BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334D08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 20,436,437 - 20,568,287
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040838
Upstream genenone
Downstream geneKcnd2, LOC100041343
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334D08.bB6Ng01-334D08.g
ACCGA119770GA119771
length1,1181,101
definitionB6Ng01-334D08.b B6Ng01-334D08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,436,437 - 20,437,561)(20,567,177 - 20,568,287)
sequence
gaattcatgataattcatcaaatcctttgcagaattttcctgcttgctgt
tcacactccaataaccccaaagaaaatgttgaacagtgttgagaaacctt
tgtaactgctcacacagaaagtgtaaagctagaagtatcatgcaaattgc
catgtgtgaacattgatcaaattagcagtgattaaaagtaaagtatttta
gcaaatgtctcagataatgactgtctgataagtgaatataaaatggagaa
caggatatagctaaacatgcaacagtgaagatatatttatgtaagtccat
ttggaagaaaaccatttattggcgtacttgttattgttaaaccaaacaaa
agtaaatgccagcccaaagtaccagtctaatggggagctatgcaaatacc
tttggtgttgtccttcttgcaaaccaacaagtcttccaagtgcacagcac
aaggtgcaggaagagacagtcttattgttcacagcagaaacagaagtcag
gcaaaacctttctgtctccatgggttaacatgtagaatcatatgactcct
gaatgtgcagtaggtgtgatagagaagaaaagaattgatatcaaaagttt
ccgtgccataagaaattagaaacacactcctctgtgcttataaactcact
cctctagctttcctatggaatcttttcaggtataataaaaccattgatgt
gcaagaaatatgaagaatatgctctaatggggtgaatcctttgaaacctg
aaggctgtatcaatgattcattttcttctgtttccaaagggaagctttgg
tgaaacttataattacaaagaggaagataaagttagcctcatgtttctag
caaagtttttttcattgttctggaaactcaatgggaggaaaccagcagtg
gaggcaaaaatagttctgatgaagttgttttatgagagcagagaaataat
aataaaaattaaatgataatacatatttataacatatttagaattttgct
gacataactgtcatatattctgctgtgggtaggataccaatagtacagat
gatagacaccaaagactatgagagttagtgatgatgcctccatgttgatg
agaagtaccacatggagc

gaattcatgaaccaaatgtttttaacagatgtctatagaacatttcatct
taaaacaaaaggatatgccttcttctcagcacctcatggtaccttctcca
aaatcgaccatataattggtcacaaaacaggcatcaacagatacaagaag
attgaaatagctgggcgatggtggcacaggcctttaatcccagcacttgt
gaggcagaggcaggtggatttctgagtttgaggccagcctggtctacaaa
gtgagttccatgacagccagggctacccagagaaaccctgtctcaaaaaa
gcaaaccaaaccaaaacaaaaagattgaaataatcccatgcatcctatca
gatcaccacagactaagtctggttttcaatatgaacttcgtctaaaggag
gataagatcatttcattataaatttttcaaaattacaagagtcttttcat
atactggttctttgaaagaataaacataaccaaatacaacatggctttta
gtcactgtagatataaaactactcccagaattttgataaaacacacaagt
cacctattaaaaatatcttcatcagctgcaactatcttctaaagaaatta
tcagaaaacaaggttatcaatgtaatataatgaatagtatacagatgtta
cagaatccaattccttccattgtatggctctgctatcctttcccatctca
gagccctaagtacctaactaacaaatagagggcatcagtaaaaaagagga
accggtctcagactagattgcatttgtgtgaacttgtaagcattaagaga
taaaacataactctgccacatgtgaagccttctgtggtagaatgactata
agaaaagacagatgaatgatgttcagagtgtctgcgatctcgtgtcaaca
tacacataattgttccagcttttacaagatcctataggtttcctgtttca
gaaaggcaaagtgttactattgatctaccgagatgattagcattgcagga
tttgacattcatttctaaagggagaaaacatagacatagataatttaaat
atgctttattagcattctgttagagcagctgtgaactactagcagcaatg
t
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_20436437_20437561
seq2: B6Ng01-334D08.b_51_1168

seq1  GAATTCATGATAATTCATCAAATCCTTTGCAGAATTTTCCTGCTTGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGATAATTCATCAAATCCTTTGCAGAATTTTCCTGCTTGCTGT  50

seq1  TCACACTCCAATAACCCCAAAGAAAATGTTGAACAGTGTTGAGAAACCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTCCAATAACCCCAAAGAAAATGTTGAACAGTGTTGAGAAACCTT  100

seq1  TGTAACTGCTCACACAGAAAGTGTAAAGCTAGAAGTATCATGCAAATTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACTGCTCACACAGAAAGTGTAAAGCTAGAAGTATCATGCAAATTGC  150

seq1  CATGTGTGAACATTGATCAAATTAGCAGTGATTAAAAGTAAAGTATTTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTGAACATTGATCAAATTAGCAGTGATTAAAAGTAAAGTATTTTA  200

seq1  GCAAATGTCTCAGATAATGACTGTCTGATAAGTGAATATAAAATGGAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATGTCTCAGATAATGACTGTCTGATAAGTGAATATAAAATGGAGAA  250

seq1  CAGGATATAGCTAAACATGCAACAGTGAAGATATATTTATGTAAGTCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATATAGCTAAACATGCAACAGTGAAGATATATTTATGTAAGTCCAT  300

seq1  TTGGAAGAAAACCATTTATTGGCGTACTTGTTATTGTTAAACCAAACAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGAAAACCATTTATTGGCGTACTTGTTATTGTTAAACCAAACAAA  350

seq1  AGTAAATGCCAGCCCAAAGTACCAGTCTAATGGGGAGCTATGCAAATACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAATGCCAGCCCAAAGTACCAGTCTAATGGGGAGCTATGCAAATACC  400

seq1  TTTGGTGTTGTCCTTCTTGCAAACCAACAAGTCTTCCAAGTGCACAGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGTTGTCCTTCTTGCAAACCAACAAGTCTTCCAAGTGCACAGCAC  450

seq1  AAGGTGCAGGAAGAGACAGTCTTATTGTTCACAGCAGAAACAGAAGTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGCAGGAAGAGACAGTCTTATTGTTCACAGCAGAAACAGAAGTCAG  500

seq1  GCAAAACCTTTCTGTCTCCATGGGTTAACATGTAGAATCATATGACTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAACCTTTCTGTCTCCATGGGTTAACATGTAGAATCATATGACTCCT  550

seq1  GAATGTGCAGTAGGTGTGATAGAGAAGAAAAGAATTGATATCAAAAGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGCAGTAGGTGTGATAGAGAAGAAAAGAATTGATATCAAAAGTTT  600

seq1  CCGTGCCATAAGAAATTAGAAACACACTCCTCTGTGCTTATAAACTCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGCCATAAGAAATTAGAAACACACTCCTCTGTGCTTATAAACTCACT  650

seq1  CCTCTAGCTTTCCTATGGAATCTTTTCAGGTATAATAAAACCATTGATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGCTTTCCTATGGAATCTTTTCAGGTATAATAAAACCATTGATGT  700

seq1  GCAAGAAATATGAAGAATATGCTCTAATGGGGTGAATCCTTTGAAACCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAAATATGAAGAATATGCTCTAATGGGGTGAATCCTTTGAAACCTG  750

seq1  AAGGCTGTATCAATGATTCATTTTCTTCTGTTTCCAAAGGGAAGCTTTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTGTATCAATGATTCATTTTCTTCTGTTTCCAAAGGGAAGCTTTGG  800

seq1  TGAAACTTATAATTACAAAGAGGAAGATAAAGTTAGCCTCATGTTTCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTATAATTACAAAGAGGAAGATAAAGTTAGCCTCATGTTTCTAG  850

seq1  CAAAGTTTTTTTCATTGTTCTGGAAACTCAATGGGAGGAAACCAGCAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTTTTTTCATTGTTCTGGAAACTCAATGGGAGGAAACCAGCAGTG  900

seq1  GAGGCAAAAATAGTTCTGATGAAGTTGTTTTATGAGAGCAAGAAGAAATA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  GAGGCAAAAATAGTTCTGATGAAGTTGTTTTATGAGAGCA--GAGAAATA  948

seq1  ATAATAAAAATTAAATGATAATACATATTTAATAACATATTTAGAATTTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAAATTAAATGATAATACATATTT-ATAACATATTTAGAATTTT  997

seq1  GCTGACATAACTGTCATATA-TCTGCTGTGGGTAGGATACAAATAGTACA  1049
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTGACATAACTGTCATATATTCTGCTGTGGGTAGGATACCAATAGTACA  1047

seq1  AGAAGGATAAGACAACAAAGACTATGAAGAGTTAGGTGGATGATG-CTCA  1098
         | ||| ||||| ||||||||||| ||||||||   ||||||| ||| 
seq2  --GATGAT-AGACACCAAAGACTATG-AGAGTTAG--TGATGATGCCTCC  1091

seq1  TGGTTGATGAGAAGTACACAATGGAGC  1125
        |||||||||||||||   |||||||
seq2  ATGTTGATGAGAAGTACCACATGGAGC  1118


seq1: chr6_20567177_20568287
seq2: B6Ng01-334D08.g_66_1166 (reverse)

seq1  ACATTGCTGCTAGTAGTATCACAGCTGCTCTAACCAGAATGCTAAATAAA  50
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||   ||
seq2  ACATTGCTGCTAGTAGT-TCACAGCTGCTCTAA-CAGAATGCTAA--TAA  46

seq1  AGCATTATTTAAATTTATCTATGTTCTATGTTTTCTCCCTTTAGGAAATG  100
      |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AGCA-TATTTAAA-TTATCTATG-TCTATGTTTTCTCCCTTTA-GAAATG  92

seq1  AATGTCAAATCCCTGCAATGCTAATCATTCTCGGTAGATCAATAGTAACA  150
      |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCAAAT-CCTGCAATGCTAATCA-TCTCGGTAGATCAATAGTAACA  140

seq1  CTTTGCCTTTCTGAAACAGGAAACCTATAGGATCTTGTAAAAGCTGGAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCCTTTCTGAAACAGGAAACCTATAGGATCTTGTAAAAGCTGGAAC  190

seq1  AATTATGTGTATGTTGACACGAGATCGCAGACACTCTGAACATCATTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGTGTATGTTGACACGAGATCGCAGACACTCTGAACATCATTCAT  240

seq1  CTGTCTTTTCTTATAGTCATTCTACCACAGAAGGCTTCACATGTGGCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTTTCTTATAGTCATTCTACCACAGAAGGCTTCACATGTGGCAGA  290

seq1  GTTATGTTTTATCTCTTAATGCTTACAAGTTCACACAAATGCAATCTAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGTTTTATCTCTTAATGCTTACAAGTTCACACAAATGCAATCTAGT  340

seq1  CTGAGACCGGTTCCTCTTTTTTACTGATGCCCTCTATTTGTTAGTTAGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGACCGGTTCCTCTTTTTTACTGATGCCCTCTATTTGTTAGTTAGGT  390

seq1  ACTTAGGGCTCTGAGATGGGAAAGGATAGCAGAGCCATACAATGGAAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGGGCTCTGAGATGGGAAAGGATAGCAGAGCCATACAATGGAAGGA  440

seq1  ATTGGATTCTGTAACATCTGTATACTATTCATTATATTACATTGATAACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGATTCTGTAACATCTGTATACTATTCATTATATTACATTGATAACC  490

seq1  TTGTTTTCTGATAATTTCTTTAGAAGATAGTTGCAGCTGATGAAGATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCTGATAATTTCTTTAGAAGATAGTTGCAGCTGATGAAGATATT  540

seq1  TTTAATAGGTGACTTGTGTGTTTTATCAAAATTCTGGGAGTAGTTTTATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAGGTGACTTGTGTGTTTTATCAAAATTCTGGGAGTAGTTTTATA  590

seq1  TCTACAGTGACTAAAAGCCATGTTGTATTTGGTTATGTTTATTCTTTCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGTGACTAAAAGCCATGTTGTATTTGGTTATGTTTATTCTTTCAA  640

seq1  AGAACCAGTATATGAAAAGACTCTTGTAATTTTGAAAAATTTATAATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAGTATATGAAAAGACTCTTGTAATTTTGAAAAATTTATAATGAA  690

seq1  ATGATCTTATCCTCCTTTAGACGAAGTTCATATTGAAAACCAGACTTAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCTTATCCTCCTTTAGACGAAGTTCATATTGAAAACCAGACTTAGT  740

seq1  CTGTGGTGATCTGATAGGATGCATGGGATTATTTCAATCTTTTTGTTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTGATCTGATAGGATGCATGGGATTATTTCAATCTTTTTGTTTTG  790

seq1  GTTTGGTTTGCTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGGGTAGCCCTGGCTGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGTTTGCTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGGGTAGCCCTGGCTGTC  840

seq1  ATGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCACCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAAATCCACCT  890

seq1  GCCTCTGCCTCACAAGTGCTGGGATTAAAGGCCTGTGCCACCATCGCCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGCCTCACAAGTGCTGGGATTAAAGGCCTGTGCCACCATCGCCCA  940

seq1  GCTATTTCAATCTTCTTGTATCTGTTGATGCCTGTTTTGTGACCAATTAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATTTCAATCTTCTTGTATCTGTTGATGCCTGTTTTGTGACCAATTAT  990

seq1  ATGGTCGATTTTGGAGAAGGTACCATGAGGTGCTGAGAAGAAGGCATATC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCGATTTTGGAGAAGGTACCATGAGGTGCTGAGAAGAAGGCATATC  1040

seq1  CTTTTGTTTTAAGATGAAATGTTCTATAGACATCTGTTAAAAACATTTGG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTTTAAGATGAAATGTTCTATAGACATCTGTTAAAAACATTTGG  1090

seq1  TTCATGAATTC  1111
      |||||||||||
seq2  TTCATGAATTC  1101


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |