BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339K08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 35,939,549 - 36,064,340
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCnot4, Nup205, 1810058I24Rik, Slc13a4, BC064033, 1700065J11Rik, Mtpn, LOC100039312, LOC100039327
Downstream gene9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370, Ptn, LOC100039514, Dgki, EG665024
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339K08.bB6Ng01-339K08.g
ACCGA123584GA123585
length9151,091
definitionB6Ng01-339K08.b B6Ng01-339K08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,063,427 - 36,064,340)(35,939,549 - 35,940,629)
sequence
gaattcctatctagggaccagaggagaaacttctagggagattcatgtga
gagtcagaggaagaacataaaggcatcacggtgatcacacacccgcaaga
gaatcccaaagtgaataggcaatggaagaccaatttatgaataagtgatc
ttgaggaagacaaactagcaatggggacaaaattcaaatgaacagcatga
gccagatcaaagggaaagctattacaatggaagcacatgccaccaaatgt
acagaaatataaatatgagaaggcatttcctagttatcaggacaaaaccg
gcaggatattcctaataaaaaggaagcaaacaaagcaggcctctggattt
catttgcccaggaaattcgcaggactcaaagtgcacccacacagcccaga
ttttattccagctggaagacattttgtatacgatggaagacattgacttt
aaacaaacaagtaggggggaagcatccaggaaataaagcaataatgattc
cttcatttacacccacttgaagatagaaaatccacaaacataatgtagaa
ctaaagtaagttgattctaattggttgtgtgattaaattgcagaaaggtc
tggcaaagagaaccacatgtagataaatagacgaatagggaagttaataa
cattacacatgatgggcatctgggtattctattaatcacaaaaggaattc
acctattttgtactcacaataagttgttaagtatgaaccaggatgcatac
catatcctgctcataaaatagaaagagtggagagtaggtggggggtgaag
gaactggcttgatgatattttacagagaacctttaacattgtttctacac
ttgacactatgtacttacatatatatatatatatatatatatatatatat
gtatgtatgtatatg

gaattccctcttttaagcaaaattgctttggtgggactgagaatgacaaa
gaggcaaggtggtaggagaagaggcacagggttttcatgttaaaaagttc
tcttatgttaaaaatagctattgctattgaaaagggactagaaatgcagt
actctatcacacttacaaaatactgactttggtctgttctcttagaattc
accaggttgacctggcaggcaatgtcctgtatctgtctatcaccaaaata
tctggtcacagtggtgataaggtcaccagctgattactaatttgcattgt
cgtgaatgtgcagaagccgacaatggcatcttggagggcactcaatacct
agtcagtgtgccattttcttcagcaaagtaggaaaacacatgtctaaatc
tcaccactgtgaaccagcttgaaatttggcaattcagagctctttttttg
cctgacagctttctcgacatgtattgcaagtgtgttttgaactaacattg
tcaattagaaggctgtttcatttgttcagttcaaggtcagcaaaactata
catagcccccaaacaagttttgccctttgcagggtaaagtttgttatact
taaggatctggtattcttcttgggtgaaggcacagcaagaaacttgctaa
ggcccaatagtatagttagaaatgtgtagataggtatgctttgactggtc
tctaaaaattttcaatcttcccctttgttagattttttaaatatatacat
tcacagaatgtatcttgatcatattcaccctctctctccaggcattcttc
gttcatttgcaatctgtccacctatgcctttttttttttaaatgccccat
caagtccaatttgtgctgcccatatactctcagatatgtgacctttactg
gaaaggtagtcaacccaccagggcttccataaagaaaactgttttctccc
tctttcagcaatgatcagttgttctacagttccttagttagggggcgagg
cttcatgccagcctcccccttccatgctggctatttatctgccctggagc
ttggcacattctagggccatggctggtctcaactgctgtga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_36063427_36064340
seq2: B6Ng01-339K08.b_45_959 (reverse)

seq1  CATATACATACATACATATATATATATATATATATATATATATATATGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACATACATACATATATATATATATATATATATATATATATATGTA  50

seq1  AGTACATAGTGTCAAGTGTAGAAACAATGTTAAAGGTTCTCTGTAAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATAGTGTCAAGTGTAGAAACAATGTTAAAGGTTCTCTGTAAAATA  100

seq1  TCATCAAGCCAGTTCCTTCA-CCCCCACCTACTCTCCACTCTTTCTATTT  149
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAGCCAGTTCCTTCACCCCCCACCTACTCTCCACTCTTTCTATTT  150

seq1  TATGAGCAGGATATGGTATGCATCCTGGTTCATACTTAACAACTTATTGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCAGGATATGGTATGCATCCTGGTTCATACTTAACAACTTATTGT  200

seq1  GAGTACAAAATAGGTGAATTCCTTTTGTGATTAATAGAATACCCAGATGC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACAAAATAGGTGAATTCCTTTTGTGATTAATAGAATACCCAGATGC  250

seq1  CCATCATGTGTAATGTTATTAACTTCCCTATTCGTCTATTTATCTACATG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATGTGTAATGTTATTAACTTCCCTATTCGTCTATTTATCTACATG  300

seq1  TGGTTCTCTTTGCCAGACCTTTCTGCAATTTAATCACACAACCAATTAGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCTCTTTGCCAGACCTTTCTGCAATTTAATCACACAACCAATTAGA  350

seq1  ATCAACTTACTTTAGTTCTACATTATGTTTGTGGATTTTCTATCTTCAAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAACTTACTTTAGTTCTACATTATGTTTGTGGATTTTCTATCTTCAAG  400

seq1  TGGGTGTAAATGAAGGAATCATTATTGCTTTATTTCCTGGATGCTTCCCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTAAATGAAGGAATCATTATTGCTTTATTTCCTGGATGCTTCCCC  450

seq1  CCTACTTGTTTGTTTAAAGTCAATGTCTTCCATCGTATACAAAATGTCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTTGTTTGTTTAAAGTCAATGTCTTCCATCGTATACAAAATGTCTT  500

seq1  CCAGCTGGAATAAAATCTGGGCTGTGTGGGTGCACTTTGAGTCCTGCGAA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGGAATAAAATCTGGGCTGTGTGGGTGCACTTTGAGTCCTGCGAA  550

seq1  TTTCCTGGGCAAATGAAATCCAGAGGCCTGCTTTGTTTGCTTCCTTTTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGGGCAAATGAAATCCAGAGGCCTGCTTTGTTTGCTTCCTTTTTA  600

seq1  TTAGGAATATCCTGCCGGTTTTGTCCTGATAACTAGGAAATGCCTTCTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAATATCCTGCCGGTTTTGTCCTGATAACTAGGAAATGCCTTCTCA  650

seq1  TATTTATATTTCTGTACATTTGGTGGCATGTGCTTCCATTGTAATAGCTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATATTTCTGTACATTTGGTGGCATGTGCTTCCATTGTAATAGCTT  700

seq1  TCCCTTTGATCTGGCTCATGCTGTTCATTTGAATTTTGTCCCCATTGCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTGATCTGGCTCATGCTGTTCATTTGAATTTTGTCCCCATTGCTA  750

seq1  GTTTGTCTTCCTCAAGATCACTTATTCATAAATTGGTCTTCCATTGCCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTCTTCCTCAAGATCACTTATTCATAAATTGGTCTTCCATTGCCTA  800

seq1  TTCACTTTGGGATTCTCTTGCGGGTGTGTGATCACCGTGATGCCTTTATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTTTGGGATTCTCTTGCGGGTGTGTGATCACCGTGATGCCTTTATG  850

seq1  TTCTTCCTCTGACTCTCACATGAATCTCCCTAGAAGTTTCTCCTCTGGTC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTCTGACTCTCACATGAATCTCCCTAGAAGTTTCTCCTCTGGTC  900

seq1  CCTAGATAGGAATTC  914
      |||||||||||||||
seq2  CCTAGATAGGAATTC  915


seq1: chr6_35939549_35940629
seq2: B6Ng01-339K08.g_68_1158

seq1  GAATTCCCTCTTTTAAGCAAAATTGCTTTGGTGGGACTGAGAATGACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCTTTTAAGCAAAATTGCTTTGGTGGGACTGAGAATGACAAA  50

seq1  GAGGCAAGGTGGTAGGAGAAGAGGCACAGGGTTTTCATGTTAAAAAGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCAAGGTGGTAGGAGAAGAGGCACAGGGTTTTCATGTTAAAAAGTTC  100

seq1  TCTTATGTTAAAAATAGCTATTGCTATTGAAAAGGGACTAGAAATGCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGTTAAAAATAGCTATTGCTATTGAAAAGGGACTAGAAATGCAGT  150

seq1  ACTCTATCACACTTACAAAATACTGACTTTGGTCTGTTCTCTTAGAATTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTATCACACTTACAAAATACTGACTTTGGTCTGTTCTCTTAGAATTC  200

seq1  ACCAGGTTGACCTGGCAGGCAATGTCCTGTATCTGTCTATCACCAAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGTTGACCTGGCAGGCAATGTCCTGTATCTGTCTATCACCAAAATA  250

seq1  TCTGGTCACAGTGGTGATAAGGTCACCAGCTGATTACTAATTTGCATTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCACAGTGGTGATAAGGTCACCAGCTGATTACTAATTTGCATTGT  300

seq1  CGTGAATGTGCAGAAGCCGACAATGGCATCTTGGAGGGCACTCAATACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGAATGTGCAGAAGCCGACAATGGCATCTTGGAGGGCACTCAATACCT  350

seq1  AGTCAGTGTGCCATTTTCTTCAGCAAAGTAGGAAAACACATGTCTAAATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTGTGCCATTTTCTTCAGCAAAGTAGGAAAACACATGTCTAAATC  400

seq1  TCACCACTGTGAACCAGCTTGAAATTTGGCAATTCAGAGCTCTTTTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACTGTGAACCAGCTTGAAATTTGGCAATTCAGAGCTCTTTTTTTG  450

seq1  CCTGACAGCTTTCTCGACATGTATTGCAAGTGTGTTTTGAACTAACATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACAGCTTTCTCGACATGTATTGCAAGTGTGTTTTGAACTAACATTG  500

seq1  TCAATTAGAAGGCTGTTTCATTTGTTCAGTTCAAGGTCAGCAAAACTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTAGAAGGCTGTTTCATTTGTTCAGTTCAAGGTCAGCAAAACTATA  550

seq1  CATAGCCCCCAAACAAGTTTTGCCCTTTGCAGGGTAAAGTTTGTTATACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCCCCCAAACAAGTTTTGCCCTTTGCAGGGTAAAGTTTGTTATACT  600

seq1  TAAGGATCTGGTATTCTTCTTGGGTGAAGGCACAGCAAGAAACTTGCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGATCTGGTATTCTTCTTGGGTGAAGGCACAGCAAGAAACTTGCTAA  650

seq1  GGCCCAATAGTATAGTTAGAAATGTGTAGATAGGTATGCTTTGACTGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAATAGTATAGTTAGAAATGTGTAGATAGGTATGCTTTGACTGGTC  700

seq1  TCTAAAAATTTTCAATCTTCCCCTTTGTTAGATTTTTTAAATATATACAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAAATTTTCAATCTTCCCCTTTGTTAGATTTTTTAAATATATACAT  750

seq1  TCACAGAATGTATCTTGATCATATTCACCCTCTCTCTCCAGGCATTCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAATGTATCTTGATCATATTCACCCTCTCTCTCCAGGCATTCTTC  800

seq1  GTTCATTTGCAATCTGTCCACCTATGCC-TTTTTTTTTTAAATGCCCCAT  849
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTTGCAATCTGTCCACCTATGCCTTTTTTTTTTTAAATGCCCCAT  850

seq1  CAAGTCCAATTTGTGCTGCCCATATACTCTCAGATATGTGACCTTTACTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCCAATTTGTGCTGCCCATATACTCTCAGATATGTGACCTTTACTG  900

seq1  G-AAGGTAGTCAACCCACCAGGGGCTTCCATAAAGAAAACTG-TTTCTCC  947
      | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAAAGGTAGTCAACCCACCA-GGGCTTCCATAAAGAAAACTGTTTTCTCC  949

seq1  CTCTTTCAGCAATGATCAGTTG-TCTACAGTTCCTTAGTTA-GGGGCGAG  995
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTCTTTCAGCAATGATCAGTTGTTCTACAGTTCCTTAGTTAGGGGGCGAG  999

seq1  GCTTCATGCCAGCCT-CCCCTTCCATGCT-GCTATTTATCTGCCCT-GAG  1042
      ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  GCTTCATGCCAGCCTCCCCCTTCCATGCTGGCTATTTATCTGCCCTGGAG  1049

seq1  CTTGGGCACA-TCTAGGG-CAT-GCT-GTCTCAACTGCTGTGA  1081
      ||| |||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||
seq2  CTT-GGCACATTCTAGGGCCATGGCTGGTCTCAACTGCTGTGA  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |