BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-344B14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 49,260,809 - 49,367,615
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc126, D330028D13Rik, Stk31
Upstream geneLOC665990, Krba1, Zfp467, Sspo, EG666005, Atp6v0e2, Lrrc61, Rarres2, EG330305, Repin1, Zfp775, AI854703, Gimap8, LOC100040560, Gimap9, Gimap4, Gimap6, Gimap7, LOC100041450, Gimap1, Gimap5, Gimap3, Tmem176b, Tmem176a, EG666105, Abp1, 1600015I10Rik, LOC100040589, Doxl2, Svs1, Gpnmb, LOC666011, Igf2bp3, LOC100040626, Tra2a
Downstream geneLOC384383, LOC666210, Npy, LOC100041653, LOC624524, Mpp6, Dfna5h, LOC100041681, Osbpl3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-344B14.bB6Ng01-344B14.g
ACCGA126689GA126690
length1,0711,131
definitionB6Ng01-344B14.b B6Ng01-344B14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,366,536 - 49,367,615)(49,260,809 - 49,261,943)
sequence
gaattctataaaggctactaccataaatttgaaatcaattaaaaatttaa
aacagcaccacagtcttactttggaaatgtcacgtgattgcctgcactgg
tctcatacttcacatcaagagtcagcctcccgttaaaatgcccctttggc
ctgctgaaggttgactggtttgatctgcgcccccacagggggatagggtt
cttgagactcctgagagcaagctgattaggatcaggtttctttgcctcac
aggcatcaatgcctgaggtcagtctgcacttttctgcaaatcctttcttt
gccacttcttcccctatatcgacagtgccatactcagcctgagcaataac
tgttccatcttgatatgttgcttttattctcattttaatttctttttcaa
aaatcaaactccccaaaaatgttctaccctaaaaagataggaaaaaagac
ataagccattgatacttttctcacttactttgtttctattgtttccaagc
attgtatttctttttcctaaaacctatatacaaggaatcttagtttgttg
ttgacttattaaagtatgtatccaatgtattgaaagacccacaacgtgag
gactctcccactttctgactcaggagaggtgacaccccaaatcactcacg
agaaacagtcttgctgcaaactgcaagaggactttttatttcaagagcgc
tctcgggcccacagtcatacaccacccaggggtagaggaccatggcaccc
cgagtagctgggtaagggggtatttaaaggaagaaaccacaactcaagga
gagtagctgggtaagggggtatttaaaggaagaaaccacaactcaaggag
gtagggagagcattgttggaaaataccaaaattaccagttaagagtcaca
aggaagttgcaaagtcacaagagtcacgaggaatacctggtaaatgtatg
ggttattttttcaagacagtttctaagagcccctaacaatagcaacattg
catagcaagttcagcatgtcaggtgggtcaggtgactttcttgatgacac
tctgacccaggaagctggtgg
gaattcaattaccaaagcaaaccaaaccaaaaccaaacaggaaccatgct
ggtgtatacctgtaaccccaactcttgagacatcatgagctacaaagcaa
atgtgaggttaacttcgggtatgtaagagcctgtctcaattccaaacaaa
taaacaaacaagacaagagtggaagtaaaaatccagctttacctttttcc
cagttgttctcctagctctttttcttagagaacacacgatttaactcaca
agcagctgtttttcttgctagcttgatttcaccagcctcattctcctgct
gaggaaggtggccctttgctaacaggtctctaattctggcctagaatgtt
ttcagcctctgaaacttgctgctgaataaactcaccccttcctggttctt
tctgagctctggctggctggttcaactcagctgtcctggctcaaacttgt
ctcccagctgacttattcattctggtttttctctctgcttctgaattgct
cagcttggcctcaaactaactctaacagtcttttctaatcttcgggcccc
tctcattcttgctcattctgtctttgcctgtgtctaggttgttctctctt
caatccgtctctgtaaaactctcccagtaacactctctttctccctctct
gctctgcttcctctcaattccacttcactgctctccatgaactctacagt
atcctggactggactctcttcttctctcctgtctatctttcccttaagta
gcttccctttcctctctcttctcgtgagaattctattttgtcaagtcttt
ctctgccattcgttagacatcactttcaaactcagtgcttctttatacaa
actaactttaccttcattgtttgggattaaaagtgagtactaggggtgtg
tctgtattccacacagaaacgttaaaggtggatgctgactagaaacaggt
tcaaatatcctgtaacaggtttatgctttaattgaaagatcctgagagag
agtgaaaattattttaagcctttagacctgttgtcaaaatagacctcact
tatggcaggagtagacttgctccattgttccaggaacatcttaaacccaa
ttatgccaacttgcctagaattgcaaatgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_49366536_49367615
seq2: B6Ng01-344B14.b_44_1114 (reverse)

seq1  CCACCAGCTTCCTGGGTTCAAGGAGTGTTCATTCAAAGAAAGTCACCCTG  50
      |||||||||||||||| |||  ||||| ||||   |||||||||| ||||
seq2  CCACCAGCTTCCTGGG-TCA--GAGTG-TCAT--CAAGAAAGTCA-CCTG  43

seq1  ACCCACCCTGACCATTGCTGGAACCTGCTATGCAAATGTGCTATTGTTAG  100
      ||||| ||||||   |||| |||| ||||||||||   ||||||||||||
seq2  ACCCA-CCTGAC--ATGCT-GAACTTGCTATGCAATGTTGCTATTGTTAG  89

seq1  GGGCTCTTAGAAACTGTCTTG-AAAAATAACCCATACAATTACCAGGTAT  149
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGGCTCTTAGAAACTGTCTTGAAAAAATAACCCATACATTTACCAGGTAT  139

seq1  TCCTCGTGACTCTTGTGACTTTGC-ACTTCCTTGTGACTCTTAACTGGTA  198
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCGTGACTCTTGTGACTTTGCAACTTCCTTGTGACTCTTAACTGGTA  189

seq1  ATTTTGGTATTTTCCAACAATGCTCTCCCTACCTCCTTGAGTTGTGGTTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGGTATTTTCCAACAATGCTCTCCCTACCTCCTTGAGTTGTGGTTT  239

seq1  CTTCCTTTAAATACCCCCTTACCCAGCTACTCTCCTTGAGTTGTGGTTTC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTAAATACCCCCTTACCCAGCTACTCTCCTTGAGTTGTGGTTTC  289

seq1  TTCCTTTAAATACCCCCTTACCCAGCTACTCGGGGTGCCATGGTCCTCTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTAAATACCCCCTTACCCAGCTACTCGGGGTGCCATGGTCCTCTA  339

seq1  CCCCTGGGTGGTGTATGACTGTGGGCCCGAGAGCGCTCTTGAAATAAAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTGGGTGGTGTATGACTGTGGGCCCGAGAGCGCTCTTGAAATAAAAA  389

seq1  GTCCTCTTGCAGTTTGCAGCAAGACTGTTTCTCGTGAGTGATTTGGGGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCTTGCAGTTTGCAGCAAGACTGTTTCTCGTGAGTGATTTGGGGTG  439

seq1  TCACCTCTCCTGAGTCAGAAAGTGGGAGAGTCCTCACGTTGTGGGTCTTT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTCTCCTGAGTCAGAAAGTGGGAGAGTCCTCACGTTGTGGGTCTTT  489

seq1  CAATACATTGGATACATACTTTAATAAGTCAACAACAAACTAAGATTCCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACATTGGATACATACTTTAATAAGTCAACAACAAACTAAGATTCCT  539

seq1  TGTATATAGGTTTTAGGAAAAAGAAATACAATGCTTGGAAACAATAGAAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATAGGTTTTAGGAAAAAGAAATACAATGCTTGGAAACAATAGAAA  589

seq1  CAAAGTAAGTGAGAAAAGTATCAATGGCTTATGTCTTTTTTCCTATCTTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTAAGTGAGAAAAGTATCAATGGCTTATGTCTTTTTTCCTATCTTT  639

seq1  TTAGGGTAGAACATTTTTGGGGAGTTTGATTTTTGAAAAAGAAATTAAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGTAGAACATTTTTGGGGAGTTTGATTTTTGAAAAAGAAATTAAAA  689

seq1  TGAGAATAAAAGCAACATATCAAGATGGAACAGTTATTGCTCAGGCTGAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATAAAAGCAACATATCAAGATGGAACAGTTATTGCTCAGGCTGAG  739

seq1  TATGGCACTGTCGATATAGGGGAAGAAGTGGCAAAGAAAGGATTTGCAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCACTGTCGATATAGGGGAAGAAGTGGCAAAGAAAGGATTTGCAGA  789

seq1  AAAGTGCAGACTGACCTCAGGCATTGATGCCTGTGAGGCAAAGAAACCTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCAGACTGACCTCAGGCATTGATGCCTGTGAGGCAAAGAAACCTG  839

seq1  ATCCTAATCAGCTTGCTCTCAGGAGTCTCAAGAACCCTATCCCCCTGTGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAATCAGCTTGCTCTCAGGAGTCTCAAGAACCCTATCCCCCTGTGG  889

seq1  GGGCGCAGATCAAACCAGTCAACCTTCAGCAGGCCAAAGGGGCATTTTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCGCAGATCAAACCAGTCAACCTTCAGCAGGCCAAAGGGGCATTTTAA  939

seq1  CGGGAGGCTGACTCTTGATGTGAAGTATGAGACCAGTGCAGGCAATCACG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAGGCTGACTCTTGATGTGAAGTATGAGACCAGTGCAGGCAATCACG  989

seq1  TGACATTTCCAAAGTAAGACTGTGGTGCTGTTTTAAATTTTTAATTGATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTCCAAAGTAAGACTGTGGTGCTGTTTTAAATTTTTAATTGATT  1039

seq1  TCAAATTTATGGTAGTAGCCTTTATAGAATTC  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTTATGGTAGTAGCCTTTATAGAATTC  1071

seq1: chr6_49260809_49261943
seq2: B6Ng01-344B14.g_66_1196

seq1  GAATTCAATTACCAAAGCAAACCAAACCAAAACCAAACAGGAACCATGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTACCAAAGCAAACCAAACCAAAACCAAACAGGAACCATGCT  50

seq1  GGTGTATACCTGTAACCCCAACTCTTGAGACATCATGAGCTACAAAGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTATACCTGTAACCCCAACTCTTGAGACATCATGAGCTACAAAGCAA  100

seq1  ATGTGAGGTTAACTTCGGGTATGTAAGAGCCTGTCTCAATTCCAAACAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAGGTTAACTTCGGGTATGTAAGAGCCTGTCTCAATTCCAAACAAA  150

seq1  TAAACAAACAAGACAAGAGTGGAAGTAAAAATCCAGCTTTACCTTTTTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACAAACAAGACAAGAGTGGAAGTAAAAATCCAGCTTTACCTTTTTCC  200

seq1  CAGTTGTTCTCCTAGCTCTTTTTCTTAGAGAACACACGATTTAACTCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTTCTCCTAGCTCTTTTTCTTAGAGAACACACGATTTAACTCACA  250

seq1  AGCAGCTGTTTTTCTTGCTAGCTTGATTTCACCAGCCTCATTCTCCTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTGTTTTTCTTGCTAGCTTGATTTCACCAGCCTCATTCTCCTGCT  300

seq1  GAGGAAGGTGGCCCTTTGCTAACAGGTCTCTAATTCTGGCCTAGAATGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGGTGGCCCTTTGCTAACAGGTCTCTAATTCTGGCCTAGAATGTT  350

seq1  TTCAGCCTCTGAAACTTGCTGCTGAATAAACTCACCCCTTCCTGGTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCCTCTGAAACTTGCTGCTGAATAAACTCACCCCTTCCTGGTTCTT  400

seq1  TCTGAGCTCTGGCTGGCTGGTTCAACTCAGCTGTCCTGGCTCAAACTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGCTCTGGCTGGCTGGTTCAACTCAGCTGTCCTGGCTCAAACTTGT  450

seq1  CTCCCAGCTGACTTATTCATTCTGGTTTTTCTCTCTGCTTCTGAATTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGCTGACTTATTCATTCTGGTTTTTCTCTCTGCTTCTGAATTGCT  500

seq1  CAGCTTGGCCTCAAACTAACTCTAACAGTCTTTTCTAATCTTCGGGCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTGGCCTCAAACTAACTCTAACAGTCTTTTCTAATCTTCGGGCCCC  550

seq1  TCTCATTCTTGCTCATTCTGTCTTTGCCTGTGTCTAGGTTGTTCTCTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTCTTGCTCATTCTGTCTTTGCCTGTGTCTAGGTTGTTCTCTCTT  600

seq1  CAATCCGTCTCTGTAAAACTCTCCCAGTAACACTCTCTTTCTCCCTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCGTCTCTGTAAAACTCTCCCAGTAACACTCTCTTTCTCCCTCTCT  650

seq1  GCTCTGCTTCCTCTCAATTCCACTTCACTGCTCTCCATGAACTCTACAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCTTCCTCTCAATTCCACTTCACTGCTCTCCATGAACTCTACAGT  700

seq1  ATCCTGGACTGGACTCTCTTCTTCTCTCCTGTCTATCTTTCCCTTAAGTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGACTGGACTCTCTTCTTCTCTCCTGTCTATCTTTCCCTTAAGTA  750

seq1  GCTTCCCTTTCCTCTCTCTTCTCGTGAGAATTCTATTTTGTCAAGTCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCCTTTCCTCTCTCTTCTCGTGAGAATTCTATTTTGTCAAGTCTTT  800

seq1  CTCTGCCATTCGTTAGACATCACTTTCAAACTCAGTGCTTCTTTATACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCCATTCGTTAGACATCACTTTCAAACTCAGTGCTTCTTTATACAA  850

seq1  ACTAACTTTACCTTCATTGTTTGGGATTAAAAGTGAGTACTAGGGGTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACTTTACCTTCATTGTTTGGGATTAAAAGTGAGTACTAGGGGTGTG  900

seq1  TCTGTATTCCACACAGAAACGTTAAAGGTGGATGCTGACTAGAAACAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTCCACACAGAAACGTTAAAGGTGGATGCTGACTAGAAACAGGT  950

seq1  TCAAATATCCTGTAACAGGTTTATGCCTTTAATTGAAAGATCCTGAGAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATATCCTGTAACAGGTTTATG-CTTTAATTGAAAGATCCTGAGAGA  999

seq1  GAGTGAAAAATTATTTAAGCCTTTAGACCTGTGTCCAAAATAGACCTCAC  1050
      ||||||||| |  |||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  GAGTGAAAATTATTTTAAGCCTTTAGACCTGTTGTCAAAATAGACCTCAC  1049

seq1  TAATGGCAGGGAGTAGAACTTGCCCCATTGTTCCAGGAACCATTCCTTAA  1100
      | |||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| |||  |||||
seq2  TTATGGCA-GGAGTAG-ACTTGCTCCATTGTTCCAGGAA-CAT--CTTAA  1094

seq1  ACCC-ATTATGCAAACTTG-CTAGATTGCCAAATGCT  1135
      |||| ||||||| |||||| ||||| |  ||||||||
seq2  ACCCAATTATGCCAACTTGCCTAGAATTGCAAATGCT  1131