BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312I20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 99,440,264 - 99,573,113
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC665963, LOC665979, Foxp1
Downstream geneEif4e3, Gpr27, Prok2, LOC384466, LOC626503, LOC100043703, Rybp, Shq1, LOC625221
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312I20.bB6Ng01-312I20.g
ACCGA103993GA103994
length1,1121,040
definitionB6Ng01-312I20.b B6Ng01-312I20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,440,264 - 99,441,389)(99,572,071 - 99,573,113)
sequence
gaattcaatctatgtgggatttacataaattgaaaattagaggattctga
aacaattcagattaagtaacatactcttcccccaggcagttagggtgttt
atccccacccccattctgacctaccaggaggcttttctagacaatgtgac
aagggactcccccacttccaggtcaagggtcaaacagctgggtcggagag
cagatgtgtgggaactcaaagaaaaggcccttttgcgtgtggcaaggtag
acaaccatgggggcttccccaggggtagagtgggatgctctcccaggcat
cttcaggattctatgttcctgcagtctgagcttagcggattcttccatgg
ctctgcatagcactgagaactagctacggagagccacatacaagagcaac
aggtatggtttctttcttcagtgacaccccaagccaaagagcccttcttg
gggacctgagcatacagaggtcagtgcaaaagagaaacacaaggaattct
tgtggggaattcctcctgacaggattgcctgacaccttgttgacctaact
caaggccgggccactgatgagcaaggccaggaaagcttcgggacctctct
gtaagcagggtggccagcattgcttctcctactgatggcatcttttggta
atggggctccaactctttgggggcttggttccccccaaaagaggttgagt
agtaatggtgattgattcgttgccttaacttttaaatttaagcacttaaa
aacacatggatactatacattttcatcggcttgttttttccctctgagtt
ctattttgtatcgatactatctcaaaaggctgcaaaaaccaaaaacgaaa
caaaacaacaacaaacaacatatatactttccccactcctctatttctct
ccttttactccttcctctctaatcctcacaacagctagaatcagtcctta
ctgccctgggagaaatgagacacaggtcaaagggaaagcagctgcgcaca
gtggagacacctgtatcctagcttacagagatggtgactacagggtcgaa
tcaagctcagcttatgtcatacgctaatctgggtagctgagtcacaagtg
acctgctcaaaa

gaattctttcattaatctgctgaggccagaagtcttcatccttcatggtg
ctgacaagactctcaattttaaagagatcccaaggacacagaatttgaga
gtggaagggacctttgagatcatccggcagtgtgtcttgactgcttagtg
ggcagaaggaccactgtggccctagcttatcaagcatgttccctggctgc
cccctgcagctttgggcgtctgcattgtgagctagcaccctataactcta
atgaaggccttgaggccttaagactttgagaacctgcaattatatccaac
ttctgcatactaccggtgaggacacccacccaagctctccaagataccct
gatagcagggttatcacaccaacagtcctaaaaaaaaatcactactcaaa
gggaagataaaaataagaacgttatagctaggaacacagtgatagagccg
tggttcttctcttttctaaataacattctagcctgttaagagaagaaaaa
ttaatgttcagaaaaaagtagctactccatatgtgcagtaactacttttc
tataatgtcttatggcatctggggttcagcatcattgaacaagattaaat
gaatgttacagagctataaaagcgcatgtaaaataccgcaaaactgttcg
gaggactatcaaagtagcctgggaatgagttcccactaaaattaattgtc
actttctaaacgtagcttagccaagctgttactaaactggagggagtctt
taatacatacaagtgttaaaaaggaatcagataggcgctccccagagcat
gtggatgggaggcagaggtcatcgtgaagtcagtacgttttgtccatcat
tgctgctgaaatttatagtctcattgtatctgtgtgtgtcagatgtgctt
attagaatatccaataaactgaccctttggatattctatgctctgtgtcc
ttctgaaatcatggggttatagaatgtgtgttatatgttattgtttggtt
gattcattggaggaacacaaccatttccatttacctttga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_99440264_99441389
seq2: B6Ng01-312I20.b_49_1160

seq1  GAATTCAATCTATGTGGGATTTACATAAATTGAAAATTAGAGGATTCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATCTATGTGGGATTTACATAAATTGAAAATTAGAGGATTCTGA  50

seq1  AACAATTCAGATTAAGTAACATACTCTTCCCCCAGGCAGTTAGGGTGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATTCAGATTAAGTAACATACTCTTCCCCCAGGCAGTTAGGGTGTTT  100

seq1  ATCCCCACCCCCATTCTGACCTACCAGGAGGCTTTTCTAGACAATGTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCACCCCCATTCTGACCTACCAGGAGGCTTTTCTAGACAATGTGAC  150

seq1  AAGGGACTCCCCCACTTCCAGGTCAAGGGTCAAACAGCTGGGTCGGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGACTCCCCCACTTCCAGGTCAAGGGTCAAACAGCTGGGTCGGAGAG  200

seq1  CAGATGTGTGGGAACTCAAAGAAAAGGCCCTTTTGCGTGTGGCAAGGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTGTGGGAACTCAAAGAAAAGGCCCTTTTGCGTGTGGCAAGGTAG  250

seq1  ACAACCATGGGGGCTTCCCCAGGGGTAGAGTGGGATGCTCTCCCAGGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCATGGGGGCTTCCCCAGGGGTAGAGTGGGATGCTCTCCCAGGCAT  300

seq1  CTTCAGGATTCTATGTTCCTGCAGTCTGAGCTTAGCGGATTCTTCCATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGATTCTATGTTCCTGCAGTCTGAGCTTAGCGGATTCTTCCATGG  350

seq1  CTCTGCATAGCACTGAGAACTAGCTACGGAGAGCCACATACAAGAGCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATAGCACTGAGAACTAGCTACGGAGAGCCACATACAAGAGCAAC  400

seq1  AGGTATGGTTTCTTTCTTCAGTGACACCCCAAGCCAAAGAGCCCTTCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGGTTTCTTTCTTCAGTGACACCCCAAGCCAAAGAGCCCTTCTTG  450

seq1  GGGACCTGAGCATACAGAGGTCAGTGCAAAAGAGAAACACAAGGAATTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTGAGCATACAGAGGTCAGTGCAAAAGAGAAACACAAGGAATTCT  500

seq1  TGTGGGGAATTCCTCCTGACAGGATTGCCTGACACCTTGTTGACCTAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGGAATTCCTCCTGACAGGATTGCCTGACACCTTGTTGACCTAACT  550

seq1  CAAGGCCGGGCCACTGATGAGCAAGGCCAGGAAAGCTTCGGGACCTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCGGGCCACTGATGAGCAAGGCCAGGAAAGCTTCGGGACCTCTCT  600

seq1  GTAAGCAGGGTGGCCAGCATTGCTTCTCCTACTGATGGCATCTTTTGGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCAGGGTGGCCAGCATTGCTTCTCCTACTGATGGCATCTTTTGGTA  650

seq1  ATGGGGCTCCAACTCTTTGGGGGCTTGGTTCCCCCCAAAAGAGGTTGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGCTCCAACTCTTTGGGGGCTTGGTTCCCCCCAAAAGAGGTTGAGT  700

seq1  AGTAATGGTGATTGATTCGTTGCCTTAACTTTTAAATTTAAGCACTTAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGGTGATTGATTCGTTGCCTTAACTTTTAAATTTAAGCACTTAAA  750

seq1  AACACATGGATACTATACATTTTCATCGGCTTGTTTTTTCCCTCTGAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATGGATACTATACATTTTCATCGGCTTGTTTTTTCCCTCTGAGTT  800

seq1  CTATTTTGTATCGATACTATCTCAAAAGGCTGCAAAAACCAAAAACGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTGTATCGATACTATCTCAAAAGGCTGCAAAAACCAAAAACGAAA  850

seq1  CAAAACAACAACAAAACAACATATATACTTTCCCCACTCCTCTATTTCTC  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAACAAC-AAACAACATATATACTTTCCCCACTCCTCTATTTCTC  899

seq1  TCCTTTTACTCCTTCCTCTCTAATCCTCACAACAGCTAGAATCAGTCCTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTACTCCTTCCTCTCTAATCCTCACAACAGCTAGAATCAGTCCTT  949

seq1  ACTGCCCTGGGAGAAATGAGACACAGGTCAAAGGGAAAGCAGGCTGCGCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ACTGCCCTGGGAGAAATGAGACACAGGTCAAAGGGAAAGCA-GCTGCGCA  998

seq1  CAGTGGAGAACACCTGTAATCCTAGCTTTACAGAGATGGTGACTACAGGG  1050
      |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAG-ACACCTGT-ATCCTAGC-TTACAGAGATGGTGACTACAGGG  1045

seq1  TCGGAAATTCAAGCTCAGCCTATGTCATACGCTAAATCTGGGCCCAGCCT  1100
      |||   | ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||   || ||
seq2  TCG---AATCAAGCTCAGCTTATGTCATACGCT-AATCTGGG--TAG-CT  1088

seq1  GAGTCACAAGTGACCCTGGCTCAAAA  1126
      |||||||||||||||   ||||||||
seq2  GAGTCACAAGTGACC--TGCTCAAAA  1112


seq1: chr6_99572071_99573113
seq2: B6Ng01-312I20.g_64_1103 (reverse)

seq1  TCAAAGGTAAAATTGGAAAT-GTTGTGTTTCATCAAATGAATCAACCAAA  49
      |||||||||||  ||||||| |||||| ||| || |||||||||||| ||
seq2  TCAAAGGTAAA--TGGAAATGGTTGTG-TTCCTCCAATGAATCAACC-AA  46

seq1  ACAATAACATATAACACACATTCCTATAACCCCATGATTTCAGAAGGACA  99
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAACATATAACACACATT-CTATAACCCCATGATTTCAGAAGGACA  95

seq1  CAGAGCATAGAATATCCAAA-GGTCAGTTTATTGGATATTCTAATAAGCA  148
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCATAGAATATCCAAAGGGTCAGTTTATTGGATATTCTAATAAGCA  145

seq1  CATCTGACACACACAGATACAATGAGACTATAAATTTCAGCAGCAATGAT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGACACACACAGATACAATGAGACTATAAATTTCAGCAGCAATGAT  195

seq1  GGACAAAACGTACTGACTTCACGATGACCTCTGCCTCCCATCCACATGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAAACGTACTGACTTCACGATGACCTCTGCCTCCCATCCACATGCT  245

seq1  CTGGGGAGCGCCTATCTGATTCCTTTTTAACACTTGTATGTATTAAAGAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGAGCGCCTATCTGATTCCTTTTTAACACTTGTATGTATTAAAGAC  295

seq1  TCCCTCCAGTTTAGTAACAGCTTGGCTAAGCTACGTTTAGAAAGTGACAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCAGTTTAGTAACAGCTTGGCTAAGCTACGTTTAGAAAGTGACAA  345

seq1  TTAATTTTAGTGGGAACTCATTCCCAGGCTACTTTGATAGTCCTCCGAAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTAGTGGGAACTCATTCCCAGGCTACTTTGATAGTCCTCCGAAC  395

seq1  AGTTTTGCGGTATTTTACATGCGCTTTTATAGCTCTGTAACATTCATTTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTGCGGTATTTTACATGCGCTTTTATAGCTCTGTAACATTCATTTA  445

seq1  ATCTTGTTCAATGATGCTGAACCCCAGATGCCATAAGACATTATAGAAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTTCAATGATGCTGAACCCCAGATGCCATAAGACATTATAGAAAA  495

seq1  GTAGTTACTGCACATATGGAGTAGCTACTTTTTTCTGAACATTAATTTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTACTGCACATATGGAGTAGCTACTTTTTTCTGAACATTAATTTTT  545

seq1  CTTCTCTTAACAGGCTAGAATGTTATTTAGAAAAGAGAAGAACCACGGCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCTTAACAGGCTAGAATGTTATTTAGAAAAGAGAAGAACCACGGCT  595

seq1  CTATCACTGTGTTCCTAGCTATAACGTTCTTATTTTTATCTTCCCTTTGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCACTGTGTTCCTAGCTATAACGTTCTTATTTTTATCTTCCCTTTGA  645

seq1  GTAGTGATTTTTTTTTAGGACTGTTGGTGTGATAACCCTGCTATCAGGGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGATTTTTTTTTAGGACTGTTGGTGTGATAACCCTGCTATCAGGGT  695

seq1  ATCTTGGAGAGCTTGGGTGGGTGTCCTCACCGGTAGTATGCAGAAGTTGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGGAGAGCTTGGGTGGGTGTCCTCACCGGTAGTATGCAGAAGTTGG  745

seq1  ATATAATTGCAGGTTCTCAAAGTCTTAAGGCCTCAAGGCCTTCATTAGAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATTGCAGGTTCTCAAAGTCTTAAGGCCTCAAGGCCTTCATTAGAG  795

seq1  TTATAGGGTGCTAGCTCACAATGCAGACGCCCAAAGCTGCAGGGGGCAGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGGTGCTAGCTCACAATGCAGACGCCCAAAGCTGCAGGGGGCAGC  845

seq1  CAGGGAACATGCTTGATAAGCTAGGGCCACAGTGGTCCTTCTGCCCACTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAACATGCTTGATAAGCTAGGGCCACAGTGGTCCTTCTGCCCACTA  895

seq1  AGCAGTCAAGACACACTGCCGGATGATCTCAAAGGTCCCTTCCACTCTCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTCAAGACACACTGCCGGATGATCTCAAAGGTCCCTTCCACTCTCA  945

seq1  AATTCTGTGTCCTTGGGATCTCTTTAAAATTGAGAGTCTTGTCAGCACCA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTGTGTCCTTGGGATCTCTTTAAAATTGAGAGTCTTGTCAGCACCA  995

seq1  TGAAGGATGAAGACTTCTGGCCTCAGCAGATTAATGAAAGAATTC  1043
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGATGAAGACTTCTGGCCTCAGCAGATTAATGAAAGAATTC  1040


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |