BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-341F12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 49,011,369 - 49,032,341
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666011
Upstream geneZfp746, LOC665990, Krba1, Zfp467, Sspo, EG666005, Atp6v0e2, Lrrc61, Rarres2, EG330305, Repin1, Zfp775, AI854703, Gimap8, LOC100040560, Gimap9, Gimap4, Gimap6, Gimap7, LOC100041450, Gimap1, Gimap5, Gimap3, Tmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1, Gpnmb
Downstream geneIgf2bp3, LOC100040626, Tra2a, Ccdc126, D330028D13Rik, Stk31, LOC384383, LOC666210, Npy, LOC100041653
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-341F12.bB6Ng01-341F12.g
ACCGA124753GA124754
length1,070933
definitionB6Ng01-341F12.b B6Ng01-341F12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,031,270 - 49,032,341)(49,011,369 - 49,012,300)
sequence
gaattctcatcagaatgtggaaaaagattaacacttctagtgagaacaga
aattgtagtttaattaattgaatatagttctcttaaaagttaaaaactgc
acactgtacattttaggcctttagctctagctagaccagacagcaccagg
taaccaggccttttcggcttcttgtggtccaaagaatgccagctgtctag
gcctctagcttctgaggaaccaggaatcgctcagcaaccaggactccaaa
ctcagccgtcagtgcagcggctttggtttcagtggtatctaaggtcagtg
tgggtgtggggttctgacttgtaagattccaggggtcactgcaggatcct
gagtatactgctatgctcgcagaggtctgaagtttggtatcctttcttta
gcagttctgatccacctgccttagagcttagtatacagctccacccttgg
tcctgctgacacatacccaagacaggattactttagcaactccatttctg
caatcaataccaagttttactaatacatagctaaatttcaggcggatatt
tcttttaatgctgcgaccctttaatacagttccttttgtgatgaccccaa
ccataaaagtattttcattggtacttcataactgtagttttgctactgtt
atgaatcattatgtaaatatctgatttctgatggccttagggtgacccct
gtgaaagagtcattggacaccccaaaggggtcacaacccataggtggaaa
gcccactgctcaaggaagtttcggaaaacaaaatatccagcaggctcaga
agaagggaagtcagtacaaacctattccaacagctatgttaaacacaata
aacccaaaggaaacataatttcacaccctattaccctgccctctaacttc
cataagagaatccaaaactagacaaagctgaaagggcttgaaaaagaatt
ctgagtggtttttttttttcctttcttttttcttctttcttttttctttt
ttggaaagaatcaatggactagaaatctcaacaaggatgtacaactaagg
aatctatgcaagcattcata
gaattcctaacctgtgatctcaaaacaagaatttacagggactggagagg
tggttttgctgtttaagagtgccaactgttccaccaggaaacccaagttc
agttcccatgtcaggaagttcacaactacctcctggaactccagctccaa
ggagcctggcatcctgctctggactctaagggcactcaatggatatgggg
tgaacatttatacaaacatgtaaacacaaataagtttttaaaatgaacat
aggttaacacaaaaaaataagagctaaacatcatgtttaaagtagttctg
gatgcatctgtctgcctgcctggcagaagccgtgtgaactctctctgcag
gaatgccaagccacagataaaacctcaagaacatgggctcacaattaaaa
gcaactcactgaacacatgacaaataatcctttatgaatgagccaagaga
agcaggctggcaactactgcagcagataatgggcataaagcatgtctcat
ctgagcatggtggcatagacccagcccaagagactgaggcagggtggggc
ggggcagggcaaggcagggcagagctcaagagttcaaggccagcctggga
attatagcaagccttagaatttgaaaataaagttgagcctacctcataca
tttaggaagaggaagttgaaagaaactgacagactgctaacataatgaaa
gaagcatcgtggcatgggggcttcccccgaaagaacttttagagatgaaa
attatagcgctaaaagttaaaaacaaatacaaatacaaacaaacaaatcc
ataatgtaaattcaaatcattattcaatttatggctaaccctatctaatt
gatctctttagtcaatttaatttattaaatctattggattaaccctgtgt
atgtgtgtgcatgtatttgtgtgtgtatgtgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_49031270_49032341
seq2: B6Ng01-341F12.b_50_1119 (reverse)

seq1  TATGAAATGCTTGCATAGATTTTCTTAGTTTGTACATCCTTTGTTTGAAT  50
      |||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||   ||||  
seq2  TATG-AATGCTTGCATAGA-TTCCTTAG-TTGTACATCCTT--GTTGAGA  45

seq1  TTTCTATGTCATTGATTCTTTACAAAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAAA  100
      ||||||   |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  TTTCTAGTCCATTGATTCTTTCCAAAAAAGAAAAAAGAAAG-AAGAAAAA  94

seq1  AGAAAAGAAAAAAAAAAACCACTCAGAATTCTTTTTC-AGGCCTTTCAGC  149
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
seq2  AGAAAGGAAAAAAAAAAACCACTCAGAATTCTTTTTCAAGCCCTTTCAGC  144

seq1  TTTGTCTAGTTTTGGATTCTCTTATGGGAGTTAGAGGGCAGG--TATAGG  197
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||||
seq2  TTTGTCTAGTTTTGGATTCTCTTATGGAAGTTAGAGGGCAGGGTAATAGG  194

seq1  TTGTGAATTTATGTTTCCTTTGGGTTTATTGTGTTTAACATAGCTGTTGG  247
       |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAAATTATGTTTCCTTTGGGTTTATTGTGTTTAACATAGCTGTTGG  244

seq1  AATAGGTTTGTACTGACTTCCCTTCTTCTGAGCCTGCTGGATATTTTGTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGTTTGTACTGACTTCCCTTCTTCTGAGCCTGCTGGATATTTTGTT  294

seq1  TTCCGAAACTTCCTTGAGCAGT-GGCTTTCCACCTATGGGTTGTGACCCC  346
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGAAACTTCCTTGAGCAGTGGGCTTTCCACCTATGGGTTGTGACCCC  344

seq1  TTTGGGGTGTCCAATGACTCTTTCACAGGGGTCACCCTAAGGCCATCAGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGTGTCCAATGACTCTTTCACAGGGGTCACCCTAAGGCCATCAGA  394

seq1  AATCAGATATTTACATAATGATTCATAACAGTAGCAAAACTACAGTTATG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGATATTTACATAATGATTCATAACAGTAGCAAAACTACAGTTATG  444

seq1  AAGTACCAATGAAAATACTTTTATGGTTGGGGTCATCACAAAAGGAACTG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACCAATGAAAATACTTTTATGGTTGGGGTCATCACAAAAGGAACTG  494

seq1  TATTAAAGGGTCGCAGCATTAAAAGAAATATCCGCCTGAAATTTAGCTAT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAAGGGTCGCAGCATTAAAAGAAATATCCGCCTGAAATTTAGCTAT  544

seq1  GTATTAGTAAAACTTGGTATTGATTGCAGAAATGGAGTTGCTAAAGTAAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAGTAAAACTTGGTATTGATTGCAGAAATGGAGTTGCTAAAGTAAT  594

seq1  CCTGTCTTGGGTATGTGTCAGCAGGACCAAGGGTGGAGCTGTATACTAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTTGGGTATGTGTCAGCAGGACCAAGGGTGGAGCTGTATACTAAG  644

seq1  CTCTAAGGCAGGTGGATCAGAACTGCTAAAGAAAGGATACCAAACTTCAG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAGGCAGGTGGATCAGAACTGCTAAAGAAAGGATACCAAACTTCAG  694

seq1  ACCTCTGCGAGCATAGCAGTATACTCAGGATCCTGCAGTGACCCCTGGAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGCGAGCATAGCAGTATACTCAGGATCCTGCAGTGACCCCTGGAA  744

seq1  TCTTACAAGTCAGAACCCCACACCCACACTGACCTTAGATACCACTGAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACAAGTCAGAACCCCACACCCACACTGACCTTAGATACCACTGAAA  794

seq1  CCAAAGCCGCTGCACTGACGGCTGAGTTTGGAGTCCTGGTTGCTGAGCGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGCCGCTGCACTGACGGCTGAGTTTGGAGTCCTGGTTGCTGAGCGA  844

seq1  TTCCTGGTTCCTCAGAAGCTAGAGGCCTAGACAGCTGGCATTCTTTGGAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGGTTCCTCAGAAGCTAGAGGCCTAGACAGCTGGCATTCTTTGGAC  894

seq1  CACAAGAAGCCGAAAAGGCCTGGTTACCTGGTGCTGTCTGGTCTAGCTAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGAAGCCGAAAAGGCCTGGTTACCTGGTGCTGTCTGGTCTAGCTAG  944

seq1  AGCTAAAGGCCTAAAATGTACAGTGTGCAGTTTTTAACTTTTAAGAGAAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAGGCCTAAAATGTACAGTGTGCAGTTTTTAACTTTTAAGAGAAC  994

seq1  TATATTCAATTAATTAAACTACAATTTCTGTTCTCACTAGAAGTGTTAAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTCAATTAATTAAACTACAATTTCTGTTCTCACTAGAAGTGTTAAT  1044

seq1  CTTTTTCCACATTCTGATGAGAATTC  1072
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTCCACATTCTGATGAGAATTC  1070

seq1: chr6_49011369_49012300
seq2: B6Ng01-341F12.g_72_1004

seq1  GAATTCCTAACCTGTGATCTCAAAACAAGAATTTACAGGGACTGGAGAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAACCTGTGATCTCAAAACAAGAATTTACAGGGACTGGAGAGG  50

seq1  TGGTTTTGCTGTTTAAGAGTGCCAACTGTTCCACCAGGAAACCCAAGTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTGCTGTTTAAGAGTGCCAACTGTTCCACCAGGAAACCCAAGTTC  100

seq1  AGTTCCCATGTCAGGAAGTTCACAACTACCTCCTGGAACTCCAGCTCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCATGTCAGGAAGTTCACAACTACCTCCTGGAACTCCAGCTCCAA  150

seq1  GGAGCCTGGCATCCTGCTCTGGACTCTAAGGGCACTCAATGGATATGGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCTGGCATCCTGCTCTGGACTCTAAGGGCACTCAATGGATATGGGG  200

seq1  TGAACATTTATACAAACATGTAAACACAAATAAGTTTTTAAAATGAACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATTTATACAAACATGTAAACACAAATAAGTTTTTAAAATGAACAT  250

seq1  AGGTTAACACAAAAAAATAAGAGCTAAACATCATGTTTAAAGTAGTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAACACAAAAAAATAAGAGCTAAACATCATGTTTAAAGTAGTTCTG  300

seq1  GATGCATCTGTCTGCCTGCCTGGCAGAAGCCGTGTGAACTCTCTCTGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCATCTGTCTGCCTGCCTGGCAGAAGCCGTGTGAACTCTCTCTGCAG  350

seq1  GAATGCCAAGCCACAGATAAAACCTCAAGAACATGGGCTCACAATTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCCAAGCCACAGATAAAACCTCAAGAACATGGGCTCACAATTAAAA  400

seq1  GCAACTCACTGAACACATGACAAATAATCCTTTATGAATGAGCCAAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTCACTGAACACATGACAAATAATCCTTTATGAATGAGCCAAGAGA  450

seq1  AGCAGGCTGGCAACTACTGCAGCAGATAATGGGCATAAAGCATGTCTCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGGCTGGCAACTACTGCAGCAGATAATGGGCATAAAGCATGTCTCAT  500

seq1  CTGAGCATGGTGGCATAGACCCAGCCCAAGAGACTGAGGCAGGGTGGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGCATGGTGGCATAGACCCAGCCCAAGAGACTGAGGCAGGGTGGGGC  550

seq1  GGGGCAGGGCAAGGCAGGGCAGAGCTCAAGAGTTCAAGGCCAGCCTGGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAGGGCAAGGCAGGGCAGAGCTCAAGAGTTCAAGGCCAGCCTGGGA  600

seq1  ATTATAGCAAGCCTTAGAATTTGAAAATAAAGTTGAGCCTACCTCATACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATAGCAAGCCTTAGAATTTGAAAATAAAGTTGAGCCTACCTCATACA  650

seq1  TTTAGGAAGAGGAAGTTGAAAGAAACTGACAGACTGCTAACATAATGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAAGAGGAAGTTGAAAGAAACTGACAGACTGCTAACATAATGAAA  700

seq1  GAAGCATCGTGGCATGGGGGCTTCCCCCG-AAGAACTTTTAGAGATGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATCGTGGCATGGGGGCTTCCCCCGAAAGAACTTTTAGAGATGAAA  750

seq1  ATTATAGCGCTAAAAGTTAAAAACAAATACAAATACAAACAAACAAAATC  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  ATTATAGCGCTAAAAGTTAAAAACAAATACAAATACAAACAAAC-AAATC  799

seq1  CATAATGTAAATTCAAATCATTATTCAATTTATGGCTAACCCTATCTAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATGTAAATTCAAATCATTATTCAATTTATGGCTAACCCTATCTAAT  849

seq1  TGATCTCTTTAGTCAATTTAATTTATTAAATCTATT-GATTAACCTTGTG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
seq2  TGATCTCTTTAGTCAATTTAATTTATTAAATCTATTGGATTAACCCTGTG  899

seq1  TATGTGTGTGCATGTATTTGTGTGTGTATGTGTA  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGTGTGCATGTATTTGTGTGTGTATGTGTA  933