BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334H15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 88,025,716 - 88,213,572
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRpn1, Gata2, Dnajb8, Eefsec
Upstream geneGfpt1, D6Ertd527e, Antxr1, Gkn1, Gkn2, 1190003M12Rik, Bmp10, Arhgap25, Prokr1, 2010301N04Rik, 1810020O05Rik, AB041550, LOC100043118, EG545864, Gp9, Rab43, Isy1, Cnbp, Copg, 8430410A17Rik, LOC665416, H1fx, EG434064, LOC100043131, Rab7
Downstream geneRuvbl1, Sec61a1, 4933428M03Rik, Mgll, Abtb1, Podxl2, LOC100043146, Mcm2, Gpr175, 4933427D06Rik, Gm1965, LOC100043153, LOC100043159, EG624483, EG624491, LOC665547, EG624537, Gm839
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334H15.bB6Ng01-334H15.g
ACCGA119971GA119972
length1,218736
definitionB6Ng01-334H15.b B6Ng01-334H15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,212,348 - 88,213,572)(88,025,716 - 88,026,451)
sequence
gaattcattgttgttgctaagaagcttaatataaattaaagaaggaatta
ggcaacattaagacatcaaaatgggcatgcagggcccgttgcctctgttt
cctcccaatcaaagaggtatgcgagccatcaagtgtgctccagagcctca
gagggacttggttctgtggttacacagcctgcctgccaccccctccccta
attccttttgttactgggacagcagaatacagttctgcttctttctttaa
aaaaaaattaatcaccttatctctttaaagcaaattgcatctttgtttac
atacatgaccgttgcagagaaggaaagagggaaagcagggagctggtacc
acagctggcagggataggcttgtgagtctgtgagcacagggcctcaccta
aacacacagcaggtagacgcagtcactcccacacaagttcagagggagcc
caggaggaagtggatttctctccccagatctgtccttctgcctgtcccca
gccaggtgaggagctgatgacagtctgttgtggcagacaggagaaccaca
ttcagattcagcttcatcacacagctcaatggagaacatacaccttggct
cacctcatctggacccctgcaaatcctgtgtaacagaagcctcctgtcta
tcagatgttactgtcagaccagcccaagccttatagccagcaccctgact
ccacccaattagcttctacctttgccagcagcagcagcaggcccctgtgc
agaagcacgtcacttctgctcagagttctgttgagcatggccccgtgtct
tgtccagctacaagcctgttgaacttggaccctgtggctatccagctgcc
agcccagcagtccttaccaggatgctgccccaggaaaacccctaagccca
ttccccctctgccctgcttctacagccccctgatagctgatgtggcttca
gtgagcccctgaggggcttctgaccctagatgcttacagggatccgttcc
cactggggggggtgccagctacccaccagtgtgaggccctcttctagtct
tggcccctgacatgaaagcgacgcagcaattggaaggcaattgctgggcc
ttgaatgcaactgcgggcggcaccgcggctaaggctggaaactcacttcc
caattcttccctgatggcagcgagccaagacagctcgctgcagtaccaat
gtgcctctgttgtgtggg
gaattcactggagcccagtgtggccttcaattcatagttatccttctgtt
taagcctcttatgtgctgggattacaaagagggaggcactatgtcagtta
tgattcaaaatgtttttatttccgtctaggggaccaaaataagatataag
atctcctagcttaatgtagtagaggaagaaggagaaaaatgtagaaatcc
tgaaggatcagaagcaagagtctgagttgatgttaggtgttttgagactg
gaaaagagtggagtcctagaggaaacattttggacaatgtatttgagttg
ccaagaaaggtgtacaaatataagaacaccatgtgcaccaagaaattagg
aagttaccaggacactgaagatgcttagtgaagaaatctaacagaaaaaa
aaaaaaaaaaggttgatgaaaaagtccaaactaattatctccataagtat
aaaagaagatcctgtgggggtgcttgtgagtttaagggaagaaaacttag
aatgtttctgattatattatcttttaaaatccacacaatactgggtgtag
tggtgcacccctttaatcctatctctcaggggacagatgcaggcagacgt
ctgtgagtttgaggccagtctggcctacatagtgagttccacagatagta
gatgtgtttataaaaagatagatgtgtttataaaaagataaagagagggg
agatatgttctatgggggtgtagtcaggtatggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_88212348_88213572
seq2: B6Ng01-334H15.b_50_1267 (reverse)

seq1  CCCACACAA---AGGCACAATGG-GCTGCAGGCGGCTGGGTCTTGGCTCT  46
      |||||||||   ||||||| |||  ||||||   |||  |||||||||| 
seq2  CCCACACAACAGAGGCACATTGGTACTGCAGCGAGCT--GTCTTGGCTC-  47

seq1  GCTGGGCAATCAGGGAAGAATGTGGGAAGTGAAGTTTTTCAAGCC-TAG-  94
      |||  || ||||||||||||| ||||||||||    |||| |||| ||| 
seq2  GCT--GCCATCAGGGAAGAAT-TGGGAAGTGA---GTTTCCAGCCTTAGC  91

seq1  CGCGGTGCCGCCCGGCAGTGGCCATCAAAGGCCAGCAAATTGCC-TCCAA  143
      ||||||||||||| ||||| ||  |||| | ||||| ||||||| |||||
seq2  CGCGGTGCCGCCC-GCAGTTGCATTCAAGGCCCAGC-AATTGCCTTCCAA  139

seq1  TTGCTGGCGTCGCTTTCATGTCAGGGGCC-AGACTAGAAGAGGGGCCTTC  192
      ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  | ||
seq2  TTGCT-GCGTCGCTTTCATGTCAGGGGCCAAGACTAGAAGAGGG--CCTC  186

seq1  ACACTGGTGGGTAGCTGGCA--CCCCCCAGTGGGAACGGATCCCTTGTAA  240
      ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ACACTGGTGGGTAGCTGGCACCCCCCCCAGTGGGAACGGATCCC-TGTAA  235

seq1  GCATCTTAGGGTCAGAAGCCCCCTCAGGGGCTCACTGAAGCCACATCAGC  290
      ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATC-TAGGGTCAGAAG-CCCCTCAGGGGCTCACTGAAGCCACATCAGC  283

seq1  TATCAGGGGGCTGTAGAAGCAGGGCAGAGGGGGAATGGGCTTAGGGGTTT  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGGGGGCTGTAGAAGCAGGGCAGAGGGGGAATGGGCTTAGGGGTTT  333

seq1  TCCTGGGGCAGCATCCTGGTAAGGACTGCTGGGCTGGCAGCTGGATAGCC  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGGGCAGCATCCTGGTAAGGACTGCTGGGCTGGCAGCTGGATAGCC  383

seq1  ACAGGGTCCAAGTTCAACAGGCTTGTAGCTGGACAAGACACGGGGCCATG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTCCAAGTTCAACAGGCTTGTAGCTGGACAAGACACGGGGCCATG  433

seq1  CTCAACAGAACTCTGAGCAGAAGTGACGTGCTTCTGCACAGGGGCCTGCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGAACTCTGAGCAGAAGTGACGTGCTTCTGCACAGGGGCCTGCT  483

seq1  GCTGCTGCTGGCAAAGGTAGAAGCTAATTGGGTGGAGTCAGGGTGCTGGC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGCTGGCAAAGGTAGAAGCTAATTGGGTGGAGTCAGGGTGCTGGC  533

seq1  TATAAGGCTTGGGCTGGTCTGACAGTAACATCTGATAGACAGGAGGCTTC  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGGCTTGGGCTGGTCTGACAGTAACATCTGATAGACAGGAGGCTTC  583

seq1  TGTTACACAGGATTTGCAGGGGTCCAGATGAGGTGAGCCAAGGTGTATGT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACACAGGATTTGCAGGGGTCCAGATGAGGTGAGCCAAGGTGTATGT  633

seq1  TCTCCATTGAGCTGTGTGATGAAGCTGAATCTGAATGTGGTTCTCCTGTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATTGAGCTGTGTGATGAAGCTGAATCTGAATGTGGTTCTCCTGTC  683

seq1  TGCCACAACAGACTGTCATCAGCTCCTCACCTGGCTGGGGACAGGCAGAA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACAACAGACTGTCATCAGCTCCTCACCTGGCTGGGGACAGGCAGAA  733

seq1  GGACAGATCTGGGGAGAGAAATCCACTTCCTCCTGGGCTCCCTCTGAACT  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGATCTGGGGAGAGAAATCCACTTCCTCCTGGGCTCCCTCTGAACT  783

seq1  TGTGTGGGAGTGACTGCGTCTACCTGCTGTGTGTTTAGGTGAGGCCCTGT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGGAGTGACTGCGTCTACCTGCTGTGTGTTTAGGTGAGGCCCTGT  833

seq1  GCTCACAGACTCACAAGCCTATCCCTGCCAGCTGTGGTACCAGCTCCCTG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAGACTCACAAGCCTATCCCTGCCAGCTGTGGTACCAGCTCCCTG  883

seq1  CTTTCCCTCTTTCCTTCTCTGCAACGGTCATGTATGTAAACAAAGATGCA  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCTCTTTCCTTCTCTGCAACGGTCATGTATGTAAACAAAGATGCA  933

seq1  ATTTGCTTTAAAGAGATAAGGTGATTAATTTTTTTTTAAAGAAAGAAGCA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCTTTAAAGAGATAAGGTGATTAATTTTTTTTTAAAGAAAGAAGCA  983

seq1  GAACTGTATTCTGCTGTCCCAGTAACAAAAGGAATTAGGGGAGGGGGTGG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTATTCTGCTGTCCCAGTAACAAAAGGAATTAGGGGAGGGGGTGG  1033

seq1  CAGGCAGGCTGTGTAACCACAGAACCAAGTCCCTCTGAGGCTCTGGAGCA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGGCTGTGTAACCACAGAACCAAGTCCCTCTGAGGCTCTGGAGCA  1083

seq1  CACTTGATGGCTCGCATACCTCTTTGATTGGGAGGAAACAGAGGCAACGG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGATGGCTCGCATACCTCTTTGATTGGGAGGAAACAGAGGCAACGG  1133

seq1  GCCCTGCATGCCCATTTTGATGTCTTAATGTTGCCTAATTCCTTCTTTAA  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCATGCCCATTTTGATGTCTTAATGTTGCCTAATTCCTTCTTTAA  1183

seq1  TTTATATTAAGCTTCTTAGCAACAACAATGAATTC  1225
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTAAGCTTCTTAGCAACAACAATGAATTC  1218

seq1: chr6_88025716_88026451
seq2: B6Ng01-334H15.g_66_801

seq1  GAATTCACTGGAGCCCAGTGTGGCCTTCAATTCATAGTTATCCTTCTGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGGAGCCCAGTGTGGCCTTCAATTCATAGTTATCCTTCTGTT  50

seq1  TAAGCCTCTTATGTGCTGGGATTACAAAGAGGGAGGCACTATGTCAGTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCCTCTTATGTGCTGGGATTACAAAGAGGGAGGCACTATGTCAGTTA  100

seq1  TGATTCAAAATGTTTTTATTTCCGTCTAGGGGACCAAAATAAGATATAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCAAAATGTTTTTATTTCCGTCTAGGGGACCAAAATAAGATATAAG  150

seq1  ATCTCCTAGCTTAATGTAGTAGAGGAAGAAGGAGAAAAATGTAGAAATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTAGCTTAATGTAGTAGAGGAAGAAGGAGAAAAATGTAGAAATCC  200

seq1  TGAAGGATCAGAAGCAAGAGTCTGAGTTGATGTTAGGTGTTTTGAGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGATCAGAAGCAAGAGTCTGAGTTGATGTTAGGTGTTTTGAGACTG  250

seq1  GAAAAGAGTGGAGTCCTAGAGGAAACATTTTGGACAATGTATTTGAGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGAGTGGAGTCCTAGAGGAAACATTTTGGACAATGTATTTGAGTTG  300

seq1  CCAAGAAAGGTGTACAAATATAAGAACACCATGTGCACCAAGAAATTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAAGGTGTACAAATATAAGAACACCATGTGCACCAAGAAATTAGG  350

seq1  AAGTTACCAGGACACTGAAGATGCTTAGTGAAGAAATCTAACAGAAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACCAGGACACTGAAGATGCTTAGTGAAGAAATCTAACAGAAAAAA  400

seq1  AAAAAAAAAAGGTTGATGAAAAAGTCCAAACTAATTATCTCCATAAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAAGGTTGATGAAAAAGTCCAAACTAATTATCTCCATAAGTAT  450

seq1  AAAAGAAGATCCTGTGGGGGTGCTTGTGAGTTTAAGGGAAGAAAACTTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGATCCTGTGGGGGTGCTTGTGAGTTTAAGGGAAGAAAACTTAG  500

seq1  AATGTTTCTGATTATATTATCTTTTAAAATCCACACAATACTGGGTGTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTCTGATTATATTATCTTTTAAAATCCACACAATACTGGGTGTAG  550

seq1  TGGTGCACCCCTTTAATCCTATCTCTCAGGGGACAGATGCAGGCAGACGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCACCCCTTTAATCCTATCTCTCAGGGGACAGATGCAGGCAGACGT  600

seq1  CTGTGAGTTTGAGGCCAGTCTGGCCTACATAGTGAGTTCCACAGATAGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGTTTGAGGCCAGTCTGGCCTACATAGTGAGTTCCACAGATAGTA  650

seq1  GATGTGTTTATAAAAAGATAGATGTGTTTATAAAAAGATAAAGAGAGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGTTTATAAAAAGATAGATGTGTTTATAAAAAGATAAAGAGAGGGG  700

seq1  AGATATGTTCTATGGGGGTGTAGTCAGGTATGGGGG  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGTTCTATGGGGGTGTAGTCAGGTATGGGGG  736