BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-317C08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 14,776,356 - 14,937,559
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFoxp2, LOC100040568
Upstream geneGpr85, 2610001J05Rik, LOC100041043, LOC100040513, LOC667797, Ppp1r3a
Downstream geneMdfic
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-317C08.bB6Ng01-317C08.g
ACCGA107364GA107365
length1,1661,151
definitionB6Ng01-317C08.b B6Ng01-317C08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,936,403 - 14,937,559)(14,776,356 - 14,777,502)
sequence
gaattcaatctattatacaaattttattaaatagaaagtttctactagct
ggaattttctgattcattaaaattacatatgaagacaaatgtcttcaatt
tgtactagatgtcagattatttctggtgacttatctttaaaaaccattta
gtgtcttctactagttcacattacaatatagagatgtacctttaggccaa
aactgaaataaaatattgatgtttggagcaagttgtatgatagcacttta
aactttgtttgcactcagaaactgaatacactacacgagggatttctgac
tttcttatgttttggaaattttaagcaataaaaaatcaatatgaatagta
gagtaaatacaaaactaaattttatgcaaatgaaaagctacctcttcaaa
acatttgtctaatcacaaactgtttcttttcctcgtcccattgacttggt
gtaacttaagataatttgaagaaggagtaacaatacaaattttattacca
aagatttaatagtattatgtgagaaaacattgtcatgattagatttctag
ggtgagagaaaagctgctctgctttattttatgaaaatccaactaatctt
ggtctaatttagaagtcttattattaagacttactgatatgcattttcta
tatcaacatatccatgtggctgttcaaaacagatagttttctacactttt
gagaagagaaaataaatggctttttagctgtagctcactacacattcctt
tagagtattttcagctgtgaaaggatgaatattatcatcaggttttggat
aacctggtctaaaaagtcctttcaagaaaggcctgtgctagtatatgctt
tatgtatctaccagacatgtgagaggagtatgccacgcccttacagggca
cagcctgagtatggctaaatttacatttagatgtgaaaatacataaagaa
ccaagccacacacacacacacacacacacacacactcaacatatgcacac
cacattgactatttgcaaacaacagaattcaggtatgcatagggcatgca
cacatgcataatacaacattatacaccaaatgcagtacttcaccattaca
ggcatatgctcccacttgcacagaacaattatatgtgtgcacaaaataat
tgcacctttgcctttt

gaattccctggacacatgaatgaagatggagaagatgaagtgtctaaagt
taatgtgtattattcaaatttaagaagctacttttggacagtcatagttg
tgcacaccttcagtcctagcacttgggagtcaaagaaagctgtaactcta
tgattgtattatttaaacttgacaatattgataatctaattgataataaa
gaaatagctaaacatataacttactgagttaagagcactttgtttatttg
cagaagacccaggttcagttcatagaaactcacaaccagctggaatttca
tttctagggaatttgaaattctcttctgacctgtgtgggcatttgtgagt
acacattcatacacagtcaggacaaacatacatatcaaaactaaataatt
ctgaaatgtttttcaatatgatcacatactcttgaacattctcaagcata
aatttcattataatatcaatctatagaccatttatctatatatctagata
tctgtgtatctatcatatgcctatacatctatctatacatctaaatatgt
atgtatgcatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctac
ttacctaccaatttagttacctaagttgatgtggtgttgggagaacaaat
acagtccctcatacctgctaagtagatattctcccaccaagcttgtatca
tctaattcacagtatcttctcaacaatgcacattgattggtaaatgttca
tctcagtcaactcattgttagtttaattaaattttaacatcatgtttttt
cttactaagtattcatactgctggttgtctttctttcctagagcagtagc
agtagggacagcttcaaagttttccatttatatgcacccatacttttaat
tttccccaagagtgcagaaagttttggaactctgtgtattagcaatgaaa
gcattttccaaagtcaggaggctggcataacttgtacgataaatgataga
ccttgttgataaaaaaggatgtgaaagctaagattatcttctcatttatg
attttattgactgtgctcccaattctttcaggattccacattagacttca
caaaatcaatttcttttctcaaatggaccttcttttgtctatatagcaga
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_14936403_14937559
seq2: B6Ng01-317C08.b_47_1212 (reverse)

seq1  AAAAAGCAAA-GTGCAATTA-TTTGTGCAC----ATAATTG-TCTGTGCA  43
      |||| ||||| ||||||||| |||||||||    ||||||| ||||||||
seq2  AAAAGGCAAAGGTGCAATTATTTTGTGCACACATATAATTGTTCTGTGCA  50

seq1  AGTGGGAGCATATG-CTGTA--TGTGAAAGGTACTGCATTTTGGGTGTAT  90
      |||||||||||||| |||||   |||||  |||||||||||  |||||||
seq2  AGTGGGAGCATATGCCTGTAATGGTGAA--GTACTGCATTT--GGTGTAT  96

seq1  -ATGTTGTA-TATGCATGTGTGCATGCCCTATGCATACCTGAA-TCTGTT  137
       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATGTTGTATTATGCATGTGTGCATGCCCTATGCATACCTGAATTCTGTT  146

seq1  GTTTGCAAATAGTCAATGTGGTGTGCATATGTTGAGTGTGTGTGTGTGTG  187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCAAATAGTCAATGTGGTGTGCATATGTTGAGTGTGTGTGTGTGTG  196

seq1  TGTGTGTGTGTGTGGCTTGGTTCTTTATGTATTTTCACATCTAAATGTAA  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGGCTTGGTTCTTTATGTATTTTCACATCTAAATGTAA  246

seq1  ATTTAGCCATACTCAGGCTGTGCCCTGTAAGGGCGTGGCATACTCCTCTC  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGCCATACTCAGGCTGTGCCCTGTAAGGGCGTGGCATACTCCTCTC  296

seq1  ACATGTCTGGTAGATACATAAAGCATATACTAGCACAGGCCTTTCTTGAA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCTGGTAGATACATAAAGCATATACTAGCACAGGCCTTTCTTGAA  346

seq1  AGGACTTTTTAGACCAGGTTATCCAAAACCTGATGATAATATTCATCCTT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTTTTAGACCAGGTTATCCAAAACCTGATGATAATATTCATCCTT  396

seq1  TCACAGCTGAAAATACTCTAAAGGAATGTGTAGTGAGCTACAGCTAAAAA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCTGAAAATACTCTAAAGGAATGTGTAGTGAGCTACAGCTAAAAA  446

seq1  GCCATTTATTTTCTCTTCTCAAAAGTGTAGAAAACTATCTGTTTTGAACA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTTATTTTCTCTTCTCAAAAGTGTAGAAAACTATCTGTTTTGAACA  496

seq1  GCCACATGGATATGTTGATATAGAAAATGCATATCAGTAAGTCTTAATAA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACATGGATATGTTGATATAGAAAATGCATATCAGTAAGTCTTAATAA  546

seq1  TAAGACTTCTAAATTAGACCAAGATTAGTTGGATTTTCATAAAATAAAGC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTTCTAAATTAGACCAAGATTAGTTGGATTTTCATAAAATAAAGC  596

seq1  AGAGCAGCTTTTCTCTCACCCTAGAAATCTAATCATGACAATGTTTTCTC  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGCTTTTCTCTCACCCTAGAAATCTAATCATGACAATGTTTTCTC  646

seq1  ACATAATACTATTAAATCTTTGGTAATAAAATTTGTATTGTTACTCCTTC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAATACTATTAAATCTTTGGTAATAAAATTTGTATTGTTACTCCTTC  696

seq1  TTCAAATTATCTTAAGTTACACCAAGTCAATGGGACGAGGAAAAGAAACA  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATTATCTTAAGTTACACCAAGTCAATGGGACGAGGAAAAGAAACA  746

seq1  GTTTGTGATTAGACAAATGTTTTGAAGAGGTAGCTTTTCATTTGCATAAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTGATTAGACAAATGTTTTGAAGAGGTAGCTTTTCATTTGCATAAA  796

seq1  ATTTAGTTTTGTATTTACTCTACTATTCATATTGATTTTTTATTGCTTAA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTTTTGTATTTACTCTACTATTCATATTGATTTTTTATTGCTTAA  846

seq1  AATTTCCAAAACATAAGAAAGTCAGAAATCCCTCGTGTAGTGTATTCAGT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCAAAACATAAGAAAGTCAGAAATCCCTCGTGTAGTGTATTCAGT  896

seq1  TTCTGAGTGCAAACAAAGTTTAAAGTGCTATCATACAACTTGCTCCAAAC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGTGCAAACAAAGTTTAAAGTGCTATCATACAACTTGCTCCAAAC  946

seq1  ATCAATATTTTATTTCAGTTTTGGCCTAAAGGTACATCTCTATATTGTAA  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATATTTTATTTCAGTTTTGGCCTAAAGGTACATCTCTATATTGTAA  996

seq1  TGTGAACTAGTAGAAGACACTAAATGGTTTTTAAAGATAAGTCACCAGAA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAACTAGTAGAAGACACTAAATGGTTTTTAAAGATAAGTCACCAGAA  1046

seq1  ATAATCTGACATCTAGTACAAATTGAAGACATTTGTCTTCATATGTAATT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTGACATCTAGTACAAATTGAAGACATTTGTCTTCATATGTAATT  1096

seq1  TTAATGAATCAGAAAATTCCAGCTAGTAGAAACTTTCTATTTAATAAAAT  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAATCAGAAAATTCCAGCTAGTAGAAACTTTCTATTTAATAAAAT  1146

seq1  TTGTATAATAGATTGAATTC  1157
      ||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAATAGATTGAATTC  1166


seq1: chr6_14776356_14777502
seq2: B6Ng01-317C08.g_66_1216

seq1  GAATTCCCTGGACACATGAATGAAGATGGAGAAGATGAAGTGTCTAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTGGACACATGAATGAAGATGGAGAAGATGAAGTGTCTAAAGT  50

seq1  TAATGTGTATTATTCAAATTTAAGAAGCTACTTTTGGACAGTCATAGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTGTATTATTCAAATTTAAGAAGCTACTTTTGGACAGTCATAGTTG  100

seq1  TGCACACCTTCAGTCCTAGCACTTGGGAGTCAAAGAAAGCTGTAACTCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACCTTCAGTCCTAGCACTTGGGAGTCAAAGAAAGCTGTAACTCTA  150

seq1  TGATTGTATTATTTAAACTTGACAATATTGATAATCTAATTGATAATAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTATTATTTAAACTTGACAATATTGATAATCTAATTGATAATAAA  200

seq1  GAAATAGCTAAACATATAACTTACTGAGTTAAGAGCACTTTGTTTATTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGCTAAACATATAACTTACTGAGTTAAGAGCACTTTGTTTATTTG  250

seq1  CAGAAGACCCAGGTTCAGTTCATAGAAACTCACAACCAGCTGGAATTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGACCCAGGTTCAGTTCATAGAAACTCACAACCAGCTGGAATTTCA  300

seq1  TTTCTAGGGAATTTGAAATTCTCTTCTGACCTGTGTGGGCATTTGTGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAGGGAATTTGAAATTCTCTTCTGACCTGTGTGGGCATTTGTGAGT  350

seq1  ACACATTCATACACAGTCAGGACAAACATACATATCAAAACTAAATAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTCATACACAGTCAGGACAAACATACATATCAAAACTAAATAATT  400

seq1  CTGAAATGTTTTTCAATATGATCACATACTCTTGAACATTCTCAAGCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATGTTTTTCAATATGATCACATACTCTTGAACATTCTCAAGCATA  450

seq1  AATTTCATTATAATATCAATCTATAGACCATTTATCTATATATCTAGATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCATTATAATATCAATCTATAGACCATTTATCTATATATCTAGATA  500

seq1  TCTGTGTATCTATCATATGCCTATACATCTATCTATACATCTAAATATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTATCTATCATATGCCTATACATCTATCTATACATCTAAATATGT  550

seq1  ATGTATGCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGCATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAC  600

seq1  TTACCTACCAATTTAGTTACCTAAGTTGATGTGGTGTTGGGAGAACAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTACCAATTTAGTTACCTAAGTTGATGTGGTGTTGGGAGAACAAAT  650

seq1  ACAGTCCCTCATACCTGCTAAGTAGATATTCTCCCACCAAGCTTGTATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCCTCATACCTGCTAAGTAGATATTCTCCCACCAAGCTTGTATCA  700

seq1  TCTAATTCACAGTATCTTCTCAACAATGCACATTGATTGGTAAATGTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATTCACAGTATCTTCTCAACAATGCACATTGATTGGTAAATGTTCA  750

seq1  TCTCAGTCAACTCATTGTTAGTTTAATTAAATTTTAACATCATGTTTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGTCAACTCATTGTTAGTTTAATTAAATTTTAACATCATGTTTTTT  800

seq1  CTTACTAAGTATTCATACTGCTGGTTGTCTTTCTTTCCTAGAGCAGGTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTACTAAGTATTCATACTGCTGGTTGTCTTTCTTTCCTAGAGCA-GTAG  849

seq1  CAGTAGGGACAGCTTCAAAGTTTTCCATTTATATGCACCCATACTTTTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGGGACAGCTTCAAAGTTTTCCATTTATATGCACCCATACTTTTAA  899

seq1  TTTTCCCCAAGAGTGCAGAAAGTTTTGGAACTCTGTGTATTAGCAATGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCCAAGAGTGCAGAAAGTTTTGGAACTCTGTGTATTAGCAATGAA  949

seq1  AGCATTTTCCAAAGTCAGGAGGCTGGCATAACTTGTACGATAAATGATAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTTTCCAAAGTCAGGAGGCTGGCATAACTTGTACGATAAATGATAG  999

seq1  ACC-TGTTGAATAAAAAAGGATGTGAAAGCTAAGA-TATC-TCTCATTTA  1047
      ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| 
seq2  ACCTTGTTG-ATAAAAAAGGATGTGAAAGCTAAGATTATCTTCTCATTT-  1047

seq1  ATGATTTTA-TGACTGTGCTCCCCAATTCCTTCAGGATT-CACA-TAGAC  1094
      ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||
seq2  ATGATTTTATTGACTGTGCT-CCCAATTCTTTCAGGATTCCACATTAGAC  1096

seq1  TTCAC-AAATCAATTTC-TTTCTCAAAATGACCTTCTTTTTGTC-ATATA  1141
      ||||| ||||||||||| |||||||||  ||||||| ||||||| |||||
seq2  TTCACAAAATCAATTTCTTTTCTCAAATGGACCTTC-TTTTGTCTATATA  1145

seq1  GCAGAA  1147
      ||||||
seq2  GCAGAA  1151


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |