BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-345I06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 8,462,546 - 8,605,954
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGlcci1, Ica1
Upstream geneTac1, LOC667511, Asns, EG667529, C1galt1, LOC100040661, Col28a1, BC020002, Rpa3, LOC100036521, LOC667028, A430035B10Rik
Downstream geneLOC100040238, Nxph1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-345I06.bB6Ng01-345I06.g
ACCGA127685GA127686
length1,129917
definitionB6Ng01-345I06.b B6Ng01-345I06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,462,546 - 8,463,683)(8,605,041 - 8,605,954)
sequence
gaattcactcaggttccggcgtcagggggttttagtctccattgaccaaa
gcgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgctgcagacactgacact
gacatcactctactgcatgaatgaaaaacaacaacgtgcaccgtttcttc
ctctgctcgcctccttccttttttgcacctctcaaagtgggaggctagac
attatattatgtcttgagaaatgacacacaacactttttaggtagacatt
gactcgggatatgtatttcatggagatgtacgttgtttacaaaaagcttt
cagagctctgggaatttggattatgggtgacaaggaagcattcagaattt
tattccccttttgtctaactatggaagaaagtatagaaactaagttttct
tattcttgtatcacaaagaattgtaagcaggattttgaatccagtgtctg
tttttctcataaacactcctagcatgcatatttatggggttaagctaagt
aagagttggtgcttgggtcagaaaacggggagaaaacaatgctgtaaaga
ggagcaaccagttttaagatttatcgtattgtactttaacatccaacaga
aagatagtaattctctttgtttttgtaccgtagcttaaatgctaccttaa
tggaatatgcataagcctgctaacatcatgctttacttagaagcttggta
attacaaattgaaagttgtgttgtgttgctgttcctggatcattctcttt
ttgtaatttttctttcttgtgtatttcaaaacttcaaggttattatttat
attcatttctgaacttctgttattaacaaaatgtcatccttcccctgttt
gattctgaagggtcttgaagtggtgaatgacaagctaatgaatgcatctt
atggctccctgtgatgtgcttgtaatagatgaaaatcataaagtattatg
caatagtaatttttttgtgatggtatatacaactctacctttgagaataa
gtagaacattcaatagaccaaagcaaagtattagagttaaaatgatgatc
tgagataaggtcattaatatgaatctaaataaaatataagtagttgcttt
ctgaattccagaataaaccattgtattta

gaattctcaggccattaaggcttggtgccaactacctcaaggtaaactga
agcctaccttaggaggagggttgcacatgggaggtagcactctcttgtgg
cattctactgtctctggcttctcccttgctgccagggtttccgttggctc
cctaccataaagatgcagagtcctagaccttttcttctgctctgttcttc
aattcatctttcccatttcttcttcactccattcctcacttctggctttc
ccttcctctttctacaaccattggccacaactacagcccccatctttatc
ccttcctcttctattttcaaactgcctttcagcagagaatagaaaatagc
aaaacaaagaacagggaagtgtggtccgtgcctctaatccatctgtgctt
gggaggtggaggcaagagcattggaaagaaatgaaagaaaggtcatcttc
agatatatatttcacacatatatgtatatatacatacatataaatgtata
tgtatatacatattcatacatatacataaataaatatagtcttagtccac
ctggactcaataagacctagtctttaaaatctaaagcaagcttgctcttt
tgttccctgctcttgacttccctcatgttcccttgtgcatatgtgcttca
caggccacagggcttggccgtgtccacatcagaggtatttgctagcaata
cttgtattcccagcacagcacagggctccagcagccagcattatacagca
cgcatagtcagatcttttctggaacgaggctcacagtcaacagatgaagc
acatagtagcatctagctgccattctccagcttgtagcgttatttggtga
aagctacctggggagaagtccagccatgctgcttgcatgagatacacagc
ctcacttattgagcaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_8462546_8463683
seq2: B6Ng01-345I06.b_46_1174

seq1  GAATTCACTCAGGTTCCGGCGTCAGGGGGTTTTAGTCTCCATTGACCAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCAGGTTCCGGCGTCAGGGGGTTTTAGTCTCCATTGACCAAA  50

seq1  GCGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCAGACACTGACACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCTGCAGACACTGACACT  100

seq1  GACATCACTCTACTGCATGAATGAAAAACAACAACGTGCACCGTTTCTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATCACTCTACTGCATGAATGAAAAACAACAACGTGCACCGTTTCTTC  150

seq1  CTCTGCTCGCCTCCTTCCTTTTTTGCACCTCTCAAAGTGGGAGGCTAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTCGCCTCCTTCCTTTTTTGCACCTCTCAAAGTGGGAGGCTAGAC  200

seq1  ATTATATTATGTCTTGAGAAATGACACACAACACTTTTTAGGTAGACATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATTATGTCTTGAGAAATGACACACAACACTTTTTAGGTAGACATT  250

seq1  GACTCGGGATATGTATTTCATGGAGATGTACGTTGTTTACAAAAAGCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCGGGATATGTATTTCATGGAGATGTACGTTGTTTACAAAAAGCTTT  300

seq1  CAGAGCTCTGGGAATTTGGATTATGGGTGACAAGGAAGCATTCAGAATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCTGGGAATTTGGATTATGGGTGACAAGGAAGCATTCAGAATTT  350

seq1  TATTCCCCTTTTGTCTAACTATGGAAGAAAGTATAGAAACTAAGTTTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCCCTTTTGTCTAACTATGGAAGAAAGTATAGAAACTAAGTTTTCT  400

seq1  TATTCTTGTATCACAAAGAATTGTAAGCAGGATTTTGAATCCAGTGTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTGTATCACAAAGAATTGTAAGCAGGATTTTGAATCCAGTGTCTG  450

seq1  TTTTTCTCATAAACACTCCTAGCATGCATATTTATGGGGTTAAGCTAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTCATAAACACTCCTAGCATGCATATTTATGGGGTTAAGCTAAGT  500

seq1  AAGAGTTGGTGCTTGGGTCAGAAAACGGGGAGAAAACAATGCTGTAAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTGGTGCTTGGGTCAGAAAACGGGGAGAAAACAATGCTGTAAAGA  550

seq1  GGAGCAACCAGTTTTAAGATTTATCGTATTGTACTTTAACATCCAACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAACCAGTTTTAAGATTTATCGTATTGTACTTTAACATCCAACAGA  600

seq1  AAGATAGTAATTCTCTTTGTTTTTGTACCGTAGCTTAAATGCTACCTTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGTAATTCTCTTTGTTTTTGTACCGTAGCTTAAATGCTACCTTAA  650

seq1  TGGAATATGCATAAGCCTGCTAACATCATGCTTTACTTAGAAGCTTGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATATGCATAAGCCTGCTAACATCATGCTTTACTTAGAAGCTTGGTA  700

seq1  ATTACAAATTGAAAGTTGTGTTGTGTTGCTGTTCCTGGATCATTCTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAAATTGAAAGTTGTGTTGTGTTGCTGTTCCTGGATCATTCTCTTT  750

seq1  TTGTAATTTTTCTTTCTTGTGTATTTCAAAACTTCAAGGTTATTATTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATTTTTCTTTCTTGTGTATTTCAAAACTTCAAGGTTATTATTTAT  800

seq1  ATTCATTTCTGAACTTCTGTTATTAACAAAATGTCATCCTTCCCCTGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTCTGAACTTCTGTTATTAACAAAATGTCATCCTTCCCCTGTTT  850

seq1  GATTCTGAAGGGTCTTGAAGTGGTGAATGACAAGCTAATGAATGCATCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGAAGGGTCTTGAAGTGGTGAATGACAAGCTAATGAATGCATCTT  900

seq1  ATGGCTCCCTGTGATGTGCTTGTAATAGATGAAAATCATAAAGTATTATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCCCTGTGATGTGCTTGTAATAGATGAAAATCATAAAGTATTATG  950

seq1  CAAATAGTAATTTTTTTGTGATGGTAATATACAAACTCTACCTTTGAG-A  999
      | ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |
seq2  C-AATAGTAATTTTTTTGTGATGGT-ATATAC-AACTCTACCTTTGAGAA  997

seq1  TAAGTAGAACAATTCAAATAAGACCAAAGCAAAGTATTAGAGTTAAAATT  1049
      |||||||||| ||||||   |||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TAAGTAGAAC-ATTCAA--TAGACCAAAGCAAAGTATTAGAGTTAAAA-T  1043

seq1  AATGATCTTGAGATAAAGTCATTAATAATGATCTAAATAAAATATAAAGT  1099
       |||||| |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||| ||||
seq2  GATGATC-TGAGATAAGGTCATTAATATGAATCTAAATAAAATAT-AAGT  1091

seq1  AGTTGCTTTCTGAAATCCAAGAATAAACCCATGTATTTA  1138
      |||||||||||||| ||| ||||||||||  ||||||||
seq2  AGTTGCTTTCTGAATTCC-AGAATAAACCATTGTATTTA  1129


seq1: chr6_8605041_8605954
seq2: B6Ng01-345I06.g_66_982 (reverse)

seq1  ATTGCTTCAATTAAGTGAGGCCTGTGTATCTCATGCACGCAG-AGGGCTG  49
      ||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||| |||| | |||||
seq2  ATTGC-TCAA-TAAGTGAGG-CTGTGTATCTCATGCAAGCAGCATGGCTG  47

seq1  GCCTTCT-CCCAGGTAGCTTTCACC-AATAACGCTAC-AGCTGGAG-ATG  95
      | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||
seq2  GACTTCTCCCCAGGTAGCTTTCACCAAATAACGCTACAAGCTGGAGAATG  97

seq1  GGAGC-AGATGCTACTATGTGCTTCATCTGTTGACTGTGAGCCTCGTTCC  144
      | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTAGATGCTACTATGTGCTTCATCTGTTGACTGTGAGCCTCGTTCC  147

seq1  AG-AAAGATCTGGCTATGCGTGCTGTGTAATGCTGGCTGCTGGAGCCCTG  193
      || ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGATCTGACTATGCGTGCTGTATAATGCTGGCTGCTGGAGCCCTG  197

seq1  TGCTGTGCTGGGAATACAAGTATTGCTAGCAAATACCTCCTGATGTGGAC  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGCTGTGCTGGGAATACAAGTATTGCTAGCAAATACCT-CTGATGTGGAC  246

seq1  ACGGCCAAGCCCTGTGGCCTGTGAAGCACATATGCACAAGGGAACATGAG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCCAAGCCCTGTGGCCTGTGAAGCACATATGCACAAGGGAACATGAG  296

seq1  GGAAGTCAAGAGCAGGGAACAAAAGAGCAAGCTTGCTTTAGATTTTAAAG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCAAGAGCAGGGAACAAAAGAGCAAGCTTGCTTTAGATTTTAAAG  346

seq1  ACTAGGTCTTATTGAGTCCAGGTGGACTAAGACTATATTTATTTATGTAT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGTCTTATTGAGTCCAGGTGGACTAAGACTATATTTATTTATGTAT  396

seq1  ATGTATGAATATGTATATACATATACATTTATATGTATGTATATATACAT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGAATATGTATATACATATACATTTATATGTATGTATATATACAT  446

seq1  ATATGTGTGAAATATATATCTGAAGATGACCTTTCTTTCATTTCTTTCCA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTGAAATATATATCTGAAGATGACCTTTCTTTCATTTCTTTCCA  496

seq1  ATGCTCTTGCCTCCACCTCCCAAGCACAGATGGATTAGAGGCACGGACCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTTGCCTCCACCTCCCAAGCACAGATGGATTAGAGGCACGGACCA  546

seq1  CACTTCCCTGTTCTTTGTTTTGCTATTTTCTATTCTCTGCTGAAAGGCAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCCTGTTCTTTGTTTTGCTATTTTCTATTCTCTGCTGAAAGGCAG  596

seq1  TTTGAAAATAGAAGAGGAAGGGATAAAGATGGGGGCTGTAGTTGTGGCCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAATAGAAGAGGAAGGGATAAAGATGGGGGCTGTAGTTGTGGCCA  646

seq1  ATGGTTGTAGAAAGAGGAAGGGAAAGCCAGAAGTGAGGAATGGAGTGAAG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTTGTAGAAAGAGGAAGGGAAAGCCAGAAGTGAGGAATGGAGTGAAG  696

seq1  AAGAAATGGGAAAGATGAATTGAAGAACAGAGCAGAAGAAAAGGTCTAGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAATGGGAAAGATGAATTGAAGAACAGAGCAGAAGAAAAGGTCTAGG  746

seq1  ACTCTGCATCTTTATGGTAGGGAGCCAACGGAAACCCTGGCAGCAAGGGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGCATCTTTATGGTAGGGAGCCAACGGAAACCCTGGCAGCAAGGGA  796

seq1  GAAGCCAGAGACAGTAGAATGCCACAAGAGAGTGCTACCTCCCATGTGCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAGAGACAGTAGAATGCCACAAGAGAGTGCTACCTCCCATGTGCA  846

seq1  ACCCTCCTCCTAAGGTAGGCTTCAGTTTACCTTGAGGTAGTTGGCACCAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCCTCCTAAGGTAGGCTTCAGTTTACCTTGAGGTAGTTGGCACCAA  896

seq1  GCCTTAATGGCCTGAGAATTC  914
      |||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAATGGCCTGAGAATTC  917


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |