BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-314C01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 118,876,677 - 119,039,157
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCacna1c
Upstream geneFxyd4, LOC232338, Rasgef1a, Galnact2, Ret, 1700069P05Rik, Bms1, Zfp248, Zfp9, Ankrd26
Downstream geneDcp1b, Cacna2d4, Lrtm2, Adipor2, Wnt5b, Fbxl14, Erc1, LOC666887, Rad52, Wnk1, EG406236
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-314C01.bB6Ng01-314C01.g
ACCGA105153GA105154
length1,0581,161
definitionB6Ng01-314C01.b B6Ng01-314C01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,876,677 - 118,877,737)(119,038,013 - 119,039,157)
sequence
gaattctcttccattaataccagaacgcagggcatcccctgacctttacc
aaagagcaggaggttcctattttgtgctccatccccatgcaaacagccag
ccaatcctgctggtctaggtgagctttgactccagttctaaaggcaaagg
cagacaggctagcctggtgccaaggctttctgtggtgacaaaggacatgc
aaaaccagaaatggctaagtacaaatgtcaagggcccagctcttggtaaa
tggtcattcttactctagccttcagcagggattcatcgagatgttagctt
aagctagagcccagacactgaagacctctgcaggcctctgccttctggtt
ataaaaggaggcagctggagccctaaaaggtgatggtttaaacacacgaa
atcctgaaacacggcgcagtttcaaagccacaccccagccccagtgggaa
aagactgaccccttctcccccactgtggtattcttgggactccaaagttc
atacttctcatcctccagcaaaaggcctgcctggaaggcacacacaagca
acaggtcaagaaacgagcagaaataatgacacccaagagttccaaacaga
agagcgagaaggaagctgggggctgggaagacagtggaagtctcgcttta
ggtatttcactgaagccccagaacacagcctctcctagaactgggtcaag
ccacctgggggagggaactgccaggagtgagatgtccaagaagatcctat
atactgccagcacaagccgtcagaaagatggtgacggtttccttggcgtt
caggccctggaccaccctgcctttccttccttcctaagtgggtccaacca
gcctggtgctggtaaaaccaactgcttttggggaggggggtcagaagatt
tagtgtagtgtttgtccactgtaaatcttccatggcagctcatcttggct
gctttgtggtgatattggagaaaaagttgagccatcccaagccccatcca
gtcctagggtcttcacgaagcctccccgctgggtagcatacttaggtgaa
ctggaggg
gaattctctaggtagaaaacaggtaccatcttggtttagatgcctcctcc
agagtcagcatgttagacagaagtgcatcaggagtatgctctgctctgtt
acaccgggaggttacaggttctgttgcttgtgggtgtcatacagggcttg
agaggctagcctgttcatcacatcatccgagcccctaaagagacccacct
ttgtgggcagccagaggaaaggctgtctgagtccatacttcgtgctttct
ggtttccatgtctctggctctgtgcttacatagattgtgcggccgatagt
gggatagtcttagggttatctcagctcctctggtcctgtagcaaggtacc
tagctggtatctctgttataggaggagcatgctattgacggttcttaggt
ttggaactctatctaggactctgagatggcaggaaaaagtccaagttaat
atccgtctgtccatatttcctgcttttccctgggcaggcaggaagaggct
ttggaccctttgtactgaatagaagttgctttaggctctgggctttatgc
cagagtttagccctggccccacgctctgtgatctcacagctacatctcct
gtgccatgtggaacctctgacccagccctggcctgtggtcctataagcag
ccccgcaccctggctttctcagcggtgccaaatcagccgtctcccaagcg
ttaccttctcacttcctgccacgggaggacttcctctcctttgtgctcag
ctcacactgcccagggttcgtcttcatcctaagaataacacactctctct
ccattccttctgggcatatgctaggtatgagtgttaggactggaaggatg
gagctatgttccgtaggcctttagcaagtcttaggtttccatcccaggga
tgctgagagggtgggtaagacagtggctatgctttgagagtacggaagca
tctatggggatgagcttatggggagcaccttcacttgggtttgctagcag
tcccccgaagatcggatgtttatagaaatcgtgtttataagaagaattgc
agagacccaatgcgaatgtgaaggtttagttagttgagcgttcccttgtc
tcttaagcttcagactcagcctctgatcctgccatgatagccaagttcct
gtttaatagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_118876677_118877737
seq2: B6Ng01-314C01.b_47_1104

seq1  GAATTCTCTTCCATTAATACCAGAACGCAGGGCATCCCCTGACCTTTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTCCATTAATACCAGAACGCAGGGCATCCCCTGACCTTTACC  50

seq1  AAAGAGCAGGAGGTTCCTATTTTGTGCTCCATCCCCATGCAAACAGCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGCAGGAGGTTCCTATTTTGTGCTCCATCCCCATGCAAACAGCCAG  100

seq1  CCAATCCTGCTGGTCTAGGTGAGCTTTGACTCCAGTTCTAAAGGCAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATCCTGCTGGTCTAGGTGAGCTTTGACTCCAGTTCTAAAGGCAAAGG  150

seq1  CAGACAGGCTAGCCTGGTGCCAAGGCTTTCTGTGGTGACAAAGGACATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGGCTAGCCTGGTGCCAAGGCTTTCTGTGGTGACAAAGGACATGC  200

seq1  AAAACCAGAAATGGCTAAGTACAAATGTCAAGGGCCCAGCTCTTGGTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAGAAATGGCTAAGTACAAATGTCAAGGGCCCAGCTCTTGGTAAA  250

seq1  TGGTCATTCTTACTCTAGCCTTCAGCAGGGATTCATCGAGATGTTAGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCATTCTTACTCTAGCCTTCAGCAGGGATTCATCGAGATGTTAGCTT  300

seq1  AAGCTAGAGCCCAGACACTGAAGACCTCTGCAGGCCTCTGCCTTCTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAGAGCCCAGACACTGAAGACCTCTGCAGGCCTCTGCCTTCTGGTT  350

seq1  ATAAAAGGAGGCAGCTGGAGCCCTAAAAGGTGATGGTTTAAACACACGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGGAGGCAGCTGGAGCCCTAAAAGGTGATGGTTTAAACACACGAA  400

seq1  ATCCTGAAACACGGCGCAGTTTCAAAGCCACACCCCAGCCCCAGTGGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGAAACACGGCGCAGTTTCAAAGCCACACCCCAGCCCCAGTGGGAA  450

seq1  AAGACTGACCCCTTCTCCCCCACTGTGGTATTCTTGGGACTCCAAAGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGACCCCTTCTCCCCCACTGTGGTATTCTTGGGACTCCAAAGTTC  500

seq1  ATACTTCTCATCCTCCAGCAAAAGGCCTGCCTGGAAGGCACACACAAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTCTCATCCTCCAGCAAAAGGCCTGCCTGGAAGGCACACACAAGCA  550

seq1  ACAGGTCAAGAAACGAGCAGAAATAATGACACCCAAGAGTTCCAAACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCAAGAAACGAGCAGAAATAATGACACCCAAGAGTTCCAAACAGA  600

seq1  AGAGCGAGAAGGAAGCTGGGGGCTGGGAAGACAGTGGAAGTCTCGCTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGAGAAGGAAGCTGGGGGCTGGGAAGACAGTGGAAGTCTCGCTTTA  650

seq1  GGTATTTCACTGAAGCCCCAGAACACAGCCTCTCCTAGAACTGGGTCAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTTCACTGAAGCCCCAGAACACAGCCTCTCCTAGAACTGGGTCAAG  700

seq1  CCACCTGGGGGAGGGAACTGCCAGGAGTGAGATGTCCAAGAAGATCCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTGGGGGAGGGAACTGCCAGGAGTGAGATGTCCAAGAAGATCCTAT  750

seq1  ATACTGCCAGCACAAGCCGTCAGAAAGATGGTGACGGTTTCCTTGGCGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGCCAGCACAAGCCGTCAGAAAGATGGTGACGGTTTCCTTGGCGTT  800

seq1  CAGGCCCTGGACCACCCTGCCTTTCCTTCCTTCCTAAGTGGGTCCAACCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCCTGGACCACCCTGCCTTTCCTTCCTTCCTAAGTGGGTCCAACCA  850

seq1  GCCTGGTGCTGGTAAAACCAACTGCTTTTGGGGAGGGGGGTCAGAAAGAT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCCTGGTGCTGGTAAAACCAACTGCTTTTGGGGAGGGGGGTCAG-AAGAT  899

seq1  TTAGGTGTAGTGTTTGTCCACTGTAAATCTTCCATGGCAGCTCATCTTGG  950
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTA-GTGTAGTGTTTGTCCACTGTAAATCTTCCATGGCAGCTCATCTTGG  948

seq1  CTGGCTTTGTGGTGATATTGGAGAAAAGGTTTGAGCCAT-CCAAGCCCCA  999
      || |||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||
seq2  CT-GCTTTGTGGTGATATTGGAGAAAAAG-TTGAGCCATCCCAAGCCCCA  996

seq1  TCCAAGTCCTAGGGTCTTCACGAAGC--TCCCGCTGGGTAAGCATACTTA  1047
      ||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||
seq2  TCC-AGTCCTAGGGTCTTCACGAAGCCTCCCCGCTGGGT-AGCATACTTA  1044

seq1  GGTGGACTGGAGGG  1061
      |||| |||||||||
seq2  GGTGAACTGGAGGG  1058

seq1: chr6_119038013_119039157
seq2: B6Ng01-314C01.g_64_1224 (reverse)

seq1  TTCTA-TAAACAAGGACTT-GCTATCAT-GCA-GACCAGA-GCTGAGTCT  45
      ||||| |||||| | |||| |||||||| ||| || |||| |||||||||
seq2  TTCTATTAAACAGGAACTTGGCTATCATGGCAGGATCAGAGGCTGAGTCT  50

seq1  G-AGCCTA--AGACAAGG--ACGCTC-ACT-ACTAAACC-TCACA-TCGC  86
      | ||| ||  ||||||||  |||||| ||| |||||||| ||||| ||||
seq2  GAAGCTTAAGAGACAAGGGAACGCTCAACTAACTAAACCTTCACATTCGC  100

seq1  ATT-GGTCTCTGCATTTCTTCTTATAAACACGGTTTCTATAAACATCCGA  135
      ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTCTCTGCAATTCTTCTTATAAACACGATTTCTATAAACATCCGA  150

seq1  TCTTCGGGGGAACTGCTTAGCAAA-CCAAGTGAGGTTGCT-CCCATAAGC  183
      |||||||||| ||||| ||||||| |||||||| | |||| |||||||||
seq2  TCTTCGGGGG-ACTGC-TAGCAAACCCAAGTGAAGGTGCTCCCCATAAGC  198

seq1  TCATCCCCATAGATGCTTCCGTACTCTCAAAGCATAGCCACTGTCTTA-C  232
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCATCCCCATAGATGCTTCCGTACTCTCAAAGCATAGCCACTGTCTTACC  248

seq1  CACCCTCTCAGCATCCCTGGGATGGAAACCTAAGACTTGCTAAAGGCCTA  282
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTCTCAGCATCCCTGGGATGGAAACCTAAGACTTGCTAAAGGCCTA  298

seq1  CGGAACATAGCTCCATCCTTCCAGTCCTAACACTCATACCTAGCATATGC  332
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAACATAGCTCCATCCTTCCAGTCCTAACACTCATACCTAGCATATGC  348

seq1  CCAGAAGGAATGGAGAGAGAGTGTGTTATTCTTAGGATGAAGACGAACCC  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGGAATGGAGAGAGAGTGTGTTATTCTTAGGATGAAGACGAACCC  398

seq1  TGGGCAGTGTGAGCTGAGCACAAAGGAGAGGAAGTCCTCCCGTGGCAGGA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGTGTGAGCTGAGCACAAAGGAGAGGAAGTCCTCCCGTGGCAGGA  448

seq1  AGTGAGAAGGTAACGCTTGGGAGACGGCTGATTTGGCACCGCTGAGAAAG  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAAGGTAACGCTTGGGAGACGGCTGATTTGGCACCGCTGAGAAAG  498

seq1  CCAGGGTGCGGGGCTGCTTATAGGACCACAGGCCAGGGCTGGGTCAGAGG  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGTGCGGGGCTGCTTATAGGACCACAGGCCAGGGCTGGGTCAGAGG  548

seq1  TTCCACATGGCACAGGAGATGTAGCTGTGAGATCACAGAGCGTGGGGCCA  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACATGGCACAGGAGATGTAGCTGTGAGATCACAGAGCGTGGGGCCA  598

seq1  GGGCTAAACTCTGGCATAAAGCCCAGAGCCTAAAGCAACTTCTATTCAGT  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAAACTCTGGCATAAAGCCCAGAGCCTAAAGCAACTTCTATTCAGT  648

seq1  ACAAAGGGTCCAAAGCCTCTTCCTGCCTGCCCAGGGAAAAGCAGGAAATA  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGGTCCAAAGCCTCTTCCTGCCTGCCCAGGGAAAAGCAGGAAATA  698

seq1  TGGACAGACGGATATTAACTTGGACTTTTTCCTGCCATCTCAGAGTCCTA  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGACGGATATTAACTTGGACTTTTTCCTGCCATCTCAGAGTCCTA  748

seq1  GATAGAGTTCCAAACCTAAGAACCGTCAATAGCATGCTCCTCCTATAACA  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAGTTCCAAACCTAAGAACCGTCAATAGCATGCTCCTCCTATAACA  798

seq1  GAGATACCAGCTAGGTACCTTGCTACAGGACCAGAGGAGCTGAGATAACC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATACCAGCTAGGTACCTTGCTACAGGACCAGAGGAGCTGAGATAACC  848

seq1  CTAAGACTATCCCACTATCGGCCGCACAATCTATGTAAGCACAGAGCCAG  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGACTATCCCACTATCGGCCGCACAATCTATGTAAGCACAGAGCCAG  898

seq1  AGACATGGAAACCAGAAAGCACGAAGTATGGACTCAGACAGCCTTTCCTC  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGGAAACCAGAAAGCACGAAGTATGGACTCAGACAGCCTTTCCTC  948

seq1  TGGCTGCCCACAAAGGTGGGTCTCTTTAGGGGCTCGGATGATGTGATGAA  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGCCCACAAAGGTGGGTCTCTTTAGGGGCTCGGATGATGTGATGAA  998

seq1  CAGGCTAGCCTCTCAAGCCCTGTATGACACCCACAAGCAACAGAACCTGT  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTAGCCTCTCAAGCCCTGTATGACACCCACAAGCAACAGAACCTGT  1048

seq1  AACCTCCCGGTGTAACAGAGCAGAGCATACTCCTGATGCACTTCTGTCTA  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCCCGGTGTAACAGAGCAGAGCATACTCCTGATGCACTTCTGTCTA  1098

seq1  ACATGCTGACTCTGGAGGAGGCATCTAAACCAAGATGGTACCTGTTTTCT  1132
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTGACTCTGGAGGAGGCATCTAAACCAAGATGGTACCTGTTTTCT  1148

seq1  ACCTAGAGAATTC  1145
      |||||||||||||
seq2  ACCTAGAGAATTC  1161