BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343P17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 77,151,684 - 77,273,133
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCtnna2, Lrrtm1
Upstream geneLOC100042952, LOC668153, EG668155, LOC100042956
Downstream geneLOC668169, EG434050
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343P17.bB6Ng01-343P17.g
ACCGA126607GA126608
length7271,144
definitionB6Ng01-343P17.b B6Ng01-343P17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,151,684 - 77,152,410)(77,271,977 - 77,273,133)
sequence
gaattcccacccgtacacaggaatcacatgaatgcagagaagactggagc
acagagcacaggctagaggcctggtccaagatggttggagaggcagcaga
ggaggaagtcacacaaagctggaaacattcctgttttaaagagttttgct
gtggaagagatggaaacatgggaagatggccataaggacactagtcaagt
tttataggcatacctgtatataaatatgcacatatgaattgaaaacatgt
gtgctgctatgactgcctgcatagaatcctgtttaactttcttaacaggc
ctaacctattttctttaatttctgatttttaatgatgtattcatttttgt
agatgtgccaaattaacagttgacaaaaaaaaatcacacttttcattttt
agtacaagtgtccttcttacccacaggttcaacatctgtgcctttaaaca
agctcagaggtggggaatgggagggatctatactgggcttctgagatggc
ttctatactgttttgtggggaaagccaccaccaagtaaacctgatgacct
gaattcattctctggattgctcatgatagaaggaggatttctgcacgttc
tgctctcacctccacatgcgtgctagggtacacaggcaagggtatgcaca
cattgaacacatagatagataaatagatagatagatagatagatagatag
atagatagatagatagatagatagata

gaattccagactgtcagagggcagaacaggggggaaataatgactcaact
gtataaaaaaaaaaggttaaagataataataacaaaaattcaagaaaata
aataaaatgaaaatggtaactgtaaagttaaatgaaaattaaaaaaaaaa
aaaagaactccagatatgtaattgatgggaggtaaatccctctttttaag
tttacccttatctttcctttaaaatgtatttttcctctgtcacagttatg
aaaggagttggatgagtatgtgtatttgaaaaaagtcccattactctttc
tcttaatatgatgtaaatatgatactcaatacttcccttctgacaagatg
gtgaaagtacagttttccacaattaaaatgttctcaaaattttctgtgac
tgctgactgcttatcctaatatttaattcaactgaaacctggagatagca
tcaggtcccagatgctaagagtacatacagttccggaagtcgttctccac
tttaaacatgaaatgagactccacgttctaacctgtgtttctaagtgagt
cagttgaaatcaaatgttcccatggtccttctctacactcagtaatttgt
tagaatagcttataagagctcagtaagcatgtttacttttaggttactgt
tttattataagacaatacagatgaggataggtaaaaagccaaagaggacc
atcctgtggccacatataatcttctcaaattttgtccatttgattgtata
gtttgtattactaatttagctgatggtgtctgcctttacccattgatagc
aatcataaatcacatatgatctattgattggttcccctagtaagcagagc
tctgcagagatttctgaaaattacttcattaaatacagattcggtggaaa
gagatgtatcagaaaacaaaggactctaacatcatttccctatgcactta
ggaaactgtgagagtccagttttccccatacactttgtcttgactgttct
acatttgggtgtgagctctcagttcacttcgtagctgcatctacattctg
agttctaacataatgactgcctgatttgagcaaacagctgtgcaaaagtc
aggactgatagaatttgtcttattgtgatagactctttttactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_77151684_77152410
seq2: B6Ng01-343P17.b_48_774

seq1  GAATTCCCACCCGTACACAGGAATCACATGAATGCAGAGAAGACTGGAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCACCCGTACACAGGAATCACATGAATGCAGAGAAGACTGGAGC  50

seq1  ACAGAGCACAGGCTAGAGGCCTGGTCCAAGATGGTTGGAGAGGCAGCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCACAGGCTAGAGGCCTGGTCCAAGATGGTTGGAGAGGCAGCAGA  100

seq1  GGAGGAAGTCACACAAAGCTGGAAACATTCCTGTTTTAAAGAGTTTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAAGTCACACAAAGCTGGAAACATTCCTGTTTTAAAGAGTTTTGCT  150

seq1  GTGGAAGAGATGGAAACATGGGAAGATGGCCATAAGGACACTAGTCAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGAGATGGAAACATGGGAAGATGGCCATAAGGACACTAGTCAAGT  200

seq1  TTTATAGGCATACCTGTATATAAATATGCACATATGAATTGAAAACATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAGGCATACCTGTATATAAATATGCACATATGAATTGAAAACATGT  250

seq1  GTGCTGCTATGACTGCCTGCATAGAATCCTGTTTAACTTTCTTAACAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGCTATGACTGCCTGCATAGAATCCTGTTTAACTTTCTTAACAGGC  300

seq1  CTAACCTATTTTCTTTAATTTCTGATTTTTAATGATGTATTCATTTTTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCTATTTTCTTTAATTTCTGATTTTTAATGATGTATTCATTTTTGT  350

seq1  AGATGTGCCAAATTAACAGTTGACAAAAAAAAATCACACTTTTCATTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTGCCAAATTAACAGTTGACAAAAAAAAATCACACTTTTCATTTTT  400

seq1  AGTACAAGTGTCCTTCTTACCCACAGGTTCAACATCTGTGCCTTTAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAAGTGTCCTTCTTACCCACAGGTTCAACATCTGTGCCTTTAAACA  450

seq1  AGCTCAGAGGTGGGGAATGGGAGGGATCTATACTGGGCTTCTGAGATGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGAGGTGGGGAATGGGAGGGATCTATACTGGGCTTCTGAGATGGC  500

seq1  TTCTATACTGTTTTGTGGGGAAAGCCACCACCAAGTAAACCTGATGACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATACTGTTTTGTGGGGAAAGCCACCACCAAGTAAACCTGATGACCT  550

seq1  GAATTCATTCTCTGGATTGCTCATGATAGAAGGAGGATTTCTGCACGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTCTGGATTGCTCATGATAGAAGGAGGATTTCTGCACGTTC  600

seq1  TGCTCTCACCTCCACATGCGTGCTAGGGTACACAGGCAAGGGTATGCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCACCTCCACATGCGTGCTAGGGTACACAGGCAAGGGTATGCACA  650

seq1  CATTGAACACATAGATAGATAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAACACATAGATAGATAAATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAG  700

seq1  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  727
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  727


seq1: chr6_77271977_77273133
seq2: B6Ng01-343P17.g_68_1211 (reverse)

seq1  CAGT-AAAAGAGTCCTATCACAATAAGACAATATCTATCAAGTCTGACTT  49
      |||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||   ||||| |
seq2  CAGTAAAAAGAGT-CTATCACAATAAGACAAATTCTATCAGTCCTGAC-T  48

seq1  TTTGCACAGCCTGGTTTGCTTCAAAATCAGGCAGTCATTTATGGTTTAGA  99
      ||||||||||   |||||||   |||||||||||||| |||||  |||||
seq2  TTTGCACAGC--TGTTTGCT--CAAATCAGGCAGTCA-TTATG--TTAGA  91

seq1  ACTCAGAATGGTAGATGCAGCTTACGGAAGTGAACCTGAGAGCTCACACC  149
      ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  ACTCAGAAT-GTAGATGCAGC-TAC-GAAGTGAA-CTGAGAGCTCACACC  137

seq1  CAAATGTAGAACAGTCAAGACAAAGTGTATGGGGAAAACTGGACCTCTCA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAAATGTAGAACAGTCAAGACAAAGTGTATGGGGAAAACTGGA-CTCTCA  186

seq1  CAGTTTCCTAAGTGCATAGGGAAATGATGTTAGAGTCCTTTGTTTTCTGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTCCTAAGTGCATAGGGAAATGATGTTAGAGTCCTTTGTTTTCTGA  236

seq1  TACATCTCTTTCCACCGAATCTGTATTTAATGAAGTAATTTTCAGAAATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTCTTTCCACCGAATCTGTATTTAATGAAGTAATTTTCAGAAATC  286

seq1  TCTGCAGAGCTCTGCTTACTAGGGGAACCAATCAATAGATCATATGTGAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAGAGCTCTGCTTACTAGGGGAACCAATCAATAGATCATATGTGAT  336

seq1  TTATGATTGCTATCAATGGGTAAAGGCAGACACCATCAGCTAAATTAGTA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGATTGCTATCAATGGGTAAAGGCAGACACCATCAGCTAAATTAGTA  386

seq1  ATACAAACTATACAATCAAATGGACAAAATTTGAGAAGATTATATGTGGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAACTATACAATCAAATGGACAAAATTTGAGAAGATTATATGTGGC  436

seq1  CACAGGATGGTCCTCTTTGGCTTTTTACCTATCCTCATCTGTATTGTCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGATGGTCCTCTTTGGCTTTTTACCTATCCTCATCTGTATTGTCTT  486

seq1  ATAATAAAACAGTAACCTAAAAGTAAACATGCTTACTGAGCTCTTATAAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAAAACAGTAACCTAAAAGTAAACATGCTTACTGAGCTCTTATAAG  536

seq1  CTATTCTAACAAATTACTGAGTGTAGAGAAGGACCATGGGAACATTTGAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTCTAACAAATTACTGAGTGTAGAGAAGGACCATGGGAACATTTGAT  586

seq1  TTCAACTGACTCACTTAGAAACACAGGTTAGAACGTGGAGTCTCATTTCA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACTGACTCACTTAGAAACACAGGTTAGAACGTGGAGTCTCATTTCA  636

seq1  TGTTTAAAGTGGAGAACGACTTCCGGAACTGTATGTACTCTTAGCATCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAAGTGGAGAACGACTTCCGGAACTGTATGTACTCTTAGCATCTG  686

seq1  GGACCTGATGCTATCTCCAGGTTTCAGTTGAATTAAATATTAGGATAAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTGATGCTATCTCCAGGTTTCAGTTGAATTAAATATTAGGATAAGC  736

seq1  AGTCAGCAGTCACAGAAAATTTTGAGAACATTTTAATTGTGGAAAACTGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGCAGTCACAGAAAATTTTGAGAACATTTTAATTGTGGAAAACTGT  786

seq1  ACTTTCACCATCTTGTCAGAAGGGAAGTATTGAGTATCATATTTACATCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCACCATCTTGTCAGAAGGGAAGTATTGAGTATCATATTTACATCA  836

seq1  TATTAAGAGAAAGAGTAATGGGACTTTTTTCAAATACACATACTCATCCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAAGAGAAAGAGTAATGGGACTTTTTTCAAATACACATACTCATCCA  886

seq1  ACTCCTTTCATAACTGTGACAGAGGAAAAATACATTTTAAAGGAAAGATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTTTCATAACTGTGACAGAGGAAAAATACATTTTAAAGGAAAGATA  936

seq1  AGGGTAAACTTAAAAAGAGGGATTTACCTCCCATCAATTACATATCTGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAAACTTAAAAAGAGGGATTTACCTCCCATCAATTACATATCTGGA  986

seq1  GTTCTTTTTTTTTTTTTTAATTTTCATTTAACTTTACAGTTACCATTTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTTTTTTTTTTTTTAATTTTCATTTAACTTTACAGTTACCATTTTC  1036

seq1  ATTTTATTTATTTTCTTGAATTTTTGTTATTATTATCTTTAACCTTTTTT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTATTTTCTTGAATTTTTGTTATTATTATCTTTAACCTTTTTT  1086

seq1  TTTTATACAGTTGAGTCATTATTTCCCCCCTGTTCTGCCCTCTGACAGTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATACAGTTGAGTCATTATTTCCCCCCTGTTCTGCCCTCTGACAGTC  1136

seq1  TGGAATTC  1157
      ||||||||
seq2  TGGAATTC  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |