattaacaggataatgtatattagagcttatc
ttcatgaatcagttaaaactgaaaaatagtccacctagaatttataatag
ggaaggaaattattttcatactaccttcaaagtgtaacaatagtacttaa
agaaaaacatatcatgaatttgaaagatgtaaggtaagaagacataggaa
gagttgggaagagaagacgcatggtatgttagagagaacaaggaaaagca
aatgatataattgtacttaataaaatttaaaaattaaaaattagtctact
tcatatatataaatataatacatcaaatttcagatgtgagtgtctacaga
aaacatattatgttggtcacaggaacaagcttaataattgcctacttgaa
tagattttctttaagttgaataagtaacatatggtgactgtgaacacatt
tttttg

gaattctgagggtagcttaatttctgtccactgagcaaaataattatagt
accaagtttaccctggttagctattttccatatggctcttcaaacacatg
tagtattatccctccctcttttctacatgaatggtttatgcttcccaatt
aactattaatgatatctggaattcattttacttttatttaatttaagcat
taagttaattttagcatatggtgatatttgttcagtatgccctatttagc
tttgtaattatattgaatattttaaaataaatatgtttagagttttcagt
ttcaataattttacttagaatatgtggtttataggacttaactatgtatt
tatatgtccattcaatcacttgaatacaacaactgctacatattaaaagc
taattatttaatcctcattcataaaagtgaagaatactctttaggtcttt
caccttgatattttacaactaaaacactccaaaaatattataacatacct
gcaggacagaaatatatgaaaagagccaggaatattcaggggagaggaaa
gaacggtatacatgctcagtaaatgggaaatagttgggcattaaggaatg
ttgagtgtgaggtagtttcctaagtgctgccttctgcaaaaggcagggcc
tacaaaaagcagtagctcttatgctcctgggtcttccttgtcttccataa
caaataaatggggcactgatatggtgcaattggagttccttatgactgtt
catctcaaaaggacctgaacatattcctagcagtttattctctacaccgc
ttagaagaggaagaaatgctgattctaagattctaatattaagacagtca
tcaagtaagtgcctcagctttacctaatactgtgacagcatttggcattc
tgttgatatacatgaattaaagacccaaaaatttgaaacatttagcctat
gtttgttacataccagtaacaactatatattgctttttctaaaaatataa
taaaaatcatgtggataagttgatgctgctgtttatattttcacaagaat
aagaaaataacctagttacaataacaaagctgaataagaaattacataat
atga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_63565355_63566513
seq2: B6Ng01-307K04.b_43_1198

seq1  GAATTCACCGTTTGTTATTAATACCAAAAATATATTAATTTTCTTTATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCGTTTGTTATTAATACCAAAAATATATTAATTTTCTTTATTT  50

seq1  CTGCTATATATTAGTCATGCCACGAGTTTCTGATTTATAGAAATCTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATATATTAGTCATGCCACGAGTTTCTGATTTATAGAAATCTTTTT  100

seq1  CTTTCTTGGTAGTGATAACCAGAATGTACATACAATTAAATTTAGCTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTGGTAGTGATAACCAGAATGTACATACAATTAAATTTAGCTTTC  150

seq1  AGGTTTGACTTCATTGTTAGGTAACTTAGTCTTTCATAGCATAAATAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGACTTCATTGTTAGGTAACTTAGTCTTTCATAGCATAAATAAAT  200

seq1  AGCAATGAAGTAAGTCTTCACATAGCTCATTCGAACCATTGTCCATCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGAAGTAAGTCTTCACATAGCTCATTCGAACCATTGTCCATCTAA  250

seq1  TCAGTAAATAGCCACTTAAAGTAATTTATCTTTACTTTAAGATTTGTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAATAGCCACTTAAAGTAATTTATCTTTACTTTAAGATTTGTTTG  300

seq1  GTCCCTGTATATCTTCTGAAGTTATTGTCAATCTGAATGTATGTCACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCTGTATATCTTCTGAAGTTATTGTCAATCTGAATGTATGTCACTTT  350

seq1  AAGGTGACTAGTAACGCTCTTTGGTGTGTTGTAATACACCTGTGGTAGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGACTAGTAACGCTCTTTGGTGTGTTGTAATACACCTGTGGTAGGA  400

seq1  TGAACTCATAAATGTCAATTGTTTGAAATAAAATTGAGAAAATTGTATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCATAAATGTCAATTGTTTGAAATAAAATTGAGAAAATTGTATGT  450

seq1  CACACTATATATGACATAAAGGAATTACTACGTTGTGTTGTAATTTATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTATATATGACATAAAGGAATTACTACGTTGTGTTGTAATTTATTA  500

seq1  TTAAGATAAAAAACTTGGAAGAATGTCAACTATTTTCACCTGTAATTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATAAAAAACTTGGAAGAATGTCAACTATTTTCACCTGTAATTATT  550

seq1  GACTAAAAATTATTAAAATACTTATATCTAAATATACAACCACATTTAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAAAATTATTAAAATACTTATATCTAAATATACAACCACATTTAAA  600

seq1  TATAAGACCTATTTTGGGGCTTTGTAAAATCGCTTATAAAATCATCATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGACCTATTTTGGGGCTTTGTAAAATCGCTTATAAAATCATCATCA  650

seq1  AATTGTCAAGCATTTGATATAATTACCTGAATGAAAATTGACCATTAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCAAGCATTTGATATAATTACCTGAATGAAAATTGACCATTAAAT  700

seq1  ATTGCTTTTAGAATTCTTAATTAACAGGATAATGTATATTAGAGCTTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTTTAGAATTCTTAATTAACAGGATAATGTATATTAGAGCTTATC  750

seq1  TTCATGAATCAGTTAAAACTGAAAAATAGTCCACCTAGAATTTATAATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGAATCAGTTAAAACTGAAAAATAGTCCACCTAGAATTTATAATAG  800

seq1  GGAAGGAAATTATTTTCATACTACCTTCAAAGTGTAACAATAGTACTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGAAATTATTTTCATACTACCTTCAAAGTGTAACAATAGTACTTAA  850

seq1  AGAAAAACATATCATGAATTTGAAAGATGTAAGGTAAGAAGACATAGGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAACATATCATGAATTTGAAAGATGTAAGGTAAGAAGACATAGGAA  900

seq1  GAGTT-GGAAGAGAAGACGCATGGTATGTTAGAGAGAACAAGGAAAAGCA  949
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGGAAGAGAAGACGCATGGTATGTTAGAGAGAACAAGGAAAAGCA  950

seq1  AATGATATAATTGTACTTAATTAAAATTTAAAAATTAAAAATTAGTCTAC  999
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATATAATTGTACTTAA-TAAAATTTAAAAATTAAAAATTAGTCTAC  999

seq1  TTCATATATATAAAATATAAATACCATCAAAATTCAGATGTTGGAGTGTC  1049
      ||||||||||| |||||| |||| ||||||| |||||||||  |||||||
seq2  TTCATATATAT-AAATAT-AATA-CATCAAATTTCAGATGT--GAGTGTC  1044

seq1  TACAG-AAACATATTATGTT-GTCACAG--ACAAGCTTAATTAATG-CTA  1094
      ||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| | || |||
seq2  TACAGAAAACATATTATGTTGGTCACAGGAACAAGCTTAATAATTGCCTA  1094

seq1  CTTTAAATAGGATTTTCTTTTTAGTGTTGATAAGTAAAACATAT-GTG-C  1142
      | || |||| ||||||| ||| ||| |  ||||||  ||||||| ||| |
seq2  C-TTGAATA-GATTTTC-TTTAAGT-TGAATAAGT--AACATATGGTGAC  1138

seq1  TGTG-ACCCATTTTTTTG  1159
      |||| || ||||||||||
seq2  TGTGAACACATTTTTTTG  1156


seq1: chr6_63685868_63686968
seq2: B6Ng01-307K04.g_64_1167 (reverse)

seq1  TCATATTTATGTAAATTTTCTTA-TCAGCTTTG-TATTGTAAACTA-GTT  47
      ||||| ||||||||  ||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||
seq2  TCATA-TTATGTAA--TTTCTTATTCAGCTTTGTTATTGT-AACTAGGTT  46

seq1  A-TTTCTTA-TCTTGTG-AAATATAAACAGCAGCATCAACTTATCCACAT  94
      | ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTATTCTTGTGAAAATATAAACAGCAGCATCAACTTATCCACAT  96

seq1  GATTTT--ATATATTTTTAGAAAAAGCAATATATTAGTTGTTACTGGTAT  142
      ||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GATTTTTATTATATTTTTAGAAAAAGCAATATA-TAGTTGTTACTGGTAT  145

seq1  GTAACAAACATAGGCTAAATGTTTCAAATTTTTGGGTCTTTAATTCATGT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAAACATAGGCTAAATGTTTCAAATTTTTGGGTCTTTAATTCATGT  195

seq1  ATATCAACAGAATGCCAAATGCTGTCACAGTATTAGGTAAAGCTGAGGCA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAACAGAATGCCAAATGCTGTCACAGTATTAGGTAAAGCTGAGGCA  245

seq1  CTTACTTGATGACTGTCTTAATATTAGAATCTTAGAATCAGCATTTCTTC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTGATGACTGTCTTAATATTAGAATCTTAGAATCAGCATTTCTTC  295

seq1  CTCTTCTAAGCGGTGTAGAGAATAAACTGCTAGGAATATGTTCAGGTCCT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTAAGCGGTGTAGAGAATAAACTGCTAGGAATATGTTCAGGTCCT  345

seq1  TTTGAGATGAACAGTCATAAGGAACTCCAATTGCACCATATCAGTGCCCC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGATGAACAGTCATAAGGAACTCCAATTGCACCATATCAGTGCCCC  395

seq1  ATTTATTTGTTATGGAAGACAAGGAAGACCCAGGAGCATAAGAGCTACTG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTGTTATGGAAGACAAGGAAGACCCAGGAGCATAAGAGCTACTG  445

seq1  CTTTTTGTAGGCCCTGCCTTTTGCAGAAGGCAGCACTTAGGAAACTACCT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTGTAGGCCCTGCCTTTTGCAGAAGGCAGCACTTAGGAAACTACCT  495

seq1  CACACTCAACATTCCTTAATGCCCAACTATTTCCCATTTACTGAGCATGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCAACATTCCTTAATGCCCAACTATTTCCCATTTACTGAGCATGT  545

seq1  ATACCGTTCTTTCCTCTCCCCTGAATATTCCTGGCTCTTTTCATATATTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCGTTCTTTCCTCTCCCCTGAATATTCCTGGCTCTTTTCATATATTT  595

seq1  CTGTCCTGCAGGTATGTTATAATATTTTTGGAGTGTTTTAGTTGTAAAAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCTGCAGGTATGTTATAATATTTTTGGAGTGTTTTAGTTGTAAAAT  645

seq1  ATCAAGGTGAAAGACCTAAAGAGTATTCTTCACTTTTATGAATGAGGATT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGGTGAAAGACCTAAAGAGTATTCTTCACTTTTATGAATGAGGATT  695

seq1  AAATAATTAGCTTTTAATATGTAGCAGTTGTTGTATTCAAGTGATTGAAT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTAGCTTTTAATATGTAGCAGTTGTTGTATTCAAGTGATTGAAT  745

seq1  GGACATATAAATACATAGTTAAGTCCTATAAACCACATATTCTAAGTAAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATATAAATACATAGTTAAGTCCTATAAACCACATATTCTAAGTAAA  795

seq1  ATTATTGAAACTGAAAACTCTAAACATATTTATTTTAAAATATTCAATAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTGAAACTGAAAACTCTAAACATATTTATTTTAAAATATTCAATAT  845

seq1  AATTACAAAGCTAAATAGGGCATACTGAACAAATATCACCATATGCTAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAAAGCTAAATAGGGCATACTGAACAAATATCACCATATGCTAAA  895

seq1  ATTAACTTAATGCTTAAATTAAATAAAAGTAAAATGAATTCCAGATATCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTTAATGCTTAAATTAAATAAAAGTAAAATGAATTCCAGATATCA  945

seq1  TTAATAGTTAATTGGGAAGCATAAACCATTCATGTAGAAAAGAGGGAGGG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGTTAATTGGGAAGCATAAACCATTCATGTAGAAAAGAGGGAGGG  995

seq1  ATAATACTACATGTGTTTGAAGAGCCATATGGAAAATAGCTAACCAGGGT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATACTACATGTGTTTGAAGAGCCATATGGAAAATAGCTAACCAGGGT  1045

seq1  AAACTTGGTACTATAATTATTTTGCTCAGTGGACAGAAATTAAGCTACCC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGGTACTATAATTATTTTGCTCAGTGGACAGAAATTAAGCTACCC  1095

seq1  TCAGAATTC  1101
      |||||||||
seq2  TCAGAATTC  1104


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |