BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334I19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 98,381,843 - 98,503,604
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665963
Upstream geneFrmd4b, LOC641241, LOC100043692, Mitf, Gm765, LOC666019
Downstream geneLOC665979, Foxp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334I19.bB6Ng01-334I19.g
ACCGA120027GA120028
length9141,159
definitionB6Ng01-334I19.b B6Ng01-334I19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,381,843 - 98,382,756)(98,502,439 - 98,503,604)
sequence
gaattccatgagaaggtattgtactgctgtgctttcagtgccacttgggg
gaattaatcaccttctctgagcctggacttccatatctataagttagtga
ctataacgctgggttttccccatgagctttttgaaagaatcaaatctaga
cagaaaagtgctgctaagataagtttgtgaatatgtggtatttaatgtga
cttagtcccaccacgctacctttctggatcttggtttactcagttataaa
gtgggtaagtaggctttccctagagaagccccattaataatgtgtcatga
taaaaaaccaaaatcattgacaccaaagtctacaaaaaggtgtgtgtgca
cgcctgagagtgtttgtgtgtgtgcacatgtatctgtgagtgtgcatgaa
tgagtgcatgtgtgcatgggcacctgtatgtattcctgtgcatttgcatg
tgtgtgtgcctgtgagtacatatgtatgagtgcatgtgggtgtgaaattt
gatggcagagagctggctcagtggataaatgcacttgatggcaggacctg
agtttgattcccaggacttagatggtaaaaggagaggattgactcctaca
aattttcctctgaccttcacaaatatgccctagcatgtacatacatacat
acacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacactaaatg
aaaaaagtcaatttgaaaattaatgctgtccttggttaagagtaaaattg
gtaaaaatgcatgatccaagaggcagaaccattcacatgaaactttgaca
cagaagaaaaagaaggaaaaaaatcctgaatccagagaagagatgaagaa
aacttgagaggaggagagaagctctaacaattactgtcaactggaagatt
tggggggggggggt

gaattccctggttggcatctgcattcttccattttccttctccagagcct
aattcatctttaaacaccccaagaagtgagcctgtgtgggggagacgtgc
aggaaagtgcttgtcatttgagcatgagggctccagagttccctcttcaa
cagctgtgtaactgttgagagcagtggaatacatctgggatggtggcact
gcaaggcagacaggaagatccctgggacctgctagccagccagtgtagct
tgctcagattcagtgagagaccttgtctcacaaaatagtataaagaatgt
ctgaacgaagaataatacctgctatcaaactcaaggtgtcacacgcatga
tacacaagaacatacacacacagatgagcccgatagcatctttacgtgct
gtctaggaagcacaaccatgcaatttccacatgctagtccaggagacctc
tctgctgtgaagtctcttgtgtctcctgagctgctacaacaccccacaga
gcactgagttctctgggtgtcagaacttaacagacactgttgggtgtgac
agtatcctcttcccgctctctgttgttcatttacagacaacctcattgca
gagccttccctggcgtctctgataatggggttggatccagggcagagaag
tggggccagcagttggtgagaaaataagtgacagtcaaggagaagcctcc
aagaaaatgcttctggctgccgtgctaaggcttggattgatctgacgcag
ggaggctcttggagagcttgggtattaatgtgcctaattgtacagcttcc
atgtatgaagagggatcctgtagggtgtacagtcatctgaagctcatggg
gtaggatcgacgggagttcagcctcgtgccctgtacaatatgtcgagtag
aagaacatcacagattaaagctccatttgtgtccctgaaaacaccagaca
ctattctgggacggtaacaatagcctcgtgccacatgatccaagccaaca
tggtgcttgcacgagcatatcagacctgtggctttatgataacattgaaa
aaaaataacttgaagagaaaaagtcaaatatttaatttagctttgaaagc
ctctaagctgagaccttgttaatggtcaaaaaacattggatttaatcagt
ttatctctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_98381843_98382756
seq2: B6Ng01-334I19.b_49_962

seq1  GAATTCCATGAGAAGGTATTGTACTGCTGTGCTTTCAGTGCCACTTGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGAGAAGGTATTGTACTGCTGTGCTTTCAGTGCCACTTGGGG  50

seq1  GAATTAATCACCTTCTCTGAGCCTGGACTTCCATATCTATAAGTTAGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAATCACCTTCTCTGAGCCTGGACTTCCATATCTATAAGTTAGTGA  100

seq1  CTATAACGCTGGGTTTTCCCCATGAGCTTTTTGAAAGAATCAAATCTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAACGCTGGGTTTTCCCCATGAGCTTTTTGAAAGAATCAAATCTAGA  150

seq1  CAGAAAAGTGCTGCTAAGATAAGTTTGTGAATATGTGGTATTTAATGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAGTGCTGCTAAGATAAGTTTGTGAATATGTGGTATTTAATGTGA  200

seq1  CTTAGTCCCACCACGCTACCTTTCTGGATCTTGGTTTACTCAGTTATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTCCCACCACGCTACCTTTCTGGATCTTGGTTTACTCAGTTATAAA  250

seq1  GTGGGTAAGTAGGCTTTCCCTAGAGAAGCCCCATTAATAATGTGTCATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTAAGTAGGCTTTCCCTAGAGAAGCCCCATTAATAATGTGTCATGA  300

seq1  TAAAAAACCAAAATCATTGACACCAAAGTCTACAAAAAGGTGTGTGTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAACCAAAATCATTGACACCAAAGTCTACAAAAAGGTGTGTGTGCA  350

seq1  CGCCTGAGAGTGTTTGTGTGTGTGCACATGTATCTGTGAGTGTGCATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCCTGAGAGTGTTTGTGTGTGTGCACATGTATCTGTGAGTGTGCATGAA  400

seq1  TGAGTGCATGTGTGCATGGGCACCTGTATGTATTCCTGTGCATTTGCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCATGTGTGCATGGGCACCTGTATGTATTCCTGTGCATTTGCATG  450

seq1  TGTGTGTGCCTGTGAGTACATATGTATGAGTGCATGTGGGTGTGAAATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGCCTGTGAGTACATATGTATGAGTGCATGTGGGTGTGAAATTT  500

seq1  GATGGCAGAGAGCTGGCTCAGTGGATAAATGCACTTGATGGCAGGACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCAGAGAGCTGGCTCAGTGGATAAATGCACTTGATGGCAGGACCTG  550

seq1  AGTTTGATTCCCAGGACTTAGATGGTAAAAGGAGAGGATTGACTCCTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGATTCCCAGGACTTAGATGGTAAAAGGAGAGGATTGACTCCTACA  600

seq1  AATTTTCCTCTGACCTTCACAAATATGCCCTAGCATGTACATACATACAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCCTCTGACCTTCACAAATATGCCCTAGCATGTACATACATACAT  650

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTAAATG  700

seq1  AAAAAAGTCAATTTGAAAATTAATGCTGTCCTTGGTTAAGAGTAAAATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGTCAATTTGAAAATTAATGCTGTCCTTGGTTAAGAGTAAAATTG  750

seq1  GTAAAAATGCATGATCCAAGAGGCAGAACCATTCACATGAAACTTTGACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAATGCATGATCCAAGAGGCAGAACCATTCACATGAAACTTTGACA  800

seq1  CAGAAGAAAAAGAAGGAAAAAAATCCTGAATCCAGAGAAGAGATGAAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAAAAAGAAGGAAAAAAATCCTGAATCCAGAGAAGAGATGAAGAA  850

seq1  AACTTGAGAGGAGGAGAGAAGCTCTAACAATTACTGTCAACTGGAAGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAGAGGAGGAGAGAAGCTCTAACAATTACTGTCAACTGGAAGATT  900

seq1  TGGGGGGGGGGGGT  914
      ||||||||||||||
seq2  TGGGGGGGGGGGGT  914


seq1: chr6_98502439_98503604
seq2: B6Ng01-334I19.g_66_1224 (reverse)

seq1  CAGAGATAAAATTAGAATAAAATCCAATGGTTTTT--TCATTACAAGGGT  48
      |||||||||| |    || |||||||||| |||||   |||||  | |||
seq2  CAGAGATAAACT---GATTAAATCCAATGTTTTTTGACCATTAACAAGGT  47

seq1  CTCAGCTTAGA-GCTTTCAAAGCTAAATATAATATTTGACTTTTTCCTCT  97
      ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||| 
seq2  CTCAGCTTAGAGGCTTTCAAAGCTAAATTAAATATTTGACTTTTT-CTC-  95

seq1  TTCAAG-TATTTTTTTTCAAATGTTATCTATAAAGCCACAGGTTCTGATA  146
      |||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||
seq2  TTCAAGTTATTTTTTTTC-AATGTTATC-ATAAAGCCACAGG-TCTGATA  142

seq1  TGCTTCCGTGCAAGCACCATGTTGGCTTGGGATCATGTGGCACGAGGCTA  196
      ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCT--CGTGCAAGCACCATGTTGGCTT-GGATCATGTGGCACGAGGCTA  189

seq1  TTGTTACCGTCCCAGAATAGTGTCTGGTGTTTTCAGGGACACAAATGGAG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTACCGTCCCAGAATAGTGTCTGGTGTTTTCAGGGACACAAATGGAG  239

seq1  CTTTAATCTGTGATGTTCTTCTACTCGACATATTGTACAGGGCACGAGGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAATCTGTGATGTTCTTCTACTCGACATATTGTACAGGGCACGAGGC  289

seq1  TGAACTCCCGTCGATCCTACCCCATGAGCTTCAGATGACTGTACACCCTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCCCGTCGATCCTACCCCATGAGCTTCAGATGACTGTACACCCTA  339

seq1  CAGGATCCCTCTTCATACATGGAAGCTGTACAATTAGGCACATTAATACC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATCCCTCTTCATACATGGAAGCTGTACAATTAGGCACATTAATACC  389

seq1  CAAGCTCTCCAAGAGCCTCCCTGCGTCAGATCAATCCAAGCCTTAGCACG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTCTCCAAGAGCCTCCCTGCGTCAGATCAATCCAAGCCTTAGCACG  439

seq1  GCAGCCAGAAGCATTTTCTTGGAGGCTTCTCCTTGACTGTCACTTATTTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCAGAAGCATTTTCTTGGAGGCTTCTCCTTGACTGTCACTTATTTT  489

seq1  CTCACCAACTGCTGGCCCCACTTCTCTGCCCTGGATCCAACCCCATTATC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAACTGCTGGCCCCACTTCTCTGCCCTGGATCCAACCCCATTATC  539

seq1  AGAGACGCCAGGGAAGGCTCTGCAATGAGGTTGTCTGTAAATGAACAACA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACGCCAGGGAAGGCTCTGCAATGAGGTTGTCTGTAAATGAACAACA  589

seq1  GAGAGCGGGAAGAGGATACTGTCACACCCAACAGTGTCTGTTAAGTTCTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCGGGAAGAGGATACTGTCACACCCAACAGTGTCTGTTAAGTTCTG  639

seq1  ACACCCAGAGAACTCAGTGCTCTGTGGGGTGTTGTAGCAGCTCAGGAGAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCAGAGAACTCAGTGCTCTGTGGGGTGTTGTAGCAGCTCAGGAGAC  689

seq1  ACAAGAGACTTCACAGCAGAGAGGTCTCCTGGACTAGCATGTGGAAATTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGACTTCACAGCAGAGAGGTCTCCTGGACTAGCATGTGGAAATTG  739

seq1  CATGGTTGTGCTTCCTAGACAGCACGTAAAGATGCTATCGGGCTCATCTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTGTGCTTCCTAGACAGCACGTAAAGATGCTATCGGGCTCATCTG  789

seq1  TGTGTGTATGTTCTTGTGTATCATGCGTGTGACACCTTGAGTTTGATAGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATGTTCTTGTGTATCATGCGTGTGACACCTTGAGTTTGATAGC  839

seq1  AGGTATTATTCTTCGTTCAGACATTCTTTATACTATTTTGTGAGACAAGG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTATTCTTCGTTCAGACATTCTTTATACTATTTTGTGAGACAAGG  889

seq1  TCTCTCACTGAATCTGAGCAAGCTACACTGGCTGGCTAGCAGGTCCCAGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCACTGAATCTGAGCAAGCTACACTGGCTGGCTAGCAGGTCCCAGG  939

seq1  GATCTTCCTGTCTGCCTTGCAGTGCCACCATCCCAGATGTATTCCACTGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTCCTGTCTGCCTTGCAGTGCCACCATCCCAGATGTATTCCACTGC  989

seq1  TCTCAACAGTTACACAGCTGTTGAAGAGGGAACTCTGGAGCCCTCATGCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAACAGTTACACAGCTGTTGAAGAGGGAACTCTGGAGCCCTCATGCT  1039

seq1  CAAATGACAAGCACTTTCCTGCACGTCTCCCCCACACAGGCTCACTTCTT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGACAAGCACTTTCCTGCACGTCTCCCCCACACAGGCTCACTTCTT  1089

seq1  GGGGTGTTTAAAGATGAATTAGGCTCTGGAGAAGGAAAATGGAAGAATGC  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGTTTAAAGATGAATTAGGCTCTGGAGAAGGAAAATGGAAGAATGC  1139

seq1  AGATGCCAACCAGGGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCAACCAGGGAATTC  1159


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |