BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-325P11
Chromosome6 (Build37)
Map Location 99,440,190 - 99,598,527
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEif4e3
Upstream geneLOC665963, LOC665979, Foxp1
Downstream geneGpr27, Prok2, LOC384466, LOC626503, LOC100043703, Rybp, Shq1, LOC625221
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-325P11.bB6Ng01-325P11.g
ACCGA113892GA113893
length5011,069
definitionB6Ng01-325P11.b B6Ng01-325P11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,598,022 - 99,598,527)(99,440,190 - 99,441,269)
sequence
tctgccgagagttccatgtatcgactgccttccggtcttccttggacagt
gcactctttacttcagtgtgcttgccactttttggacttatatagacttg
cccatttctctcacgtgtctgcatcctcagtgagcaaagctcagaacatg
gtttctgagcatgcccagtctaggggaaaacaaagagctaccaatgcccg
tgtgatttgctgggagggttggctggtagcacatttttcagcattggctg
tctgttgactttttaaagcaactctttacagaattccataccaaacttcg
gtagtttgtgctgtcaccttcatttcatgccctcctgatcttctctctcc
tgtgttctatccagggcatcccatagacgacttagtactaaaattttcaa
agaacagaaacttgttgggtttttttttcctgtaagtggaatttctgcat
cattcttcaaaacaagaacatcttttataaaactttatgtgggggtgtgt
g

gaattccaacacaactgtcatggctgtcactttaaggaaataaaactctt
atcaaacacaaaaagggttccagtgaattcaatctatgtgggatttacat
aaattgaaaattagaggattctgaaacaattcagattaagtaacatactc
ttcccccaggcagttagggtgtttatccccacccccattctgacctacca
ggaggcttttctagacaatgtgacaagggactcccccacttccaggtcaa
gggtcaaacagctgggtcggagagcagatgtgtgggaactcaaagaaaag
gcccttttgcgtgtggcaaggtagacaaccatgggggcttccccaggggt
agagtgggatgctctcccaggcatcttcaggattctatgttcctgcagtc
tgagcttagcggattcttccatggctctgcatagcactgagaactagcta
cggagagccacatacaagagcaacaggtatggtttctttcttcagtgaca
ccccaagccaaagagcccttcttggggacctgagcatacagaggtcagtg
caaaagagaaacacaaggaattcttgtggggaattcctcctgacaggatt
gcctgacaccttgttgacctaactcaaggccgggccactgatgagcaagg
ccaggaaagcttcgggacctctctgtaagcagggtggccagcattgcttc
tcctactgatggcatcttttggtaatggggctccaactctttgggggctt
ggttccccccaaaagaggttgagtagtaatggtgattgattcgttgcctt
aacttttaaatttaagcacttaaaaacacatggatactatacattttcat
cggcttgttttttccctctgagttctattttgtatcgatactatctcaaa
aggctgcaaaaccaaaaacgaaacaaaacaacaacaaacacatatatact
ttccccacctcctctatttctctctttactcttctctctaatcctcacaa
cagctagatcagtccttactgcctgggagaaatgagacactgtcaagtaa
agcagctgcgccacagtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_99598022_99598527
seq2: B6Ng01-325P11.b_42_548 (reverse)

seq1  CACACACACCCCACATAAAG-TTTAT-AAAGATGTTCTTGTTTTGAAGAA  48
      ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAC-CCCCACATAAAGTTTTATAAAAGATGTTCTTGTTTTGAAGAA  49

seq1  TGATGCAGAAATTCCACTTACAGGAAAAAAAAACCCAACAAGTTTCTGTT  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCAGAAATTCCACTTACAGGAAAAAAAAACCCAACAAGTTTCTGTT  99

seq1  CTTTGAAAATTTTAGTACTAAGTCGTCTATGGGATGCCCTGGATAGAACA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAAAATTTTAGTACTAAGTCGTCTATGGGATGCCCTGGATAGAACA  149

seq1  CAGGAGAGAGAAGATCAGGAGGGCATGAAATGAAGGTGACAGCACAAACT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGAGAGAAGATCAGGAGGGCATGAAATGAAGGTGACAGCACAAACT  199

seq1  ACCGAAGTTTGGTATGGAATTCTGTAAAGAGTTGCTTTAAAAAGTCAACA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGAAGTTTGGTATGGAATTCTGTAAAGAGTTGCTTTAAAAAGTCAACA  249

seq1  GACAGCCAATGCTGAAAAATGTGCTACCAGCCAACCCTCCCAGCAAATCA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCCAATGCTGAAAAATGTGCTACCAGCCAACCCTCCCAGCAAATCA  299

seq1  CACGGGCATTGGTAGCTCTTTGTTTTCCCCTAGACTGGGCATGCTCAGAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGGCATTGGTAGCTCTTTGTTTTCCCCTAGACTGGGCATGCTCAGAA  349

seq1  ACCATGTTCTGAGCTTTGCTCACTGAGGATGCAGACACGTGAGAGAAATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTTCTGAGCTTTGCTCACTGAGGATGCAGACACGTGAGAGAAATG  399

seq1  GGCAAGTCTATATAAGTCCAAAAAGTGGCAAGCACACTGAAGTAAAGAGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGTCTATATAAGTCCAAAAAGTGGCAAGCACACTGAAGTAAAGAGT  449

seq1  GCACTGTCCAAGGAAGACCGGAAGGCAGTCGATACATGGAACTCTCGGCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTCCAAGGAAGACCGGAAGGCAGTCGATACATGGAACTCTCGGCA  499

seq1  GAGAATTC  506
      ||||||||
seq2  GAGAATTC  507


seq1: chr6_99440190_99441269
seq2: B6Ng01-325P11.g_66_1134

seq1  GAATTCCAACACAACTGTCATGGCTGTCACTTTAAGGAAATAAAACTCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACACAACTGTCATGGCTGTCACTTTAAGGAAATAAAACTCTT  50

seq1  ATCAAACACAAAAAGGGTTCCAGTGAATTCAATCTATGTGGGATTTACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACACAAAAAGGGTTCCAGTGAATTCAATCTATGTGGGATTTACAT  100

seq1  AAATTGAAAATTAGAGGATTCTGAAACAATTCAGATTAAGTAACATACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAAAATTAGAGGATTCTGAAACAATTCAGATTAAGTAACATACTC  150

seq1  TTCCCCCAGGCAGTTAGGGTGTTTATCCCCACCCCCATTCTGACCTACCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCAGGCAGTTAGGGTGTTTATCCCCACCCCCATTCTGACCTACCA  200

seq1  GGAGGCTTTTCTAGACAATGTGACAAGGGACTCCCCCACTTCCAGGTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCTTTTCTAGACAATGTGACAAGGGACTCCCCCACTTCCAGGTCAA  250

seq1  GGGTCAAACAGCTGGGTCGGAGAGCAGATGTGTGGGAACTCAAAGAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAAACAGCTGGGTCGGAGAGCAGATGTGTGGGAACTCAAAGAAAAG  300

seq1  GCCCTTTTGCGTGTGGCAAGGTAGACAACCATGGGGGCTTCCCCAGGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTTGCGTGTGGCAAGGTAGACAACCATGGGGGCTTCCCCAGGGGT  350

seq1  AGAGTGGGATGCTCTCCCAGGCATCTTCAGGATTCTATGTTCCTGCAGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGGGATGCTCTCCCAGGCATCTTCAGGATTCTATGTTCCTGCAGTC  400

seq1  TGAGCTTAGCGGATTCTTCCATGGCTCTGCATAGCACTGAGAACTAGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTTAGCGGATTCTTCCATGGCTCTGCATAGCACTGAGAACTAGCTA  450

seq1  CGGAGAGCCACATACAAGAGCAACAGGTATGGTTTCTTTCTTCAGTGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGAGCCACATACAAGAGCAACAGGTATGGTTTCTTTCTTCAGTGACA  500

seq1  CCCCAAGCCAAAGAGCCCTTCTTGGGGACCTGAGCATACAGAGGTCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGCCAAAGAGCCCTTCTTGGGGACCTGAGCATACAGAGGTCAGTG  550

seq1  CAAAAGAGAAACACAAGGAATTCTTGTGGGGAATTCCTCCTGACAGGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAGAAACACAAGGAATTCTTGTGGGGAATTCCTCCTGACAGGATT  600

seq1  GCCTGACACCTTGTTGACCTAACTCAAGGCCGGGCCACTGATGAGCAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGACACCTTGTTGACCTAACTCAAGGCCGGGCCACTGATGAGCAAGG  650

seq1  CCAGGAAAGCTTCGGGACCTCTCTGTAAGCAGGGTGGCCAGCATTGCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAAGCTTCGGGACCTCTCTGTAAGCAGGGTGGCCAGCATTGCTTC  700

seq1  TCCTACTGATGGCATCTTTTGGTAATGGGGCTCCAACTCTTTGGGGGCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACTGATGGCATCTTTTGGTAATGGGGCTCCAACTCTTTGGGGGCTT  750

seq1  GGTTCCCCCCAAAAGAGGTTGAGTAGTAATGGTGATTGATTCGTTGCCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCCCCCAAAAGAGGTTGAGTAGTAATGGTGATTGATTCGTTGCCTT  800

seq1  AACTTTTAAATTTAAGCACTTAAAAACACATGGATACTATACATTTTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTAAATTTAAGCACTTAAAAACACATGGATACTATACATTTTCAT  850

seq1  CGGCTTGTTTTTTCCCTCTGAGTTCTATTTTGTATCGATACTATCTCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTTGTTTTTTCCCTCTGAGTTCTATTTTGTATCGATACTATCTCAAA  900

seq1  AGGCTGCAAAAACCAAAAACGAAACAAAACAACAACAAAACAACATATAT  950
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  AGGCTGC-AAAACCAAAAACGAAACAAAACAACAACAAA--CACATATAT  947

seq1  ACTTTCCCCA-CTCCTCTATTTCTCTCCTTTTACTCCTTCCTCTCTAATC  999
      |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||  | ||||||||||
seq2  ACTTTCCCCACCTCCTCTATTTCTCTC--TTTACTC--TTCTCTCTAATC  993

seq1  CTCACAACAGCTAGAATCAGTCCTTACTGCCCTGGGAGAAATGAGACACA  1049
      |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  CTCACAACAGCTAG-ATCAGTCCTTACTG-CCTGGGAGAAATGAGACAC-  1040

seq1  GGTCAAAGGGAAAGCAGGCTGCG-CACAGTGG  1080
       |||||  | |||||| |||||| ||||||||
seq2  TGTCAA--GTAAAGCA-GCTGCGCCACAGTGG  1069


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |