BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338G20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 106,809,536 - 106,840,861
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn4, Il5ra, Trnt1, Crbn
Downstream genePpia-ps6_1128.1, Lrrn1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338G20.bB6Ng01-338G20.g
ACCGA122737GA122738
length1,1351,133
definitionB6Ng01-338G20.b B6Ng01-338G20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,839,734 - 106,840,861)(106,809,536 - 106,810,687)
sequence
gaattctttaaaaacataataaggatgttaaagttaagtccccacaattg
atggcttctggtggagtgcagggaggtggggggtgactcagttctatcta
aagggcaggctactgtgaatttgaacatggtccagtaactatatatataa
aacacaaattgaacatttttttttatttttactttttattttcttttgga
aagagaggtcacaaaggtgggggcagacatggaagggttgggaaatgagt
gtgatggcgtgcaggatatgaaaatttttaaaaatcaataaaaatatgtg
ttaaagagcatggggcttattcttctcccctcagcatccctgagttgcct
ataattcttagtctagggatggggccctgtgatgtgccctccatgtcaat
atgtttactggcagtgtacttctgctcttgtctaggtagtcatattgaag
aagtagcatgggtgaattgtccctgtcatttttttaggagacagtctcat
agtagatttagaatgttctttgagatatgtttcactgcatgatttctgta
ctctactaaatgtgttagaccactatttatcacctacactcaggattaaa
acagttactcttcctcagtagcactcactcaggtgaaggataaaggatac
caaagtatcatcaaaaattttttttcttgagctagaggaacttagcaccc
tggaaagaggacagagtgcttcaacaggcatcttgttgtgaggaattgcc
tttcctgtggccccctatgttctgagactattaagaatatgctaggtatg
gtgatatatgcctatgattctagcactcaagaagtgaaaggcaggtggat
actggctttaaggatagcctggactatgtagcacattccaaaacaaacaa
acaaaaacatatacatcacgataatgattttacaactgaaataaagggtt
agcatgtacctatttttctctgtgtatgctaaacacagatctgatagaat
gattaaatagaaagaataagatgaaatccagatgataataagttctcttt
taaagaaggacatggcaaaacttaggtaaagaaatttactaagccagaac
agatagcattcttgagcctctatgagccaggcaaa

gaattcaagtgagttttgctcacatgaccttgcttaacactgagagtgct
ctcagaatataaattgtctagtacccttaataaagttggctgttgcatga
tactttagtgcaccttatttttaggccccactctctctctggttcatgca
gccaaacagagtagcaacaattgtcatggaagggagcatggtggcatgaa
gccatggtgctggagaagtttctggatctgcaggcatcagtaagagagaa
agccacttgccctagcttgtgattctgaaaccttatagcccgcccatagt
gacacacttcctgcaatgaggtcatacctcttaatcttttcaaatagtac
cattctttgttaatcaggctttcaaatatatgagtttatgggagccattc
ttatttaaaccaccaaaaaatgattattaacattaaatgggtctttcttc
ttctgcctcatctatactgaaatacaatgctatatactagccttgctttc
tctgtgataccaacataagtactaagtgggtagaaactgaaataattatg
agaaatgaaaaaagcacaaagaaaaaggaaattagctctgaacttttctt
ctcagcatatttttttcttaatttatctggagacaaggaatttttaaatg
atgatatgaaaatgccagttacatttagtggatcaacagtagccataaaa
ctaaatttaatattatacttaataaaatgctctgcattccctgaattaca
gtttaggaaagtgattcactccatcataattgctttttctacatgtgaag
ctgattgttgcgtctaaccatctgctttggtgcttgtgaaataaagcctg
cttcaaaactaccacaaaaccagccttgctgatgaacataactaacctct
tcaagtgatgtctgctgattcttttatttttatactattcttaattatgt
gctgcctctgattcataatatatcagtgctatctgtttagttcactctgc
tctcacacttgaccagcatgcccagcttcagaaagccaccttactgattt
tacacttctcttgtgtttaatatctgcagtaactcaacagccatttccaa
gaagcttcttgtaagtgagagaaaagcactgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_106839734_106840861
seq2: B6Ng01-338G20.b_53_1176 (reverse)

seq1  TTTGCACTGGCTCATAGGAAGCTCAGAAATTGCTATCTGTTCTGGCTTAG  50
      ||||| |||||||||| || ||||| | | ||||||||||||||||||||
seq2  TTTGC-CTGGCTCATA-GAGGCTCA-AGAATGCTATCTGTTCTGGCTTAG  47

seq1  TAAATTTCTTTACCCTAAGTTTT-CCATGTCCTTCTTTAAAAGAGAACTT  99
      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTCTTTA-CCTAAGTTTTGCCATGTCCTTCTTTAAAAGAGAACTT  96

seq1  ATTATCCATCTGGATTTCATC-TATTCTTTCTTATTTAATCATTCTATCA  148
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATTAT-CATCTGGATTTCATCTTATTCTTTC-TATTTAATCATTCTATCA  144

seq1  GATCTGTGTTTAGCATACACAGAGAAAAATAGGTACATGCTAACCCTTTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGTGTTTAGCATACACAGAGAAAAATAGGTACATGCTAACCCTTTA  194

seq1  TTTCAGTTGTAAAATCATTATCGTGATGTATATGTTTTTTGTTTGTTTGT  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTTCAGTTGTAAAATCATTATCGTGATGTATATG-TTTTTGTTTGTTTGT  243

seq1  TTTGGAATGTGCTACATAGTCCAGGCTATCCTTAAAGCCAGTATCCACCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGAATGTGCTACATAGTCCAGGCTATCCTTAAAGCCAGTATCCACCT  293

seq1  GCC-TTCACTTCTTGAGTGCTAGAATCATAGGCATATATCACCATACCTA  347
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCACTTCTTGAGTGCTAGAATCATAGGCATATATCACCATACCTA  343

seq1  GCATATTCTTAATAGTCTCAGAACATAGGGGGCCACAGGAAAGGCAATTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATTCTTAATAGTCTCAGAACATAGGGGGCCACAGGAAAGGCAATTC  393

seq1  CTCACAACAAGATGCCTGTTGAAGCACTCTGTCCTCTTTCCAGGGTGCTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAACAAGATGCCTGTTGAAGCACTCTGTCCTCTTTCCAGGGTGCTA  443

seq1  AGTTCCTCTAGCTCAAGAAAAAAAATTTTTGATGATACTTTGGTATCCTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCTCTAGCTCAAGAAAAAAAATTTTTGATGATACTTTGGTATCCTT  493

seq1  TATCCTTCACCTGAGTGAGTGCTACTGAGGAAGAGTAACTGTTTTAATCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTCACCTGAGTGAGTGCTACTGAGGAAGAGTAACTGTTTTAATCC  543

seq1  TGAGTGTAGGTGATAAATAGTGGTCTAACACATTTAGTAGAGTACAGAAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTAGGTGATAAATAGTGGTCTAACACATTTAGTAGAGTACAGAAA  593

seq1  TCATGCAGTGAAACATATCTCAAAGAACATTCTAAATCTACTATGAGACT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCAGTGAAACATATCTCAAAGAACATTCTAAATCTACTATGAGACT  643

seq1  GTCTCCTAAAAAAATGACAGGGACAATTCACCCATGCTACTTCTTCAATA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTAAAAAAATGACAGGGACAATTCACCCATGCTACTTCTTCAATA  693

seq1  TGACTACCTAGACAAGAGCAGAAGTACACTGCCAGTAAACATATTGACAT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTACCTAGACAAGAGCAGAAGTACACTGCCAGTAAACATATTGACAT  743

seq1  GGAGGGCACATCACAGGGCCCCATCCCTAGACTAAGAATTATAGGCAACT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGCACATCACAGGGCCCCATCCCTAGACTAAGAATTATAGGCAACT  793

seq1  CAGGGATGCTGAGGGGAGAAGAATAAGCCCCATGCTCTTTAACACATATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGATGCTGAGGGGAGAAGAATAAGCCCCATGCTCTTTAACACATATT  843

seq1  TTTATTGATTTTTAAAAATTTTCATATCCTGCACGCCATCACACTCATTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTGATTTTTAAAAATTTTCATATCCTGCACGCCATCACACTCATTT  893

seq1  CCCAACCCTTCCATGTCTGCCCCCACCTTTGTGACCTCTCTTTCCAAAAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACCCTTCCATGTCTGCCCCCACCTTTGTGACCTCTCTTTCCAAAAG  943

seq1  AAAATAAAAAGTAAAAATAAAAAAAAATGTTCAATTTGTGTTTTATATAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAAAAGTAAAAATAAAAAAAAATGTTCAATTTGTGTTTTATATAT  993

seq1  ATAGTTACTGGACCATGTTCAAATTCACAGTAGCCTGCCCTTTAGATAGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTACTGGACCATGTTCAAATTCACAGTAGCCTGCCCTTTAGATAGA  1043

seq1  ACTGAGTCACCCCCCACCTCCCTGCACTCCACCAGAAGCCATCAATTGTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTCACCCCCCACCTCCCTGCACTCCACCAGAAGCCATCAATTGTG  1093

seq1  GGGACTTAACTTTAACATCCTTATTATGTTT  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTAACTTTAACATCCTTATTATGTTT  1124


seq1: chr6_106809536_106810687
seq2: B6Ng01-338G20.g_62_1194

seq1  GAATTCAAGTGAGTTTTGCTCACATGACCTTGCTTAACACTGAGAGTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTGAGTTTTGCTCACATGACCTTGCTTAACACTGAGAGTGCT  50

seq1  CTCAGAATATAAATTGTCTAGTACCCTTAATAAAGTTGGCTGTTGCATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAATATAAATTGTCTAGTACCCTTAATAAAGTTGGCTGTTGCATGA  100

seq1  TACTTTAGTGCACCTTATTTTTAGGCCCCACTCTCTCTCTGGTTCATGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAGTGCACCTTATTTTTAGGCCCCACTCTCTCTCTGGTTCATGCA  150

seq1  GCCAAACAGAGTAGCAACAATTGTCATGGAAGGGAGCATGGTGGCATGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAACAGAGTAGCAACAATTGTCATGGAAGGGAGCATGGTGGCATGAA  200

seq1  GCCATGGTGCTGGAGAAGTTTCTGGATCTGCAGGCATCAGTAAGAGAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGTGCTGGAGAAGTTTCTGGATCTGCAGGCATCAGTAAGAGAGAA  250

seq1  AGCCACTTGCCCTAGCTTGTGATTCTGAAACCTTATAGCCCGCCCATAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTTGCCCTAGCTTGTGATTCTGAAACCTTATAGCCCGCCCATAGT  300

seq1  GACACACTTCCTGCAATGAGGTCATACCTCTTAATCTTTTCAAATAGTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACTTCCTGCAATGAGGTCATACCTCTTAATCTTTTCAAATAGTAC  350

seq1  CATTCTTTGTTAATCAGGCTTTCAAATATATGAGTTTATGGGAGCCATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTTTGTTAATCAGGCTTTCAAATATATGAGTTTATGGGAGCCATTC  400

seq1  TTATTTAAACCACCAAAAAATGATTATTAACATTAAATGGGTCTTTCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAAACCACCAAAAAATGATTATTAACATTAAATGGGTCTTTCTTC  450

seq1  TTCTGCCTCATCTATACTGAAATACAATGCTATATACTAGCCTTGCTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCTCATCTATACTGAAATACAATGCTATATACTAGCCTTGCTTTC  500

seq1  TCTGTGATACCAACATAAGTACTAAGTGGGTAGAAACTGAAATAATTATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATACCAACATAAGTACTAAGTGGGTAGAAACTGAAATAATTATG  550

seq1  AGAAATGAAAAAAGCACAAAGAAAAAGGAAATTAGCTCTGAACTTTTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGAAAAAAGCACAAAGAAAAAGGAAATTAGCTCTGAACTTTTCTT  600

seq1  CTCAGCATATTTTTTTCTTAATTTATCTGGAGACAAGGAATTTTTAAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCATATTTTTTTCTTAATTTATCTGGAGACAAGGAATTTTTAAATG  650

seq1  ATGATATGAAAATGCCAGTTACATTTAGTGGATCAACAGTAGCCATAAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATGAAAATGCCAGTTACATTTAGTGGATCAACAGTAGCCATAAAA  700

seq1  CTAAATTTAATATTATACTTAATAAAATGCTCTGCATTCCCTGAATTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATTTAATATTATACTTAATAAAATGCTCTGCATTCCCTGAATTACA  750

seq1  GTTTAGGAAAGTGATTCACTCCATCATAATTGCTTTTTCTACATGTGAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGGAAAGTGATTCACTCCATCATAATTGCTTTTTCTACATGTGAAG  800

seq1  CTGATTGTTGCGTCTAACCATCTGCTTTGGTGCTTGTGAAATAAAGCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGTTGCGTCTAACCATCTGCTTTGGTGCTTGTGAAATAAAGCCTG  850

seq1  CTTCAAAACTACCACAAAACCAGCCTTGCTGATGAACATAACTAACCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAAACTACCACAAAACCAGCCTTGCTGATGAACATAACTAACCTCT  900

seq1  TCAAGTGATGTCTGCTGATTCTTTTATTTTTATACTATTCTTAATTATTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TCAAGTGATGTCTGCTGATTCTTTTATTTTTATACTATTCTTAATTAT--  948

seq1  TTGCTGCCTCTTGATTCATAATATATCAGTTGCTATTCTGTTTAGTTCAC  1000
       ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  GTGCTGCCTC-TGATTCATAATATATCAG-TGCTA-TCTGTTTAGTTCAC  995

seq1  TCTGCTCTCACACCTTGACCAGCATGCCCAAGCTTCAGAAAGCCACCTTA  1050
      |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTCTCACA-CTTGACCAGCATGCCC-AGCTTCAGAAAGCCACCTTA  1043

seq1  ACTTGATTTTTACACTTCTCCTTGTGTTTAATAATTCCTTGCAGTAAACT  1100
         ||| |||||||||||| |||||||||||||  ||  |||||| ||||
seq2  --CTGA-TTTTACACTTCT-CTTGTGTTTAATA--TC--TGCAGT-AACT  1084

seq1  CAACAAGCCA-TTCCAAGAGCCTTTCCTGTAAAAGTGAGAGAAAAGCACT  1149
      |||| ||||| ||||||||  | ||| |||  ||||||||||||||||||
seq2  CAAC-AGCCATTTCCAAGAAGC-TTCTTGT--AAGTGAGAGAAAAGCACT  1130

seq1  GTA  1152
      |||
seq2  GTA  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |