BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334M09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 144,403,875 - 144,509,831
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSox5
Downstream gene4933425H06Rik, EG665149, Bcat1, Lrmp, Casc1, Lyrm5, Kras, LOC100039495, LOC100042866, LOC546917, 1700073E17Rik, Ifltd1, LOC100042879
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334M09.bB6Ng01-334M09.g
ACCGA120196GA120197
length6911,112
definitionB6Ng01-334M09.b B6Ng01-334M09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,403,875 - 144,404,565)(144,508,705 - 144,509,831)
sequence
gaattcataaaatgctatatatagtaggactcaggagactggctcaatgg
gtaatatacttaccatgtaattgtgagaaagagagtttggatccccagaa
ctcatataaaaagctgtgtggccatgccagccttcatagaataccaatgc
actggaggaagagtcagggagctagctggtgagcccgcttgccaaaacag
agaactctaggctcagggagagagcctacctcaaagtttaagatagagag
caatgaaaacacccagagtcaacctcagcctcaacttgaatacacacgca
tgtgcttatgcgcctgggcacaagtaaaacacatgcatagcacacacatg
tgaaaaattgtgcttaaaactgtcatggttgctagggaaatattctaact
cattcctgaccctctgtggtatttcaagcagctgtggctccatctatcta
gaagatatgtcctgactagcctgaggcggacaaatcaagaaaccaacaca
gtacacagccaggaaacgtactcttcagattacaggtaaggcgcttgctt
ggagacaggtccataggataaaagaggctctgccttcgtgggctcacggc
tttgttttcaccagtcaaatgccagttgaaaaaaaaatcaacattggact
tactttattttgttttactctttggtgtgtgtgtgtgtgtg

gaattcctctgcttggcctcaaactaactctggcaatctgttctgatctg
gctccttcacatgctctctcttattctgtcttcacctctgtctaatttgt
tctttctctgtgacctgtctctgtacaattgtcccagtaaaactgtttcc
ttctctctctgcactgcctcttaagtagcttccctttcctctcatttctc
atgagaattgggcatagcctattttgtcagatctttctctgattcatcac
tttgtctgcccctcagttggccagcactttcaaacatgagttcttccttc
tacaaactaactttacctttaccctttgggcaaaggtgtgcatctgtatt
acagccaaaaggattaaggatgtgtgctaatggctgagccacaccacaac
tgcaaataaggtagttggttttctttttctgcaaataacacaatcttggg
gttcacagtatgatcaaatatcctgcatcatgctctgccagaggggacac
cctggagtctcctgagcttacggtgggaagcaaatggaggccctagctta
cctatgtgtccaagaaagctgagtgccaatggccagctggacctttgacc
tggtctgtattctagtggtaaaacaggcttccaaatgcagagtcagcagc
aagtgttcaagaggcccctcagccttggggctgttaggtggtggctcctg
agacctgaggcttcagtggcatatctcattttgtagcctcctgaagggtg
gcctagaagagttgcttctctgtagttctgtaagctctcagtcatggggc
tctggctttccaccaggccataagcagcatcccaagagtgctgggctcaa
ttgaacttaacagagagtccattcatgctcaatgaagcagaaagtgtgtg
ctcagaccccattgtgtggttgggagagcccagcgagtgtctctgactct
cacagactcagggcttctctgcccgctttggctccagatattttgatgct
tatcattattcacaaactcgcagtgatactgttgtaagttgctcttctct
agatgatactcccttgagactggattggaataacagacactgtcatgtga
gcctaatgagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_144403875_144404565
seq2: B6Ng01-334M09.b_49_739

seq1  GAATTCATAAAATGCTATATATAGTAGGACTCAGGAGACTGGCTCAATGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAAAATGCTATATATAGTAGGACTCAGGAGACTGGCTCAATGG  50

seq1  GTAATATACTTACCATGTAATTGTGAGAAAGAGAGTTTGGATCCCCAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATACTTACCATGTAATTGTGAGAAAGAGAGTTTGGATCCCCAGAA  100

seq1  CTCATATAAAAAGCTGTGTGGCCATGCCAGCCTTCATAGAATACCAATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATATAAAAAGCTGTGTGGCCATGCCAGCCTTCATAGAATACCAATGC  150

seq1  ACTGGAGGAAGAGTCAGGGAGCTAGCTGGTGAGCCCGCTTGCCAAAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAGGAAGAGTCAGGGAGCTAGCTGGTGAGCCCGCTTGCCAAAACAG  200

seq1  AGAACTCTAGGCTCAGGGAGAGAGCCTACCTCAAAGTTTAAGATAGAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTCTAGGCTCAGGGAGAGAGCCTACCTCAAAGTTTAAGATAGAGAG  250

seq1  CAATGAAAACACCCAGAGTCAACCTCAGCCTCAACTTGAATACACACGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAAACACCCAGAGTCAACCTCAGCCTCAACTTGAATACACACGCA  300

seq1  TGTGCTTATGCGCCTGGGCACAAGTAAAACACATGCATAGCACACACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTATGCGCCTGGGCACAAGTAAAACACATGCATAGCACACACATG  350

seq1  TGAAAAATTGTGCTTAAAACTGTCATGGTTGCTAGGGAAATATTCTAACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAATTGTGCTTAAAACTGTCATGGTTGCTAGGGAAATATTCTAACT  400

seq1  CATTCCTGACCCTCTGTGGTATTTCAAGCAGCTGTGGCTCCATCTATCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTGACCCTCTGTGGTATTTCAAGCAGCTGTGGCTCCATCTATCTA  450

seq1  GAAGATATGTCCTGACTAGCCTGAGGCGGACAAATCAAGAAACCAACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATATGTCCTGACTAGCCTGAGGCGGACAAATCAAGAAACCAACACA  500

seq1  GTACACAGCCAGGAAACGTACTCTTCAGATTACAGGTAAGGCGCTTGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACACAGCCAGGAAACGTACTCTTCAGATTACAGGTAAGGCGCTTGCTT  550

seq1  GGAGACAGGTCCATAGGATAAAAGAGGCTCTGCCTTCGTGGGCTCACGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAGGTCCATAGGATAAAAGAGGCTCTGCCTTCGTGGGCTCACGGC  600

seq1  TTTGTTTTCACCAGTCAAATGCCAGTTGAAAAAAAAATCAACATTGGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTCACCAGTCAAATGCCAGTTGAAAAAAAAATCAACATTGGACT  650

seq1  TACTTTATTTTGTTTTACTCTTTGGTGTGTGTGTGTGTGTG  691
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTATTTTGTTTTACTCTTTGGTGTGTGTGTGTGTGTG  691


seq1: chr6_144508705_144509831
seq2: B6Ng01-334M09.g_66_1177 (reverse)

seq1  CACTCAATAGGGCTCCACATGACAGTGTCTGTTATTTCAAACCCAGTCTC  50
      |||||| || |||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||||||
seq2  CACTCATTA-GGCT-CACATGACAGTGTCTGTTA-TTCCAATCCAGTCTC  47

seq1  CAGGGAAGTATCATCTAAGAGGAAGAGCAACTTAACACAGTTAATCCACT  100
       |||| |||||||||| ||| |||||||||||||  |||||  || ||||
seq2  AAGGG-AGTATCATCT-AGA-GAAGAGCAACTTACAACAGT--AT-CACT  91

seq1  GCGGAGTTTTGTGAATATTGATAAGCATTCAAATATCTGGGAGCCAAAGC  150
      || ||| |||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||||||||
seq2  GC-GAG-TTTGTGAATAATGATAAGCATCAAAATATCT-GGAGCCAAAGC  138

seq1  GGGCAGAGAAGCCCCTGAGTCTGGTGAGAGTCAGAGGCCACTCGCTGGGC  200
      ||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||
seq2  GGGCAGAGAAG-CCCTGAGTCT-GTGAGAGTCAGA-GACACTCGCTGGGC  185

seq1  TCTCCCAACCACACAATGGGGTCTGAGCACACACTTTCTGCTTCATTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAACCACACAATGGGGTCTGAGCACACACTTTCTGCTTCATTGAG  235

seq1  CATGAATGGACTCTCTGTTAAGTTCAATTGAGCCCAGCACTCTTGGGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAATGGACTCTCTGTTAAGTTCAATTGAGCCCAGCACTCTTGGGATG  285

seq1  CTGCTTATGGCCTGGTGGAAAGCCAGAGCCCCATGACTGAGAGCTTACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTATGGCCTGGTGGAAAGCCAGAGCCCCATGACTGAGAGCTTACAG  335

seq1  AACTACAGAGAAGCAACTCTTCTAGGCCACCCTTCAGGAGGCTACAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACAGAGAAGCAACTCTTCTAGGCCACCCTTCAGGAGGCTACAAAAT  385

seq1  GAGATATGCCACTGAAGCCTCAGGTCTCAGGAGCCACCACCTAACAGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATATGCCACTGAAGCCTCAGGTCTCAGGAGCCACCACCTAACAGCCC  435

seq1  CAAGGCTGAGGGGCCTCTTGAACACTTGCTGCTGACTCTGCATTTGGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTGAGGGGCCTCTTGAACACTTGCTGCTGACTCTGCATTTGGAAG  485

seq1  CCTGTTTTACCACTAGAATACAGACCAGGTCAAAGGTCCAGCTGGCCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTTTACCACTAGAATACAGACCAGGTCAAAGGTCCAGCTGGCCATT  535

seq1  GGCACTCAGCTTTCTTGGACACATAGGTAAGCTAGGGCCTCCATTTGCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCAGCTTTCTTGGACACATAGGTAAGCTAGGGCCTCCATTTGCTT  585

seq1  CCCACCGTAAGCTCAGGAGACTCCAGGGTGTCCCCTCTGGCAGAGCATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCGTAAGCTCAGGAGACTCCAGGGTGTCCCCTCTGGCAGAGCATGA  635

seq1  TGCAGGATATTTGATCATACTGTGAACCCCAAGATTGTGTTATTTGCAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGATATTTGATCATACTGTGAACCCCAAGATTGTGTTATTTGCAGA  685

seq1  AAAAGAAAACCAACTACCTTATTTGCAGTTGTGGTGTGGCTCAGCCATTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAAACCAACTACCTTATTTGCAGTTGTGGTGTGGCTCAGCCATTA  735

seq1  GCACACATCCTTAATCCTTTTGGCTGTAATACAGATGCACACCTTTGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACATCCTTAATCCTTTTGGCTGTAATACAGATGCACACCTTTGCCC  785

seq1  AAAGGGTAAAGGTAAAGTTAGTTTGTAGAAGGAAGAACTCATGTTTGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTAAAGGTAAAGTTAGTTTGTAGAAGGAAGAACTCATGTTTGAAA  835

seq1  GTGCTGGCCAACTGAGGGGCAGACAAAGTGATGAATCAGAGAAAGATCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGCCAACTGAGGGGCAGACAAAGTGATGAATCAGAGAAAGATCTG  885

seq1  ACAAAATAGGCTATGCCCAATTCTCATGAGAAATGAGAGGAAAGGGAAGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATAGGCTATGCCCAATTCTCATGAGAAATGAGAGGAAAGGGAAGC  935

seq1  TACTTAAGAGGCAGTGCAGAGAGAGAAGGAAACAGTTTTACTGGGACAAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAAGAGGCAGTGCAGAGAGAGAAGGAAACAGTTTTACTGGGACAAT  985

seq1  TGTACAGAGACAGGTCACAGAGAAAGAACAAATTAGACAGAGGTGAAGAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGAGACAGGTCACAGAGAAAGAACAAATTAGACAGAGGTGAAGAC  1035

seq1  AGAATAAGAGAGAGCATGTGAAGGAGCCAGATCAGAACAGATTGCCAGAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAGAGAGAGCATGTGAAGGAGCCAGATCAGAACAGATTGCCAGAG  1085

seq1  TTAGTTTGAGGCCAAGCAGAGGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTTGAGGCCAAGCAGAGGAATTC  1112


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |