BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-313D10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 115,701,532 - 115,828,679
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem40, EG620848, Cand2, Rpl32, BC060267, Mbd4, Ift122
Upstream geneAtg7, Vgll4, 1500001M20Rik, LOC100043420, Syn2, Timp4, Pparg, Tsen2, 2510049J12Rik, Mkrn2, Raf1, LOC100043759, D830050J10Rik
Downstream geneRho, H1foo, Plxnd1, Tmcc1, LOC100043425, EG666634, EG666648, D6Wsu116e, Anubl1, March8, Alox5, LOC100043432, Olfr211, Olfr212, Olfr213, EG434080, Olfr214, Olfr215, Zfp422, Rassf4, 8430408G22Rik, C230095G01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-313D10.bB6Ng01-313D10.g
ACCGA104490GA104491
length1,113868
definitionB6Ng01-313D10.b B6Ng01-313D10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,701,532 - 115,702,635)(115,827,812 - 115,828,679)
sequence
gaattcctaagacttcctggaggttttcaagtcagggatccaatgtcagg
agcaacattaggtgagaatgtgatgatctaattgttcctcacttgtagac
agactgtagcccactcccagaaccatacggctcgtctgcttccaccctcc
ctctccaaacactactggattgctttggccctgtttccccatcactgcaa
taccctcccagctctggcaatgtacaggagcactgccttctagataaagc
cttgagggttagcctgccccatcacaagaaccttgggactcaggcatgat
gggacctgttagagaaactagaacaacctttaataatcttgtgaggacag
cagttctttaacagggagcctctgcttgggtgggtatagaggtttgtgca
atatgaatattaaaggctctgaggtctgcaagagagaatgctccctcact
tgattccatctagtctctctcctagactatgcaagaacccagttcttgtc
ccaggatgcagtccagtgctttccatgcaaccctgcatcccctgggatcc
aagcccactgtggacagtgcccacctcttagatccatcagtcagaactgc
tggggcacacagaatcaaacatgacctatgtggccttgggacacagaccc
cagaggcatttcaccagcagcagaactcgaggtgtggccttcagagcctg
cctcagagcaggactgcagggcaagagctgcaggggaaactgagtcagca
gcccacgaatctggccctggaggatcctgaggctgccaccatctcctctg
agctagtggacatgtcacttgcctggtaggggtggggcacataaagccca
agtgagtccccatttcacctttgagagcctgtctcccctgtgtgagatgg
ttgatgccatcatgtcgcaagggctgctacaccgggttgagctaacaagg
tcaccgagttcctgtgagtggggaaccatgtgttttcccacataccagaa
agtgcttcataaaaagcagttcttgaactttcagagctgaggagaacagc
aaagtgctcgccttgcaagcacgaagacatgatgctaacacaacatctta
tcaaacaggccag
gaattctcttttttgaaaaattaattgtaaactatcagcacagtgccatt
aagacactgtgggtctggctgcatgtgtatgcatggtggtgtgtgtgggg
atgcttgctctgggaagtagaagctgatggtgagatgtcttcctctatcc
ctctctattttttagacagggtctctcattgaacctagcgctcttcatct
tggcttggctgtctgtccagcaagctctgggacctgggacctggcactgg
agctcagacaaagcatcacagtaggcttggacagaggtacttgagatctg
aactcaagcacttacccactgagccatctccccagctcaactactttcac
ttaataagatgcttttacaaatcccaccttcctctgttataagcttgaga
gcaggaatattttattccccacaaacaggcacacagatcagcacaagaag
atgtgctagggtttttaggcaaatggcggtgtttctagagaaaaatagtc
cctgctagggtgagccagtcctctgtgctctcccatccaacacatcattt
cttccctaggaccctactgctcatttgtctcaaatggcttaccaccctcc
agatcatcacctctcactgtctctctgcaatttctttttaagacaagggt
tctctgtgtagcttcagttgttctggaactatggagtccaggctggcctc
aaattcacaaagatctgcctgtctctgcctcccaacctctaggattaaaa
gcatgtgccaccactgcccagctctttctgccaacttagaggattagcct
cccttggctgctggaggtggagaagaggcctcactttctttctttttttt
gggggggggttgcttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_115701532_115702635
seq2: B6Ng01-313D10.b_50_1162

seq1  GAATTCCTAAGACTTCCTGGAGGTTTTCAAGTCAGGGATCCAATGTCAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAAGACTTCCTGGAGGTTTTCAAGTCAGGGATCCAATGTCAGG  50

seq1  AGCAACATTAGGTGAGAATGTGATGATCTAATTGTTCCTCACTTGTAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACATTAGGTGAGAATGTGATGATCTAATTGTTCCTCACTTGTAGAC  100

seq1  AGACTGTAGCCCACTCCCAGAACCATACGGCTCGTCTGCTTCCACCCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTAGCCCACTCCCAGAACCATACGGCTCGTCTGCTTCCACCCTCC  150

seq1  CTCTCCAAACACTACTGGATTGCTTTGGCCCTGTTTCCCCATCACTGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAAACACTACTGGATTGCTTTGGCCCTGTTTCCCCATCACTGCAA  200

seq1  TACCCTCCCAGCTCTGGCAATGTACAGGAGCACTGCCTTCTAGATAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCCCAGCTCTGGCAATGTACAGGAGCACTGCCTTCTAGATAAAGC  250

seq1  CTTGAGGGTTAGCCTGCCCCATCACAAGAACCTTGGGACTCAGGCATGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGGGTTAGCCTGCCCCATCACAAGAACCTTGGGACTCAGGCATGAT  300

seq1  GGGACCTGTTAGAGAAACTAGAACAACCTTTAATAATCTTGTGAGGACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCTGTTAGAGAAACTAGAACAACCTTTAATAATCTTGTGAGGACAG  350

seq1  CAGTTCTTTAACAGGGAGCCTCTGCTTGGGTGGGTATAGAGGTTTGTGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTTAACAGGGAGCCTCTGCTTGGGTGGGTATAGAGGTTTGTGCA  400

seq1  ATATGAATATTAAAGGCTCTGAGGTCTGCAAGAGAGAATGCTCCCTCACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGAATATTAAAGGCTCTGAGGTCTGCAAGAGAGAATGCTCCCTCACT  450

seq1  TGATTCCATCTAGTCTCTCTCCTAGACTATGCAAGAACCCAGTTCTTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCATCTAGTCTCTCTCCTAGACTATGCAAGAACCCAGTTCTTGTC  500

seq1  CCAGGATGCAGTCCAGTGCTTTCCATGCAACCCTGCATCCCCTGGGATCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGATGCAGTCCAGTGCTTTCCATGCAACCCTGCATCCCCTGGGATCC  550

seq1  AAGCCCACTGTGGACAGTGCCCACCTCTTAGATCCATCAGTCAGAACTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCACTGTGGACAGTGCCCACCTCTTAGATCCATCAGTCAGAACTGC  600

seq1  TGGGGCACACAGAATCAAACATGACCTATGTGGCCTTGGGACACAGACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCACACAGAATCAAACATGACCTATGTGGCCTTGGGACACAGACCC  650

seq1  CAGAGGCATTTCACCAGCAGCAGAACTCGAGGTGTGGCCTTCAGAGCCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCATTTCACCAGCAGCAGAACTCGAGGTGTGGCCTTCAGAGCCTG  700

seq1  CCTCAGAGCAGGACTGCAGGGCAAGAGCTGCAGGGGAAACTGAGTCAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAGAGCAGGACTGCAGGGCAAGAGCTGCAGGGGAAACTGAGTCAGCA  750

seq1  GCCCACGAATCTGGCCCTGGAGGATCCTGAGGCTGCCACCATCTCCTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACGAATCTGGCCCTGGAGGATCCTGAGGCTGCCACCATCTCCTCTG  800

seq1  AGCTAGTGGACATGTCACTTGCCTGGTAGGGGTGGGGCACATAAAGCCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGTGGACATGTCACTTGCCTGGTAGGGGTGGGGCACATAAAGCCCA  850

seq1  AGTGAGTCCCCATTTCACCTTTGCAAGCCTGTCTCCCCTGTGTGAGATGG  900
      |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTCCCCATTTCACCTTTGAGAGCCTGTCTCCCCTGTGTGAGATGG  900

seq1  TTGATGCCATCATGTCGCAAGGGCTGCTACACC-GGTTGAGCTAACAAGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGATGCCATCATGTCGCAAGGGCTGCTACACCGGGTTGAGCTAACAAGG  950

seq1  TCACCGAGTTCCTGTGAGT-GGGAACCATGTG-TTTCCCACATA-CAGAA  996
      ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TCACCGAGTTCCTGTGAGTGGGGAACCATGTGTTTTCCCACATACCAGAA  1000

seq1  AGTGCTTCATAAAAAGCAGTTC-TGAAC-TTCAGAGCTGAGGAG-ACAGC  1043
      |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||
seq2  AGTGCTTCATAAAAAGCAGTTCTTGAACTTTCAGAGCTGAGGAGAACAGC  1050

seq1  AAAGTGCTCGCCTTGCAAGCACGAAGACATGATGCTAACAC-ACATCTAT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  
seq2  AAAGTGCTCGCCTTGCAAGCACGAAGACATGATGCTAACACAACATCTTA  1100

seq1  ACAAACA-GCCAG  1104
       |||||| |||||
seq2  TCAAACAGGCCAG  1113

seq1: chr6_115827812_115828679
seq2: B6Ng01-313D10.g_69_936 (reverse)

seq1  AAAAAGCAACCCCCCCCCAAAAAAAAGAAAGAAAGTGAGGCCTCTTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGCAACCCCCCCCCAAAAAAAAGAAAGAAAGTGAGGCCTCTTCTCC  50

seq1  ACCTCCAGCAGCCAAGGGAGGCTAATCCTCTAAGTTGGCAGAAAGAGCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCAGCAGCCAAGGGAGGCTAATCCTCTAAGTTGGCAGAAAGAGCTG  100

seq1  GGCAGTGGTGGCACATGCTTTTAATCCTAGAGGTTGGGAGGCAGAGACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTGGTGGCACATGCTTTTAATCCTAGAGGTTGGGAGGCAGAGACAG  150

seq1  GCAGATCTTTGTGAATTTGAGGCCAGCCTGGACTCCATAGTTCCAGAACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGATCTTTGTGAATTTGAGGCCAGCCTGGACTCCATAGTTCCAGAACA  200

seq1  ACTGAAGCTACACAGAGAACCCTTGTCTTAAAAAGAAATTGCAGAGAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGCTACACAGAGAACCCTTGTCTTAAAAAGAAATTGCAGAGAGAC  250

seq1  AGTGAGAGGTGATGATCTGGAGGGTGGTAAGCCATTTGAGACAAATGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAGGTGATGATCTGGAGGGTGGTAAGCCATTTGAGACAAATGAGC  300

seq1  AGTAGGGTCCTAGGGAAGAAATGATGTGTTGGATGGGAGAGCACAGAGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGGTCCTAGGGAAGAAATGATGTGTTGGATGGGAGAGCACAGAGGA  350

seq1  CTGGCTCACCCTAGCAGGGACTATTTTTCTCTAGAAACACCGCCATTTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCACCCTAGCAGGGACTATTTTTCTCTAGAAACACCGCCATTTGC  400

seq1  CTAAAAACCCTAGCACATCTTCTTGTGCTGATCTGTGTGCCTGTTTGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAACCCTAGCACATCTTCTTGTGCTGATCTGTGTGCCTGTTTGTGG  450

seq1  GGAATAAAATATTCCTGCTCTCAAGCTTATAACAGAGGAAGGTGGGATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATAAAATATTCCTGCTCTCAAGCTTATAACAGAGGAAGGTGGGATTT  500

seq1  GTAAAAGCATCTTATTAAGTGAAAGTAGTTGAGCTGGGGAGATGGCTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAGCATCTTATTAAGTGAAAGTAGTTGAGCTGGGGAGATGGCTCAG  550

seq1  TGGGTAAGTGCTTGAGTTCAGATCTCAAGTACCTCTGTCCAAGCCTACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAGTGCTTGAGTTCAGATCTCAAGTACCTCTGTCCAAGCCTACTG  600

seq1  TGATGCTTTGTCTGAGCTCCAGTGCCAGGTCCCAGGTCCCAGAGCTTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTTTGTCTGAGCTCCAGTGCCAGGTCCCAGGTCCCAGAGCTTGCT  650

seq1  GGACAGACAGCCAAGCCAAGATGAAGAGCGCTAGGTTCAATGAGAGACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGACAGCCAAGCCAAGATGAAGAGCGCTAGGTTCAATGAGAGACCC  700

seq1  TGTCTAAAAAATAGAGAGGGATAGAGGAAGACATCTCACCATCAGCTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAAAAAATAGAGAGGGATAGAGGAAGACATCTCACCATCAGCTTCT  750

seq1  ACTTCCCAGAGCAAGCATCCCCACACACACCACCATGCATACACATGCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCAGAGCAAGCATCCCCACACACACCACCATGCATACACATGCAG  800

seq1  CCAGACCCACAGTGTCTTAATGGCACTGTGCTGATAGTTTACAATTAATT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGACCCACAGTGTCTTAATGGCACTGTGCTGATAGTTTACAATTAATT  850

seq1  TTTCAAAAAAGAGAATTC  868
      ||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAAAAGAGAATTC  868