BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329N02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 144,012,692 - 144,108,706
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSox5
Upstream gene5730419I09Rik, Etnk1, D6Ertd474e
Downstream gene4933425H06Rik, EG665149, Bcat1, Lrmp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329N02.bB6Ng01-329N02.g
ACCGA116673GA116674
length1,1721,112
definitionB6Ng01-329N02.b B6Ng01-329N02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,012,692 - 144,013,869)(144,107,584 - 144,108,706)
sequence
gaattcactctgcctaatggggtaaccatgatgcctcccagacttggaag
gcttttccgtggggtgtggagcaagtgcattcaaatggccaaatcccttt
tctcaggaatgaagacatgcatttaaaaggctctcactcagtgtgagcat
tttaggttaaagtcgtgtgctagcatgagtatacctgtgcttttcgaata
tgaaacagaaccatatcccacccaaagctatttacagaccatatgatgaa
gttaaatgctcacagcttaacgtatcacaaagaaaagatactaacctgca
ttcaactgcttggcatagagcttttgtaaatgacccaaaattttacctat
tacacaaatatatagtttaacgcacagtatttacacacatgtacgtacac
agttatagtaattaacagtatttctgtcttagttagggtttctatggcag
cgataaaacaccagggaccaaagcaacctgggaggtgagggtatatgttg
gcttactttccacagtccatctccaggagtggccataatagaaactcaca
gctgaatcagcaggcagaaactcaaccagcagccatggagacaaagtact
tactggcttgctccacatggctttcacctgcctgggagcctatatgtaaa
tatatgtgcacatttgtgtcagcacatatgagggcatatgagatcctgtg
tgtccttgagcttccagatgaggctctactgacctccaagggttaccaca
gggatctaaccaatttctcccaaatcaatactacttgtttggtgttctct
tgataaagctttatattctttattttataataaataattgatattttcac
attagaattacctgaaaaagttaagcaccagatattctatgtaattaata
aagcagatgagaaatgaatggtattattcaacccaagcatgttaatcccc
tcactgcttgacagcagaagaactaccaggcagtgctcttcatttgaaag
tcttcccaccagaagtctatagacagatattgtcacaaacagaaagcaaa
ctgtgtgcttgtgcagtatgcacagagccaaccaggctgagtacactcca
gtacattctcggtggccagaacatctggcacgtgctggatgttgtccatt
tgattgtttttatatgttagac

gaattccaaaaaggaagacaacagttctacttggccaaacttgtctctct
ctgacaatcgagacactgctgacggacacagttggtcatagttgaagtta
caggcactgtagttcctcctagtgtgaagatcacttgctggatttaatag
gttttcattaaatagatgtgtttaaaagactattttcagagctgttagat
cctggtcaagaagttgtgaatggaaataagtctgtctaccttgatcctgt
attctagtgggagagacagattataaacaaagaagtaagtgtaaaatact
gtgcccagaagagtgggaaggagggagcctggccttcagacattgtttga
atgctcccttgctgaataagggatttgaggagcaatctatccaaagggag
aacaaagcaggtctaagtctgtagaaagaggtgttcagctgcataaaagc
agccagtgtggactctgtgctttggggttaccgggatgttattgccaaca
atgagtggcttggactctcaattttgaagtcagagatcctaaaatcaagg
tgtctctgggatgagtctcttcatgttcctctctggcacatagacgtcat
ctgtatttcttggttcatctcttcctctgcctgaaaaagccgttgtacag
aaccaggtgcctgtgtctgcttctgcctcttctggctttctcgcttgaaa
acattggaccccagaacaattccagccacaatctttccatttcaacatct
cacaaaaacgagttctttcattaaacatgacattttcacaggctctgggg
cttagggagggcctaggtgtcttgaatgggcggggccttgttctgatgag
tacctgaagttggtaacattcactatttttaggactactaaggagctcta
atgcttttgacagtcaacccatgccgatagctttccgtaggcgacaccct
gaggtcagccccaatgtgctgctagcaatcatgtgtactggtctcattct
ctgttgcagtctcaacttctctctactatagtttgttctctataatgagc
atatgagcactctcatgcagagttcttcacgacacaccagagacctttct
tcagtagcagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_144012692_144013869
seq2: B6Ng01-329N02.b_46_1217

seq1  GAATTCACTCTGCCTAATGGGGTAACCATGATGCCTCCCAGACTTGGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGCCTAATGGGGTAACCATGATGCCTCCCAGACTTGGAAG  50

seq1  GCTTTTCCGTGGGGTGTGGAGCAAGTGCATTCAAATGGCCAAATCCCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCCGTGGGGTGTGGAGCAAGTGCATTCAAATGGCCAAATCCCTTT  100

seq1  TCTCAGGAATGAAGACATGCATTTAAAAGGCTCTCACTCAGTGTGAGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGAATGAAGACATGCATTTAAAAGGCTCTCACTCAGTGTGAGCAT  150

seq1  TTTAGGTTAAAGTCGTGTGCTAGCATGAGTATACCTGTGCTTTTCGAATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGTTAAAGTCGTGTGCTAGCATGAGTATACCTGTGCTTTTCGAATA  200

seq1  TGAAACAGAACCATATCCCACCCAAAGCTATTTACAGACCATATGATGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACAGAACCATATCCCACCCAAAGCTATTTACAGACCATATGATGAA  250

seq1  GTTAAATGCTCACAGCTTAACGTATCACAAAGAAAAGATACTAACCTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATGCTCACAGCTTAACGTATCACAAAGAAAAGATACTAACCTGCA  300

seq1  TTCAACTGCTTGGCATAGAGCTTTTGTAAATGACCCAAAATTTTACCTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTGCTTGGCATAGAGCTTTTGTAAATGACCCAAAATTTTACCTAT  350

seq1  TACACAAATATATAGTTTAACGCACAGTATTTACACACATGTACGTACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAATATATAGTTTAACGCACAGTATTTACACACATGTACGTACAC  400

seq1  AGTTATAGTAATTAACAGTATTTCTGTCTTAGTTAGGGTTTCTATGGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAGTAATTAACAGTATTTCTGTCTTAGTTAGGGTTTCTATGGCAG  450

seq1  CGATAAAACACCAGGGACCAAAGCAACCTGGGAGGTGAGGGTATATGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATAAAACACCAGGGACCAAAGCAACCTGGGAGGTGAGGGTATATGTTG  500

seq1  GCTTACTTTCCACAGTCCATCTCCAGGAGTGGCCATAATAGAAACTCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTACTTTCCACAGTCCATCTCCAGGAGTGGCCATAATAGAAACTCACA  550

seq1  GCTGAATCAGCAGGCAGAAACTCAACCAGCAGCCATGGAGACAAAGTACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAATCAGCAGGCAGAAACTCAACCAGCAGCCATGGAGACAAAGTACT  600

seq1  TACTGGCTTGCTCCACATGGCTTTCACCTGCCTGGGAGCCTATATGTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGCTTGCTCCACATGGCTTTCACCTGCCTGGGAGCCTATATGTAAA  650

seq1  TATATGTGCACATTTGTGTCAGCACATATGAGGGCATATGAGATCCTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGCACATTTGTGTCAGCACATATGAGGGCATATGAGATCCTGTG  700

seq1  TGTCCTTGAGCTTCCAGATGAGGCTCTACTGACCTCCAAGGGTTACCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTGAGCTTCCAGATGAGGCTCTACTGACCTCCAAGGGTTACCACA  750

seq1  GGGATCTAACCAATTTCTCCCAAATCAATACTACTTGTTTGGTGTTCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTAACCAATTTCTCCCAAATCAATACTACTTGTTTGGTGTTCTCT  800

seq1  TGATAAAGCTTTATATTCTTTATTTTATAATAAATAATTGATATTTTCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAGCTTTATATTCTTTATTTTATAATAAATAATTGATATTTTCAC  850

seq1  ATTAGAATTACCTGAAAAAGTTAAGCACCAGATATTCTATGTAATTAATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAATTACCTGAAAAAGTTAAGCACCAGATATTCTATGTAATTAATA  900

seq1  AAGCAGGATGAGAAATGAATGGTATTATTCAACCCAAGCATGTTAATCCC  950
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCA-GATGAGAAATGAATGGTATTATTCAACCCAAGCATGTTAATCCC  949

seq1  CTCACTGCTTGACAGCAGAAGAACTACCAGGCAGTGCTCCTTCATTTGAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CTCACTGCTTGACAGCAGAAGAACTACCAGGCAGTGCT-CTTCATTTGAA  998

seq1  AGTCTTCCCACCAGAAGTCTATAGACCAGATATTGTCACAAACAGAAAGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCCCACCAGAAGTCTATAGA-CAGATATTGTCACAAACAGAAAGC  1047

seq1  AAACTGTGTGCTGTGGAAGTTATGCACAGAG-CAACAAGCTTGAGGTACA  1099
      ||||||||||||   | || ||||||||||| |||| ||  ||| |||||
seq2  AAACTGTGTGCTTGTGCAG-TATGCACAGAGCCAACCAGGCTGA-GTACA  1095

seq1  CTCCCAGTACA-TCTCGGGTGGCAG-ACATCTGGGCACGTGCTGGTTGTT  1147
      || |||||||| ||||||  | ||| |||||| |||||||||||| || |
seq2  CT-CCAGTACATTCTCGGTGGCCAGAACATCT-GGCACGTGCTGGATG-T  1142

seq1  TGTTCATTTGTTTGTTTTTATATGTATAGAC  1178
      ||| |||||| |||||||||||||| |||||
seq2  TGTCCATTTGATTGTTTTTATATGT-TAGAC  1172


seq1: chr6_144107584_144108706
seq2: B6Ng01-329N02.g_62_1173 (reverse)

seq1  TCCTGCTACTGGAGGAAGGGTCTCTGGGTGTGTCGTGAAG-ACTCTGCAT  49
      |||||||||| || ||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  TCCTGCTACT-GAAGAAAGGTCTCT-GGTGTGTCGTGAAGAACTCTGCAT  48

seq1  GGAGAGTGCTTCCATTATGCTCAATTATAGAGAACAAACTTATAGGTAGG  99
       |||||||||  || ||||||| |||||||||||||||| |||| ||| |
seq2  -GAGAGTGCT--CA-TATGCTC-ATTATAGAGAACAAAC-TATA-GTA-G  90

seq1  AGAGAAGTTGAGACTGCAAACAGAGAATGAGACCAGTACACATGATTGCT  149
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTTGAGACTGC-AACAGAGAATGAGACCAGTACACATGATTGCT  139

seq1  AGCAGCACATTGGGGCTGACCTCAGGGTGTCGCCTACGGAAAGCTATCGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCACATTGGGGCTGACCTCAGGGTGTCGCCTACGGAAAGCTATCGG  189

seq1  CATGGGTTGACTGTCAAAAGCATTTAGAGCTCCTTAGTAGTCCTAAAAAT  249
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTTGACTGTCAAAAGCA-TTAGAGCTCCTTAGTAGTCCTAAAAAT  238

seq1  AGTGAATGTTACCAACTTCAGGTACTCATCAGAACAAGGCCCCGCCCATT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAATGTTACCAACTTCAGGTACTCATCAGAACAAGGCCCCGCCCATT  288

seq1  CAAGACACCTAGGCCCTCCCTAAGCCCCAGAGCCTGTGAAAATGTCATGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGACACCTAGGCCCTCCCTAAGCCCCAGAGCCTGTGAAAATGTCATGT  338

seq1  TTAATGAAAGAACTCGTTTTTGTGAGATGTTGAAATGGAAAGATTGTGGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAAAGAACTCGTTTTTGTGAGATGTTGAAATGGAAAGATTGTGGC  388

seq1  TGGAATTGTTCTGGGGTCCAATGTTTTCAAGCGAGAAAGCCAGAAGAGGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTGTTCTGGGGTCCAATGTTTTCAAGCGAGAAAGCCAGAAGAGGC  438

seq1  AGAAGCAGACACAGGCACCTGGTTCTGTACAACGGCTTTTTCAGGCAGAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGACACAGGCACCTGGTTCTGTACAACGGCTTTTTCAGGCAGAG  488

seq1  GAAGAGATGAACCAAGAAATACAGATGACGTCTATGTGCCAGAGAGGAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGATGAACCAAGAAATACAGATGACGTCTATGTGCCAGAGAGGAAC  538

seq1  ATGAAGAGACTCATCCCAGAGACACCTTGATTTTAGGATCTCTGACTTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGACTCATCCCAGAGACACCTTGATTTTAGGATCTCTGACTTCA  588

seq1  AAATTGAGAGTCCAAGCCACTCATTGTTGGCAATAACATCCCGGTAACCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAGAGTCCAAGCCACTCATTGTTGGCAATAACATCCCGGTAACCC  638

seq1  CAAAGCACAGAGTCCACACTGGCTGCTTTTATGCAGCTGAACACCTCTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCACAGAGTCCACACTGGCTGCTTTTATGCAGCTGAACACCTCTTT  688

seq1  CTACAGACTTAGACCTGCTTTGTTCTCCCTTTGGATAGATTGCTCCTCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGACTTAGACCTGCTTTGTTCTCCCTTTGGATAGATTGCTCCTCAA  738

seq1  ATCCCTTATTCAGCAAGGGAGCATTCAAACAATGTCTGAAGGCCAGGCTC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTTATTCAGCAAGGGAGCATTCAAACAATGTCTGAAGGCCAGGCTC  788

seq1  CCTCCTTCCCACTCTTCTGGGCACAGTATTTTACACTTACTTCTTTGTTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCCCACTCTTCTGGGCACAGTATTTTACACTTACTTCTTTGTTT  838

seq1  ATAATCTGTCTCTCCCACTAGAATACAGGATCAAGGTAGACAGACTTATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATCTGTCTCTCCCACTAGAATACAGGATCAAGGTAGACAGACTTATT  888

seq1  TCCATTCACAACTTCTTGACCAGGATCTAACAGCTCTGAAAATAGTCTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTCACAACTTCTTGACCAGGATCTAACAGCTCTGAAAATAGTCTTT  938

seq1  TAAACACATCTATTTAATGAAAACCTATTAAATCCAGCAAGTGATCTTCA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACACATCTATTTAATGAAAACCTATTAAATCCAGCAAGTGATCTTCA  988

seq1  CACTAGGAGGAACTACAGTGCCTGTAACTTCAACTATGACCAACTGTGTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGGAGGAACTACAGTGCCTGTAACTTCAACTATGACCAACTGTGTC  1038

seq1  CGTCAGCAGTGTCTCGATTGTCAGAGAGAGACAAGTTTGGCCAAGTAGAA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAGCAGTGTCTCGATTGTCAGAGAGAGACAAGTTTGGCCAAGTAGAA  1088

seq1  CTGTTGTCTTCCTTTTTGGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTCTTCCTTTTTGGAATTC  1112


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |