BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-338O05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 64,169,405 - 64,256,754
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGrid2
Upstream genenone
Downstream geneAtoh1, LOC100041833, LOC667115, Smarcad1, Ptgds2, LOC100042741, LOC100041858, LOC634745
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-338O05.bB6Ng01-338O05.g
ACCGA123043GA123044
length1,127860
definitionB6Ng01-338O05.b B6Ng01-338O05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,169,405 - 64,170,536)(64,255,892 - 64,256,754)
sequence
gaattcttcatcatgtgtcctctctcatgtttgctttagcagaaaatcct
ttcacctgtgtctgcttcagataaacgttctttcaagagtctgccttagc
ctttcacctgtgtccacttgagtgaaatgttccttcatgtgttggccccc
aaaaaacagcatccaatacaactaactttccaaagaactcttaagttttt
gcttcgcttccatatgccataaactaggtaagtgagataatgttgcacac
taattgtaatggaataaataaatttgacctgaggtaatggtgtacctcca
gggctcagagcagcatatattctagacagaaaaaggcagagtgttttctt
taaagaaaaatccaagagacttaatgaattatctcaaaattaacaaatgt
gctactctgagaaattcacagaaatgaacattttccaagaaatttgttat
tttccagtggaaaacatacatactctgccttccggactaagagcaaactc
cctagcattgtccacatagccttccctacccattcacaggatgtcccata
cctatgtgaacagtaacacacatgcatactcatattcctcatcctgtaac
tttggtaccagctgtataaaataaaggtaaagctaggccttatgggaaaa
aagttatatgttaaaaatgagtaaatagccctttcccatacagagactag
gggatgaatttatgtttatactgtacttccgttcactgacaattgttctt
tactaagcagagattcctcagaaatcatgctctctgtgacagtttcccaa
gcagagtgaaaacatgcccaagttgttgccaaagctcagtatctgatcca
catctttgcatgtcctatgttgggaatgcgacaaaaggccagggtgatca
gccttcagagatcaggagaggttattggcacttacaaccaggtggtagat
acaatgcaatcttgaattacttaactataattacaaatacaattataagc
tgactagaaatgcttattattccgtgtatttcctccttgtaggcaattta
caaacctacatcagaaaatttgtctcagataataggtcttagtcattgac
agtagaaagaaactcagtcttcattca

gaattcaaggcaaaaactcaaggtaggagcctggaagctggaatagaagt
agagaccagagtggaatgctgttgactagcatgttactcagggcttgctc
agcctgctttcctctacaacacagaaccacatgcttcagagtggcatgga
ctcgagggcactgatctcttccacattagtcattaatcaagaaaacatcc
cacagatttgtccacaatctatttgatggaggcatttcatcaactcgggc
tcccttttctcagataaactccatcttgtggtaagttgacaaaagagaaa
aagcaaagatcaagaagaccaccagcacacaaggtaatgcttgctgagaa
gaacaactaataaccctaggcaaagcatctgtgaggatgtgttctaagag
cctctaccaacccagctttcaccatggaggatgagtgtatatactctgaa
tgagagtttctgggatacttttgagagaagagacattgtgtgtttggagc
caaaggcataaaagtgatgtgtctgtgtagggcaaagctgagagagtttg
aaggccattgtggtaagtttacatgttcctttagcagagatggaaagctg
tgaagatgtgtagcaagaagatgggctctgagcaggggatggacatggcg
tgacattttaacagtcaactagaccatggatggttgagattcagaattgt
cacgaagaagcaagagaagaatttccaaatcactacttgccagggaaatc
taggtgtgtgtgtgtgtgtggttttttttgttttgtttttgtttttgttt
tgtctttggttcgtttgttttgcttagttttgagggggatctgctgtgat
tggcagttta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_64169405_64170536
seq2: B6Ng01-338O05.b_48_1174

seq1  GAATTCTTCATCATGTGTCCTCTCTCATGTTTGCTTTAGCAGAAAATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATCATGTGTCCTCTCTCATGTTTGCTTTAGCAGAAAATCCT  50

seq1  TTCACCTGTGTCTGCTTCAGATAAACGTTCTTTCAAGAGTCTGCCTTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTGTGTCTGCTTCAGATAAACGTTCTTTCAAGAGTCTGCCTTAGC  100

seq1  CTTTCACCTGTGTCCACTTGAGTGAAATGTTCCTTCATGTGTTGGCCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACCTGTGTCCACTTGAGTGAAATGTTCCTTCATGTGTTGGCCCCC  150

seq1  AAAAAACAGCATCCAATACAACTAACTTTCCAAAGAACTCTTAAGTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAGCATCCAATACAACTAACTTTCCAAAGAACTCTTAAGTTTTT  200

seq1  GCTTCGCTTCCATATGCCATAAACTAGGTAAGTGAGATAATGTTGCACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCGCTTCCATATGCCATAAACTAGGTAAGTGAGATAATGTTGCACAC  250

seq1  TAATTGTAATGGAATAAATAAATTTGACCTGAGGTAATGGTGTACCTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTAATGGAATAAATAAATTTGACCTGAGGTAATGGTGTACCTCCA  300

seq1  GGGCTCAGAGCAGCATATATTCTAGACAGAAAAAGGCAGAGTGTTTTCTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCAGAGCAGCATATATTCTAGACAGAAAAAGGCAGAGTGTTTTCTT  350

seq1  TAAAGAAAAATCCAAGAGACTTAATGAATTATCTCAAAATTAACAAATGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAAAATCCAAGAGACTTAATGAATTATCTCAAAATTAACAAATGT  400

seq1  GCTACTCTGAGAAATTCACAGAAATGAACATTTTCCAAGAAATTTGTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTCTGAGAAATTCACAGAAATGAACATTTTCCAAGAAATTTGTTAT  450

seq1  TTTCCAGTGGAAAACATACATACTCTGCCTTCCGGACTAAGAGCAAACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGTGGAAAACATACATACTCTGCCTTCCGGACTAAGAGCAAACTC  500

seq1  CCTAGCATTGTCCACATAGCCTTCCCTACCCATTCACAGGATGTCCCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGCATTGTCCACATAGCCTTCCCTACCCATTCACAGGATGTCCCATA  550

seq1  CCTATGTGAACAGTAACACACATGCATACTCATATTCCTCATCCTGTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTGAACAGTAACACACATGCATACTCATATTCCTCATCCTGTAAC  600

seq1  TTTGGTACCAGCTGTATAAAATAAAGGTAAAGCTAGGCCTTATGGGAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTACCAGCTGTATAAAATAAAGGTAAAGCTAGGCCTTATGGGAAAA  650

seq1  AAGTTATATGTTAAAAATGAGTAAATAGCCCTTTCCCATACAGAGACTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTATATGTTAAAAATGAGTAAATAGCCCTTTCCCATACAGAGACTAG  700

seq1  GGGATGAATTTATGTTTATACTGTACTTCCGTTCACTGACAATTGTTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGAATTTATGTTTATACTGTACTTCCGTTCACTGACAATTGTTCTT  750

seq1  TACTAAGCAGAGATTCCTCAGAAATCATGCTCTCTGTGACAGTTTCCCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAGCAGAGATTCCTCAGAAATCATGCTCTCTGTGACAGTTTCCCAA  800

seq1  GCAGAGTGAAAACATGCCCAAGTTGTTGCCAAAGCTCAGTATCTGATCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTGAAAACATGCCCAAGTTGTTGCCAAAGCTCAGTATCTGATCCA  850

seq1  CATCTTTGCATGTCCTATGTTGGGAATGCGACAAAAGGCCAGGGTGATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTGCATGTCCTATGTTGGGAATGCGACAAAAGGCCAGGGTGATCA  900

seq1  GCCTTCAGAGATCAGGAGAGGTTATTGGCACTTACAACCAGGTGGTAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAGAGATCAGGAGAGGTTATTGGCACTTACAACCAGGTGGTAGAT  950

seq1  ACAATGCAATCTTGAATTACTTAACTATAATTACAAATACAATTATAAAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACAATGCAATCTTGAATTACTTAACTATAATTACAAATACAATTAT-AAG  999

seq1  CTGACTAGAAATGCTTATTATTCCGTGTATTTCTCCTTTGTAGGCAAATT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||
seq2  CTGACTAGAAATGCTTATTATTCCGTGTATTTCCTCCTTGTAGGC-AATT  1048

seq1  TACAAA-CTACAATCAG-AAATTTGTCTCAGGATAATTAGGTC-TAGTCA  1097
      |||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||
seq2  TACAAACCTAC-ATCAGAAAATTTGTCTCA-GATAA-TAGGTCTTAGTCA  1095

seq1  TTGACAGTAGGAAAGAAACCTCAGTCTTCCATTCA  1132
      ||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||
seq2  TTGACAGTA-GAAAGAAA-CTCAGTCTT-CATTCA  1127


seq1: chr6_64255892_64256754
seq2: B6Ng01-338O05.g_67_925 (reverse)

seq1  AAACTGCCAATCACAGCAGATCCACCTCAAAACAAAACAAAACAAAACAA  50
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||| |||| |
seq2  AAACTGCCAATCACAGCAGATCCCCCTCAAAACTAAGCAAAAC-AAACGA  49

seq1  AACAAAGACAAAAACAAAAACAAAAACAAAAACAAAAAAAACCACACACA  100
      | ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAGAC-AAAACAAAAACAAAAAC-AAAACAAAAAAAACCACACACA  97

seq1  CACACACACCTAGATTTCCCTGGCAAGTAGTGATTTGGAAATTTCTTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CACACACACCTAGATTTCCCTGGCAAGTAGTGATTTGGAAA-TTCTTCTC  146

seq1  TTGCTTCTTCGTGACAATTCTGAATCTCAACCATCCATGGTCTAGTTGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTTCGTGACAATTCTGAATCTCAACCATCCATGGTCTAGTTGAC  196

seq1  TGTTAAAATGTCACGCCATGTCCATCCCCTGCTCAGAGCCCATCTTCTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAATGTCACGCCATGTCCATCCCCTGCTCAGAGCCCATCTTCTTG  246

seq1  CTACACATCTTCACAGCTTTCCATCTCTGCTAAAGGAACATGTAAACTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACATCTTCACAGCTTTCCATCTCTGCTAAAGGAACATGTAAACTTA  296

seq1  CCACAATGGCCTTCAAACTCTCTCAGCTTTGCCCTACACAGACACATCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAATGGCCTTCAAACTCTCTCAGCTTTGCCCTACACAGACACATCAC  346

seq1  TTTTATGCCTTTGGCTCCAAACACACAATGTCTCTTCTCTCAAAAGTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGCCTTTGGCTCCAAACACACAATGTCTCTTCTCTCAAAAGTATC  396

seq1  CCAGAAACTCTCATTCAGAGTATATACACTCATCCTCCATGGTGAAAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAACTCTCATTCAGAGTATATACACTCATCCTCCATGGTGAAAGCT  446

seq1  GGGTTGGTAGAGGCTCTTAGAACACATCCTCACAGATGCTTTGCCTAGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGTAGAGGCTCTTAGAACACATCCTCACAGATGCTTTGCCTAGGG  496

seq1  TTATTAGTTGTTCTTCTCAGCAAGCATTACCTTGTGTGCTGGTGGTCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAGTTGTTCTTCTCAGCAAGCATTACCTTGTGTGCTGGTGGTCTTC  546

seq1  TTGATCTTTGCTTTTTCTCTTTTGTCAACTTACCACAAGATGGAGTTTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTTTGCTTTTTCTCTTTTGTCAACTTACCACAAGATGGAGTTTAT  596

seq1  CTGAGAAAAGGGAGCCCGAGTTGATGAAATGCCTCCATCAAATAGATTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAAAGGGAGCCCGAGTTGATGAAATGCCTCCATCAAATAGATTGT  646

seq1  GGACAAATCTGTGGGATGTTTTCTTGATTAATGACTAATGTGGAAGAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAATCTGTGGGATGTTTTCTTGATTAATGACTAATGTGGAAGAGAT  696

seq1  CAGTGCCCTCGAGTCCATGCCACTCTGAAGCATGTGGTTCTGTGTTGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCCTCGAGTCCATGCCACTCTGAAGCATGTGGTTCTGTGTTGTAG  746

seq1  AGGAAAGCAGGCTGAGCAAGCCCTGAGTAACATGCTAGTCAACAGCATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGCAGGCTGAGCAAGCCCTGAGTAACATGCTAGTCAACAGCATTC  796

seq1  CACTCTGGTCTCTACTTCTATTCCAGCTTCCAGGCTCCTACCTTGAGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGGTCTCTACTTCTATTCCAGCTTCCAGGCTCCTACCTTGAGTTT  846

seq1  TTGCCTTGAATTC  863
      |||||||||||||
seq2  TTGCCTTGAATTC  859


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |