BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310N22
Chromosome6 (Build37)
Map Location 15,903,166 - 16,032,586
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneFoxp2, Mdfic
Downstream geneLOC100041116, Tcfec, EG435881, Tes, EG232599
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310N22.bB6Ng01-310N22.g
ACCGA102733GA102734
length8321,066
definitionB6Ng01-310N22.b B6Ng01-310N22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,903,166 - 15,903,997)(16,031,552 - 16,032,586)
sequence
gaattcagtaggaatgaaacctttccagttcttcctctgtatttcaatgt
cttcgtgagctttaataagggcactaactaaccttcctgatattctctat
tttaatagctgtcaaagttttcaaaatctactgtaggtgagtaaatacat
agggcaaagcaaaagtggcttgggaaaacacaaattgggatgtatgacaa
atctgaaaccatacgcatgtggttactgctccaagtagccctcagctttg
gttatatttaaaaggttgaagaaggtaagggagcagatgtaagaatgtac
aaaaatcagcttctaataaatcatgagattgtggtttaaattttggatgc
ttttcccatcttaatgtccctaaattatgattaaatgctaaggctagtag
tggagtgatttctaagcaagacagtaaaatatatatttagtagcattaca
agagattttagcatttgaatactactggttttacagtcattatcagaagt
caaactaattaaatataatgtcataaatgttaattaaattaacccatcac
tccttgatttctgttatagatagctaaatgacccaatatgatatatatac
atgtgtacatacagacatatatacacagacataattacaatgtattaaaa
aagcatgttaaagtctgtatttgtgactaagatagtgcatacattttatc
tatactttatatctatgttttcttgttttatgcagaagaaaactgtaaaa
cagggctttcattttattaaatattagttttcattgatctttttaatttt
catgtgtgtatgtgagggtgtgtgtatgagtg

gaattcatacataaaatatataaataaaatgaatctttaaaaatctattc
ttttattagaaagtactttgatacacttcttcaaagagtaaggatatttt
tggtttttgtttttacgttttgttttgttgttttcttttcttttgtcaca
tgaccataactacagtagtcaatcaaagtcagggagtggttattcccatc
aatgttatattatagcaattacataaaatacttaaccagcttatttttag
aaaagaacatttaataaaatttaaaatagaataagtcaatggaagtaatt
cactaatggacataaaagaaaatacaattgtctgttgattaaaaataggt
aattttccctctaaagggaatctaactgctccacccccattgaagtagct
gggcacagtagcacatacctgcaatccttgtactgagccctgagggagaa
agagacaagagggttaagagttcaaggccatcttgagctaatagtcctac
tgcagactatgagaacttgctgtctctaaagaaaaaaaaaggaagaagaa
aaaagtaagcaatgggggagagagagagtgagagatagatggctttttcc
ttgttatttgttttaaacttattattttgctgagacttcacgtaaacaca
ctgagaaatctgagctccttgaacattttcagtagttactttattagaat
aggaaacaaaacacccatggaaggagttacagagacaaaatttggaagtg
tgacgaaaggatggaccatctagtgattgccatatccagagatccatccc
atgatcagcttccaaacgctgacaccattgcatacactagcaagattttg
ctgaaaggacccagatatagctgtctcttgtgagactatgccagggccta
gcaaacacagaagtggatgatcacagtcagctaatgaatggatcacaggt
ccccaatggaggagctagagaaagcacctagaactaaggaactgcaccct
ataggtggacaacatatgactagcagtacccggagctcttgttctctagc
tgcatattgtatcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_15903166_15903997
seq2: B6Ng01-310N22.b_45_876

seq1  GAATTCAGTAGGAATGAAACCTTTCCAGTTCTTCCTCTGTATTTCAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTAGGAATGAAACCTTTCCAGTTCTTCCTCTGTATTTCAATGT  50

seq1  CTTCGTGAGCTTTAATAAGGGCACTAACTAACCTTCCTGATATTCTCTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGTGAGCTTTAATAAGGGCACTAACTAACCTTCCTGATATTCTCTAT  100

seq1  TTTAATAGCTGTCAAAGTTTTCAAAATCTACTGTAGGTGAGTAAATACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAGCTGTCAAAGTTTTCAAAATCTACTGTAGGTGAGTAAATACAT  150

seq1  AGGGCAAAGCAAAAGTGGCTTGGGAAAACACAAATTGGGATGTATGACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAAAGCAAAAGTGGCTTGGGAAAACACAAATTGGGATGTATGACAA  200

seq1  ATCTGAAACCATACGCATGTGGTTACTGCTCCAAGTAGCCCTCAGCTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAACCATACGCATGTGGTTACTGCTCCAAGTAGCCCTCAGCTTTG  250

seq1  GTTATATTTAAAAGGTTGAAGAAGGTAAGGGAGCAGATGTAAGAATGTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATATTTAAAAGGTTGAAGAAGGTAAGGGAGCAGATGTAAGAATGTAC  300

seq1  AAAAATCAGCTTCTAATAAATCATGAGATTGTGGTTTAAATTTTGGATGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCAGCTTCTAATAAATCATGAGATTGTGGTTTAAATTTTGGATGC  350

seq1  TTTTCCCATCTTAATGTCCCTAAATTATGATTAAATGCTAAGGCTAGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCATCTTAATGTCCCTAAATTATGATTAAATGCTAAGGCTAGTAG  400

seq1  TGGAGTGATTTCTAAGCAAGACAGTAAAATATATATTTAGTAGCATTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTGATTTCTAAGCAAGACAGTAAAATATATATTTAGTAGCATTACA  450

seq1  AGAGATTTTAGCATTTGAATACTACTGGTTTTACAGTCATTATCAGAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTTTAGCATTTGAATACTACTGGTTTTACAGTCATTATCAGAAGT  500

seq1  CAAACTAATTAAATATAATGTCATAAATGTTAATTAAATTAACCCATCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTAATTAAATATAATGTCATAAATGTTAATTAAATTAACCCATCAC  550

seq1  TCCTTGATTTCTGTTATAGATAGCTAAATGACCCAATATGATATATATAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGATTTCTGTTATAGATAGCTAAATGACCCAATATGATATATATAC  600

seq1  ATGTGTACATACAGACATATATACACAGACATAATTACAATGTATTAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTACATACAGACATATATACACAGACATAATTACAATGTATTAAAA  650

seq1  AAGCATGTTAAAGTCTGTATTTGTGACTAAGATAGTGCATACATTTTATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTTAAAGTCTGTATTTGTGACTAAGATAGTGCATACATTTTATC  700

seq1  TATACTTTATATCTATGTTTTCTTGTTTTATGCAGAAGAAAACTGTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTATATCTATGTTTTCTTGTTTTATGCAGAAGAAAACTGTAAAA  750

seq1  CAGGGCTTTCATTTTATTAAATATTAGTTTTCATTGATCTTTTTAATTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCTTTCATTTTATTAAATATTAGTTTTCATTGATCTTTTTAATTTT  800

seq1  CATGTGTGTATGTGAGGGTGTGTGTATGAGTG  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGTATGTGAGGGTGTGTGTATGAGTG  832


seq1: chr6_16031552_16032586
seq2: B6Ng01-310N22.g_106_1131 (reverse)

seq1  TTTGATAC-ATATGCAGCTAGAG-ACAAGAGCTCCGGGGTACTGCTTAGT  48
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||| 
seq2  TTTGATACAATATGCAGCTAGAGAACAAGAGCTCC-GGGTACTGC-TAG-  47

seq1  TCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGTTCCCTTTAGTTCCTTGGG  98
      ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||  | ||
seq2  TCATA-TGTTG-TCCACCTATAGGG-TGCAGTTCC--TTAGTTC--TAGG  90

seq1  TGCTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGGGCCCTGTGATCCATTCAATAGCTG  148
      |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCTTTCTCTAGCTCCTCCATT-GGGGACCTGTGATCCATTCATTAGCTG  139

seq1  ACTGTGATCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCTGGCATAGTCTCACAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGATCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCCTGGCATAGTCTCACAA  189

seq1  GAGACAGCTATATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGTATGCAA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAGCTATATCTGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTAGTGTATGCAA  239

seq1  TGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATCATGGGATGGATCTCTGGATATGGCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTCAGCGTTTGGAAGCTGATCATGGGATGGATCTCTGGATATGGCA  289

seq1  ATCACTAGATGGTCCATCCTTTCGTCACACTTCCAAATTTTGTCTCTGTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTAGATGGTCCATCCTTTCGTCACACTTCCAAATTTTGTCTCTGTA  339

seq1  ACTCCTTCCATGGGTGTTTTGTTTCCTATTCTAATAAAGTAACTACTGAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTCCATGGGTGTTTTGTTTCCTATTCTAATAAAGTAACTACTGAA  389

seq1  AATGTTCAAGGAGCTCAGATTTCTCAGTGTGTTTACGTGAAGTCTCAGCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTCAAGGAGCTCAGATTTCTCAGTGTGTTTACGTGAAGTCTCAGCA  439

seq1  AAATAATAAGTTTAAAACAAATAACAAGGAAAAAGCCATCTATCTCTCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATAAGTTTAAAACAAATAACAAGGAAAAAGCCATCTATCTCTCAC  489

seq1  TCTCTCTCTCCCCCATTGCTTACTTTTTTCTTCTTCCTTTTTTTTTCTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCCCCCATTGCTTACTTTTTTCTTCTTCCTTTTTTTTTCTTT  539

seq1  AGAGACAGCAAGTTCTCATAGTCTGCAGTAGGACTATTAGCTCAAGATGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAGCAAGTTCTCATAGTCTGCAGTAGGACTATTAGCTCAAGATGG  589

seq1  CCTTGAACTCTTAACCCTCTTGTCTCTTTCTCCCTCAGGGCTCAGTACAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAACTCTTAACCCTCTTGTCTCTTTCTCCCTCAGGGCTCAGTACAA  639

seq1  GGATTGCAGGTATGTGCTACTGTGCCCAGCTACTTCAATGGGGGTGGAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGCAGGTATGTGCTACTGTGCCCAGCTACTTCAATGGGGGTGGAGC  689

seq1  AGTTAGATTCCCTTTAGAGGGAAAATTACCTATTTTTAATCAACAGACAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGATTCCCTTTAGAGGGAAAATTACCTATTTTTAATCAACAGACAA  739

seq1  TTGTATTTTCTTTTATGTCCATTAGTGAATTACTTCCATTGACTTATTCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTTTCTTTTATGTCCATTAGTGAATTACTTCCATTGACTTATTCT  789

seq1  ATTTTAAATTTTATTAAATGTTCTTTTCTAAAAATAAGCTGGTTAAGTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAAATTTTATTAAATGTTCTTTTCTAAAAATAAGCTGGTTAAGTAT  839

seq1  TTTATGTAATTGCTATAATATAACATTGATGGGAATAACCACTCCCTGAC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTAATTGCTATAATATAACATTGATGGGAATAACCACTCCCTGAC  889

seq1  TTTGATTGACTACTGTAGTTATGGTCATGTGACAAAAGAAAAGAAAACAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTGACTACTGTAGTTATGGTCATGTGACAAAAGAAAAGAAAACAA  939

seq1  CAAAACAAAACGTAAAAACAAAAACCAAAAATATCCTTACTCTTTGAAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACGTAAAAACAAAAACCAAAAATATCCTTACTCTTTGAAGA  989

seq1  AGTGTATCAAAGTACTTTCTAATAAAAGAATAGATTT  1035
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTATCAAAGTACTTTCTAATAAAAGAATAGATTT  1026


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |