BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337G08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 59,358,800 - 59,522,257
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGprin3
Upstream geneV1rc22, LOC626817, EG626828, LOC666954, Abcg2, Herc3, Nap1l5, D430015B01Rik, Tigd2
Downstream geneEG634166, EG627108, EG434019, LOC671300, EG627178, LOC100041706, LOC100041717, A530053G22Rik, LOC667066, LOC100041726
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337G08.bB6Ng01-337G08.g
ACCGA122038GA122039
length1,157744
definitionB6Ng01-337G08.b B6Ng01-337G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(59,358,800 - 59,359,951)(59,521,514 - 59,522,257)
sequence
gaattcacagatacccatgccttcagacactatgtagtactgcagtgcaa
cagttaaatgtagagtactgctcaaggtcttctcttctgctctctaggta
gaatagtgctatgactgctgatccccagtcagaccggaggttcggctact
tcacagcctcataaccactgtgtcaaatgagatcctgttgaaatcatttt
gatcccattcgtctgagcccccaaatcactcagtggctgcttatggtgaa
aaagctgaagttgttcaagttgctgccaacaccactttgatacatcgctt
ccagtaatctgcctggcctgcagccaattagaatcattccacttttcaaa
tgtggcaggggtctggcttgtactccttagctcagggtctgacacagggc
tgcttcccttgatcatgctggtcctctctgcctccctccctcctatccat
ccccaagtactaacatatcagctgcacacagagactgggtatgtgtggga
agaaagagactggcacgggaaaaatcatttcttaaagagcttagaattac
tgaaatttaggtttttgggaaaatgccagtgggtgtgaaataatcctccc
cttgtctctctccatcacctcaatgtggcaaggcaaccttgttacaggct
ttgccttaatctgattggatgttagttactgaggcccctgccttgcattc
ctgctgggttagaaggctcacatcttatcaggactctaagtagctcaaca
tttagcctttaggacacaaagcacatatttttttttttcatgagcctaag
gaatgggagggcatcctgctcttgtctgaatgtgcctgtagaccaggcat
gcccaaatcatagacaccaggggatacactgatcatgatgttcatacatg
tgctcaccagagtagtaacatggtgccatcttagtcaatgggaactgtta
gcacaaacccttaagtccattttaacatggtaagggatagcatttttctc
ccaatgactcacattctggcctcagaactaggaggatgcccatactctgg
gcacaattctaagctgggtttgattgtttttaatattgaaaacatttaca
ccacagcttatattcactccttttaggaggttacatgtctacagttctga
ccactgc
gaattctctcacaggaatgcccactcacttgggttttagttgattccagt
tgcagtcgtgctgacacccaagactggttgcagagttcatctgttaaata
tctgctctttctttgtgcttcagtagcttaaaggaaactcagggatgatc
tatgattgaccatccatgtagtttactgaagttgatgagttatcaaattc
tcttcctttcaaaacttccaaacccttgtcccacttcagtacttaatgtg
atgattttttattgaacaattacttcattctagccagttgaactgttttc
ttccttttcctttgaattccataatcgaggcttgaacccagtgcaaaaac
gctaccatcgagcagcatcccaacctcagctcttcttccttcactttttt
tttaaagaaaggtgtttgactatgttgtatagactgaccttgaacactct
gtagcccagaaacttgtgattctgttccctgagtctcccaaaatggccta
actataggcacatgctgtcattcccaacatcaaataatttttgagatcta
tgatttgctgacagcaaaataattcaaaatgtatagtacctataatttta
acaccaccaaattttacacacacacacacacacacacacacacacacaca
tatatatatatatatatataatttaaaaaagatgaactttagaaacagca
tcaggagatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_59358800_59359951
seq2: B6Ng01-337G08.b_48_1204

seq1  GAATTCACAGATACCCATGCCTTCAGACACTATGTAGTACTGCAGTGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGATACCCATGCCTTCAGACACTATGTAGTACTGCAGTGCAA  50

seq1  CAGTTAAATGTAGAGTACTGCTCAAGGTCTTCTCTTCTGCTCTCTAGGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAATGTAGAGTACTGCTCAAGGTCTTCTCTTCTGCTCTCTAGGTA  100

seq1  GAATAGTGCTATGACTGCTGATCCCCAGTCAGACCGGAGGTTCGGCTACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGTGCTATGACTGCTGATCCCCAGTCAGACCGGAGGTTCGGCTACT  150

seq1  TCACAGCCTCATAACCACTGTGTCAAATGAGATCCTGTTGAAATCATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGCCTCATAACCACTGTGTCAAATGAGATCCTGTTGAAATCATTTT  200

seq1  GATCCCATTCGTCTGAGCCCCCAAATCACTCAGTGGCTGCTTATGGTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCATTCGTCTGAGCCCCCAAATCACTCAGTGGCTGCTTATGGTGAA  250

seq1  AAAGCTGAAGTTGTTCAAGTTGCTGCCAACACCACTTTGATACATCGCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGAAGTTGTTCAAGTTGCTGCCAACACCACTTTGATACATCGCTT  300

seq1  CCAGTAATCTGCCTGGCCTGCAGCCAATTAGAATCATTCCACTTTTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAATCTGCCTGGCCTGCAGCCAATTAGAATCATTCCACTTTTCAAA  350

seq1  TGTGGCAGGGGTCTGGCTTGTACTCCTTAGCTCAGGGTCTGACACAGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCAGGGGTCTGGCTTGTACTCCTTAGCTCAGGGTCTGACACAGGGC  400

seq1  TGCTTCCCTTGATCATGCTGGTCCTCTCTGCCTCCCTCCCTCCTATCCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCTTGATCATGCTGGTCCTCTCTGCCTCCCTCCCTCCTATCCAT  450

seq1  CCCCAAGTACTAACATATCAGCTGCACACAGAGACTGGGTATGTGTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAGTACTAACATATCAGCTGCACACAGAGACTGGGTATGTGTGGGA  500

seq1  AGAAAGAGACTGGCACGGGAAAAATCATTTCTTAAAGAGCTTAGAATTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAGACTGGCACGGGAAAAATCATTTCTTAAAGAGCTTAGAATTAC  550

seq1  TGAAATTTAGGTTTTTGGGAAAATGCCAGTGGGTGTGAAATAATCCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTTAGGTTTTTGGGAAAATGCCAGTGGGTGTGAAATAATCCTCCC  600

seq1  CTTGTCTCTCTCCATCACCTCAATGTGGCAAGGCAACCTTGTTACAGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTCTCTCCATCACCTCAATGTGGCAAGGCAACCTTGTTACAGGCT  650

seq1  TTGCCTTAATCTGATTGGATGTTAGTTACTGAGGCCCCTGCCTTGCATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTAATCTGATTGGATGTTAGTTACTGAGGCCCCTGCCTTGCATTC  700

seq1  CTGCTGGGTTAGAAGGCTCACATCTTATCAGGACTCTAAGTAGCTCAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGGGTTAGAAGGCTCACATCTTATCAGGACTCTAAGTAGCTCAACA  750

seq1  TTTAGCCTTTAGGACACAAAGCACATA-TTTTTTTTTTCATGAGCCTAAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCCTTTAGGACACAAAGCACATATTTTTTTTTTTCATGAGCCTAAG  800

seq1  GAATGGGAGGGCATCCTGCTCTTGTCTGAATGTGCCTGTAGACCAGGCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGAGGGCATCCTGCTCTTGTCTGAATGTGCCTGTAGACCAGGCAT  850

seq1  GCCCAAATCATAGACACCAGGGGATACACTGATCATGATGTTCATACATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAAATCATAGACACCAGGGGATACACTGATCATGATGTTCATACATG  900

seq1  TGCTCACCAGAGTAGTAACATGGTGCCATCTTAGTCAAT-GGAACTGTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCTCACCAGAGTAGTAACATGGTGCCATCTTAGTCAATGGGAACTGTTA  950

seq1  GCACAAA-CCTTAAGTCCATTTTAACATGGTAAGGATAAGCA-TTTTCTC  996
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||   |||| |||||||
seq2  GCACAAACCCTTAAGTCCATTTTAACATGGTAAGGGATAGCATTTTTCTC  1000

seq1  CCAATGACTCACATTTCTGGCCTCAGAACTAGGAGGATG-CCATACTCTG  1045
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCAATGACTCACA-TTCTGGCCTCAGAACTAGGAGGATGCCCATACTCTG  1049

seq1  GGCCACAATTCTAAGCTGGGTTTGATTGTTTTTAATAATGAAAACAATTT  1095
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  GG-CACAATTCTAAGCTGGGTTTGATTGTTTTTAATATTGAAAAC-ATTT  1097

seq1  ACA-CACAG-TTATATTCACTCCTTTTAGAAG--TACATGTCTACAAATT  1141
      ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| | ||
seq2  ACACCACAGCTTATATTCACTCCTTTTAGGAGGTTACATGTCTAC-AGTT  1146

seq1  CTGACAACTGC  1152
      ||||| |||||
seq2  CTGACCACTGC  1157

seq1: chr6_59521514_59522257
seq2: B6Ng01-337G08.g_66_809 (reverse)

seq1  CACAAACACACACACACACACACACACACACACACATCTCCTGATGCTGT  50
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACATCTCCTGATGCTGT  50

seq1  TTCTAAAGTTCATCTTTTTTAAATTATATATATATATATATATATGTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAAGTTCATCTTTTTTAAATTATATATATATATATATATATGTGTG  100

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAATTTGGTGGTGTTAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAAATTTGGTGGTGTTAAAAT  150

seq1  TATAGGTACTATACATTTTGAATTATTTTGCTGTCAGCAAATCATAGATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGTACTATACATTTTGAATTATTTTGCTGTCAGCAAATCATAGATC  200

seq1  TCAAAAATTATTTGATGTTGGGAATGACAGCATGTGCCTATAGTTAGGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATTATTTGATGTTGGGAATGACAGCATGTGCCTATAGTTAGGCC  250

seq1  ATTTTGGGAGACTCAGGGAACAGAATCACAAGTTTCTGGGCTACAGAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGGAGACTCAGGGAACAGAATCACAAGTTTCTGGGCTACAGAGTG  300

seq1  TTCAAGGTCAGTCTATACAACATAGTCAAACACCTTTCTTTAAAAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGGTCAGTCTATACAACATAGTCAAACACCTTTCTTTAAAAAAAAA  350

seq1  GTGAAGGAAGAAGAGCTGAGGTTGGGATGCTGCTCGATGGTAGCGTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGGAAGAAGAGCTGAGGTTGGGATGCTGCTCGATGGTAGCGTTTTT  400

seq1  GCACTGGGTTCAAGCCTCGATTATGGAATTCAAAGGAAAAGGAAGAAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGGTTCAAGCCTCGATTATGGAATTCAAAGGAAAAGGAAGAAAAC  450

seq1  AGTTCAACTGGCTAGAATGAAGTAATTGTTCAATAAAAAATCATCACATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAACTGGCTAGAATGAAGTAATTGTTCAATAAAAAATCATCACATT  500

seq1  AAGTACTGAAGTGGGACAAGGGTTTGGAAGTTTTGAAAGGAAGAGAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACTGAAGTGGGACAAGGGTTTGGAAGTTTTGAAAGGAAGAGAATTT  550

seq1  GATAACTCATCAACTTCAGTAAACTACATGGATGGTCAATCATAGATCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACTCATCAACTTCAGTAAACTACATGGATGGTCAATCATAGATCAT  600

seq1  CCCTGAGTTTCCTTTAAGCTACTGAAGCACAAAGAAAGAGCAGATATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGTTTCCTTTAAGCTACTGAAGCACAAAGAAAGAGCAGATATTTA  650

seq1  ACAGATGAACTCTGCAACCAGTCTTGGGTGTCAGCACGACTGCAACTGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGAACTCTGCAACCAGTCTTGGGTGTCAGCACGACTGCAACTGGA  700

seq1  ATCAACTAAAACCCAAGTGAGTGGGCATTCCTGTGAGAGAATTC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTAAAACCCAAGTGAGTGGGCATTCCTGTGAGAGAATTC  744