BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325F15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 98,613,226 - 98,788,869
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665963
Upstream geneLOC641241, LOC100043692, Mitf, Gm765, LOC666019
Downstream geneLOC665979, Foxp1, Eif4e3, Gpr27, Prok2, LOC384466
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325F15.bB6Ng01-325F15.g
ACCGA113431GA113432
length4381,194
definitionB6Ng01-325F15.b B6Ng01-325F15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,613,226 - 98,613,664)(98,787,673 - 98,788,869)
sequence
acaaatcagcttgttatacattgacctagatacaaaaatgattgagaact
gcaactatctatctcttggtaacagtccagtatggaaaatgatcacccga
tagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagata
gatcagccttgagaatgcctgggaaaagtcaacacaagataatttctagg
catgtatcagaatcagtgccttcagctagaagatgtaatgttagaactga
gatagcaataatttggtgagtgagaagggatagcgttccagccacaggag
aaggtgatcataaagcttcaagctcagattgttgtgtgggggaaggaaat
aagtaagggagggtgtgcaggtagagtaaataagaagaggctggtgggca
cagcacccaccatttttggttggagtcccgtgtccctc

gaattcatcttgaggagaaaatgaaaccttaggctcagccaatggcagct
aaaaccttcagctaaggggtcaggaagatggctcagtcagtaagatactt
gtagcataagcatgaaggcctgagtttctgagttccatccctagaatcca
caaaagaactgattatgtaatcctagatccgctctgcagaaaggcctcct
agccagccagtgtagccaaatctgttagcttaaaattttgcgagataccc
tgtctcaaaaagttaaggattaaggaagacagcagatatcaaggtctgct
ccagtatacataggcacatatgcatgatcacctgttcctcctctcacaaa
aacaatgccattgccccaaaataaacaacaagggaaatcaaagctttagc
taggggtggttctgttgaactctccccggtcccttcttttttctaacaat
gtcagctgaagtcttattttgaaagaacacagcaccatgaatgtgagcct
ctgtggttaaatattacagccagagtggaaatgttctctccctcagtatt
cttgatattgattgactttttggctccaagtagcaagccatggtggccaa
ctcttgactactgttcactggtgctcttgcatctcggcattctgtgatat
gatcaatgaaaaaactttcttgccctgtggtttctggcttttccttatag
gtcagaaaaatccttcaagctcaaatcaagtgggtatgtctgttcaggga
ggtctttcaaaattgagactagaaaaaagatccagcaaatgccttccagt
cttcttctatatactgactaggaggactcaacagcaagtgtgggaagggc
cgtcacttgtctgggtagcatagaccaagcagaggctgacagctctaccc
ttccttacctccccaccccttcttcactcacattgcctgcaacagtgctc
tggaggctgaggtgaagacagtaccagtgactgctcccctcatcctgtac
accgagctttgtaaccaatgtaatgagagatggctgcacctgtcagttac
accatctgaacaggagctgcaagttcctctgcacccatgggactcagtcc
tctcaggtgatgttgcttgtttagttgttcaacctgaacacaaggcagag
aggtacctgggatgagaaaccctcattggagcattgtctctgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_98613226_98613664
seq2: B6Ng01-325F15.b_46_489

seq1  GAATTCACAAATCAGCTTGTTATACATTGACCTAGATACAAAAATGATTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAAATCAGCTTGTTATACATTGACCTAGATACAAAAATGATTG  50

seq1  AGAACTGCAACTATCTATCTCTTGGTAACAGTCCAGTATGGAAAATGATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGCAACTATCTATCTCTTGGTAACAGTCCAGTATGGAAAATGATC  100

seq1  ACCC----GATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  146
      ||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGA  150

seq1  TAGATAGATCAGCCTTGAGAATGCCTGGGAAAAGTCAACACAAGATAATT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATCAGCCTTGAGAATGCCTGGGAAAAGTCAACACAAGATAATT  200

seq1  TCTAGGCATGTATCAGAATCAGTGCCTTCAGCTAGAAGATGTAATGTTAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGCATGTATCAGAATCAGTGCCTTCAGCTAGAAGATGTAATGTTAG  250

seq1  AACTGAGATAGCAATAATTTGGTGAGTGAGAAGGGATAGCGTTCCAGCCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGATAGCAATAATTTGGTGAGTGAGAAGGGATAGCGTTCCAGCCA  300

seq1  CAGGAGAAGGTGATCATAAAGCTTCAAGCTCAGATTGTTGTGTGGGGGAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAAGGTGATCATAAAGCTTCAAGCTCAGATTGTTGTGTGGGGGAA  350

seq1  GGAAATAAGTAAGGGAGGGTGTGCAGGTAGAGTAAATAAGAAGAGGCTGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATAAGTAAGGGAGGGTGTGCAGGTAGAGTAAATAAGAAGAGGCTGG  400

seq1  TGGGCACAGCAACCACAATCAATGCTT-GTGTCCCGTGTTCCTC  439
      ||||||||||| |||| ||   || || | ||||||||| ||||
seq2  TGGGCACAGCACCCACCATTTTTGGTTGGAGTCCCGTGTCCCTC  444


seq1: chr6_98787673_98788869
seq2: B6Ng01-325F15.g_70_1263 (reverse)

seq1  GACAGAGACAATTCTTCAACTGAGGTTCTCTCTTCCCAGGTACCTCTCTG  50
      |||||||||||| || ||| ||||| | |||| |||||||||||||||||
seq2  GACAGAGACAATGCTCCAA-TGAGGGTTTCTCATCCCAGGTACCTCTCTG  49

seq1  CTTTGTG-TCAGGTTGACCAAAACT-AACAAGC-ACATCACCTGAGAGGA  97
      | ||||| |||||||||  | |||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGTTCAGGTTGA--ACAACTAAACAAGCAACATCACCTGAGAGGA  97

seq1  CTGAGTCCCATGGGTGGCAGAGG-ACGTGCAGCTCCTGGTTCAGATGGTG  146
      ||||||||||||||| ||||||| || |||||||||| ||||||||||| 
seq2  CTGAGTCCCATGGGT-GCAGAGGAACTTGCAGCTCCT-GTTCAGATGGT-  144

seq1  GTAACTTGACAGGTGCAGCCATCTCTCATTTACATTGGTTACAAAGCTC-  195
      ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  GTAAC-TGACAGGTGCAGCCATCTCTCA-TTACATTGGTTACAAAGCTCG  192

seq1  GTGTACAGGATGA-GGGAGCAGTCACTGGTACTGTCTTCACCTTCAGCCT  244
      ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTGTACAGGATGAGGGGAGCAGTCACTGGTACTGTCTTCACC-TCAGCCT  241

seq1  CCAGAGCACTGTTGCAGGCAATGGTGAGTG-AGAAGGGGTGGGGAGGTAA  293
      |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCACTGTTGCAGGCAAT-GTGAGTGAAGAAGGGGTGGGGAGGTAA  290

seq1  GGAAGGGTAGAGCTGTCAGCCTCTGCTTGGTCTATGCTACCCAGACAAGT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGTAGAGCTGTCAGCCTCTGCTTGGTCTATGCTACCCAGACAAGT  340

seq1  GACGGCCCTTCCCACACTTGCTGTTGAGTCCTCCTAGTCAGTATATAGAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGCCCTTCCCACACTTGCTGTTGAGTCCTCCTAGTCAGTATATAGAA  390

seq1  GAAGACTGGAAGGCATTTGCTGGATCTTTTTTCTAGTCTCAATTTTGAAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACTGGAAGGCATTTGCTGGATCTTTTTTCTAGTCTCAATTTTGAAA  440

seq1  GACCTCCCTGAACAGACATACCCACTTGATTTGAGCTTGAAGGATTTTTC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCCCTGAACAGACATACCCACTTGATTTGAGCTTGAAGGATTTTTC  490

seq1  TGACCTATAAGGAAAAGCCAGAAACCACAGGGCAAGAAAGTTTTTTCATT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTATAAGGAAAAGCCAGAAACCACAGGGCAAGAAAGTTTTTTCATT  540

seq1  GATCATATCACAGAATGCCGAGATGCAAGAGCACCAGTGAACAGTAGTCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATATCACAGAATGCCGAGATGCAAGAGCACCAGTGAACAGTAGTCA  590

seq1  AGAGTTGGCCACCATGGCTTGCTACTTGGAGCCAAAAAGTCAATCAATAT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGGCCACCATGGCTTGCTACTTGGAGCCAAAAAGTCAATCAATAT  640

seq1  CAAGAATACTGAGGGAGAGAACATTTCCACTCTGGCTGTAATATTTAACC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAATACTGAGGGAGAGAACATTTCCACTCTGGCTGTAATATTTAACC  690

seq1  ACAGAGGCTCACATTCATGGTGCTGTGTTCTTTCAAAATAAGACTTCAGC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGGCTCACATTCATGGTGCTGTGTTCTTTCAAAATAAGACTTCAGC  740

seq1  TGACATTGTTAGAAAAAAGAAGGGACCGGGGAGAGTTCAACAGAACCACC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTGTTAGAAAAAAGAAGGGACCGGGGAGAGTTCAACAGAACCACC  790

seq1  CCTAGCTAAAGCTTTGATTTCCCTTGTTGTTTATTTTGGGGCAATGGCAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCTAAAGCTTTGATTTCCCTTGTTGTTTATTTTGGGGCAATGGCAT  840

seq1  TGTTTTTGTGAGAGGAGGAACAGGTGATCATGCATATGTGCCTATGTATA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTGTGAGAGGAGGAACAGGTGATCATGCATATGTGCCTATGTATA  890

seq1  CTGGAGCAGACCTTGATATCTGCTGTCTTCCTTAATCCTTAACTTTTTGA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCAGACCTTGATATCTGCTGTCTTCCTTAATCCTTAACTTTTTGA  940

seq1  GACAGGGTATCTCGCAAAATTTTAAGCTAACAGATTTGGCTACACTGGCT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGTATCTCGCAAAATTTTAAGCTAACAGATTTGGCTACACTGGCT  990

seq1  GGCTAGGAGGCCTTTCTGCAGAGCGGATCTAGGATTACATAATCAGTTCT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGGAGGCCTTTCTGCAGAGCGGATCTAGGATTACATAATCAGTTCT  1040

seq1  TTTGTGGATTCTAGGGATGGAACTCAGAAACTCAGGCCTTCATGCTTATG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGATTCTAGGGATGGAACTCAGAAACTCAGGCCTTCATGCTTATG  1090

seq1  CTACAAGTATCTTACTGACTGAGCCATCTTCCTGACCCCTTAGCTGAAGG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAAGTATCTTACTGACTGAGCCATCTTCCTGACCCCTTAGCTGAAGG  1140

seq1  TTTTAGCTGCCATTGGCTGAGCCTAAGGTTTCATTTTCTCCTCAAGATGA  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCTGCCATTGGCTGAGCCTAAGGTTTCATTTTCTCCTCAAGATGA  1190

seq1  ATTC  1197
      ||||
seq2  ATTC  1194


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |