BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315O13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 11,668,171 - 11,799,860
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040285, LOC667650, AA545190
Downstream geneNdufa4, Phf14, LOC100040844, EG625347, LOC435879, Thsd7a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315O13.bB6Ng01-315O13.g
ACCGA106435GA106436
length837863
definitionB6Ng01-315O13.b B6Ng01-315O13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,668,171 - 11,669,007)(11,798,999 - 11,799,860)
sequence
gaattctcaaagtctgattaaaatgtgaaatgtatttttaaaagaattat
actggagccataaaggagaaagttagtgctggaaagatgattcaactggt
aacatacttgttgttatcctaagtttgatctacagaacacacgttaaaag
catctcatgctggcatgcaaatgttcttcctgtttaggagagatgtgaac
aggtgaacctctgagactcacgagccagctagtctatctaaactccagac
cagtaagagatactgtctcaaaaatgaaggatgctaacagtagattcacc
cctgggaaatttgaactcccaacaatgtgttcttggccaggcttagagta
ttaggcttgtatttcctcctgtgtaatgcgccttaagtccaatcagaaag
aagttgattactccttatagcattaatgccaagattaaacccatggatct
atcttatcattattgcaattcacaagattcatggatggataagactgata
atggtgtttatattttttcacctcatcagtctggatagtagcttccagtt
ctgtgagatgtatacaaaaggcctttaaaaggcatgcacaagatcaagcc
agccaacattccagtcaacactatggaagggaaaaatgttcatgtgtccc
cagttataactaagaagctatggatagttggcaggagtgtggagataagt
tttccttacattagtggctaagggtaatctatcatgctctagtagatggg
cagctcatactggagccaagggtttaggagagagagagagagagagagag
agagagagagagagagagagagagagagagagagaga

gaattcaacatactccaaggactactcatatcagaaatttttgattctct
ttaaaacttttattttgtagtagaataaggcagacttttaaaaagtgact
aattgaataccttgtagtatatttaagctttccttactctgaaattttgt
ttgtgccttttctcagaaggggcaaggcgggaagtgaggaattagggaag
gagaattagtcagacaggtaagacaggtccacccaccatcagccaaacag
ctcccaaaaggccttttcatgaagacaatcgtatagatgaattaagatcg
taaaaatcattcaaaagtaacaaactactgtttttttagtgaattttaaa
gaattgcccagaaactatttttcttagttaggagtaaaaaatctaggaag
aaaaagcatagggcttaaaattgaataggttttgtgccaagtctccgctg
agtcattgactaggtatttatctttggtagtatcttgctcagagctctct
agaaaacagaaactgaatcaaggcttgtgagcaaggtagttatatagaac
cggaatgacacagcagggtagtgaaatggggaagaaagacaagtcaatgg
caagaatgagggctttgttgtttgagaatattttttttcctaatttgttc
ttactattacaagcctttggagaagccttagatatgcttcatagaactct
tgatcatagaatgaaatggagaaaaatctctctcctttagcttctccacc
cacaaggataatataaagactaacatttcttcctcctcctcctcctccag
ctcctcctcctcttcttctccttctcctcctcctcctccttgctccatct
cctcctcttcctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_11668171_11669007
seq2: B6Ng01-315O13.b_47_883

seq1  GAATTCTCAAAGTCTGATTAAAATGTGAAATGTATTTTTAAAAGAATTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAAGTCTGATTAAAATGTGAAATGTATTTTTAAAAGAATTAT  50

seq1  ACTGGAGCCATAAAGGAGAAAGTTAGTGCTGGAAAGATGATTCAACTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGCCATAAAGGAGAAAGTTAGTGCTGGAAAGATGATTCAACTGGT  100

seq1  AACATACTTGTTGTTATCCTAAGTTTGATCTACAGAACACACGTTAAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATACTTGTTGTTATCCTAAGTTTGATCTACAGAACACACGTTAAAAG  150

seq1  CATCTCATGCTGGCATGCAAATGTTCTTCCTGTTTAGGAGAGATGTGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCATGCTGGCATGCAAATGTTCTTCCTGTTTAGGAGAGATGTGAAC  200

seq1  AGGTGAACCTCTGAGACTCACGAGCCAGCTAGTCTATCTAAACTCCAGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAACCTCTGAGACTCACGAGCCAGCTAGTCTATCTAAACTCCAGAC  250

seq1  CAGTAAGAGATACTGTCTCAAAAATGAAGGATGCTAACAGTAGATTCACC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGAGATACTGTCTCAAAAATGAAGGATGCTAACAGTAGATTCACC  300

seq1  CCTGGGAAATTTGAACTCCCAACAATGTGTTCTTGGCCAGGCTTAGAGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAAATTTGAACTCCCAACAATGTGTTCTTGGCCAGGCTTAGAGTA  350

seq1  TTAGGCTTGTATTTCCTCCTGTGTAATGCGCCTTAAGTCCAATCAGAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCTTGTATTTCCTCCTGTGTAATGCGCCTTAAGTCCAATCAGAAAG  400

seq1  AAGTTGATTACTCCTTATAGCATTAATGCCAAGATTAAACCCATGGATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGATTACTCCTTATAGCATTAATGCCAAGATTAAACCCATGGATCT  450

seq1  ATCTTATCATTATTGCAATTCACAAGATTCATGGATGGATAAGACTGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATCATTATTGCAATTCACAAGATTCATGGATGGATAAGACTGATA  500

seq1  ATGGTGTTTATATTTTTTCACCTCATCAGTCTGGATAGTAGCTTCCAGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTTTATATTTTTTCACCTCATCAGTCTGGATAGTAGCTTCCAGTT  550

seq1  CTGTGAGATGTATACAAAAGGCCTTTAAAAGGCATGCACAAGATCAAGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGATGTATACAAAAGGCCTTTAAAAGGCATGCACAAGATCAAGCC  600

seq1  AGCCAACATTCCAGTCAACACTATGGAAGGGAAAAATGTTCATGTGTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAACATTCCAGTCAACACTATGGAAGGGAAAAATGTTCATGTGTCCC  650

seq1  CAGTTATAACTAAGAAGCTATGGATAGTTGGCAGGAGTGTGGAGATAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATAACTAAGAAGCTATGGATAGTTGGCAGGAGTGTGGAGATAAGT  700

seq1  TTTCCTTACATTAGTGGCTAAGGGTAATCTATCATGCTCTAGTAGATGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTACATTAGTGGCTAAGGGTAATCTATCATGCTCTAGTAGATGGG  750

seq1  CAGCTCATACTGGAGCCAAGGGTTTAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCATACTGGAGCCAAGGGTTTAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  800

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  837
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  837


seq1: chr6_11798999_11799860
seq2: B6Ng01-315O13.g_70_932 (reverse)

seq1  AAGGAAGAGGAGGAGAAGGAGC-AGGAGGAGGAGGAGGAGAAGGAGAAGA  49
      |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAGGAGGAGATGGAGCAAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGGAGAAGA  50

seq1  AGAGGAGGAGGAGCAGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAAATGTTAGTCTTTA  99
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGGAGGAGCTGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAAATGTTAGTCTTTA  100

seq1  TATTATCCTTGTGGGTGGAGAAGCTAAAGGAGAGAGATTTTTCTCCATTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATCCTTGTGGGTGGAGAAGCTAAAGGAGAGAGATTTTTCTCCATTT  150

seq1  CATTCTATGATCAAGAGTTCTATGAAGCATATCTAAGGCTTCTCCAAAGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTATGATCAAGAGTTCTATGAAGCATATCTAAGGCTTCTCCAAAGG  200

seq1  CTTGTAATAGTAAGAACAAATTAGGAAAAAAAATATTCTCAAACAACAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAATAGTAAGAACAAATTAGGAAAAAAAATATTCTCAAACAACAAA  250

seq1  GCCCTCATTCTTGCCATTGACTTGTCTTTCTTCCCCATTTCACTACCCTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCATTCTTGCCATTGACTTGTCTTTCTTCCCCATTTCACTACCCTG  300

seq1  CTGTGTCATTCCGGTTCTATATAACTACCTTGCTCACAAGCCTTGATTCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCATTCCGGTTCTATATAACTACCTTGCTCACAAGCCTTGATTCA  350

seq1  GTTTCTGTTTTCTAGAGAGCTCTGAGCAAGATACTACCAAAGATAAATAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTTTTCTAGAGAGCTCTGAGCAAGATACTACCAAAGATAAATAC  400

seq1  CTAGTCAATGACTCAGCGGAGACTTGGCACAAAACCTATTCAATTTTAAG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCAATGACTCAGCGGAGACTTGGCACAAAACCTATTCAATTTTAAG  450

seq1  CCCTATGCTTTTTCTTCCTAGATTTTTTACTCCTAACTAAGAAAAATAGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATGCTTTTTCTTCCTAGATTTTTTACTCCTAACTAAGAAAAATAGT  500

seq1  TTCTGGGCAATTCTTTAAAATTCACTAAAAAAACAGTAGTTTGTTACTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGGCAATTCTTTAAAATTCACTAAAAAAACAGTAGTTTGTTACTTT  550

seq1  TGAATGATTTTTACGATCTTAATTCATCTATACGATTGTCTTCATGAAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGATTTTTACGATCTTAATTCATCTATACGATTGTCTTCATGAAAA  600

seq1  GGCCTTTTGGGAGCTGTTTGGCTGATGGTGGGTGGACCTGTCTTACCTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTTGGGAGCTGTTTGGCTGATGGTGGGTGGACCTGTCTTACCTGT  650

seq1  CTGACTAATTCTCCTTCCCTAATTCCTCACTTCCCGCCTTGCCCCTTCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTAATTCTCCTTCCCTAATTCCTCACTTCCCGCCTTGCCCCTTCTG  700

seq1  AGAAAAGGCACAAACAAAATTTCAGAGTAAGGAAAGCTTAAATATACTAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGGCACAAACAAAATTTCAGAGTAAGGAAAGCTTAAATATACTAC  750

seq1  AAGGTATTCAATTAGTCACTTTTTAAAAGTCTGCCTTATTCTACTACAAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTATTCAATTAGTCACTTTTTAAAAGTCTGCCTTATTCTACTACAAA  800

seq1  ATAAAAGTTTTAAAGAGAATCAAAAATTTCTGATATGAGTAGTCCTTGGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTTTTAAAGAGAATCAAAAATTTCTGATATGAGTAGTCCTTGGA  850

seq1  GTATGTTGAATTC  862
      |||||||||||||
seq2  GTATGTTGAATTC  863


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |