BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338A04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 101,669,026 - 101,832,161
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBC049816, Ppp4r2, EG545870, LOC100043321, Pdzrn3
Downstream geneEG666084, Cntn3, EG666123
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338A04.bB6Ng01-338A04.g
ACCGA122449GA122450
length1,1441,188
definitionB6Ng01-338A04.b B6Ng01-338A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,831,001 - 101,832,161)(101,669,026 - 101,670,163)
sequence
gaattctgtgtttatgaaagcatggatgcactaaaatgaaaatgtgaagg
ttgtttgacagacatggagtaagaatcacacacacacacacacacacaca
cacacacacacacacacacaaacactggttgaaaagagtttcattcttat
ggattgttttaaaataaagttgttggggcattctctggacttccctggtg
gctttataacttgaccccctatcaagagccccaactgaatagtatgtaga
catttgacagtattcaccaagaattgaatccatgaccatcgttggtggga
aaatgtgctgaagctcaagactatgatgtcaaataccttaggattttcat
agaaactacacctattctctaatataatttaaataacttctgacttcctc
atgatacttgagacaaagcaaatattctgtaagtaattgttatgctgtat
ggtataaggaatgatgacaaagggaaaatgttggtacatgcacagtacaa
aagcaattaaatgtattttccaactgtgtttgcttaaatctgtgggttta
gaacctgcaaatgacagagaatcacccaaatatttcaagactttcttcct
gatttctcacttcattttttttgtaggtaacttctaagttgaaaatattc
ttcagttccttaaggaaagggcattcttgtagagaaataattttagaaag
aaaataatgagcatgctgttcaacgccaatgccatcgagaacaacacaat
gagaagccttatgcgtcattgtgaccttttcaaatctcggtgctacctac
aggtactgacatctaatgaagccggccgagtggcatggaggtcaatgttc
aagctgcccctgaaagagttaattaaatttccaaagattctctgctggac
cccagggaatagttttaaagctattagtctccaatgccttacagacaaaa
aggctgaatgttatgtgcaggcctgcctcttagggattcttcacttaaac
aattcctgttgaaatgatcatggttggtcccaaatgaaaaacagcatacg
agattcagaaatctgagtattgtgagttggaggatttaggtcctcctgag
tgtgggatcaaagcgagaaactgtattaaacaaaaggaccttga

gaattccatctaaaattgatcagaatggttggtatgaagaaaagaaataa
cgagccaggcatgggggcatacaccgttaatcccagtacttgagaggcag
aagcacgtagaagatctctgtgactccaaggccaacttggtctacacagt
gagttccaggacagactaaggatgtggggtgaaaacaattcttatattct
tggcaagactgcaagtttacgttacccattataggaatttgcatggatag
ccacacaacatctgaaaatagagctaccatatggcttagccatatcactc
ctgcatatttgcaaagactctaagtttagagatatctctgtacctatagt
tatgaaatgctattcaagataaccaagtcacagaatcagttcatttacct
agctaaggaataacagagagataacatgagtcaagtacgcagtgtggagc
attactgagacaagaataaagttatgttatcttcaggcagaaaaatggaa
ctggagaccatcatgtttattaaatatacaacttagaatgacaaatgtca
tgctttcattaataggcataattgatatattaaaaacatacattaattag
aaggggcattaattaggaagaggaagggaccgagtgaggagcaacagaga
taagagagtttaatacaaaaatattaagatgctacatgcttataatatta
tgatgaagcccataattttgtgcaatgcatatacactggagaaagtggga
agcttgatggctattgattggacaagaaattagtttgtaggatacacaac
gagttttaaatattgatcataataagaaaatcagtcactaaatggacaaa
tgaactaaatagaaagtttcccaaagaagtacaataaccaataaaatcat
gaaaaaaaagttcaatgtttttagccattagggacataaaatatataaaa
gtaaaagtcctctgatgataggtcaattaacattatgtatacgtatatgc
atacatgtatgtgtgcatatacagtgtatacatgtctgcacatagtaata
taacattttttgatggtggaaatcaagaaatgactgcatcaaatactcat
tactgccacttaacataacctgcctacacctcgaattcgattattataga
atatctattttggaactggttttaattgaggagaaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_101831001_101832161
seq2: B6Ng01-338A04.b_48_1191 (reverse)

seq1  TCAAGGTCCTTTTTGTTTTAATTAACAGTTTCCTCTGCTTTTGAATCACA  50
      |||||||||||||   ||||||  ||||||| ||| |||||     ||||
seq2  TCAAGGTCCTTTT--GTTTAAT--ACAGTTT-CTC-GCTTTGATCCCACA  44

seq1  CTCAGGAGGAACTTAAAATCCTCAAACTTCACAATACTCAGATTTTCCTG  100
      |||||||||| ||  |||||||| ||| |||||||||||||||||  |||
seq2  CTCAGGAGGACCT--AAATCCTCCAAC-TCACAATACTCAGATTT--CTG  89

seq1  AATCTTCGTATGCTGTTTTTCATTTGGGACCAACCATGATCATTTCAACA  150
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATC-TCGTATGCTGTTTTTCATTTGGGACCAACCATGATCATTTCAACA  138

seq1  GGAATTGTTTTAAGTGGAAGAATCCCTAAGAGGCAGGCCCTGCACATAAA  200
      ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  GGAATTG-TTTAAGT-GAAGAATCCCTAAGAGGCAGG-CCTGCACAT-AA  184

seq1  CATTCAGCCTTTTTGTCTGTAAAGGCATTGGAGACTAATAGCTTTAAAAC  250
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAGCCTTTTTGTCTGT-AAGGCATTGGAGACTAATAGCTTTAAAAC  233

seq1  TATTCCCTGGGGTCCAGCAGAGAATCTTTGGAAATTTAATTAACTCTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCCTGGGGTCCAGCAGAGAATCTTTGGAAATTTAATTAACTCTTTC  283

seq1  AGGGGCAGCTTGAACATTGACCTCCATGCCACTCGGCCGGCTTCATTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCAGCTTGAACATTGACCTCCATGCCACTCGGCCGGCTTCATTAGA  333

seq1  TGTCAGTACCTGTAGGTAGCACCGAGATTTGAAAAGGTCACAATGACGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTACCTGTAGGTAGCACCGAGATTTGAAAAGGTCACAATGACGCA  383

seq1  TAAGGCTTCTCATTGTGTTGTTCTCGATGGCATTGGCGTTGAACAGCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCTTCTCATTGTGTTGTTCTCGATGGCATTGGCGTTGAACAGCATG  433

seq1  CTCATTATTTTCTTTCTAAAATTATTTCTCTACAAGAATGCCCTTTCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTATTTTCTTTCTAAAATTATTTCTCTACAAGAATGCCCTTTCCTT  483

seq1  AAGGAACTGAAGAATATTTTCAACTTAGAAGTTACCTACAAAAAAAATGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACTGAAGAATATTTTCAACTTAGAAGTTACCTACAAAAAAAATGA  533

seq1  AGTGAGAAATCAGGAAGAAAGTCTTGAAATATTTGGGTGATTCTCTGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAAATCAGGAAGAAAGTCTTGAAATATTTGGGTGATTCTCTGTCA  583

seq1  TTTGCAGGTTCTAAACCCACAGATTTAAGCAAACACAGTTGGAAAATACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGGTTCTAAACCCACAGATTTAAGCAAACACAGTTGGAAAATACA  633

seq1  TTTAATTGCTTTTGTACTGTGCATGTACCAACATTTTCCCTTTGTCATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTGCTTTTGTACTGTGCATGTACCAACATTTTCCCTTTGTCATCA  683

seq1  TTCCTTATACCATACAGCATAACAATTACTTACAGAATATTTGCTTTGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTATACCATACAGCATAACAATTACTTACAGAATATTTGCTTTGTC  733

seq1  TCAAGTATCATGAGGAAGTCAGAAGTTATTTAAATTATATTAGAGAATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTATCATGAGGAAGTCAGAAGTTATTTAAATTATATTAGAGAATAG  783

seq1  GTGTAGTTTCTATGAAAATCCTAAGGTATTTGACATCATAGTCTTGAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAGTTTCTATGAAAATCCTAAGGTATTTGACATCATAGTCTTGAGCT  833

seq1  TCAGCACATTTTCCCACCAACGATGGTCATGGATTCAATTCTTGGTGAAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCACATTTTCCCACCAACGATGGTCATGGATTCAATTCTTGGTGAAT  883

seq1  ACTGTCAAATGTCTACATACTATTCAGTTGGGGCTCTTGATAGGGGGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCAAATGTCTACATACTATTCAGTTGGGGCTCTTGATAGGGGGTCA  933

seq1  AGTTATAAAGCCACCAGGGAAGTCCAGAGAATGCCCCAACAACTTTATTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAAAGCCACCAGGGAAGTCCAGAGAATGCCCCAACAACTTTATTT  983

seq1  TAAAACAATCCATAAGAATGAAACTCTTTTCAACCAGTGTTTGTGTGTGT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACAATCCATAAGAATGAAACTCTTTTCAACCAGTGTTTGTGTGTGT  1033

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATTCTTACTCCATGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGATTCTTACTCCATGT  1083

seq1  CTGTCAAACAACCTTCACATTTTCATTTTAGTGCATCCATGCTTTCATAA  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCAAACAACCTTCACATTTTCATTTTAGTGCATCCATGCTTTCATAA  1133

seq1  ACACAGAATTC  1161
      |||||||||||
seq2  ACACAGAATTC  1144


seq1: chr6_101669026_101670163
seq2: B6Ng01-338A04.g_133_1253

seq1  CATACACCGTTAATCCCAGTACTTGAGAGGCAGAAGCACGTAGAAGATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACCGTTAATCCCAGTACTTGAGAGGCAGAAGCACGTAGAAGATCT  50

seq1  CTGTGACTCCAAGGCCAACTTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGACTCCAAGGCCAACTTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGACT  100

seq1  AAGGATGTGGGGTGAAAACAATTCTTATATTCTTGGCAAGACTGCAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGTGGGGTGAAAACAATTCTTATATTCTTGGCAAGACTGCAAGTT  150

seq1  TACGTTACCCATTATAGGAATTTGCATGGATAGCCACACAACATCTGAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTTACCCATTATAGGAATTTGCATGGATAGCCACACAACATCTGAAA  200

seq1  ATAGAGCTACCATATGGCTTAGCCATATCACTCCTGCATATTTGCAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGCTACCATATGGCTTAGCCATATCACTCCTGCATATTTGCAAAGA  250

seq1  CTCTAAGTTTAGAGATATCTCTGTACCTATAGTTATGAAATGCTATTCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGTTTAGAGATATCTCTGTACCTATAGTTATGAAATGCTATTCAA  300

seq1  GATAACCAAGTCACAGAATCAGTTCATTTACCTAGCTAAGGAATAACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACCAAGTCACAGAATCAGTTCATTTACCTAGCTAAGGAATAACAGA  350

seq1  GAGATAACATGAGTCAAGTACGCAGTGTGGAGCATTACTGAGACAAGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAACATGAGTCAAGTACGCAGTGTGGAGCATTACTGAGACAAGAAT  400

seq1  AAAGTTATGTTATCTTCAGGCAGAAAAATGGAACTGGAGACCATCATGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTATGTTATCTTCAGGCAGAAAAATGGAACTGGAGACCATCATGTT  450

seq1  TATTAAATATACAACTTAGAATGACAAATGTCATGCTTTCATTAATAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAATATACAACTTAGAATGACAAATGTCATGCTTTCATTAATAGGC  500

seq1  ATAATTGATATATTAAAAACATACATTAATTAGAAGGGGCATTAATTAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTGATATATTAAAAACATACATTAATTAGAAGGGGCATTAATTAGG  550

seq1  AAGAGGAAGGGACCGAGTGAGGAGCAACAGAGATAAGAGAGTTTAATACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGAAGGGACCGAGTGAGGAGCAACAGAGATAAGAGAGTTTAATACA  600

seq1  AAAATATTAAGATGCTACATGCTTATAATATTATGATGAAGCCCATAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTAAGATGCTACATGCTTATAATATTATGATGAAGCCCATAATT  650

seq1  TTGTGCAATGCATATACACTGGAGAAAGTGGGAAGCTTGATGGCTATTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCAATGCATATACACTGGAGAAAGTGGGAAGCTTGATGGCTATTGA  700

seq1  TTGGACAAGAAATTAGTTTGTAGGATACACAACGAGTTTTAAATATTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACAAGAAATTAGTTTGTAGGATACACAACGAGTTTTAAATATTGAT  750

seq1  CATAATAAGAAAATCAGTCACTAAATGGACAAATGAACTAAATAGAAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATAAGAAAATCAGTCACTAAATGGACAAATGAACTAAATAGAAAGT  800

seq1  TTCCAAAAGAAGTACAATAACCAATAAAATCATGAAAAAAAAGTTCAATG  850
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAAGAAGTACAATAACCAATAAAATCATGAAAAAAAAGTTCAATG  850

seq1  TTTTTAGCCATTAGGGACATAAAATATATAAAAAGTAAAAGTCCTCTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAGCCATTAGGGACATAAAATATAT-AAAAGTAAAAGTCCTCTGAT  899

seq1  GATAGGTCAATTAACATTATGTATACGTATATGCATAACATGTATGTGTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GATAGGTCAATTAACATTATGTATACGTATATGCAT-ACATGTATGTGTG  948

seq1  CAATATACAAGTGTATACATGTTCCTGCACATAGTAATATAACATTTTTT  1000
      | |||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  C-ATATAC-AGTGTATACATGT--CTGCACATAGTAATATAACATTTTTT  994

seq1  GATTGTGGAAAATCAAGAAATAGACTTGGCATCAAAATTACTCATTACTG  1050
      ||| |||| |||||||||||| ||||  ||||||||  ||||||||||||
seq2  GATGGTGG-AAATCAAGAAAT-GACT--GCATCAAA--TACTCATTACTG  1038

seq1  CCAC-TAACATAACTTGCCTTACCACCTCAAAATTTCTACATTTATTATA  1099
      |||| ||||||||| |||||   |||||| ||  ||| |   ||||||||
seq2  CCACTTAACATAACCTGCCT--ACACCTCGAA--TTCGA---TTATTATA  1081

seq1  GATTATCTAATTTGTGAACTGGTTTT-ATTGA-GAGAAATG  1138
      || |||||| |||| ||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  GAATATCTATTTTG-GAACTGGTTTTAATTGAGGAGAAATG  1121


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |