BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308G19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 127,069,526 - 127,217,688
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcnd2, Tpi-rs11, EG243642, LOC100043578
Upstream geneNtf3, LOC100043565, LOC667427, LOC100043567, Kcna5, Kcna1, Kcna6, LOC667463, Ndufa9, Akap3, Dyrk4, Rad51ap1, D6Wsu163e, LOC667473, LOC624256, Fgf6, Fgf23, 9630033F20Rik
Downstream geneEG640703, LOC100043848, Parp11, Efcab4b, Prmt8, Tspan11, Tspan9, LOC100043853, LOC667560, Tead4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308G19.bB6Ng01-308G19.g
ACCGA100931GA100932
length1,0951,073
definitionB6Ng01-308G19.b B6Ng01-308G19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,069,526 - 127,070,610)(127,216,612 - 127,217,688)
sequence
gaattctctctaaaggtgcttccaatcagacagtcctttccttgttttag
gcttcctcttctttaaaggtgacattctattcaccgatgacgtcagcagg
cgtcattagcctgtccaatcactgtactgaaatctgcacttggctcagtt
ctcagcagagtctaactcaagtggtctgtgcagtgcgatgtgtgtggcat
tttgagtcagccacatttgtttccttgcccctgttcacttccttactcca
agcagagggtattacagttacatctaaaatgtcccccacgggttcatccc
cggctggtgacgctgctttgggaggttgtggaacctctgggaaacatgcc
ttacctagcagaaggaagttgttggggatgggccatgaaggagttctctg
acccaccaagatacaaagaagctccacggcctcctcctggtcctctgtag
catgagcccccataaatccctcctccatgatactgccaaggactttattg
gtgcaacaaggagaatagctaatagagaccccattatatctacctgagtg
ggcgaggtgacttaatttgcttagctccaaaatggagtcacacccaccag
aagagactgagggttgtgaacaggaaaactccttctttctttgtttctga
gacagggtttctctatgtagccctagctggcctggaactcacagagatcc
tcctgcctctacctttgcagtcctgagatttaaggtgccaccatgcccaa
cctttaagtggtgggactggaacccagagactgtgtacagcagtagatgc
tctaccactgagctaccccttcagcttgcaaatatttctttacatcccaa
agacactcagctggtggttatctaaagtcccttatcttgacatcatatgt
tggaagcatgggtacctgtctataaatgatctttttaaaagacaaagtta
ggtgtccccccttccctcaccccccccccccaccctcctgctctggcctt
agcccaagattatagcaaaatgtcaggtccaatgctgtggggttcaactt
ggctctatgtctttcaaatggaaacctacctaccattcattctga
gaattctagaggtcttttcagccatgcccctgcctcctggaatgtctaca
actcatctgatgtgaagcccagggagtctgtgtaacaaactaagcattca
ggaggggacaagaacctggtggccttttcattttccactacaaggggcta
cagaagagaaggcagggaaaggagaaaaaaacctctccctaccagtctct
tcttcttcctttgtttccaagtcaggggtcatgtctgccctacctgtcac
tgtcttcatcctgtgaggactgtcatcctgacagactctgtattccccga
ggaggcaagcctctaggcacacctgggagggatttcctagattgggctag
cctcatgctctgtgagccactctcttcattagattgaggtgggaagactc
accctgaatatgggtgtcaccgtcccctggcctgggtcctgggctgaata
aaaaggagatatcaagccaaacacaacgttcatctggcttcctgctctct
gactctgccggtacaatgtgatcagttgcctcaagcttccgactcccctg
ccctgatggattgcaccctgcaactgtgagccaaagtctttccttccttc
cttaaattgcttttgtcggggtattttgtcatagcagcagaacggtaact
agcacgccccctactggccacaaatctataacacccaccgctgctggaag
ccatcattctctctcaatagtggcaactgctctgctggcggccagcatca
ctctgccttagaaaccgaatctttcactttgggccattcagtgtttgcag
taactccgctctgggagtgttttatgattgtcccttcaacaagcagaaaa
ctgcggaccagcaaaataagacaagccctccagcttgctttcccactaca
tagacatacaaggcaccccttggaatgatttccacagggaaatttcgagg
aacccaggcaccctctgctacctcctgatgacaggaggggcacactggca
ggcacagcacagtgactgccccaacaccccatgggagggcgtgaggtgtt
tccctccagattgttgactgtca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_127069526_127070610
seq2: B6Ng01-308G19.b_46_1140

seq1  GAATTCTCTCTAAAGGTGCTTCCAATCAGACAGTCCTTTCCTTGTTTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTAAAGGTGCTTCCAATCAGACAGTCCTTTCCTTGTTTTAG  50

seq1  GCTTCCTCTTCTTTAAAGGTGACATTCTATTCACCGATGACGTCAGCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCTCTTCTTTAAAGGTGACATTCTATTCACCGATGACGTCAGCAGG  100

seq1  CGTCATTAGCCTGTCCAATCACTGTACTGAAATCTGCACTTGGCTCAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCATTAGCCTGTCCAATCACTGTACTGAAATCTGCACTTGGCTCAGTT  150

seq1  CTCAGCAGAGTCTAACTCAAGTGGTCTGTGCAGTGCGATGTGTGTGGCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAGAGTCTAACTCAAGTGGTCTGTGCAGTGCGATGTGTGTGGCAT  200

seq1  TTTGAGTCAGCCACATTTGTTTCCTTGCCCCTGTTCACTTCCTTACTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTCAGCCACATTTGTTTCCTTGCCCCTGTTCACTTCCTTACTCCA  250

seq1  AGCAGAGGGTATTACAGTTACATCTAAAATGTCCCCCACGGGTTCATCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGGGTATTACAGTTACATCTAAAATGTCCCCCACGGGTTCATCCC  300

seq1  CGGCTGGTGACGCTGCTTTGGGAGGTTGTGGAACCTCTGGGAAACATGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGGTGACGCTGCTTTGGGAGGTTGTGGAACCTCTGGGAAACATGCC  350

seq1  TTACCTAGCAGAAGGAAGTTGTTGGGGATGGGCCATGAAGGAGTTCTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTAGCAGAAGGAAGTTGTTGGGGATGGGCCATGAAGGAGTTCTCTG  400

seq1  ACCCACCAAGATACAAAGAAGCTCCACGGCCTCCTCCTGGTCCTCTGTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCAAGATACAAAGAAGCTCCACGGCCTCCTCCTGGTCCTCTGTAG  450

seq1  CATGAGCCCCCATAAATCCCTCCTCCATGATACTGCCAAGGACTTTATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCCCCCATAAATCCCTCCTCCATGATACTGCCAAGGACTTTATTG  500

seq1  GTGCAACAAGGAGAATAGCTAATAGAGACCCCATTATATCTACCTGAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAACAAGGAGAATAGCTAATAGAGACCCCATTATATCTACCTGAGTG  550

seq1  GGCGAGGTGACTTAATTTGCTTAGCTCCAAAATGGAGTCACACCCACCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAGGTGACTTAATTTGCTTAGCTCCAAAATGGAGTCACACCCACCAG  600

seq1  AAGAGACTGAGGGTTGTGAACAGGAAAACTCCTTCTTTCTTTGTTTCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACTGAGGGTTGTGAACAGGAAAACTCCTTCTTTCTTTGTTTCTGA  650

seq1  GACAGGGTTTCTCTATGTAGCCCTAGCTGGCCTGGAACTCACAGAGATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGTTTCTCTATGTAGCCCTAGCTGGCCTGGAACTCACAGAGATCC  700

seq1  TCCTGCCTCTACCTTTGCAGTCCTGAGATTTAAGGTGCCACCATGCCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCTCTACCTTTGCAGTCCTGAGATTTAAGGTGCCACCATGCCCAA  750

seq1  CCTTTAAGTGGTGGGACTGGAACCCAGAGACTGTGTACAGCAGGTAGATG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCTTTAAGTGGTGGGACTGGAACCCAGAGACTGTGTACAGCA-GTAGATG  799

seq1  CTCTACCACTGAGCTACCCCTTCAGCTTGCAAATATTTCTTTACATCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCACTGAGCTACCCCTTCAGCTTGCAAATATTTCTTTACATCCCA  849

seq1  AAGACACTCAGCTGGTGGTTATCTAAAGTCCCTTATCTTGACATCATATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACTCAGCTGGTGGTTATCTAAAGTCCCTTATCTTGACATCATATG  899

seq1  TTGGAAGCATGGGTACCTGTCTATAAAATGATCTTTTTAAAAAGACCAAG  950
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||
seq2  TTGGAAGCATGGGTACCTGTCTAT-AAATGATCTTTTT-AAAAGACAAAG  947

seq1  TTAGGTGTCCCCCC-TCCCTCA--CCCCCCCCCCACCCTCCTGCTCT-GC  996
      |||||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTAGGTGTCCCCCCTTCCCTCACCCCCCCCCCCCACCCTCCTGCTCTGGC  997

seq1  TTTAGCCCAAGATGATAGC-AAATG-CAGGTCAAATGC--TGGGTGTCAA  1042
       |||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||  ||||  ||||
seq2  CTTAGCCCAAGATTATAGCAAAATGTCAGGTCCAATGCTGTGGGGTTCAA  1047

seq1  CCTGGCTCTATGTTTTTC-AATG--AATCGACTCAC--TTCATTCTGA  1085
      | ||||||||||| |||| ||||  || | ||  ||  ||||||||||
seq2  CTTGGCTCTATGTCTTTCAAATGGAAACCTACCTACCATTCATTCTGA  1095

seq1: chr6_127216612_127217688
seq2: B6Ng01-308G19.g_64_1136 (reverse)

seq1  TGACAGTCAACATTCTGGAGGG-AACACCTCACGGCCCTTCCCATGGGGT  49
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||  || |||||||||||
seq2  TGACAGTCAACAATCTGGAGGGAAACACCTCACG--CCCTCCCATGGGGT  48

seq1  GTTGGGGCAGTTCACTGTGCTGTGGCCTGCCAGTGTGCCCCTCCTGTTCA  99
      |||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTTGGGGCAG-TCACTGTGCTGT-GCCTGCCAGTGTGCCCCTCCTG-TCA  95

seq1  TCAGGAGGTAGCAGAGGGTGCCTGGGTTCCTCGAAATTTCCCTGTGGAAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGGTAGCAGAGGGTGCCTGGGTTCCTCGAAATTTCCCTGTGGAAA  145

seq1  TCATTCCAAGGGGTGCC-TGTATGTCTATGTAGTGGGAAAGCAAGCTGGA  198
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCAAGGGGTGCCTTGTATGTCTATGTAGTGGGAAAGCAAGCTGGA  195

seq1  GGGCTTTGTCTTATTTTGCTGGTCCGCAGTTTTCTGCTTGTTGAAGGGAC  248
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGC-TTGTCTTATTTTGCTGGTCCGCAGTTTTCTGCTTGTTGAAGGGAC  244

seq1  AATCATAAAACACTCCCAGAGCGGAGTTACTGCAAACACTGAATGGCCCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATAAAACACTCCCAGAGCGGAGTTACTGCAAACACTGAATGGCCCA  294

seq1  AAGTGAAAGATTCGGTTTCTAAGGCAGAGTGATGCTGGCCGCCAGCAGAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAAAGATTCGGTTTCTAAGGCAGAGTGATGCTGGCCGCCAGCAGAG  344

seq1  CAGTTGCCACTATTGAGAGAGAATGATGGCTTCCAGCAGCGGTGGGTGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGCCACTATTGAGAGAGAATGATGGCTTCCAGCAGCGGTGGGTGTT  394

seq1  ATAGATTTGTGGCCAGTAGGGGGCGTGCTAGTTACCGTTCTGCTGCTATG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTTGTGGCCAGTAGGGGGCGTGCTAGTTACCGTTCTGCTGCTATG  444

seq1  ACAAAATACCCCGACAAAAGCAATTTAAGGAAGGAAGGAAAGACTTTGGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATACCCCGACAAAAGCAATTTAAGGAAGGAAGGAAAGACTTTGGC  494

seq1  TCACAGTTGCAGGGTGCAATCCATCAGGGCAGGGGAGTCGGAAGCTTGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTTGCAGGGTGCAATCCATCAGGGCAGGGGAGTCGGAAGCTTGAG  544

seq1  GCAACTGATCACATTGTACCGGCAGAGTCAGAGAGCAGGAAGCCAGATGA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGATCACATTGTACCGGCAGAGTCAGAGAGCAGGAAGCCAGATGA  594

seq1  ACGTTGTGTTTGGCTTGATATCTCCTTTTTATTCAGCCCAGGACCCAGGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTGTGTTTGGCTTGATATCTCCTTTTTATTCAGCCCAGGACCCAGGC  644

seq1  CAGGGGACGGTGACACCCATATTCAGGGTGAGTCTTCCCACCTCAATCTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGACGGTGACACCCATATTCAGGGTGAGTCTTCCCACCTCAATCTA  694

seq1  ATGAAGAGAGTGGCTCACAGAGCATGAGGCTAGCCCAATCTAGGAAATCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGAGTGGCTCACAGAGCATGAGGCTAGCCCAATCTAGGAAATCC  744

seq1  CTCCCAGGTGTGCCTAGAGGCTTGCCTCCTCGGGGAATACAGAGTCTGTC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGGTGTGCCTAGAGGCTTGCCTCCTCGGGGAATACAGAGTCTGTC  794

seq1  AGGATGACAGTCCTCACAGGATGAAGACAGTGACAGGTAGGGCAGACATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGACAGTCCTCACAGGATGAAGACAGTGACAGGTAGGGCAGACATG  844

seq1  ACCCCTGACTTGGAAACAAAGGAAGAAGAAGAGACTGGTAGGGAGAGGTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTGACTTGGAAACAAAGGAAGAAGAAGAGACTGGTAGGGAGAGGTT  894

seq1  TTTTTCTCCTTTCCCTGCCTTCTCTTCTGTAGCCCCTTGTAGTGGAAAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTCCTTTCCCTGCCTTCTCTTCTGTAGCCCCTTGTAGTGGAAAAT  944

seq1  GAAAAGGCCACCAGGTTCTTGTCCCCTCCTGAATGCTTAGTTTGTTACAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGCCACCAGGTTCTTGTCCCCTCCTGAATGCTTAGTTTGTTACAC  994

seq1  AGACTCCCTGGGCTTCACATCAGATGAGTTGTAGACATTCCAGGAGGCAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCCTGGGCTTCACATCAGATGAGTTGTAGACATTCCAGGAGGCAG  1044

seq1  GGGCATGGCTGAAAAGACCTCTAGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCATGGCTGAAAAGACCTCTAGAATTC  1073