BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321K11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 25,312,276 - 25,457,752
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIqub, Ndufa5, Asb15, EG626715, Lmod2, Wasl, 4932701A20Rik, Hyal4, Spam1, Hyal5, 6332401O19Rik, LOC384358
Downstream geneGpr37, Pot1a, EG626912, LOC100041210
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321K11.bB6Ng01-321K11.g
ACCGA110702GA110703
length1,1031,103
definitionB6Ng01-321K11.b B6Ng01-321K11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,312,276 - 25,313,381)(25,456,643 - 25,457,752)
sequence
gaattcaaaacaaatacttacacttaaagaaaaccaagtatccaaaacaa
atacttattcaaacaagaactgatactccattctaatcatcatgatactt
ttgacaggctacttgtatgtttaattttctttcaaaatacttcatttcaa
tataggttacaacaacaacaacaaaagagatgtctaatggctcttttaac
cagtcctctaaagaagtgaagcagttttatcgcatgatgtaaagtgttta
aattcaggatactcctcgaaaaattacttcacctttgaattcctaatatg
aacttattaaagatgtttagtgataattgacacataagcacataaagaaa
atacacagaaaataaaactctgaacattaccaggaaaacatattactact
catatctataaaatttaggtataatttatatgttttttcagtgaagaaat
tttgatacaaataatttacagtgaattctaagttgatgaccattgttctc
atgcctataatcagctggctggctttgctttactgttgaatgtggggcta
tgtatgatgcaactcaggctatgagccaatctatgtttgctttatgagtc
tcctagacgcaaataaaatgtcttctaaagacagagattgaaagattgca
aataaaatacataaaacctgcaaagtcatgtgggaagtcttcctttcttc
cttcctttctttcttccttccttccttccttccttccttccttacttcct
tccttccttcctccctccctccctccctccctctctccctcccttccttt
ctttcttcctttctctctttctttttctctctccctccctctctcgtttc
ctccctccctcccttcctttcttttttccttctgtctccctctctctcat
gtatctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgcctgtcttttcttgtcttt
ttgttttagaaagggtctctctctatggagccctgtctgttctaaaactt
atgatggaaaactttaaattgtagcaattctcctttccattctgattccc
aaagtgtctgagtgcgatttgagcctacattgcttggacatgcaatgctt
act
gaattcagtaaatattttcactaatctcaaatacttcaaaaatttccaca
gtccattgactgcagaggtgaatattactcaatttccatatgtttatgaa
atttccaaaattccttccattattaatttatactttcattgcattctaat
aagataatccacctgacatcactttaatattatgtttcctgtcatttgtt
ttgtgatgtgatatgtaatctaactgaacataatgcacatgatgttaaga
actctgtgtgtttcatgttgtttcctggcaagttttgtatttatcataga
ctcatttttcttaaagtataattcaactccagtactttatttttaaaaaa
tcttctgtgtatataatctgcccattgttgaaagtaaggtagggagctct
ttgctattacaggactggactcggtctcttgcttctgatcatgtaataat
agatatattttacaatgtgtggttatatcttctgataacacacaagatac
tgaattttcaatccttttaattcatttagaaacaataaccttgctacttg
ctctttattcagtctgttgtaaaacattatgtagactctggaaattttga
ctctaatcataagagaactatatacaatgtatttttcttttagtttataa
aggaaatagtgttgatatctctgatattctgaaacatctaaaggatgctt
gactgtcccacatctatcctggaaatatgtaaatatgcttggaaacataa
ctatttcaaagataaattgacttttgcttcttccatcactcttttggatc
atattatttaaaaccttgatcatcaaccatgtatctattctttgaaccat
attttctttaaaggtaacattgaaataattttcatttcataaatgattgg
gtgagagcatctgatgactctatcacttgttaaagagcacatcgatcaaa
ttattttgatatttgccctgattcatcaaaaagaaacaaataaacaaaca
ggccatgataatattacatcctatactccaagtgctgggagcagaggcag
gtgtatttctgagcctcagtcagcctgtcttacaaagtgagttcctggac
agc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_25312276_25313381
seq2: B6Ng01-321K11.b_46_1148

seq1  GAATTCAAAACAAATACTTACACTTAAAGAAAACCAAGTATCCAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAACAAATACTTACACTTAAAGAAAACCAAGTATCCAAAACAA  50

seq1  ATACTTATTCAAACAAGAACTGATACTCCATTCTAATCATCATGATACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTATTCAAACAAGAACTGATACTCCATTCTAATCATCATGATACTT  100

seq1  TTGACAGGCTACTTGTATGTTTAATTTTCTTTCAAAATACTTCATTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAGGCTACTTGTATGTTTAATTTTCTTTCAAAATACTTCATTTCAA  150

seq1  TATAGGTTACAACAACAACAACAAAAGAGATGTCTAATGGCTCTTTTAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGTTACAACAACAACAACAAAAGAGATGTCTAATGGCTCTTTTAAC  200

seq1  CAGTCCTCTAAAGAAGTGAAGCAGTTTTATCGCATGATGTAAAGTGTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTCTAAAGAAGTGAAGCAGTTTTATCGCATGATGTAAAGTGTTTA  250

seq1  AATTCAGGATACTCCTCGAAAAATTACTTCACCTTTGAATTCCTAATATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGGATACTCCTCGAAAAATTACTTCACCTTTGAATTCCTAATATG  300

seq1  AACTTATTAAAGATGTTTAGTGATAATTGACACATAAGCACATAAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTATTAAAGATGTTTAGTGATAATTGACACATAAGCACATAAAGAAA  350

seq1  ATACACAGAAAATAAAACTCTGAACATTACCAGGAAAACATATTACTACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAGAAAATAAAACTCTGAACATTACCAGGAAAACATATTACTACT  400

seq1  CATATCTATAAAATTTAGGTATAATTTATATGTTTTTTCAGTGAAGAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATCTATAAAATTTAGGTATAATTTATATGTTTTTTCAGTGAAGAAAT  450

seq1  TTTGATACAAATAATTTACAGTGAATTCTAAGTTGATGACCATTGTTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATACAAATAATTTACAGTGAATTCTAAGTTGATGACCATTGTTCTC  500

seq1  ATGCCTATAATCAGCTGGCTGGCTTTGCTTTACTGTTGAATGTGGGGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTATAATCAGCTGGCTGGCTTTGCTTTACTGTTGAATGTGGGGCTA  550

seq1  TGTATGATGCAACTCAGGCTATGAGCCAATCTATGTTTGCTTTATGAGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGATGCAACTCAGGCTATGAGCCAATCTATGTTTGCTTTATGAGTC  600

seq1  TCCTAGACGCAAATAAAATGTCTTCTAAAGACAGAGATTGAAAGATTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGACGCAAATAAAATGTCTTCTAAAGACAGAGATTGAAAGATTGCA  650

seq1  AATAAAATACATAAAACCTGCAAAGTCATGTGGGAAAGTCTTCCTTTCTT  700
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AATAAAATACATAAAACCTGCAAAGTCATGTGGG-AAGTCTTCCTTTCTT  699

seq1  CCTTCCTTTCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCC  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTTCCTTTCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTACTTCC  749

seq1  TTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCCCTCCCTTCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCTTCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCTCTCCCTCCCTTCCTT  799

seq1  TCTTTCTTCCTTTCTCTCTTTCTTTTTCTCTCTCCCTCCCTCTCTCGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTCCTTTCTCTCTTTCTTTTTCTCTCTCCCTCCCTCTCTCGTTT  849

seq1  CCTCCCT-CCTTCCTTCCTTTCTTTTTTCCTTCTGTCTCCCTCTCTCTCA  899
      ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCCCTCCCTTCCTTTCTTTTTTCCTTCTGTCTCCCTCTCTCTCA  899

seq1  TGTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGCCTGTCTTTTCTTGTCTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGCCTGTCTTTTCTTGTCTT  949

seq1  TTTGTTTTAAGAAAGGGTCTCTCTCTATGGAGCCCTGTCTGTCCTAAAAC  999
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTGTTTT-AGAAAGGGTCTCTCTCTATGGAGCCCTGTCTGTTCTAAAAC  998

seq1  TTATGATGGAAAACTTAAAATTTGTAGCAATTCTCCTTATCCA-TCTGAT  1048
      |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  TTATGATGGAAAACTTTAAA-TTGTAGCAATTCTCCTT-TCCATTCTGAT  1046

seq1  TCCCAAAGTG-CTGAGGTTGCGGATATGAGCCTACA-TGGTTGACAATGC  1096
      |||||||||| |||||  ||| ||| |||||||||| || |||   ||||
seq2  TCCCAAAGTGTCTGAG--TGC-GATTTGAGCCTACATTGCTTGGACATGC  1093

seq1  AATGCTTACT  1106
      ||||||||||
seq2  AATGCTTACT  1103

seq1: chr6_25456643_25457752
seq2: B6Ng01-321K11.g_66_1168 (reverse)

seq1  GCTGTCCAGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGACCTGA-GCTCAGAAAT  49
      |||||||||||||||||||||||   |||||||| |||| ||||||||||
seq2  GCTGTCCAGGAACTCACTTTGTAAGACAGGCTGA-CTGAGGCTCAGAAAT  49

seq1  ACACCTGCCTCTGCCTCCCAGCACTTGGAGGTATAGGATGT-ATATTATC  98
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  ACACCTGCCTCTG-CTCCCAGCACTTGGA-GTATAGGATGTAATATTATC  97

seq1  ATTGCCCTGTTTTGTTTATTTGTTTTCTTTTTTGATGAATCAGGGCAAAT  148
      | || |||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  A-TGGCCTG-TTTGTTTATTTGTTT--CTTTTTGATGAATCAGGGCAAAT  143

seq1  ATCAAAATAATTTTGATCGATGTTGCTCTTTAACAAGTGATAGAGTCATC  198
      |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAATAA-TTTGATCGATG-TGCTCTTTAACAAGTGATAGAGTCATC  191

seq1  AGATGCTCTCACCCAATCATTTATGAAATGAAAATTATTTCAATGTTACC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTCTCACCCAATCATTTATGAAATGAAAATTATTTCAATGTTACC  241

seq1  TTTAAAGAAAATATGGTTCAAAGAATAGATACATGGTTGATGATCAAGGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGAAAATATGGTTCAAAGAATAGATACATGGTTGATGATCAAGGT  291

seq1  TTTAAATAATATGATCCAAAAGAGTGATGGAAGAAGCAAAAGTCAATTTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATAATATGATCCAAAAGAGTGATGGAAGAAGCAAAAGTCAATTTA  341

seq1  TCTTTGAAATAGTTATGTTTCCAAGCATATTTACATATTTCCAGGATAGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAAATAGTTATGTTTCCAAGCATATTTACATATTTCCAGGATAGA  391

seq1  TGTGGGACAGTCAAGCATCCTTTAGATGTTTCAGAATATCAGAGATATCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGACAGTCAAGCATCCTTTAGATGTTTCAGAATATCAGAGATATCA  441

seq1  ACACTATTTCCTTTATAAACTAAAAGAAAAATACATTGTATATAGTTCTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTATTTCCTTTATAAACTAAAAGAAAAATACATTGTATATAGTTCTC  491

seq1  TTATGATTAGAGTCAAAATTTCCAGAGTCTACATAATGTTTTACAACAGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATTAGAGTCAAAATTTCCAGAGTCTACATAATGTTTTACAACAGA  541

seq1  CTGAATAAAGAGCAAGTAGCAAGGTTATTGTTTCTAAATGAATTAAAAGG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATAAAGAGCAAGTAGCAAGGTTATTGTTTCTAAATGAATTAAAAGG  591

seq1  ATTGAAAATTCAGTATCTTGTGTGTTATCAGAAGATATAACCACACATTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAATTCAGTATCTTGTGTGTTATCAGAAGATATAACCACACATTG  641

seq1  TAAAATATATCTATTATTACATGATCAGAAGCAAGAGACCGAGTCCAGTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATATATCTATTATTACATGATCAGAAGCAAGAGACCGAGTCCAGTC  691

seq1  CTGTAATAGCAAAGAGCTCCCTACCTTACTTTCAACAATGGGCAGATTAT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAATAGCAAAGAGCTCCCTACCTTACTTTCAACAATGGGCAGATTAT  741

seq1  ATACACAGAAGATTTTTTAAAAATAAAGTACTGGAGTTGAATTATACTTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACAGAAGATTTTTTAAAAATAAAGTACTGGAGTTGAATTATACTTT  791

seq1  AAGAAAAATGAGTCTATGATAAATACAAAACTTGCCAGGAAACAACATGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAATGAGTCTATGATAAATACAAAACTTGCCAGGAAACAACATGA  841

seq1  AACACACAGAGTTCTTAACATCATGTGCATTATGTTCAGTTAGATTACAT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACAGAGTTCTTAACATCATGTGCATTATGTTCAGTTAGATTACAT  891

seq1  ATCACATCACAAAACAAATGACAGGAAACATAATATTAAAGTGATGTCAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATCACAAAACAAATGACAGGAAACATAATATTAAAGTGATGTCAG  941

seq1  GTGGATTATCTTATTAGAATGCAATGAAAGTATAAATTAATAATGGAAGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATTATCTTATTAGAATGCAATGAAAGTATAAATTAATAATGGAAGG  991

seq1  AATTTTGGAAATTTCATAAACATATGGAAATTGAGTAATATTCACCTCTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGGAAATTTCATAAACATATGGAAATTGAGTAATATTCACCTCTG  1041

seq1  CAGTCAATGGACTGTGGAAATTTTTGAAGTATTTGAGATTAGTGAAAATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAATGGACTGTGGAAATTTTTGAAGTATTTGAGATTAGTGAAAATA  1091

seq1  TTTACTGAATTC  1110
      ||||||||||||
seq2  TTTACTGAATTC  1103