BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-342G19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 80,778,638 - 80,899,514
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043392, Lrrtm4, LOC100043390
Downstream geneLOC100042991, LOC232143, 1700009C05Rik, AW146020
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-342G19.bB6Ng01-342G19.g
ACCGA125514GA125515
length1,1111,151
definitionB6Ng01-342G19.b B6Ng01-342G19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,778,638 - 80,779,750)(80,898,368 - 80,899,514)
sequence
gaattctttagaagcttgtctacttgctagacgtgatgatctgatcattt
gcaattaatggtgctgtcattcagatggctttgtactgcagtctaaatat
atagtgatatataaagaagactgggcagtgaaatggtatctttgaatatc
caggttcctgatattctcaaaattccaaggaacagggatattaatgatga
gacgactttgagcccagcctcagctagcctgctgctgtttccagaatgag
gcaaatacaaatcagctgtgatactcaaggtgcagtgacagattcctaga
agtcttcagagaaaagtgagcctgtatgtagtgacagattcctagaagcc
ttcagagaaaagtgagcctgtatgttagtggatctgggaagtcccagtac
agaacaatatccacattgtcataacagatctggctagacgcttaatcaga
taaaattggccaaatataaaaaacaaattcccttcaacattgaagtctac
acaaaatatataattgtgctaatgttgtatcaaatatcaacttctatata
cacaggcttctatatataagacattattggtggaaaagtggttacagcat
tatgagaatgattaaaaccattcttagtctggcactaacagaaagcaatg
ggaacatttcctatggaccaaaacatgatctgagatattgtccctcttaa
acaattttctaattattaagaaagtcaaccaagtggttagctatgacagt
taaatgagttgcatatttgtcgccttcaagttctgggccctgcaacagct
tggaatgtttcttgagtgctgactgagaggagcttgatacatggcaccac
cttgttaccctgttggtgacaggatttttctttctttctgtgtgctttta
ctctggtttcttctaaaacaaaacaaacaatctaactaacaaacaagaca
aaacaaacccagatggaactccaaagctaaaattggtatttctcttattt
aaacccaggagtcaggtgaaaggaaatgttgcagcacgggggttttggga
gattgatgggaagaggaatggataatgtcgttcacaaaggtcaggtgatg
tggctgaagga

gaattccaggacagccagggctatacatagaaagcctgccttgaaaaaga
aaaaagaaaaaagaaaaaagaaaaagaaaagaaatttcagtgttccttta
ctgaattgttgttcttagagcaaataatatcagtaaattttttctttatt
taataagagcatagtccaggtactgaaaaagattgtctccttggcaacaa
gttcatgttgtcatgtaccaggagcagtggggaaaatattgaggcttttc
ttatagaacagtagattacctttattcaataattcttgcattactctttt
tctgttatttacgttaatatgcagaaatgcagatatgtttggaattcatg
aataatcctcttctcttgtctttctgcaaatgtagcatctctcttgctat
tatatgtgttatttttctcagtgggaatctggaggtggtaggcattaagt
gaaccctgctcttgaaagtaatccctccccagggttccagacatagaaaa
gaggtccacctatccatacaacacgtacagagatctttggaagtaaaacc
cagaaattcttgaatatattgaggttcaaatgaatttcttcatgattgta
caagaaagcaactttacttctaacatttggacttgaatatattagaattg
gttagtggagagaatcctagccatggagactttgatagcctatttcctgt
tctttttaaattttatttttgcaaaaagctaatgttttattattattata
ataatcattattattactactattattatatttaaatatataagtatact
tgcatcatattaaatatcctcatctaaatgttttaggtatcaatttgttg
gtcaaagtttcacactgtagccctggctctgatcttaattacatgactat
tctcccttagcctcccaagttctgggactgcaggcttgagagcccattct
ctatgaagagggtctatgttacagtaaaaaatagcattggaaagtgggat
gttcttgtaggtttattgcatagcatgtaaagaagaaagtccactctggt
gggggtagtgatttgctgggaataagtcacctccccacttagcatacagc
tgacaccaatgaagttctgagagagaggacagtacattcgttagcgatgt
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_80778638_80779750
seq2: B6Ng01-342G19.b_46_1156

seq1  GAATTCTTTAGAAGCTTGTCTACTTGCTAGACGTGATGATCTGATCATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAGAAGCTTGTCTACTTGCTAGACGTGATGATCTGATCATTT  50

seq1  GCAATTAATGGTGCTGTCATTCAGATGGCTTTGTACTGCAGTCTAAATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTAATGGTGCTGTCATTCAGATGGCTTTGTACTGCAGTCTAAATAT  100

seq1  ATAGTGATATATAAAGAAGACTGGGCAGTGAAATGGTATCTTTGAATATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGATATATAAAGAAGACTGGGCAGTGAAATGGTATCTTTGAATATC  150

seq1  CAGGTTCCTGATATTCTCAAAATTCCAAGGAACAGGGATATTAATGATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCCTGATATTCTCAAAATTCCAAGGAACAGGGATATTAATGATGA  200

seq1  GACGACTTTGAGCCCAGCCTCAGCTAGCCTGCTGCTGTTTCCAGAATGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGACTTTGAGCCCAGCCTCAGCTAGCCTGCTGCTGTTTCCAGAATGAG  250

seq1  GCAAATACAAATCAGCTGTGATACTCAAGGTGCAGTGACAGATTCCTAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATACAAATCAGCTGTGATACTCAAGGTGCAGTGACAGATTCCTAGA  300

seq1  AGTCTTCAGAGAAAAGTGAGCCTGTATGTAGTGACAGATTCCTAGAAGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCAGAGAAAAGTGAGCCTGTATGTAGTGACAGATTCCTAGAAGCC  350

seq1  TTCAGAGAAAAGTGAGCCTGTATGTTAGTGGATCTGGGAAGTCCCAGTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGAAAAGTGAGCCTGTATGTTAGTGGATCTGGGAAGTCCCAGTAC  400

seq1  AGAACAATATCCACATTGTCATAACAGATCTGGCTAGACGCTTAATCAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAATATCCACATTGTCATAACAGATCTGGCTAGACGCTTAATCAGA  450

seq1  TAAAATTGGCCAAATATAAAAAACAAATTCCCTTCAACATTGAAGTCTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTGGCCAAATATAAAAAACAAATTCCCTTCAACATTGAAGTCTAC  500

seq1  ACAAAATATATAATTGTGCTAATGTTGTATCAAATATCAACTTCTATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAATATATAATTGTGCTAATGTTGTATCAAATATCAACTTCTATATA  550

seq1  CACAGGCTTCTATATATAAGACATTATTGGTGGAAAAGTGGTTACAGCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGCTTCTATATATAAGACATTATTGGTGGAAAAGTGGTTACAGCAT  600

seq1  TATGAGAATGATTAAAACCATTCTTAGTCTGGCACTAACAGAAAGCAATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGAATGATTAAAACCATTCTTAGTCTGGCACTAACAGAAAGCAATG  650

seq1  GGAACATTTCCTATGGACCAAAACATGATCTGAGATATTGTCCCTCTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACATTTCCTATGGACCAAAACATGATCTGAGATATTGTCCCTCTTAA  700

seq1  ACAATTTTCTAATTATTAAGAAAGTCAACCAAGTGGTTAGCTATGACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTTTCTAATTATTAAGAAAGTCAACCAAGTGGTTAGCTATGACAGT  750

seq1  TAAATGAGTTGCATATTTGTCGCCTTCAAGTTCTGGGCCCTGCAACAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGAGTTGCATATTTGTCGCCTTCAAGTTCTGGGCCCTGCAACAGCT  800

seq1  TGGAATGTTTCTTGAGTGCTGACTGAGAGGAGCTTGATACATGGCACCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGTTTCTTGAGTGCTGACTGAGAGGAGCTTGATACATGGCACCAC  850

seq1  CTTGTTACCCTGTTGGTGACAGGATTTTTCTTTCTTTTCTGTGTGCTTTT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTTGTTACCCTGTTGGTGACAGGATTTTTCTTTC-TTTCTGTGTGCTTTT  899

seq1  ACTCTGGTTTCTTCTAAAAACAAAACAAACAATCTAACTAACAAACAAGA  950
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGTTTCTTCT-AAAACAAAACAAACAATCTAACTAACAAACAAGA  948

seq1  CAAAAACAAAACCCAGATGGAACTCCAAAGCTAAAATTGGTA-TTCTCTT  999
      |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAAAA--CAAACCCAGATGGAACTCCAAAGCTAAAATTGGTATTTCTCTT  996

seq1  ATTTAAACCCAGGAGTCA-GTGAAAGGAAATGTTGCAGCACGGGGGTTTT  1048
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAACCCAGGAGTCAGGTGAAAGGAAATGTTGCAGCACGGGGGTTTT  1046

seq1  GGGAGA-TGATGGGAAGAG--AAGGATAAATGTCAGTCAACAAAGGTCAA  1095
      |||||| ||||||||||||  | |||| |||||| ||  |||||||||| 
seq2  GGGAGATTGATGGGAAGAGGAATGGAT-AATGTC-GTTCACAAAGGTCAG  1094

seq1  GTGAATGTGGCTGAAGGA  1113
      ||| ||||||||||||||
seq2  GTG-ATGTGGCTGAAGGA  1111


seq1: chr6_80898368_80899514
seq2: B6Ng01-342G19.g_69_1219 (reverse)

seq1  CACATCGCT-ACGATGTTCCTGTCCCTCT-TCTCAGAACTTCATTTGGTG  48
      ||||||||| ||||   | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  CACATCGCTAACGAATGTACTGT-CCTCTCTCTCAGAACTTCA-TTGGTG  48

seq1  TCAGCTGTATGCTAAGTGGGAGGTTGACTTTATCCCAGCAAATCACTACC  98
      ||||||||||||||||||||  | ||||||  ||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGTATGCTAAGTGGGGAGGTGACTTATTCCCAGCAAATCACTACC  98

seq1  CC--ACAGAGTGGACTTTC-TCTTTACATGCTATGC-ATAAACCTAC-AG  143
      ||   |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  CCCACCAGAGTGGACTTTCTTCTTTACATGCTATGCAATAAACCTACAAG  148

seq1  AACATCCCACTTTCCAATTGCTATTTTTTACTGTAACATAGACCCTCTTC  193
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCCACTTTCCAA-TGCTATTTTTTACTGTAACATAGACCCTCTTC  197

seq1  ATAGAGAATGGGCTCTCAAGCCTGCAGTCCCAGAACTTGGGAGGCTAAGG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGAATGGGCTCTCAAGCCTGCAGTCCCAGAACTTGGGAGGCTAAGG  247

seq1  GAGAATAGTCATGTAATTAAGATCAGAGCCAGGGCTACAGTGTGAAACTT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATAGTCATGTAATTAAGATCAGAGCCAGGGCTACAGTGTGAAACTT  297

seq1  TGACCAACAAATTGATACCTAAAACATTTAGATGAGGATATTTAATATGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAACAAATTGATACCTAAAACATTTAGATGAGGATATTTAATATGA  347

seq1  TGCAAGTATACTTATATATTTAAATATAATAATAGTAGTAATAATAATGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGTATACTTATATATTTAAATATAATAATAGTAGTAATAATAATGA  397

seq1  TTATTATAATAATAATAAAACATTAGCTTTTTGCAAAAATAAAATTTAAA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATAATAATAATAAAACATTAGCTTTTTGCAAAAATAAAATTTAAA  447

seq1  AAGAACAGGAAATAGGCTATCAAAGTCTCCATGGCTAGGATTCTCTCCAC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAACAGGAAATAGGCTATCAAAGTCTCCATGGCTAGGATTCTCTCCAC  497

seq1  TAACCAATTCTAATATATTCAAGTCCAAATGTTAGAAGTAAAGTTGCTTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAATTCTAATATATTCAAGTCCAAATGTTAGAAGTAAAGTTGCTTT  547

seq1  CTTGTACAATCATGAAGAAATTCATTTGAACCTCAATATATTCAAGAATT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTACAATCATGAAGAAATTCATTTGAACCTCAATATATTCAAGAATT  597

seq1  TCTGGGTTTTACTTCCAAAGATCTCTGTACGTGTTGTATGGATAGGTGGA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTTTTACTTCCAAAGATCTCTGTACGTGTTGTATGGATAGGTGGA  647

seq1  CCTCTTTTCTATGTCTGGAACCCTGGGGAGGGATTACTTTCAAGAGCAGG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTTCTATGTCTGGAACCCTGGGGAGGGATTACTTTCAAGAGCAGG  697

seq1  GTTCACTTAATGCCTACCACCTCCAGATTCCCACTGAGAAAAATAACACA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACTTAATGCCTACCACCTCCAGATTCCCACTGAGAAAAATAACACA  747

seq1  TATAATAGCAAGAGAGATGCTACATTTGCAGAAAGACAAGAGAAGAGGAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATAGCAAGAGAGATGCTACATTTGCAGAAAGACAAGAGAAGAGGAT  797

seq1  TATTCATGAATTCCAAACATATCTGCATTTCTGCATATTAACGTAAATAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATGAATTCCAAACATATCTGCATTTCTGCATATTAACGTAAATAA  847

seq1  CAGAAAAAGAGTAATGCAAGAATTATTGAATAAAGGTAATCTACTGTTCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAAGAGTAATGCAAGAATTATTGAATAAAGGTAATCTACTGTTCT  897

seq1  ATAAGAAAAGCCTCAATATTTTCCCCACTGCTCCTGGTACATGACAACAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAAAGCCTCAATATTTTCCCCACTGCTCCTGGTACATGACAACAT  947

seq1  GAACTTGTTGCCAAGGAGACAATCTTTTTCAGTACCTGGACTATGCTCTT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGTTGCCAAGGAGACAATCTTTTTCAGTACCTGGACTATGCTCTT  997

seq1  ATTAAATAAAGAAAAAATTTACTGATATTATTTGCTCTAAGAACAACAAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATAAAGAAAAAATTTACTGATATTATTTGCTCTAAGAACAACAAT  1047

seq1  TCAGTAAAGGAACACTGAAATTTCTTTTCTTTTTCTTTTTTCTTTTTTCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAAGGAACACTGAAATTTCTTTTCTTTTTCTTTTTTCTTTTTTCT  1097

seq1  TTTTTCTTTTTCAAGGCAGGCTTTCTATGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGA  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTTTTTCAAGGCAGGCTTTCTATGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGA  1147

seq1  ATTC  1147
      ||||
seq2  ATTC  1151


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |