BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-322K21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 83,855,963 - 83,973,206
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC676366, Zfml, Dysf
Upstream geneSema4f, D6Mm5e, Dok1, Loxl3, Htra2, Aup1, Dqx1, Tlx2, Pcgf1, Lbx2, A230058J24Rik, Mrpl53, Gcs1, Wbp1, Znhit4, Rtkn, Wdr54, 1700003E16Rik, Dctn1, C330016K18Rik, Mthfd2, Mobk1b, Bola3, D230004J03Rik, Dguok, Actg2, Stambp, LOC664956, Clec4f, Cd207, Vax2os2, Vax2os1, Vax2, Atp6v1b1, 1700124L16Rik, Ankrd53, Tex261, LOC665004, Nagk, Paip2b, LOC384450, LOC622683, LOC380687, LOC665098
Downstream geneLOC665114, 4930504D19Rik, Cyp26b1, Exoc6b, LOC665129
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-322K21.bB6Ng01-322K21.g
ACCGA111461GA111462
length1,1591,111
definitionB6Ng01-322K21.b B6Ng01-322K21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,972,043 - 83,973,206)(83,855,963 - 83,857,077)
sequence
gaattccagcataggacagagatagctagcctttatgcttgggtatggat
ggcattgcaaggcatctcactgcagtgtgtccatcacagcagagtttctc
taccttgcacaattaacctttggagccacacaaatccttgccgtgagctc
tgtggggcctgcaccatgtatgggctcttgagctcattgctggcccctga
gtgctgcattccagtagccacctgttgccccaggaatgtcaacccaaaat
gttcccagactttgacacaggttccctagggaatcaatcacctcagtggc
cttcctgcccttctttcctgacaggtgaggcagaagtactccctcaggac
agatggtcctgtaagacccccaggatcctgcctgggtgacaaaggggatg
cacaaggagaggggacccaatcaatgaccaagagaggggcagaaagggaa
acaaggccacctgagttcctagacaggaattcgccaggggtatggccaat
ccaggaacgtttgaactccaaaggagcaggggactgatttttgtcctcag
atgcatctccagcatctgggatgacaatgggtagataatatgtgctcaac
aaatgtttgttcaatgcagaaaacacataaatagagggatataaataatt
gtattacaggatggaaaatggtcagggcagaagagagacatcaaacgctg
taagaaaggaagctgaaacttctcattcatacaaatgatggtcaaaaaag
cttcgtgcatgcccagttactcatggcaaccttggttaagtaattaatca
gtgaatacaagatcaatgatatgactaacattaattaatagcctgtataa
tagcctcagatggggaagccagacagctctgagtccaacctcccaaagcc
cagaatctatttttggaggcagatcctgaaattacatctgaagatggaat
gcccaggcaacaactgcaaggtgaggccagtccaggcccacatatctcag
cttcatgctggagcaagtcacagccacctggtggtggggacgtttctcag
caagcagccaccgtccctctctgtgacctcactgctatcattcctgactg
gtgcctggtcagaatacctgctggcccacttcaggcatggagctacgtat
gggctctat
gaattctactttgcattctattgctatgatcaaacactgatcaaaagcaa
cctgggtaagaaagggtttattaagcttatacttccaggtcacaattcat
ctttgagagatgtcaaagcagaaacttggagggatgaacttgtagaaagg
aaccatgtagtaataaataggagtgacactgcttgctggcttcctcatgg
gcttaactagctttcttatattgtccaggaccaccagcccagggatgata
ctgtttatagtgggctggggcctcctacatcaatcataataaagacagct
cctagtttagttcccagtactcatgccaggcagctttctattgtctgtat
ctctggttctgggagaatatgttggctcttgctttcttgggcatctgcgc
tcgtgtgtacaacactctccaccccctgactcacacagacacacaaatgc
atccagatacacgtgtctaataacctagtagttattagacaatttctcat
ttgaggctctcagatgatttaaggctgtgttgagctgacaattcaaggta
cctaaggtaaataaaatttagaaatatttgaagaattttatataatttct
gggtatttgctcttgtaagttgtcttagtcactgttctattgctgtgaag
agacacaatgaccaaggcaactcttgggtgagggcttgcctacagtttca
gaggcttagtccattattatcatggcagggaccatggccacagggaggag
agtctcagggagcatggcagcagccaggtgtagaagtgtgagagatacat
tcaaatcttcaggcaaagtgagagagagtgacactagacctagcttgggc
ttttgaaaccttaatttccccccacccccacccaaagacacacttcctca
acaaggccacacttcctaatccttctatcaaagagtttcactccttggtg
actaagaattcaaattgttttagtcagagttttactgctgtgaatagacc
accatgaccaagcaagtctataaaaacaacacacacaacacacaacaaca
cattaattggggcctggctttacagttcagaggtcagttccattattcat
tcaagggtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_83972043_83973206
seq2: B6Ng01-322K21.b_47_1205 (reverse)

seq1  ATAGAGCCCATTACCGTAGCTCACTGGCCCCTGAGGTGGGGCCCAGCAGG  50
      |||||||||||   ||||||||  ||   ||||| |||||  |||||| |
seq2  ATAGAGCCCAT--ACGTAGCTCCATG---CCTGAAGTGGG--CCAGCA-G  42

seq1  GTATTCCTGACCAGGCA-CAGTCAGGATTGATAAGCAGTGA-GTCAC--A  96
      ||||| ||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||||  |
seq2  GTATT-CTGACCAGGCACCAGTCAGGAATGAT-AGCAGTGAGGTCACAGA  90

seq1  GAGGGACGGTGGCCTGCTTGCTGAGAAACCGTCCCA-CACCAGGT-GCTG  144
      |||||||||||| ||||||||||||||||   |||| |||||||| ||||
seq2  GAGGGACGGTGG-CTGCTTGCTGAGAAACGTCCCCACCACCAGGTGGCTG  139

seq1  TG-CTTGCCTCCAGCATGAAGCTGAGATATGTGGGCCTGGACTGGCCTCA  193
      || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTG-CTCCAGCATGAAGCTGAGATATGTGGGCCTGGACTGGCCTCA  188

seq1  CCCTGCAGTTGTTGCCTGGGCATTCCATCTTCAGATGTAATTTCAGGATC  243
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCAGTTGTTGCCTGGGCATTCCATCTTCAGATGTAATTTCAGGATC  238

seq1  TGCCTCCAAAAATAGATTCTGGGCTTTGGGAGGTTGGACTCAGAGCTGTC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCAAAAATAGATTCTGGGCTTTGGGAGGTTGGACTCAGAGCTGTC  288

seq1  TGGCTTCCCCATCTGAGGCTATTATACAGGCTATTAATTAATGTTAGTCA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCCCCATCTGAGGCTATTATACAGGCTATTAATTAATGTTAGTCA  338

seq1  TATCATTGATCTTGTATTCACTGATTAATTACTTAACCAAGGTTGCCATG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTGATCTTGTATTCACTGATTAATTACTTAACCAAGGTTGCCATG  388

seq1  AGTAACTGGGCATGCACGAAGCTTTTTTGACCATCATTTGTATGAATGAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAACTGGGCATGCACGAAGCTTTTTTGACCATCATTTGTATGAATGAG  438

seq1  AAGTTTCAGCTTCCTTTCTTACAGCGTTTGATGTCTCTCTTCTGCCCTGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTCAGCTTCCTTTCTTACAGCGTTTGATGTCTCTCTTCTGCCCTGA  488

seq1  CCATTTTCCATCCTGTAATACAATTATTTATATCCCTCTATTTATGTGTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTCCATCCTGTAATACAATTATTTATATCCCTCTATTTATGTGTT  538

seq1  TTCTGCATTGAACAAACATTTGTTGAGCACATATTATCTACCCATTGTCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCATTGAACAAACATTTGTTGAGCACATATTATCTACCCATTGTCA  588

seq1  TCCCAGATGCTGGAGATGCATCTGAGGACAAAAATCAGTCCCCTGCTCCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGATGCTGGAGATGCATCTGAGGACAAAAATCAGTCCCCTGCTCCT  638

seq1  TTGGAGTTCAAACGTTCCTGGATTGGCCATACCCCTGGCGAATTCCTGTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGTTCAAACGTTCCTGGATTGGCCATACCCCTGGCGAATTCCTGTC  688

seq1  TAGGAACTCAGGTGGCCTTGTTTCCCTTTCTGCCCCTCTCTTGGTCATTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAACTCAGGTGGCCTTGTTTCCCTTTCTGCCCCTCTCTTGGTCATTG  738

seq1  ATTGGGTCCCCTCTCCTTGTGCATCCCCTTTGTCACCCAGGCAGGATCCT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTCCCCTCTCCTTGTGCATCCCCTTTGTCACCCAGGCAGGATCCT  788

seq1  GGGGGTCTTACAGGACCATCTGTCCTGAGGGAGTACTTCTGCCTCACCTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTCTTACAGGACCATCTGTCCTGAGGGAGTACTTCTGCCTCACCTG  838

seq1  TCAGGAAAGAAGGGCAGGAAGGCCACTGAGGTGATTGATTCCCTAGGGAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAAAGAAGGGCAGGAAGGCCACTGAGGTGATTGATTCCCTAGGGAA  888

seq1  CCTGTGTCAAAGTCTGGGAACATTTTGGGTTGACATTCCTGGGGCAACAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTCAAAGTCTGGGAACATTTTGGGTTGACATTCCTGGGGCAACAG  938

seq1  GTGGCTACTGGAATGCAGCACTCAGGGGCCAGCAATGAGCTCAAGAGCCC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTACTGGAATGCAGCACTCAGGGGCCAGCAATGAGCTCAAGAGCCC  988

seq1  ATACATGGTGCAGGCCCCACAGAGCTCACGGCAAGGATTTGTGTGGCTCC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATGGTGCAGGCCCCACAGAGCTCACGGCAAGGATTTGTGTGGCTCC  1038

seq1  AAAGGTTAATTGTGCAAGGTAGAGAAACTCTGCTGTGATGGACACACTGC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTAATTGTGCAAGGTAGAGAAACTCTGCTGTGATGGACACACTGC  1088

seq1  AGTGAGATGCCTTGCAATGCCATCCATACCCAAGCATAAAGGCTAGCTAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGATGCCTTGCAATGCCATCCATACCCAAGCATAAAGGCTAGCTAT  1138

seq1  CTCTGTCCTATGCTGGAATTC  1164
      |||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTCCTATGCTGGAATTC  1159

seq1: chr6_83855963_83857077
seq2: B6Ng01-322K21.g_65_1175

seq1  GAATTCTACTTTGCATTCTATTGCTATGATCAAACACTGATCAAAAGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACTTTGCATTCTATTGCTATGATCAAACACTGATCAAAAGCAA  50

seq1  CCTGGGTAAGAAAGGGTTTATTAAGCTTATACTTCCAGGTCACAATTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGTAAGAAAGGGTTTATTAAGCTTATACTTCCAGGTCACAATTCAT  100

seq1  CTTTGAGAGATGTCAAAGCAGAAACTTGGAGGGATGAACTTGTAGAAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGAGATGTCAAAGCAGAAACTTGGAGGGATGAACTTGTAGAAAGG  150

seq1  AACCATGTAGTAATAAATAGGAGTGACACTGCTTGCTGGCTTCCTCATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGTAGTAATAAATAGGAGTGACACTGCTTGCTGGCTTCCTCATGG  200

seq1  GCTTAACTAGCTTTCTTATATTGTCCAGGACCACCAGCCCAGGGATGATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAACTAGCTTTCTTATATTGTCCAGGACCACCAGCCCAGGGATGATA  250

seq1  CTGTTTATAGTGGGCTGGGGCCTCCTACATCAATCATAATAAAGACAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTATAGTGGGCTGGGGCCTCCTACATCAATCATAATAAAGACAGCT  300

seq1  CCTAGTTTAGTTCCCAGTACTCATGCCAGGCAGCTTTCTATTGTCTGTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGTTTAGTTCCCAGTACTCATGCCAGGCAGCTTTCTATTGTCTGTAT  350

seq1  CTCTGGTTCTGGGAGAATATGTTGGCTCTTGCTTTCTTGGGCATCTGCGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTTCTGGGAGAATATGTTGGCTCTTGCTTTCTTGGGCATCTGCGC  400

seq1  TCGTGTGTACAACACTCTCCACCCCCTGACTCACACAGACACACAAATGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTGTGTACAACACTCTCCACCCCCTGACTCACACAGACACACAAATGC  450

seq1  ATCCAGATACACGTGTCTAATAACCTAGTAGTTATTAGACAATTTCTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGATACACGTGTCTAATAACCTAGTAGTTATTAGACAATTTCTCAT  500

seq1  TTGAGGCTCTCAGATGATTTAAGGCTGTGTTGAGCTGACAATTCAAGGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGCTCTCAGATGATTTAAGGCTGTGTTGAGCTGACAATTCAAGGTA  550

seq1  CCTAAGGTAAATAAAATTTAGAAATATTTGAAGAATTTTATATAATTTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGGTAAATAAAATTTAGAAATATTTGAAGAATTTTATATAATTTCT  600

seq1  GGGTATTTGCTCTTGTAAGTTGTCTTAGTCACTGTTCTATTGCTGTGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTATTTGCTCTTGTAAGTTGTCTTAGTCACTGTTCTATTGCTGTGAAG  650

seq1  AGACACAATGACCAAGGCAACTCTTGGGTGAGGGCTTGCCTACAGTTTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAATGACCAAGGCAACTCTTGGGTGAGGGCTTGCCTACAGTTTCA  700

seq1  GAGGCTTAGTCCATTATTATCATGGCAGGGACCATGGCCACAGGGAGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTAGTCCATTATTATCATGGCAGGGACCATGGCCACAGGGAGGAG  750

seq1  AGTCTCAGGGAGCATGGCAGCAGCCAGGTGTAGAAGTGTGAGAGATACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTCAGGGAGCATGGCAGCAGCCAGGTGTAGAAGTGTGAGAGATACAT  800

seq1  TCAAATCTTCAGGCAAAGTGAGAGAGAGTGACACTAGACCTAGCTTGGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATCTTCAGGCAAAGTGAGAGAGAGTGACACTAGACCTAGCTTGGGC  850

seq1  TTTTGAAACCTTAATTTCCCCCCACCCCCACCCAAAGACACACTTCCTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTTGAAACCTTAATTTCCCCCCACCCCCACCCAAAGACACACTTCCTC-  899

seq1  AACAAGGCCACACTTCCTAATCCTTCTATCAAAGAGTTTCACTCCTTGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGCCACACTTCCTAATCCTTCTATCAAAGAGTTTCACTCCTTGGT  949

seq1  GACTAAGAATTCAAATTGTTTTAGTCAGAGTTTTACTGCTGTGAATAGA-  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GACTAAGAATTCAAATTGTTTTAGTCAGAGTTTTACTGCTGTGAATAGAC  999

seq1  CACCATGACCAAGGCAAGTCTTATAAAACAACAACAACAACAACAACAAC  1049
      |||||||||||| ||||||| ||||||  |||||||   ||||||   ||
seq2  CACCATGACCAA-GCAAGTC-TATAAA--AACAACACACACAACA--CAC  1043

seq1  AACAACAACATTTAATTGGGG-CTGGC-TTACAGTTTCAGAGGTTCAG-T  1096
      |||||| ||| |||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| |
seq2  AACAAC-ACA-TTAATTGGGGCCTGGCTTTACAG-TTCAGAGG-TCAGTT  1089

seq1  CCATTA-TCA-TCAA-GGTGGG  1115
      |||||| ||| |||| ||||||
seq2  CCATTATTCATTCAAGGGTGGG  1111