BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327M22
Chromosome6 (Build37)
Map Location 87,667,702 - 87,837,082
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1810020O05Rik, AB041550, LOC100043118, EG545864, Gp9, Rab43, Isy1, Cnbp
Upstream geneGmcl1, Anxa4, 2610306M01Rik, Aak1, LOC100043555, Nfu1, Gfpt1, D6Ertd527e, Antxr1, Gkn1, Gkn2, 1190003M12Rik, Bmp10, Arhgap25, Prokr1, 2010301N04Rik
Downstream geneCopg, 8430410A17Rik, LOC665416, H1fx, EG434064, LOC100043131, Rab7, Rpn1, Gata2, Dnajb8, Eefsec, Ruvbl1, Sec61a1, 4933428M03Rik, Mgll, Abtb1, Podxl2, LOC100043146, Mcm2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327M22.bB6Ng01-327M22.g
ACCGA115243GA115244
length1,1861,108
definitionB6Ng01-327M22.b B6Ng01-327M22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(87,667,702 - 87,668,902)(87,835,962 - 87,837,082)
sequence
gaattcagctgtggagtcttccacttgggctgtcctgtcagggctcagag
agaatcaaacttgataccacatcagccttttagatttctagactaggtac
gtccagcctatggtgagaacacacaagtcgccagaaacagttaaaataga
agcaaaattaccaacttaccaagagactccaagtcttccgaataggctga
ggctttcacccgctggtacctggccctttttgacactctgtctttggtgt
cccagagcctcaaagtgattttgtggaagttcagtttctttaacaattcc
tttgtcacgttgacatgaaaagtttggctccatgatacccagactttgtc
gtcatctctccatggctttacagtctgtgtaaaacaccattcagacacag
tgggagatgaaggaccaacctaccgattaggcacttcccactggcctagc
cccggcagcacagtagggccgatgccctctctgtctagctggcttctggg
cttgcctctctcctagctctcaatcacagggaagtgagtcctgagcactg
gacggtgtcccgttacccgttccttgaaaacggaaatctaagcaagtaca
tgcatagcgcccttgatggtgacttccaagcaatggctctaagccaaagc
atcccaggagtcttcatgtgtgcatgtatgttggtataagtcttgcacat
gaacagtcacacacacgtatgtgtgcatagtaggaaagaaccttcagggc
ctacagtgaatgctcagtacttaaaaaaaaataaaataaaactaaagcct
tgtttgatgaaacattcaagaacctacagagtaaagatatctaaagaggc
catgtaattgcatttgtaggaccattctgctcttctccttctcattcctt
agttctgaggtggcctcactttcccacatatctagaaaactccactgctg
agcctgctgcaggtcagtgggacacagtctgcatcctgagtgtgaggctc
atgcaagacacacacacacacacacacacacacacacacacatgcacgca
tgcacgcatgcacacaccacactcacttgttccgaactcagaaacacttg
ctacataagaaaccaccacgataatcactatttgggtctatgtcatcagg
caggaaaatactcaagtgggtaatgacagagccttt
gaattcaaatattgttgctgacaaattggcccacagagaagatgagtatt
aggcaaggggagagggtgaggcaagccaagccagatagttaggggaattt
agcagctctgacttgatagcaatcaggccatttctgtaactctgacttac
ttattagagatcaggccatttctgttgctctgactgactagcaaccaaga
gcgtctttatttacacaagtttcacagaacaaagacaagctaatgattat
ccagtagtacaaaatatgtctgacttatcattacataaccagggttaaaa
gctcagttacaaatagaaaatataaacaacagattttattcttattatct
gccctataacaccaatttaaagaatctaaagactgtctcctccaaaacaa
acacacttactatgtggcaggctgcttgtaggctggcagtgtttgcagtt
ttaaagcactccagacaaacaggaaatatctgaattggtctttttatgag
ctgcaaagatgactatctaacttcattatatgttttatcatgtaaaacat
gattaaacatgataaacatagtagaaaatgtttattttagtcaatataaa
ttgtttactgagtttattcctccaggggtatgccctgtatgactccctgt
ctttaaactccattttcagagagctttaagcctataataaaaaagagaca
ttgaatctgtaatctattttggacagagttcatcaattgtctgtttgccc
tccatcagttatccttcgtgagtttgctcaggggccgataccccaagccg
attcctggagtaatggcctcatggagctatgtgcttatctgtggttaatg
atctccagggcataaggaagacttccaaataaagttaattttaggatttt
tcttaaagactcagacataattcataatttccccaggaaaagacataaac
tgaatcatacacatacagtccccaagaatgcacatgcaggcacaaaatca
aagttagagttagagagcatcgatgcagcagtgctccgctcgcttgctga
ctgtgtgagtagcagtgagacatgcctgtaccacttagccaatgctcaat
gtactttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_87667702_87668902
seq2: B6Ng01-327M22.b_48_1233

seq1  GAATTCAGCTGTGGAGTCTTCCACTTGGGCTGTCCTGTCAGGGCTCAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTGTGGAGTCTTCCACTTGGGCTGTCCTGTCAGGGCTCAGAG  50

seq1  AGAATCAAACTTGATACCACATCAGCCTTTTAGATTTCTAGACTAGGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCAAACTTGATACCACATCAGCCTTTTAGATTTCTAGACTAGGTAC  100

seq1  GTCCAGCCTATGGTGAGAACACACAAGTCGCCAGAAACAGTTAAAATAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGCCTATGGTGAGAACACACAAGTCGCCAGAAACAGTTAAAATAGA  150

seq1  AGCAAAATTACCAACTTACCAAGAGACTCCAAGTCTTCCGAATAGGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAATTACCAACTTACCAAGAGACTCCAAGTCTTCCGAATAGGCTGA  200

seq1  GGCTTTCACCCGCTGGTACCTGGCCCTTTTTGACACTCTGTCTTTGGTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTCACCCGCTGGTACCTGGCCCTTTTTGACACTCTGTCTTTGGTGT  250

seq1  CCCAGAGCCTCAAAGTGATTTTGTGGAAGTTCAGTTTCTTTAACAATTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGCCTCAAAGTGATTTTGTGGAAGTTCAGTTTCTTTAACAATTCC  300

seq1  TTTGTCACGTTGACATGAAAAGTTTGGCTCCATGATACCCAGACTTTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCACGTTGACATGAAAAGTTTGGCTCCATGATACCCAGACTTTGTC  350

seq1  GTCATCTCTCCATGGCTTTACAGTCTGTGTAAAACACCATTCAGACACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCTCTCCATGGCTTTACAGTCTGTGTAAAACACCATTCAGACACAG  400

seq1  TGGGAGATGAAGGACCAACCTACCGATTAGGCACTTCCCACTGGCCTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGATGAAGGACCAACCTACCGATTAGGCACTTCCCACTGGCCTAGC  450

seq1  CCCGGCAGCACAGTAGGGCCGATGCCCTCTCTGTCTAGCTGGCTTCTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGGCAGCACAGTAGGGCCGATGCCCTCTCTGTCTAGCTGGCTTCTGGG  500

seq1  CTTGCCTCTCTCCTAGCTCTCAATCACAGGGAAGTGAGTCCTGAGCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTCTCTCCTAGCTCTCAATCACAGGGAAGTGAGTCCTGAGCACTG  550

seq1  GACGGTGTCCCGTTACCCGTTCCTTGAAAACGGAAATCTAAGCAAGTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGTGTCCCGTTACCCGTTCCTTGAAAACGGAAATCTAAGCAAGTACA  600

seq1  TGCATAGCGCCCTTGATGGTGACTTCCAAGCAATGGCTCTAAGCCAAAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAGCGCCCTTGATGGTGACTTCCAAGCAATGGCTCTAAGCCAAAGC  650

seq1  ATCCCAGGAGTCTTCATGTGTGCATGTATGTTGGTATAAGTCTTGCACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCAGGAGTCTTCATGTGTGCATGTATGTTGGTATAAGTCTTGCACAT  700

seq1  GAACAGTCACACACACGTATGTGTGCATAGTAGGAAAGAACCTTCAGGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTCACACACACGTATGTGTGCATAGTAGGAAAGAACCTTCAGGGC  750

seq1  CTACAGTGAATGCTCAGTACTTAAAAAAAAATAAAATAAAACTAAAGCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTGAATGCTCAGTACTTAAAAAAAAATAAAATAAAACTAAAGCCT  800

seq1  TGTTTGATGAAACATTCAAGAACCTACAGAGTAAAGATATCTAAAGAGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGATGAAACATTCAAGAACCTACAGAGTAAAGATATCTAAAGAGGC  850

seq1  CATGTAATTGCATTTGTAGGACCATTCTGCTCTTCTCCTTCTCATTCCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAATTGCATTTGTAGGACCATTCTGCTCTTCTCCTTCTCATTCCTT  900

seq1  AGTTCTGAGGTGGCCTCACTTTCCCACATATCTAGAAAACTCCACTGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGAGGTGGCCTCACTTTCCCACATATCTAGAAAACTCCACTGCTG  950

seq1  AGCCTGCTGCAGGTCAGTGGGACACAGTCTGCATCCTGAGTGTGAGGCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGCCTGCTGCAGGTCAGTGGGACACAGTCTGCATCCTGAGTGTGAGGCT-  999

seq1  CATGCAAAGACACACACACACACACACACACACACACACACACATGCACG  1050
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGC-AAGACACACACACACACACACACACACACACACACACATGCACG  1048

seq1  CATGCACGCATGCACACACACACCACTCACCTTTGTTCCCGACTCCAGAA  1100
      ||||||||||||||||||| || |||||||  |||||||  ||| |||||
seq2  CATGCACGCATGCACACAC-CA-CACTCAC--TTGTTCCGAACT-CAGAA  1093

seq1  ACACTTTGGCTACATTAGGAAACACCACGATATCAACTATTTTGGGTTCT  1150
      ||||||  ||||||| || || ||||||||||   |||||||  || |||
seq2  ACACTT--GCTACATAAGAAACCACCACGATAATCACTATTT--GGGTCT  1139

seq1  ATGTCATCAGGCAGGAAAAAATACTCAATGTGGTAGAATTGAC-GAGCCT  1199
      |||||||||||||||  ||||||||||| ||||  | | |||| ||||||
seq2  ATGTCATCAGGCAGG--AAAATACTCAA-GTGG--GTAATGACAGAGCCT  1184

seq1  TT  1201
      ||
seq2  TT  1186

seq1: chr6_87835962_87837082
seq2: B6Ng01-327M22.g_66_1173 (reverse)

seq1  AAAAGTACTATGAAGCATT-GCTAGGTGGTACAGCCATG-CTCACTGGCT  48
      |||||||| ||  |||||| |||| ||||||||| |||| |||||| |||
seq2  AAAAGTAC-ATTGAGCATTGGCTAAGTGGTACAGGCATGTCTCACT-GCT  48

seq1  ACCTCACACAGTTCCAGCAAAGCCGAGC-GAGCCAACTGCTGCAATCGAT  97
      | ||||||||||  ||||||   ||||| ||||  |||||||| ||||||
seq2  A-CTCACACAGT--CAGCAA--GCGAGCGGAGC--ACTGCTGC-ATCGAT  90

seq1  GCTCTTCTAACTCTAACTTTTGGTTTTGTTCCCTGCATGTTGCATTCTTG  147
      |||| |||||||||||| |||| ||||| | |||||||| ||||||||||
seq2  GCTC-TCTAACTCTAAC-TTTGATTTTG-TGCCTGCATG-TGCATTCTTG  136

seq1  GGGACTGTATGTGTTATGATTCAGTTTATGTCTTTTCCTGGGGAAAATTA  197
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGGACTGTATGTG-TATGATTCAGTTTATGTCTTTTCCTGGGG-AAATTA  184

seq1  TGAATTATGTCTGAGTCTTTAAGAAAAATCCTAAAATTAACTTTATTTGG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTATGTCTGAGTCTTTAAGAAAAATCCTAAAATTAACTTTATTTGG  234

seq1  AAGTCTTCCTTATGCCCTGGAGATCATTAACCACAGATAAGCACATAGCT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTCCTTATGCCCTGGAGATCATTAACCACAGATAAGCACATAGCT  284

seq1  CCATGAGGCCATTACTCCAGGAATCGGCTTGGGGTATCGGCCCCTGAGCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGGCCATTACTCCAGGAATCGGCTTGGGGTATCGGCCCCTGAGCA  334

seq1  AACTCACGAAGGATAACTGATGGAGGGCAAACAGACAATTGATGAACTCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACGAAGGATAACTGATGGAGGGCAAACAGACAATTGATGAACTCT  384

seq1  GTCCAAAATAGATTACAGATTCAATGTCTCTTTTTTATTATAGGCTTAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAAATAGATTACAGATTCAATGTCTCTTTTTTATTATAGGCTTAAA  434

seq1  GCTCTCTGAAAATGGAGTTTAAAGACAGGGAGTCATACAGGGCATACCCC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTGAAAATGGAGTTTAAAGACAGGGAGTCATACAGGGCATACCCC  484

seq1  TGGAGGAATAAACTCAGTAAACAATTTATATTGACTAAAATAAACATTTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGAATAAACTCAGTAAACAATTTATATTGACTAAAATAAACATTTT  534

seq1  CTACTATGTTTATCATGTTTAATCATGTTTTACATGATAAAACATATAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTATGTTTATCATGTTTAATCATGTTTTACATGATAAAACATATAAT  584

seq1  GAAGTTAGATAGTCATCTTTGCAGCTCATAAAAAGACCAATTCAGATATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTAGATAGTCATCTTTGCAGCTCATAAAAAGACCAATTCAGATATT  634

seq1  TCCTGTTTGTCTGGAGTGCTTTAAAACTGCAAACACTGCCAGCCTACAAG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTTGTCTGGAGTGCTTTAAAACTGCAAACACTGCCAGCCTACAAG  684

seq1  CAGCCTGCCACATAGTAAGTGTGTTTGTTTTGGAGGAGACAGTCTTTAGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGCCACATAGTAAGTGTGTTTGTTTTGGAGGAGACAGTCTTTAGA  734

seq1  TTCTTTAAATTGGTGTTATAGGGCAGATAATAAGAATAAAATCTGTTGTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAAATTGGTGTTATAGGGCAGATAATAAGAATAAAATCTGTTGTT  784

seq1  TATATTTTCTATTTGTAACTGAGCTTTTAACCCTGGTTATGTAATGATAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTCTATTTGTAACTGAGCTTTTAACCCTGGTTATGTAATGATAA  834

seq1  GTCAGACATATTTTGTACTACTGGATAATCATTAGCTTGTCTTTGTTCTG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGACATATTTTGTACTACTGGATAATCATTAGCTTGTCTTTGTTCTG  884

seq1  TGAAACTTGTGTAAATAAAGACGCTCTTGGTTGCTAGTCAGTCAGAGCAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTGTGTAAATAAAGACGCTCTTGGTTGCTAGTCAGTCAGAGCAA  934

seq1  CAGAAATGGCCTGATCTCTAATAAGTAAGTCAGAGTTACAGAAATGGCCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATGGCCTGATCTCTAATAAGTAAGTCAGAGTTACAGAAATGGCCT  984

seq1  GATTGCTATCAAGTCAGAGCTGCTAAATTCCCCTAACTATCTGGCTTGGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTATCAAGTCAGAGCTGCTAAATTCCCCTAACTATCTGGCTTGGC  1034

seq1  TTGCCTCACCCTCTCCCCTTGCCTAATACTCATCTTCTCTGTGGGCCAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTCACCCTCTCCCCTTGCCTAATACTCATCTTCTCTGTGGGCCAAT  1084

seq1  TTGTCAGCAACAATATTTGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGCAACAATATTTGAATTC  1108