BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340J20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 18,086,396 - 18,266,345
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC386426, LOC636450, LOC100040751, Cftr
Upstream geneEG232599, Cav2, Cav1, Met, Capza2, St7, Wnt2, Asz1
Downstream geneCttnbp2, EG545829, Lsm8, Ankrd7, LOC626180
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340J20.bB6Ng01-340J20.g
ACCGA124259GA124260
length9281,153
definitionB6Ng01-340J20.b B6Ng01-340J20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,265,420 - 18,266,345)(18,086,396 - 18,087,543)
sequence
gaattctttacttgctcagatcattcagtcagtacttatcaaaaaccacc
cagggatccaactactgcaggaacaacagagagcagggcatgattccata
atcataggagatatggagtagccaagaggtgaattttgattcagtgtagg
aaattttgaggagccgaggcatagctatacctaggaaagtctcttttccc
aaagcaggagggtcaggatggagttcagaacaaagtgatgtgtgaaggaa
ggcttgaatggtgagaaggagcaggagtagtgctctgcaagggtttccca
ggtccagaaaccagaaggtaaaaagcagaaacaactgccccaacccgtac
catagaacagagagcagcacactgtgctctaaagaaaattaaaattcaca
gtagtggactcacaggacacatgggggctggggctgaaagtagagcagca
aagaccaaatcataaaggtcctttaagcagtcagtgtacaacaggaaccc
tgtccagcagcagcacagggaggggtgagaagtaggctaaagatgcagcc
tttagaaagccattgcatacactagcaagattttatcgaaaggacccaga
tgtagctgtctcttgtgagactatgccggggcctagcaaacacagaagtg
gatgctcacagtcagctattggatggaccacagggctcccaatggaggag
ctagagaaagtacccaaggagctaaagggatctgcaaccctataggtgga
acaacattatgaactaaccagtaccccgaagctcttgactctagctgcat
aggtatcaaaagatggcctagttggccatcactggaaagagaggcccatt
ggacacgcaaactgtatatgccccagtacaggggaacgccagggccaaaa
aaatgggaatgggtggggtaggggaagt
gaattcattctttaataggaggaaaaactagaaagcattcttagagttgc
taattctattcttcttgtattcaataagaaaagaatacatttagcttagg
tgagtcatgaacttcactgtatgtattgagcagtaggagaaattagccta
tcatttagttctcttagaataaatgcttcctggtacagtaaactggggtt
ggatttctgatgtgtaacttaaatgtgctagtataagatatttttaaaat
aagagaaacaagctggatgagaaaaaaattttttacctttgttgaaaaag
cctcttgctcttaaaagagaatttttaattattgaccggaaatacgtctc
cccatggcatatactgaagatgagcttatatagctcgggacacaggtgtg
aacttgaggagggatcttgaagactgggtgaacaggaaatcttggtcaga
cagagtgatagagcttcgggcccatgtgtaatttctctgaactatttctt
cctgttgtactttgtgggtgagcctgtttagtccagttttacctttctta
aaatacaacatgattttatttccttgctctaagccctaggaagacagttg
caaactttttatgtttttattttcagatttttgagtttatgatgatacaa
aagggcgcttgctattcaagagaaagcattttgaagtttgacttgcttat
tctgttaatatgcagaaaggctccctttgtgccaggtacccaattgatac
tttaaagtaaattctgttgctaaactatgatgtctagcaacttaggtgta
ttaaatgtacatttaaaaaatattttatttgttttatgtgtataattata
ctgtagttgttttcagacacaccagaagggggcatcagatcacattacag
atggttgtaagctaccatgtggttgctgggaattgaacccaggacctcta
gaaagctgccagtgctcttaccggggagccatcttctccagcccttaaat
gtgcattctttatttggattatgttttctattttaaggtgactttatcag
atttgggcttcatcagaaaggctaggaagcctttaaccttgacttcttag
caggctaatagtatgtggctaccttatctgcaggggtgtacattactgaa
gaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_18265420_18266345
seq2: B6Ng01-340J20.b_50_977 (reverse)

seq1  ACTT-CCCTA-CCCACCCATTCCCATTTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTG  48
      |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCCCTACCCCACCCATTCCCATTTTTTTGGCCCTGGCGTTCCCCTG  50

seq1  TACTGGGGCATATACAGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGA  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGGGCATATACAGTTTGCGTGTCCAATGGGCCTCTCTTTCCAGTGA  100

seq1  TGGCCAACTAGGCCATCTTTTGATACCTATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAACTAGGCCATCTTTTGATACCTATGCAGCTAGAGTCAAGAGCTT  150

seq1  CGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGTACTGGTTAGTTCATAATGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGATC  200

seq1  CCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGCTCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTCCATTGGGAGCCCTGTG  250

seq1  GTCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATCCAATAGCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGGCCC  300

seq1  CGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCGATAAAATC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTACATCTGGGTCCTTTCGATAAAATC  350

seq1  TTGCTAGTGTATGCAATGGCTTTCTAAAGGCTGCATCTTTAGCCTACTTC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGTGTATGCAATGGCTTTCTAAAGGCTGCATCTTTAGCCTACTTC  400

seq1  TCACCCCTCCCTGTGCTGCTGCTGGACAGGGTTCCTGTTGTACACTGACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCCTCCCTGTGCTGCTGCTGGACAGGGTTCCTGTTGTACACTGACT  450

seq1  GCTTAAAGGACCTTTATGATTTGGTCTTTGCTGCTCTACTTTCAGCCCCA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAGGACCTTTATGATTTGGTCTTTGCTGCTCTACTTTCAGCCCCA  500

seq1  GCCCCCATGTGTCCTGTGAGTCCACTACTGTGAATTTTAATTTTCTTTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCATGTGTCCTGTGAGTCCACTACTGTGAATTTTAATTTTCTTTAG  550

seq1  AGCACAGTGTGCTGCTCTCTGTTCTATGGTACGGGTTGGGGCAGTTGTTT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGTGTGCTGCTCTCTGTTCTATGGTACGGGTTGGGGCAGTTGTTT  600

seq1  CTGCTTTTTACCTTCTGGTTTCTGGACCTGGGAAACCCTTGCAGAGCACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTTTACCTTCTGGTTTCTGGACCTGGGAAACCCTTGCAGAGCACT  650

seq1  ACTCCTGCTCCTTCTCACCATTCAAGCCTTCCTTCACACATCACTTTGTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGCTCCTTCTCACCATTCAAGCCTTCCTTCACACATCACTTTGTT  700

seq1  CTGAACTCCATCCTGACCCTCCTGCTTTGGGAAAAGAGACTTTCCTAGGT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACTCCATCCTGACCCTCCTGCTTTGGGAAAAGAGACTTTCCTAGGT  750

seq1  ATAGCTATGCCTCGGCTCCTCAAAATTTCCTACACTGAATCAAAATTCAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTATGCCTCGGCTCCTCAAAATTTCCTACACTGAATCAAAATTCAC  800

seq1  CTCTTGGCTACTCCATATCTCCTATGATTATGGAATCATGCCCTGCTCTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGGCTACTCCATATCTCCTATGATTATGGAATCATGCCCTGCTCTC  850

seq1  TGTTGTTCCTGCAGTAGTTGGATCCCTGGGTGGTTTTTGATAAGTACTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTCCTGCAGTAGTTGGATCCCTGGGTGGTTTTTGATAAGTACTGA  900

seq1  CTGAATGATCTGAGCAAGTAAAGAATTC  926
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGATCTGAGCAAGTAAAGAATTC  928

seq1: chr6_18086396_18087543
seq2: B6Ng01-340J20.g_66_1218

seq1  GAATTCATTCTTTAATAGGAGGAAAAACTAGAAAGCATTCTTAGAGTTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTTTAATAGGAGGAAAAACTAGAAAGCATTCTTAGAGTTGC  50

seq1  TAATTCTATTCTTCTTGTATTCAATAAGAAAAGAATACATTTAGCTTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTATTCTTCTTGTATTCAATAAGAAAAGAATACATTTAGCTTAGG  100

seq1  TGAGTCATGAACTTCACTGTATGTATTGAGCAGTAGGAGAAATTAGCCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCATGAACTTCACTGTATGTATTGAGCAGTAGGAGAAATTAGCCTA  150

seq1  TCATTTAGTTCTCTTAGAATAAATGCTTCCTGGTACAGTAAACTGGGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAGTTCTCTTAGAATAAATGCTTCCTGGTACAGTAAACTGGGGTT  200

seq1  GGATTTCTGATGTGTAACTTAAATGTGCTAGTATAAGATATTTTTAAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTCTGATGTGTAACTTAAATGTGCTAGTATAAGATATTTTTAAAAT  250

seq1  AAGAGAAACAAGCTGGATGAGAAAAAAATTTTTTACCTTTGTTGAAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAACAAGCTGGATGAGAAAAAAATTTTTTACCTTTGTTGAAAAAG  300

seq1  CCTCTTGCTCTTAAAAGAGAATTTTTAATTATTGACCGGAAATACGTCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTGCTCTTAAAAGAGAATTTTTAATTATTGACCGGAAATACGTCTC  350

seq1  CCCATGGCATATACTGAAGATGAGCTTATATAGCTCGGGACACAGGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGCATATACTGAAGATGAGCTTATATAGCTCGGGACACAGGTGTG  400

seq1  AACTTGAGGAGGGATCTTGAAGACTGGGTGAACAGGAAATCTTGGTCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAGGAGGGATCTTGAAGACTGGGTGAACAGGAAATCTTGGTCAGA  450

seq1  CAGAGTGATAGAGCTTCGGGCCCATGTGTAATTTCTCTGAACTATTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGATAGAGCTTCGGGCCCATGTGTAATTTCTCTGAACTATTTCTT  500

seq1  CCTGTTGTACTTTGTGGGTGAGCCTGTTTAGTCCAGTTTTACCTTTCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTGTACTTTGTGGGTGAGCCTGTTTAGTCCAGTTTTACCTTTCTTA  550

seq1  AAATACAACATGATTTTATTTCCTTGCTCTAAGCCCTAGGAAGACAGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAACATGATTTTATTTCCTTGCTCTAAGCCCTAGGAAGACAGTTG  600

seq1  CAAACTTTTTATGTTTTTATTTTCAGATTTTTGAGTTTATGATGATACAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTTTTATGTTTTTATTTTCAGATTTTTGAGTTTATGATGATACAA  650

seq1  AAGGGCGCTTGCTATTCAAGAGAAAGCATTTTGAAGTTTGACTTGCTTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCGCTTGCTATTCAAGAGAAAGCATTTTGAAGTTTGACTTGCTTAT  700

seq1  TCTGTTAATATGCAGAAAGGCTCCCTTTGTGCCAGGTACCCAATTGATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTAATATGCAGAAAGGCTCCCTTTGTGCCAGGTACCCAATTGATAC  750

seq1  TTTAAAGTAAATTCTGTTGCTAAACTATGATGTCTAGCAACTTAGGTGTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGTAAATTCTGTTGCTAAACTATGATGTCTAGCAACTTAGGTGTA  800

seq1  TTAAATGTACATTTAAAAAATATTTTATTTGTTTTATGTGTATAATTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGTACATTTAAAAAATATTTTATTTGTTTTATGTGTATAATTATA  850

seq1  CTGTAGTTGTTTTCAGACACACCAGAAGGGGGCATCAGATCACATTACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGTTGTTTTCAGACACACCAGAAGGGGGCATCAGATCACATTACAG  900

seq1  ATGGTTGTAAGCTACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACCCAGGACCTCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTGTAAGCTACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACCCAGGACCTCTA  950

seq1  GAAAAGCTGCCAGTGCTCTTAACCGGGGAGCCATC-TCTCCAGCCCCTTA  999
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  G-AAAGCTGCCAGTGCTCTT-ACCGGGGAGCCATCTTCTCCAG-CCCTTA  997

seq1  AATGTGCATTCTTTATTTGGATTATG-TTTCTA-TTTAAGGTGACTTTAT  1047
      |||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||
seq2  AATGTGCATTCTTTATTTGGATTATGTTTTCTATTTTAAGGTGACTTTAT  1047

seq1  CCAGATTT-GGCCTCATCAGAAA-GCTAGGA--GCTTTA--CCTGACTTC  1091
       ||||||| ||| |||||||||| |||||||   |||||  | |||||| 
seq2  -CAGATTTGGGCTTCATCAGAAAGGCTAGGAAGCCTTTAACCTTGACTT-  1095

seq1  CTTAGCAGCCTTAATAGGTATG-GGCTACCTTATCTTGGCAGGTGT---C  1137
      |||||||| | ||||| ||||| |||||||||||||  ||||| ||   |
seq2  CTTAGCAGGC-TAATA-GTATGTGGCTACCTTATCT--GCAGGGGTGTAC  1141

seq1  ATT-CTGAAGAA  1148
      ||| ||||||||
seq2  ATTACTGAAGAA  1153