BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307O02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 81,531,446 - 81,710,172
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043390, LOC100042991
Downstream geneLOC232143, 1700009C05Rik, AW146020, Mrpl19, Tmem166, EG622198, Tacr1, Pole4, LOC100043412, Hk2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307O02.bB6Ng01-307O02.g
ACCGA100531GA100532
length1,105964
definitionB6Ng01-307O02.b B6Ng01-307O02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(81,531,446 - 81,532,550)(81,709,237 - 81,710,172)
sequence
gaattctatgtcagtgacaatatgatggattaaattatgcaaccgagaga
acattggctcctcaatcctgagagctgttgatgtccccaaggcactttac
tcttgccatagcagcacagcacagcataaaagggctagtatttattgtcc
aaagaaaggcgatcagaatttgtgcccaacaatctgtcaagggagcttcc
ttattgaatagaactctgccatgccctaacccatgcttattgacagggag
gccctggggtagtaaattaatcctttctaatcagcttagaaaacatagtt
ctactgtctccattggaaagatggatattgagatgatgcctgccttctat
aaaatacccttcgccttcagaagtgacttcctgcactaaatactagagct
aggtgagtcccaaatgtcacagcatgtgatgagcttgggtaaagatgcaa
gagtctatcatataaagaacaatggtcactgtaactggacatatggttaa
gtcattgggaacccaaatgtggctttagtgaatggaagtagaaacttaat
tatccacccactacgagattaagtcttcactgagcctgatttgggagtaa
cttagagccctacaaatctaagaaaagttagacgacattttcaacatgtc
attcagaaaggtgctgcagtaccaggtgttagggactatttgcaatgaca
aacactcagtggaatctagcagaacactagcaaaataaaggcaaatgccc
tacagaatggcatcctgaagattgctgcagactagtgagaagaaatatat
ccctagaaccacccacctgcaagagggcaaataaccaaaatttataagga
acataaaaatttcaagaaaaaataatttgattaaaatgggcaatgcacct
agatagacatatctcaaagagagactggcaaatggcaaacaagttcttga
aagcatgtttaacacaagtcatcagaaaattgttacccaaacccactctg
agctatcactccctctatttaggaatagatattatcattaaaaaaaagat
gattgaggaaaacttagacttgttggtggagtgagttcagcttattctgt
gatgg
gaattctacaggggatgcatgtttggtcactaatgcaatgaaacaatggg
gccagtgagatggcatagcaggtaaaagtgctcgcttcacagatccaatg
ccataagtttggttcctgcggcccacattaaaagctggatttgtattgca
catctgcaatccaagagggagtctggaagcagaggagccgacactgcaaa
ggagagactccaataaatgtgagctggaagaagagaaccgtccaaaagtt
gcactctgatctctacatgtgccatgagatatgttcttacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacgtgaacaagaga
gagctctccttaacaaatagtgacagtaactgctgacatgaagatggtgg
acaaagataacttggagacagaaaatactggaatacattttgtgaccttg
gcatgctaaaattttcatagggaaggcattatgatcagttttcgtttttt
agaaaaagttacatatgtcctgatagtcttgaatgtaccttttagaataa
gcaatgcagtttttgaatttaaaaaatcaataaggtatttggactctgga
gggattacaggatttggatcacaaagatgtctggacttgtatactttatt
gttcgcagggacaaccctttcatccctgctccttttgctaagaaagaatc
acctgccgaggatgtaatgatgaaaaactctcatgattgattaggatttc
tggagtccagccgtagcattaaaacaggcccagggccccatgtctctgtc
caacataaaatagttttcagaaaataagatgggcttttgcccttgttttt
tacaagctccaagggagataagattttcatacctccctttcagttagaca
gttatttctccaacactggacagtttggaagatgtcttcctttgcatttg
cagatcaaatgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_81531446_81532550
seq2: B6Ng01-307O02.b_47_1151

seq1  GAATTCTATGTCAGTGACAATATGATGGATTAAATTATGCAACCGAGAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATGTCAGTGACAATATGATGGATTAAATTATGCAACCGAGAGA  50

seq1  ACATTGGCTCCTCAATCCTGAGAGCTGTTGATGTCCCCAAGGCACTTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGCTCCTCAATCCTGAGAGCTGTTGATGTCCCCAAGGCACTTTAC  100

seq1  TCTTGCCATAGCAGCACAGCACAGCATAAAAGGGCTAGTATTTATTGTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCATAGCAGCACAGCACAGCATAAAAGGGCTAGTATTTATTGTCC  150

seq1  AAAGAAAGGCGATCAGAATTTGTGCCCAACAATCTGTCAAGGGAGCTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAGGCGATCAGAATTTGTGCCCAACAATCTGTCAAGGGAGCTTCC  200

seq1  TTATTGAATAGAACTCTGCCATGCCCTAACCCATGCTTATTGACAGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGAATAGAACTCTGCCATGCCCTAACCCATGCTTATTGACAGGGAG  250

seq1  GCCCTGGGGTAGTAAATTAATCCTTTCTAATCAGCTTAGAAAACATAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGGGTAGTAAATTAATCCTTTCTAATCAGCTTAGAAAACATAGTT  300

seq1  CTACTGTCTCCATTGGAAAGATGGATATTGAGATGATGCCTGCCTTCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTCTCCATTGGAAAGATGGATATTGAGATGATGCCTGCCTTCTAT  350

seq1  AAAATACCCTTCGCCTTCAGAAGTGACTTCCTGCACTAAATACTAGAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACCCTTCGCCTTCAGAAGTGACTTCCTGCACTAAATACTAGAGCT  400

seq1  AGGTGAGTCCCAAATGTCACAGCATGTGATGAGCTTGGGTAAAGATGCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGTCCCAAATGTCACAGCATGTGATGAGCTTGGGTAAAGATGCAA  450

seq1  GAGTCTATCATATAAAGAACAATGGTCACTGTAACTGGACATATGGTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTATCATATAAAGAACAATGGTCACTGTAACTGGACATATGGTTAA  500

seq1  GTCATTGGGAACCCAAATGTGGCTTTAGTGAATGGAAGTAGAAACTTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTGGGAACCCAAATGTGGCTTTAGTGAATGGAAGTAGAAACTTAAT  550

seq1  TATCCACCCACTACGAGATTAAGTCTTCACTGAGCCTGATTTGGGAGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCACCCACTACGAGATTAAGTCTTCACTGAGCCTGATTTGGGAGTAA  600

seq1  CTTAGAGCCCTACAAATCTAAGAAAAGTTAGACGACATTTTCAACATGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGCCCTACAAATCTAAGAAAAGTTAGACGACATTTTCAACATGTC  650

seq1  ATTCAGAAAGGTGCTGCAGTACCAGGTGTTAGGGACTATTTGCAATGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAAAGGTGCTGCAGTACCAGGTGTTAGGGACTATTTGCAATGACA  700

seq1  AACACTCAGTGGAATCTAGCAGAACACTAGCAAAATAAAGGCAAATGCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCAGTGGAATCTAGCAGAACACTAGCAAAATAAAGGCAAATGCCC  750

seq1  TACAGAATGGCATCCTGAAGATTGCTGCAGACTAGTGAGAAGAAATATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAATGGCATCCTGAAGATTGCTGCAGACTAGTGAGAAGAAATATAT  800

seq1  CCCTAGAACCACCCACCTGCAAGAGGGCAAATAACCAAAATTTATAAGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGAACCACCCACCTGCAAGAGGGCAAATAACCAAAATTTATAAGGA  850

seq1  ACATAAAAA-TTCAAGAAAAAATAATTTGATTAAAATGGGCAATGCACCT  899
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAAAATTTCAAGAAAAAATAATTTGATTAAAATGGGCAATGCACCT  900

seq1  AGATAGACATATCTCAAAGAGAGACTGGCAAATGGCAAACAAGTTCTTGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGACATATCTCAAAGAGAGACTGGCAAATGGCAAACAAGTTCTTGA  950

seq1  AAGCATGTTTAACACAAGTCATCAGAAAATTGTTACCCAAACCCACTCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTTTAACACAAGTCATCAGAAAATTGTTACCCAAACCCACTCTG  1000

seq1  AGCTATCACTCCCTCTATTTA-GAATAGATATTATCATTAAAAAAAAGAT  1048
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATCACTCCCTCTATTTAGGAATAGATATTATCATTAAAAAAAAGAT  1050

seq1  GGAATGAAGGAAAACTTAGAC-TGTTGGTGGGAAGGTGAG-TCAGTTTA-  1095
      |  ||  |||||||||||||| |||||||||    ||||| |||| ||| 
seq2  G--ATTGAGGAAAACTTAGACTTGTTGGTGG---AGTGAGTTCAGCTTAT  1095

seq1  TCTGTGATGG  1105
      ||||||||||
seq2  TCTGTGATGG  1105

seq1: chr6_81709237_81710172
seq2: B6Ng01-307O02.g_70_1033 (reverse)

seq1  TCACATTTG-TCTGC-AATGC-AAGGAAGAC-TCTTCC-AACTGT-CAGT  44
      ||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||| ||||
seq2  TCACATTTGATCTGCAAATGCAAAGGAAGACATCTTCCAAACTGTCCAGT  50

seq1  GTTGG-GAAATAACTGTCTAACTG-AAGGGAAGTATG-AAATCTT-TCT-  89
      ||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| ||| 
seq2  GTTGGAGAAATAACTGTCTAACTGAAAGGGAGGTATGAAAATCTTATCTC  100

seq1  CCTTGGAGCTTGT-AAAAACAA-GGCAAA--GCCATCTTATTTTCTG-AA  134
      ||||||||||||| |||||||| ||||||   ||||||||||||||| ||
seq2  CCTTGGAGCTTGTAAAAAACAAGGGCAAAAGCCCATCTTATTTTCTGAAA  150

seq1  ACTA-TTTATG-TGGACAGAGCC--TGGGCCCT-GGCCTG-TTTAATGCT  178
      |||| |||||| ||||||||| |   ||||||| |||||| |||||||||
seq2  ACTATTTTATGTTGGACAGAGACATGGGGCCCTGGGCCTGTTTTAATGCT  200

seq1  ACGGCTGGACTCCAG-AATCCTAATCAATCATGAGAGTTTTTCATCATTA  227
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCTGGACTCCAGAAATCCTAATCAATCATGAGAGTTTTTCATCATTA  250

seq1  CATCCTCGGCAGGTGATTCTTTCTTAGC-AAAGGAGCAGGGATG-AAGGG  275
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  CATCCTCGGCAGGTGATTCTTTCTTAGCAAAAGGAGCAGGGATGAAAGGG  300

seq1  TTGTCCCTGCGAACAAT-AAGTATACAAGTCCAGACATCTTTGTGATCCA  324
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCCTGCGAACAATAAAGTATACAAGTCCAGACATCTTTGTGATCCA  350

seq1  AATCCTGTAATCCCTCCAGAGTCCAAATACCTTATTGATTTTTT-AATTC  373
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AATCCTGTAATCCCTCCAGAGTCCAAATACCTTATTGATTTTTTAAATTC  400

seq1  -AAAACTGCATTGCTTATTCTAAAAGGTACATTCAAGACTATCAGGACAT  422
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTGCATTGCTTATTCTAAAAGGTACATTCAAGACTATCAGGACAT  450

seq1  ATGTAACTTTTTCTAAAAAACGAAAACTGATCATAATGCCTTCCCTATGA  472
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACTTTTTCTAAAAAACGAAAACTGATCATAATGCCTTCCCTATGA  500

seq1  AAATTTTAGCATGCCAAGGTCACAAAATGTATTCCAGTATTTTCTGTCTC  522
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTAGCATGCCAAGGTCACAAAATGTATTCCAGTATTTTCTGTCTC  550

seq1  CAAGTTATCTTTGTCCACCATCTTCATGTCAGCAGTTACTGTCACTATTT  572
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTATCTTTGTCCACCATCTTCATGTCAGCAGTTACTGTCACTATTT  600

seq1  GTTAAGGAGAGCTCTCTCTTGTTCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  622
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGGAGAGCTCTCTCTTGTTCACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  650

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAACATATCTCATGGCACATGT  672
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGAACATATCTCATGGCACATGT  700

seq1  AGAGATCAGAGTGCAACTTTTGGACGGTTCTCTTCTTCCAGCTCACATTT  722
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCAGAGTGCAACTTTTGGACGGTTCTCTTCTTCCAGCTCACATTT  750

seq1  ATTGGAGTCTCTCCTTTGCAGTGTCGGCTCCTCTGCTTCCAGACTCCCTC  772
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAGTCTCTCCTTTGCAGTGTCGGCTCCTCTGCTTCCAGACTCCCTC  800

seq1  TTGGATTGCAGATGTGCAATACAAATCCAGCTTTTAATGTGGGCCGCAGG  822
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTGCAGATGTGCAATACAAATCCAGCTTTTAATGTGGGCCGCAGG  850

seq1  AACCAAACTTATGGCATTGGATCTGTGAAGCGAGCACTTTTACCTGCTAT  872
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAAACTTATGGCATTGGATCTGTGAAGCGAGCACTTTTACCTGCTAT  900

seq1  GCCATCTCACTGGCCCCATTGTTTCATTGCATTAGTGACCAAACATGCAT  922
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTCACTGGCCCCATTGTTTCATTGCATTAGTGACCAAACATGCAT  950

seq1  CCCCTGTAGAATTC  936
      ||||||||||||||
seq2  CCCCTGTAGAATTC  964