BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-326D06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 124,123,537 - 124,261,804
singlet/doubletdoublet
Overlap geneVmn2r27, LOC623374, EG622297, Cd163
Upstream geneClec4b2, Ppia-ps6_1344.1, Clec4n, Clec4d, Clec4e, EG232358, EG667180, LOC626436, EG546912, LOC100043511, Vmn2r-ps32, EG546913, LOC100043516, EG435916, EG243628, EG545874, LOC384484, LOC623282, V2r1b, EG384486, Vmn2r-ps34
Downstream geneLOC100043530, 1700013D24Rik, 1700027F06Rik, 1700060L04Rik, Pex5, Clstn3, C1rl, C1r, C1s, LOC667277, EG317677, Mboat5, Emg1, Phb2, Ptpn6, Grcc10, Atn1, Eno2, Lrrc23, Spsb2, Tpi1, Usp5, Cdca3, Gnb3, Leprel2, Gpr162, Cd4, Lag3, Ptms, Mlf2, EG667343, Cops7a, C530028O21Rik, Zfp384, Ing4, Acrbp, Gpr92, Chd4, Nol1, A930037G23Rik, Gapdh, Ncapd2, Mrpl51, Vamp1, Tapbpl, Cd27, 4930417O13Rik, Tuba3a, Ltbr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-326D06.bB6Ng01-326D06.g
ACCGA114070GA114071
length9841,060
definitionB6Ng01-326D06.b B6Ng01-326D06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,260,812 - 124,261,804)(124,123,537 - 124,124,599)
sequence
gaattcccaacaatgaattaattatttccattagtcacactagtcacacc
tctttgactggctttttgttctaacttaccagaacatgtcacgccagcgt
cttctctatgatgacagtaatgctttccccactcttggtgtttacactcc
caaagagttgcctcatgtccttcgcatgaaatgttgtcaagccaaatctg
tccagatccctcactggcattaactcgaccaatggcactgatggcagttg
gacatcccagttgcttgcacaccacagaagcatcccggagatcccagtta
tcatcacacacggtcccccattctccttggaatctcacttccaatcttcc
tgaacatctggacactccatccactagtctcaggctcagatctgctccct
ctataacagcaacaaataacaagttggcaaaagagaaataagaatatggt
gtctaaaaaccagccctagtggagttaaagaaggggaggagggattgtta
gaggtagccattctatggttctattgtgagtcattaaagatagtagatgt
gcatctgcaagggctttttagcatgcagttcttactttgggaagtgtctc
agaaatttgtccacaatcagtcatatttgtatctgtttggtctccataac
tgtgctagaactgcttactctgttgttaagtacatatgcctgtgtttagg
tttttcacttcttactccagttttggtaaatatctgccatctgctttcat
tgttagtgacatgatctgtctacactatgcagcttgtgttgtgtacctgg
ctcttctgtgggtacctgtggtggtttgagtgagaatgtccctcatgggc
tcaggtgtttgaatacttggtccccaattggtagcactgtttggggaggt
ttaggaggtgtggccttgctggagaagtatgtccctggggaagtttaaag
cattgtaccagctagcattgctctgcttcattct
gaattctcaggtcccaaggtaaagagacactaaccagtggaaacataata
atgtcatgaagggtcatctagaggagacctcaaagggctcagtgtttgag
ggcaaaagggctggactcttttttattattattacgtattttcctcaatt
gcatttccaatgctatcccaagagtcccccataccctcccccccactccc
ctacccacccattcccactttttggccccggtgttcccctgtactggggc
atataaagtttgcctgaccaatgggcctcttttttcagtgatggcctact
aggccatcttttgatacatatgcagctagagtcaagagctccggggtact
ggttagttcatagtgttgttgcacctacagggttgcagatctctttatct
cctaggatactttctctagctcctccactgggggccctgtgatccatcca
atagctgactgtgagcatccacttatgtgtttgctaggccccggcctagt
ctcacaagagacagctatatcagggtcctttcagcaaacgcttgctagtg
tatgcaatggtggactcttaatcatttaacatcagtgtcattttatagtg
tttctgtaaggaaagaaaaagccttaccttagaaaacatttctgcacact
atattggccaaaatgttaactttggtatgctttttattggatattttatt
catttacatttcaattgttatccccctttcctggttttccctctggaact
ccactatctcgttcccctcctcctgcttcttgcaaggctgctctcccatg
gcccactgactcccagctcacctccctgtcattcccaaacgttgggggaa
tggagccttcacagaaccaagggcttctcctacccttgatgataggcaaa
ggcaccctctgcacatatgtggtggactcatggggtaggggggagtttgt
ccttgtgtatcccttggtttggggatttagtcccttcgagttctaggggg
ctctgtttgatgaatatgttgtcttcctaggcagtgcaatccctttcagc
tcctttagtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_124260812_124261804
seq2: B6Ng01-326D06.b_50_1033 (reverse)

seq1  AGACTGAAGCAGAGCAATGACTAGGCATGGTACAATGCTTTTAAAACCTT  50
      ||| ||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||  ||||  |
seq2  AGAATGAAGCAGAGCAATG-CTAG--CTGGTACAATGCTTT--AAAC--T  43

seq1  CCCCCAGGGACATACTTCCTCCAGCAAGGCCACACCTCCTAAACCTCCCC  100
       |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGGGACATACTT-CTCCAGCAAGGCCACACCTCCTAAACCTCCCC  92

seq1  AAACAGTGCTACCAATTTGGGGACCAAGTATTCAAACACCTGAGCCCATG  150
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGTGCTACCAA-TTGGGGACCAAGTATTCAAACACCTGAGCCCATG  141

seq1  AGGGACATTCTCACTCAAACCACCACAGGTACCCACAGAAGAGCCAGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACATTCTCACTCAAACCACCACAGGTACCCACAGAAGAGCCAGGTA  191

seq1  CACAACACAAGCTGCATAGTGTAGACAGATCATGTCACTAACAATGAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACACAAGCTGCATAGTGTAGACAGATCATGTCACTAACAATGAAAG  241

seq1  CAGATGGCAGATATTTACCAAAACTGGAGTAAGAAGTGAAAAACCTAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGGCAGATATTTACCAAAACTGGAGTAAGAAGTGAAAAACCTAAAC  291

seq1  ACAGGCATATGTACTTAACAACAGAGTAAGCAGTTCTAGCACAGTTATGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCATATGTACTTAACAACAGAGTAAGCAGTTCTAGCACAGTTATGG  341

seq1  AGACCAAACAGATACAAATATGACTGATTGTGGACAAATTTCTGAGACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAAACAGATACAAATATGACTGATTGTGGACAAATTTCTGAGACAC  391

seq1  TTCCCAAAGTAAGAACTGCATGCTAAAAAGCCCTTGCAGATGCACATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAAGTAAGAACTGCATGCTAAAAAGCCCTTGCAGATGCACATCTA  441

seq1  CTATCTTTAATGACTCACAATAGAACCATAGAATGGCTACCTCTAACAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTTAATGACTCACAATAGAACCATAGAATGGCTACCTCTAACAAT  491

seq1  CCCTCCTCCCCTTCTTTAACTCCACTAGGGCTGGTTTTTAGACACCATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTCCCCTTCTTTAACTCCACTAGGGCTGGTTTTTAGACACCATAT  541

seq1  TCTTATTTCTCTTTTGCCAACTTGTTATTTGTTGCTGTTATAGAGGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTTCTCTTTTGCCAACTTGTTATTTGTTGCTGTTATAGAGGGAGC  591

seq1  AGATCTGAGCCTGAGACTAGTGGATGGAGTGTCCAGATGTTCAGGAAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGAGCCTGAGACTAGTGGATGGAGTGTCCAGATGTTCAGGAAGAT  641

seq1  TGGAAGTGAGATTCCAAGGAGAATGGGGGACCGTGTGTGATGATAACTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGTGAGATTCCAAGGAGAATGGGGGACCGTGTGTGATGATAACTGG  691

seq1  GATCTCCGGGATGCTTCTGTGGTGTGCAAGCAACTGGGATGTCCAACTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCCGGGATGCTTCTGTGGTGTGCAAGCAACTGGGATGTCCAACTGC  741

seq1  CATCAGTGCCATTGGTCGAGTTAATGCCAGTGAGGGATCTGGACAGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTGCCATTGGTCGAGTTAATGCCAGTGAGGGATCTGGACAGATTT  791

seq1  GGCTTGACAACATTTCATGCGAAGGACATGAGGCAACTCTTTGGGAGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGACAACATTTCATGCGAAGGACATGAGGCAACTCTTTGGGAGTGT  841

seq1  AAACACCAAGAGTGGGGAAAGCATTACTGTCATCATAGAGAAGACGCTGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACCAAGAGTGGGGAAAGCATTACTGTCATCATAGAGAAGACGCTGG  891

seq1  TGTGACATGTTCTGGTAAGTTAGAACAAAAAGCCAGTCAAAGAGGTGTGA  950
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGACATGTTCTGGTAAGTTAGAACAAAAAGCCAGTCAAAGAGGTGTGA  941

seq1  CTAGTGTGACTAATGGAAATAATTAATTCATTGTTGGGAATTC  993
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTGTGACTAATGGAAATAATTAATTCATTGTTGGGAATTC  984

seq1: chr6_124123537_124124599
seq2: B6Ng01-326D06.g_67_1126

seq1  GAATTCTCAGGTCCCAAGGTAAAGAGACACTAACCAGTGGAAACATAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGTCCCAAGGTAAAGAGACACTAACCAGTGGAAACATAATA  50

seq1  ATGTCATGAAGGGTCATCTAGAGGAGACCTCAAAGGGCTCAGTGTTTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCATGAAGGGTCATCTAGAGGAGACCTCAAAGGGCTCAGTGTTTGAG  100

seq1  GGCAAAAGGGCTGGACTCTTTTTTATTATTATTACGTATTTTCCTCAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAAGGGCTGGACTCTTTTTTATTATTATTACGTATTTTCCTCAATT  150

seq1  GCATTTCCAATGCTATCCCAAGAGTCCCCCATACCCTCCCCCCCACTCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCCAATGCTATCCCAAGAGTCCCCCATACCCTCCCCCCCACTCCC  200

seq1  CTACCCACCCATTCCCACTTTTTGGCCCCGGTGTTCCCCTGTACTGGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCCACCCATTCCCACTTTTTGGCCCCGGTGTTCCCCTGTACTGGGGC  250

seq1  ATATAAAGTTTGCCTGACCAATGGGCCTCTTTTTTCAGTGATGGCCTACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAGTTTGCCTGACCAATGGGCCTCTTTTTTCAGTGATGGCCTACT  300

seq1  AGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCATCTTTTGATACATATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTCCGGGGTACT  350

seq1  GGTTAGTTCATAGTGTTGTTGCACCTACAGGGTTGCAGATCTCTTTATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGTTCATAGTGTTGTTGCACCTACAGGGTTGCAGATCTCTTTATCT  400

seq1  CCTAGGATACTTTCTCTAGCTCCTCCACTGGGGGCCCTGTGATCCATCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGATACTTTCTCTAGCTCCTCCACTGGGGGCCCTGTGATCCATCCA  450

seq1  ATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTATGTGTTTGCTAGGCCCCGGCCTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTATGTGTTTGCTAGGCCCCGGCCTAGT  500

seq1  CTCACAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAACGCTTGCTAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAACGCTTGCTAGTG  550

seq1  TATGCAATGGTGGACTCTTAATCATTTAACATCAGTGTCATTTTATAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAATGGTGGACTCTTAATCATTTAACATCAGTGTCATTTTATAGTG  600

seq1  TTTCTGTAAGGAAAGAAAAAGCCTTACCTTAGAAAACATTTCTGCACACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTAAGGAAAGAAAAAGCCTTACCTTAGAAAACATTTCTGCACACT  650

seq1  ATATTGGCCAAAATGTTAACTTTGGTATGCTTTTTATTGGATATTTTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGGCCAAAATGTTAACTTTGGTATGCTTTTTATTGGATATTTTATT  700

seq1  CATTTACATTTCAATTGTTATCCCCCTTTCCTGGTTTTCCCTCTGGAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTACATTTCAATTGTTATCCCCCTTTCCTGGTTTTCCCTCTGGAACT  750

seq1  CCACTATCTCGTTCCCCTCCTCCTGCTTCTTGCAAGGCTGCTCTCCCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATCTCGTTCCCCTCCTCCTGCTTCTTGCAAGGCTGCTCTCCCATG  800

seq1  GCCCACTGACTCCCAGCTCACCTCCCTGTCATTCCCAAACGTT-GGGGAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCCCACTGACTCCCAGCTCACCTCCCTGTCATTCCCAAACGTTGGGGGAA  850

seq1  TGGAGCCTTCACAGAACCAAGGGCTTCTCCTACCCTTGATGATAGGCAAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGCCTTCACAGAACCAAGGGCTTCTCCTACCCTTGATGATAGGCAAA  900

seq1  GGCACCCTCTGCAACATATGTGGTGGACTCATGGGGTAGGGGGGAGTCTG  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGCACCCTCTGC-ACATATGTGGTGGACTCATGGGGTAGGGGGGAGTTTG  949

seq1  TCCTTGTGTATCCCTTGGTTTGGTGATTTAGTCCCTTCGAGTTCTAGGGG  999
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTGTATCCCTTGGTTTGGGGATTTAGTCCCTTCGAGTTCTAGGGG  999

seq1  GCTCTGTTTGGTTGATATTGTTGTTCTTCCTATGCAGTTGCAATCCCCTT  1049
      |||||||||| |  ||| ||||| |||||||| |||| ||||||||| ||
seq2  GCTCTGTTTGATGAATA-TGTTG-TCTTCCTAGGCAG-TGCAATCCCTTT  1046

seq1  CAGCTCCTTTAGTC  1063
      ||||||||||||||
seq2  CAGCTCCTTTAGTC  1060